关键词和词组为基础的数据库检索市公开课一等奖省赛课获奖课件

第三章

关键词为基础数据库检索

本章主要内容：基本概念Entrez检索方法SRS检索方法DBGET检索方法本章重点难点：以关键词为基础数据检索基本方法、原理(重点掌握Entrez检索方法)关键词和词组为基础的数据库检索第1页检索数据库方法用关键词或词组进行数据库检索

(Text-baseddatabasesearching)用核苷酸或蛋白质序列进行数据库检索

(Sequence-baseddatabasesearching)

关键词和词组为基础的数据库检索第2页关键词

名词、描述性词、词组序列注册号(Accessionnumber)

检索体系

EntrezSequenceRetrievalSystem(序列检索系统，SRS)Integrateddatabaseretrievalsystem(DBGET)关键词和词组为基础的数据库检索第3页检索须知（1）

连接词AND,OR,NOT riceANDenzyme riceANDenzymeNOTkinase retrotransposonORretroelement

用引号将两个单词组成一个词组“diseaseresistance”diseaseresistance=diseaseANDresistance

关键词和词组为基础的数据库检索第4页检索须知（2）

wildcard“*”放在单词后使检索范围扩大，但专一性降低Wan*=全部以Wan开头单词enzyme*=enzyme+enzymes

关键词和词组为基础的数据库检索第5页1.Entrez/Entrez/NCBI检索体系优点：三种检索体系中最轻易操作体系

缺点：检索范围有限

关键词和词组为基础的数据库检索第6页8大类44个与Entreze体系相连数据库

“NucleotideSequences”databases(15)“ProteinSequences”databses(4)“Structures”databases(5)“Genes”databases(4)“GeneExpression”databases(4)“Taxonomy”databases(2)“Genomes”databases(6)“Literature”databases(4)关键词和词组为基础的数据库检索第7页Entrez主页/Entrez/Entrez系统中部分数据库之间连接

检索方法（1）：数据库之间检索

NCBI主页或Entrez主页输入关键词各个数据库中检索到信息数量

点击对应数据库查看信息目录，每一条信息与其它数据库相关信息链接关键词和词组为基础的数据库检索第8页检索方法（2）：选择数据库检索

NCBI主页选择数据库，输入关键词检索到信息目录，每一条信息与其它数据库相关信息链接查看信息内容

关键词和词组为基础的数据库检索第9页选择数据库后，可选择在这一数据库中检索内容、时间范围、分子类型、基因位点等

检索到信息目录

点击“Limits”修改检索时间范围点击“Search”检索选择时间范围内数据关键词和词组为基础的数据库检索第10页分子量检索

检索一个分子量为蛋白质，输入“[MOLWT]”，结果目录，详细内容

与其它检索词相结合，如检索人类分子量为蛋白质，输入“[MOLWT]AND“human”[ORGN]”其它专一检索

关键词[栏目缩写或全名]，如“[MOLWT]或[molecularweight]检索在“Keywords”栏目中出现“kinase”蛋白质数据，输入“kinase[Keyword]”，结果目录

关键词和词组为基础的数据库检索第11页范围检索

检索分子量在－之间蛋白质，输入“:[MolecularWeight]”，结果详细内容

检索核苷酸长短在3000－4000之间DNA，输入“3000:4000[SLEN]”，结果目录

检索注册号在AF123456－AF123478之间核苷酸数据，输入AF123456:AF123478[Accessionnumber]，结果目录

关键词和词组为基础的数据库检索第12页怎样获取外文文件全文不论是本科生毕业、硕士开题、还是工作中搜集最新一手资料，都需要查看文件，当然也少不了外文文件。怎样获取外文文件全文呢？Entrez检索体系(humanimmunodeficiencyvirus,HIV)Google学术搜索其它数据库检索（SCI、SpringerLINK、WileyInterScienceetc.）关键词和词组为基础的数据库检索第13页2.SRS(SequenceReterievalSystem)SRS（http://srs.ebi.ac.uk/）是一个开放数据库查询系统，不一样SRS系统（版本）能够依据需要安装不一样数据库EuropeanBioinformaticsInstitute(EBI)检索体系

优点：检索面宽缺点：操作复杂关键词和词组为基础的数据库检索第14页16大类274个数据库与SRS体系相连Literature,BibliographyandReferencedatabases(9)GeneDictionariesandOntologies(7)Nucleotidesequencedatabase(32)Nucleotiderelateddatabases(8)UniprotUniversalProteinResource(7)Otherproteinsequencedatabases(14)Proteinfunctiondatabases(14)Proteinstructuredatabases(6)Proteininteractiondatabase(3)关键词和词组为基础的数据库检索第15页Enzymes,reactionsandmetabolicpathwaydatabases(7)MutationandSNPdatabases(1)Otherdatabases(7)Userowneddatabases(2)Applicationresultdatabases(18)EMBOSSresultdatabases(135)EMBLGDSGroupedBy(4)

16大类274个数据库与SRS体系相连（续）关键词和词组为基础的数据库检索第16页SRS基本检索规则与惯用检索规则不一样检索规则用“|”代表“OR”，用“&”代表“AND”，用“!”代表“NOT”数字和日期检索片段长度检索时用“:”代表或，用“!”代表≠；如“12:”表示12，“:12”表示12，“!12:”表示>12，“:!12”表示<12，12:15表示12而15能够识别两种日期格式：YYYYMMDD或DD-MMM-YYYY；如0619或19-Jun-关键词和词组为基础的数据库检索第17页索引检索（indexsearch）（不是全部SRS检索系统都能够进行索引检索）由数据库名、域名和检索词三部分组成，数据库和域名之间用“-”连接，域名与检索词之间用“:”（字符串检索）或“#”（范围检索）分开，如：[pir-des:elastase]表示在蛋白质数据库PIRdes（description）域搜索关键词“elastase”[swissprot-date#20010415:200220414]表示在蛋白质数据库SWISS-PROT中检索从4月15日到204月14日全部统计[{swissprotswissnewsptrembl}-des:kinase]表示在SWISS-PROT、SWISSNEW和SPtrEMBL三个数据库中des域搜索关键词“kinase”关键词和词组为基础的数据库检索第18页检索方法（1）：快速检索

操作简单，检索数据库有限适合用于目标明确检索在SRS主页(http://srs.ebi.ac.uk/)选择数据库种类，输入关键词检索到信息目录，每一条信息与其它数据库相关信息链接查看信息内容

关键词和词组为基础的数据库检索第19页检索方法（2）：深入检索

操作稍微复杂，能够检索全部数据库适合用于范围广泛检索在SRS主页点击“LibraryPage”在“LibraryPage”网页选择数据库，然后点击“QueryForm”在“QueryForm”网页输入关键词检索检索到信息目录，每一条信息与其它数据库相关信息链接关键词和词组为基础的数据库检索第20页3.DBGET(Integrateddatabaseretrievalsystem)http://www.genome.ad.jp/dbget/日本检索体系优点：与KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KEGG)database相连 操作简单缺点：检索面较SRS和Entrez窄DBGET与41个数据库相连

关键词和词组为基础的数据库检索第21页检索方法（1）

在DBGET主页（默认选择全部数据库）或选择数据库后输入关键词查看检索到信息目录

查看信息详细内容

关键词和词组为基础的数据库检索第22页检索方法（2）

在DBGET主页选择并点击一个数据库在选择数据库网页输入关键词检索查看检索到信息目录

查看信息详细内容

关键词和词组为基础的数据库检索第23页不能总是得到你所需要信息

关键词使用 retrotransposon retro-transposon数据库所包含数据多少和范围 不一样数据库包含内容有限关键词拼写错误关键词和词组为基础的数据库检索第24页4、上机操作

1.熟练掌握E