生物信息学分析方法

常用的生物信息学分析方法第十组第1页，共21页。生物信息学是一门在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。生物信息学Bioinformatics生物信息学基本上是分子生物学与信息技术的结合体。研究材料和结果是各种各样的生物学数据研究工具是计算机研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）第2页，共21页。节律基因Timeless第3页，共21页。数据库MGIhttp第4页，共21页。数据库NCBI第5页，共21页。数据库TAIR第6页，共21页。http多序列比对MEGA第7页，共21页。http系统发育树MEGA第8页，共21页。http:///tools/meme保守基序分析MEME第9页，共21页。http基因结构GSDS第10页，共21页。http启动子分析PlantCARE基序名称位置序列特征功能TATA-box254TATAAcorepromoterelementCAAT-box 260CCAATcommoncis-actingelementinpromoterandenhancerregions3-AF1bindingsite50AAGAGATATTTlightresponsiveelementCCAAT-box1051CAACGGMYBHv1bindingsiteCGTCA-motif1294CGTCAMeJA-responsivenessGA-motif 1252ATAGATAAlightresponsiveelementHSE 28AAAAAATTTCheatstressresponsivenessLTR414CCGAAAlow-temperatureresponsivenessMSA-like 568CCCAACGGTcellcycleregulationTGA-element 289AACGACauxin-responsiveelement第11页，共21页。http转录因子结合位点分析JASPARMatrixIDNameScoreRelativescoreStartEndStrandPredictedsequenceMA0940.1AP112.570.9011628+acaaaaatgaaatMA0934.1AHL2512.51691328335+aattaattMA0951.1ATHB-1612.24230.964352359+taatgattMA0933.1AHL2012.0060.979328335+aattaattMA0943.1ARF511.84490.97410171024+GCCGACAGMA0947.1ARR1411.81320.965707714+AGATCCGCMA0934.1AHL2511.81260.984333340+atttaatt第12页，共21页。可视化基因组学BAR第13页，共21页。亚细胞定位SUBAAGISUBAconPredictionsAT5G52910.1nucleusnucleus

cytosol

mitochondrion第14页，共21页。http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/三级结构预测Phyre16-464replication643-747proteinbinding第15页，共21页。http信号肽预测SignalPAT5G52910AT1G01070第16页，共21页。http跨膜结构域预测TMHMM第17页，共21页。http蛋白互作网络STRINGDNArepairpolymerasehelicase第18页，共21页。序列分析双序列比对MEGA/Bioedit/bioedit/bioedit.htmlNCBI/GenBank/MEME/tools/meme多序列比对（系统进化树、保守基序）基因分析ORF(Open

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Frame)分析NBCI/orffinder/基因结构分析（外显子、内含子）GSDS/启动子分析PlantCAREhttp://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/PLACEhttps://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?sid=&lang=en&pj=640&action=page&page=newplace转录因子结合位点分析TFSEARCHhttp://diyhpl.us/~bryan/irc/protocol-online/protocol-cache/TFSEARCH.htmlJASPAR/表达模式分析barhttp://bar.utoronto.ca/蛋白分析结构分析二级PredictProtein

/PSIPREDhttp://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred三级Phyrehttp://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/SWISS-MODEL/亚细胞定位PSORTSUBAhttp://suba.live信号肽预测SignalPhttp://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/跨膜结构预测TMHMMhttp://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/蛋白互作及功能分析STRINGhttp://string.embl.degenemania/BINDhttp://bind.ca/IntActhttp://www.ebi.ac.uk/intact/DIP/第19页，共21页。谢谢第20页，共21页。内容梗概常用的生物信息学。研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。/tools/moncis-actingelementinpromoterandenhancerregions。3-AF1bindingsite。cellcycleregulation。http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/。16-464replication。643-7