靶向测序panel设计定制

靶 设计定单Illumina应用培训©2017Illumina,

ForResearchUseOnly.Notfor gnostic明确定制靶 掌握使用DesignStudio设计定制AmpliSeqForIlluminaGenePanel的流程2ForResearchUseOnly.Notfor gnostic用于突变检测的方法比费用、覆盖度、内容和样本通量/反

更高的覆盖度覆盖均固定更低价/

更高价/更低的覆盖度覆盖均3如 中国官网网页 4ForResearchUseOnly.Notfor gnostic用DesignStudio设计定 ForResearchUseOnly.Notfor gnostic ForResearchUseOnly.Notfor gnosticDesignStudio7ForResearchUseOnly.Notfor gnostic第一步选择型 8ForResearchUseOnly.Notfor gnostic实验方法的选三种方法之间的AmpliSeqCustomDNANexteraRapidCaptureCustomEnriedRNA靶向区域：500kb15人最长2x150最长2x150最长2x3002x150最长最长最长2x300最长2x150最长最长最长1x50最长1x50最长1x50LocalRunManagerDNAAmpliconBaseSpaceDNAAmpliconCoreLocalRunManagerDNAysisModule云端BaseSpaceIsaac&BWAEnrientCoreAppsedysisRNACoreBaseSpaceVariantIsaac& TruSeq&CoreRNACoreRNA9实验方法的选DNA为起始样靶向区域1Kb-5 AmpliSeq靶向区域1Kb–5NexteraNexteraRapid靶向区域>5大 ForResearchUseOnly.Notfor gnostic输入设计的名必必须且25ForResearchUseOnly.Notfor gnosticAmpliSeq扩增引Pool

Amplicon

Amplicon

SNP SNP仅对热点区域设计(1组引物像SNP这种比较小的靶向区扩增产物之间没有序 例如 SNP1(AmpliconSNP2(Amplicon

对整 区域设计(2组引物较大 靶向区域有更好的覆盖如果扩增产物之间有序 区域，引物需分开到两个pool例如 Pool1(AmpliconsA&Pool2(AmpliconPoolPoolAmpliconForResearchUseOnly.Notfor gnosticConfigureForResearchUseOnly.Notfor gnostic样本类型（SampleType）设高质量、完整的一般长度大于几Amplicon大小选择125-375

125–175bp

游离细胞(一般来自血液短的、一般长度150–180ForResearchUseOnly.Notfor gnostic扩增产物最大长度（MaxAmpliconLength）设采用较短扩增产物的好 采用较长扩增产物的好ForResearchUseOnly.Notfor gnostic严格度（Stringency）的严严格度的设置Stringency设置为

Stringency设置为 会导致 ForResearchUseOnly.Notfor gnostic第三步靶置 通 名字来添加靶向区ForResearchUseOnly.Notfor gnostic靶向区域只是编码区（CDSOnly）,只是外显子区（ExonOnly）或者整 区5’

3’CDSOnlyExonFull只是对编码区进行设计（CDSOnly只是对外显子区进行设计（Exon整 区域(只有通 所 的起始/终止位置来添加ForResearchUseOnly.Notfor gnostic靶向区域设设置靶 往两端扩展的碱基Exonpadding的设置可以增加intron-exon交接区域作为靶向区域Exonpadding的设置即为引物设计增加了靶向两边的碱基数ForResearchUseOnly.Notfor gnostic通过给 上的位置信息来添加靶向区最最多20个数字或字ForResearchUseOnly.Notfor gnostic1.按格式点击Selecta1.按格式点击Selecta点击UploadFile通过按模板创建文本来批量添加靶向区域(.csv或ForResearchUseOnly.Notfor gnostic第四步提 ForResearchUseOnly.Notfor gnostic第五步查 设设计时间可能会很久，可关闭此网ForResearchUseOnly.Notfor gnostic第五步查 会收会收到系统提示设计已完成的邮ForResearchUseOnly.Notfor gnostic覆盖度百分比PercentageForResearchUseOnly.Notfor gnostic设计结束后给出的4-6文件名内 .txt格式*.bed格式文件可以用IGV或UCSC来查ForResearchUseOnly.Notfor gnosticDesignStudio里的UCSC选择用IE浏览 ForResearchUseOnly.Notfor gnosticForResearchUseOnly.Notfor gnostic案例394delTT突变位案例394delTT突变位里2bp的缺失位点为靶向区案例852del22突变以里20bp的缺失位点为靶向区案例含序列的靶向区四种不同靶向区域类型案案例C含高GC含量的靶向区ForResearchUseOnly.Notfor gnostic1:小的Indel（2点击DesignStudio里的UCSC 进行查您定制的panel 您定制的panelForResearchUseOnly.Notfor gnostic2:小的Indel（20点击DesignStudio里的UCSC 进行查 的852del22突变位点 bp缺失)：Chr7:117175442-ForResearchUseOnly.Notfor gnostic3:高GC含量点击DesignStudio里的UCSC 进行查 ，靶向区域位置信息:Chr19:33792243-ForResearchUseOnly.Notfor gnostic 区域都被覆盖了吗没有设计的技巧和优化策略一般来说是很难做引物设计的区通过只对编码区进行设计（选择CDSonly）可能会有所帮通过选择较长的扩增子长度对引物设计可能会有所帮助( 的空间来设计引物通过选择较低的严格度可能会有所帮ForResearchUseOnly.Notfor gnostic案例4:具有 的区点击DesignStudio里的UCSC 进行查 ：Chr3:178936074-s ForResearchUseOnly.Notfor gnostic 区域都被覆盖了吗是的…但是您如何知道是否存在 在里搜设计技巧和策略 ForResearchUseOnly.Notfor gnostic引物设计所遵循的规为什么有时候DesignStudio设计的引物不能覆盖所有的 ForResearchUseOnly.Notfor gnostic较难进行引物(>50bp)大于50bp的缺失区后续分比较高的GC较高的GC设UTR(会有同源或重复序列，查看下面两条的描述设计&后续分 一个或一个区域会在组的其它位置有一个不全一设计&后续分核苷酸(DNA或RNA)在一定组区域内会有多个拷设计&后续分ForResearchUseOnly.Notfor gnostic避开或同 避开GC含量控制在20-ForResearch