PrimerPremier50使用技巧课件

PrimerPremier5.0的使用技巧简介主要功能:1、引物自动收索及引物分析评价(引物设计)2、限制性内切酶位点分析3、DNA基元(motif)4、同源性分析PrimerPremier5.0的使用技巧简介主要功能1引物设计软件primerpremier5.0的使用引物设计软件primerpremier5.0的使用2可通过两个方法将序列输入软件中在表中粘贴序列打开原有的序列文件可通过两个方法将序列输入软件中在表中粘贴序列打开原有的序列文3选择序列文件所在位置选择序列文件所在位置4

在对话框中输入待扩增序列点击左上角的“Primer”按钮在对话框中输入待扩增序列5Hairpin:引物自身是否会形成发夹结构Dimer:同一种引物是否会形成二聚体Falseprimiring:引物在待扩增序列中其他位置是否有配对CrossDimer:正向与反向引物间是否会形成二聚体引物设计界面正向和反向引物的互换正向和反向引物的评价正向和反向引物的信息每点击左边红色的按钮，就出现相应的内容对正向和反向引物进行编辑Hairpin:引物自身是否会形成发夹结构引物设计界面正向6参数选择突变碱基参数选择突变碱基7PrimerPremier50使用技巧课件8PrimerPremier50使用技巧课件9Premier的主要功能：Premier的主要功能：10PrimerPremier50使用技巧课件11PrimerPremier50使用技巧课件12引物搜索选项设定引物类型搜索模式5’引物位置范围3’引物位置范围产物大小范围引物长度引物搜索选项设定引物类型搜索模式5’引物位置范围3’引物位置13PrimerPremier50使用技巧课件14PrimerPremier50使用技巧课件15搜索结果28对引物引物分值100分为满分每对引物的信息双击选中一对引物引物及产物信息搜索结果28对引物引物分值每对引物的信息双击选中一对引物引物16是否出现hairpin,dimer,falseprimingandcrossdimer回到主窗口是否出现hairpin,dimer,falseprimin17引物编辑引物编辑18可对引物进行增加或减少碱基用键盘输入了5个碱基可对引物进行增加或减少碱基用键盘输入了5个碱基19引物的信息改动后引物的信息引物的信息改动后引物的信息20重新回到双引物的界面重新回到双引物的界面21“Edit”－“Copy”－“SensePrimer”5'CGCCTCGAGAAAAGACAGGACTCCACCTCA3'输出引物序列“Edit”－“Copy”－“SensePrimer”输出22引物编辑EditprimerhereAnalysistheeditresultAccepttheeditresultReturntothemainwindow引物编辑EditprimerhereAnalysist23PrimerPremier50使用技巧课件24PrimerPremier50使用技巧课件25PrimerPremier50使用技巧课件26PrimerPremier50使用技巧课件27酶切位点分析酶切位点分析28Oligo6.44使用说明主要功能：专门的引物设计软件Oligo6.44启动界面OpensequencefileOligo6.44使用说明主要功能：专门的引物设计软件O293个弹出窗口Meltingtemperature3个弹出窗口Meltingtemperature30∆GInternalStability∆GInternalStability31Frq为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。Frq为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中32用Oligo设计引物时的3个标准Tm值曲线以选取5’到3’的下降形状有利于引物引发聚合反应。Frq曲线宜选用3’端Frq值相对较低的片段。ΔG值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低用Oligo设计引物时的3个标准Tm值曲线以选取5’到333PrimerPremier50使用技巧课件34选中引物上游引物下游引物只是示意图选中引物上游引物下游引物只是示意图35引物分析首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。二项检查是发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。第三项检查为GC含量，以45-55％为宜。第四Falsepriming检查引物分析首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。二36引物分析KeyinformationofprimerHairpinDimerandcrossDimerGC%TotalPCRinformation引物分析KeyinformationofprimerH37写在最后成功的基础在于好的学习习惯Thefoundationofsuccessliesingoodhabits38写在最后成功的基础在于好的学习习惯38谢谢聆听·学习就是为了达到一定目的而努力去干,是为一个目标去战胜各种困难的过程,这个过程会充满压力、痛苦和挫折LearningIsToAchieveACertainGoalAndWorkHard,IsAProcessToOvercomeVariousDifficultiesForAGoal谢谢聆听LearningIsToAchieveAC39PrimerPremier5.0的使用技巧简介主要功能:1、引物自动收索及引物分析评价(引物设计)2、限制性内切酶位点分析3、DNA基元(motif)4、同源性分析PrimerPremier5.0的使用技巧简介主要功能40引物设计软件primerpremier5.0的使用引物设计软件primerpremier5.0的使用41可通过两个方法将序列输入软件中在表中粘贴序列打开原有的序列文件可通过两个方法将序列输入软件中在表中粘贴序列打开原有的序列文42选择序列文件所在位置选择序列文件所在位置43

在对话框中输入待扩增序列点击左上角的“Primer”按钮在对话框中输入待扩增序列44Hairpin:引物自身是否会形成发夹结构Dimer:同一种引物是否会形成二聚体Falseprimiring:引物在待扩增序列中其他位置是否有配对CrossDimer:正向与反向引物间是否会形成二聚体引物设计界面正向和反向引物的互换正向和反向引物的评价正向和反向引物的信息每点击左边红色的按钮，就出现相应的内容对正向和反向引物进行编辑Hairpin:引物自身是否会形成发夹结构引物设计界面正向45参数选择突变碱基参数选择突变碱基46PrimerPremier50使用技巧课件47PrimerPremier50使用技巧课件48Premier的主要功能：Premier的主要功能：49PrimerPremier50使用技巧课件50PrimerPremier50使用技巧课件51引物搜索选项设定引物类型搜索模式5’引物位置范围3’引物位置范围产物大小范围引物长度引物搜索选项设定引物类型搜索模式5’引物位置范围3’引物位置52PrimerPremier50使用技巧课件53PrimerPremier50使用技巧课件54搜索结果28对引物引物分值100分为满分每对引物的信息双击选中一对引物引物及产物信息搜索结果28对引物引物分值每对引物的信息双击选中一对引物引物55是否出现hairpin,dimer,falseprimingandcrossdimer回到主窗口是否出现hairpin,dimer,falseprimin56引物编辑引物编辑57可对引物进行增加或减少碱基用键盘输入了5个碱基可对引物进行增加或减少碱基用键盘输入了5个碱基58引物的信息改动后引物的信息引物的信息改动后引物的信息59重新回到双引物的界面重新回到双引物的界面60“Edit”－“Copy”－“SensePrimer”5'CGCCTCGAGAAAAGACAGGACTCCACCTCA3'输出引物序列“Edit”－“Copy”－“SensePrimer”输出61引物编辑EditprimerhereAnalysistheeditresultAccepttheeditresultReturntothemainwindow引物编辑EditprimerhereAnalysist62PrimerPremier50使用技巧课件63PrimerPremier50使用技巧课件64PrimerPremier50使用技巧课件65PrimerPremier50使用技巧课件66酶切位点分析酶切位点分析67Oligo6.44使用说明主要功能：专门的引物设计软件Oligo6.44启动界面OpensequencefileOligo6.44使用说明主要功能：专门的引物设计软件O683个弹出窗口Meltingtemperature3个弹出窗口Meltingtemperature69∆GInternalStability∆GInternalStability70Frq为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。Frq为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中71用Oligo设计引物时的3个标准Tm值曲线以选取5’到3’的下降形状有利于引物引发聚合反应。Frq曲线宜选用3’端Frq值相对较低的片段。ΔG值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低用Oligo设计引物时的3个标准Tm值曲线以选取5’到372PrimerPremier50使用技巧课件73选中引物上游引物下游引物只是示意图选中引物上游引物下游引物只是示意图74引物分析首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。二项检查是发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。第三项检查为GC含量，以45-55％为宜。第四Falsepriming检查引物分析首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。二75引物分析KeyinformationofprimerHairpinDimerandcrossDimerGC%TotalPCRinformation引物分析KeyinformationofprimerH76写在最后成功的基础在于好的学习习惯Thefoundationof