《生物信息学》课程教学大纲

《生物信息学》课程教学大纲课程编号：0235212课程名称：生物信息学总学时数：28学时实验学时：0学时先修课及后续课：先修课有《普通生物学》、《生物化学》、《微生物学》、《细胞生物学》、《遗传学》、《基因工程》、《分子生物学》。一、说明部分1、课程性质生物信息学是生物工程专业的选修课程，适宜于已有生物化学和分子生物学基础的学2、教学目标及意义互交流医学知识必不可少的现代工具和技术手段。3、教学内容及教学要求术方法，特别是分子生物学中常用的关键技术及常用软件。4、教学重点、难点列的一般分析。源，开拓视野；培养对生物工程专业课程研究的兴趣。5、教学方法与手段问题的能力。6、教材及主要参考书教材：《基础生物信息学及应用》，清华大学出版社，蒋彦等编。参考书目：《生物信息学网络资源与应用ft大学出版社，黄韧等编。《生物信息学手册》第2版，上海科学技术出版社，郝柏林等编。《生物信息学方法与实践》，科学出版社，张成岗、贺福初等编。《生物信息学概论》，北京大学出版社，罗静初等译。《Bioinformatics:sequenceandgenomeanalysis》影印本，科学出版社,DavidW.Mount.二、正文部分第一章绪论（2课时）教学要求：本章重点掌握生物信息学定义、生物信息学研究的基本内容，难点生物信息学的应用。第一节生物信息学的诞生和发展本节要求了解生物信息学的诞生和发展(考核概率10%)，掌握生物信息学定义(考核概率60%)。什么是生物信息学生物信息学的诞生和发展第二节生物信息学研究的基本内容、任务本节要求了解生物信息学的任务(考核概率10%)，理解生物信息学研究的基本内容(考核概率30%)。生物信息学研究的基本内容生物信息学的任务第三节生物信息学的应用和意义本节要求了解生物信息学的意义(考核概率10%)，理解生物信息学的应用(考核概率30%)。生物信息学的应用生物信息学的意义第二章主要生物信息学数据库及数据库查询（6课时）教学要求：本章重点生物信息学门户网站、常用的生物信息学数据库及其查询系统EntrezSRS，难点生物信息学数据库查询系统EntrezSRS第一节生物信息学门户网站本节要求了解CBI(考核概率10%)，理解EBI(考核概率**%)，掌握NCBI(考核概率30%)第二节常用的生物信息学数据库本节要求了解DDBJEMBLPIRGenBankSwiss-ProtTrEMBL、PDF60%)。核酸数据库蛋白质数据库第三节数据库查询Entrez查询系统SRS60%)。数据库查询系统Entrez数据库查询系统SRS第四节序列提交本节要求了解序列提交(考核概率10%)第三章序列相似性搜索、多序列比对和进化树分析（6课时）教学要求：本章重点序列相似性搜索，难点序列的BLAST分析、多序列比对、进化树分析。第一节序列相似性搜索BLAST30%)，掌握相似性和同源性、序列的BLAST60%)。相似性和同源性序列相似性搜索的任务和目的序列的BLAST专门的BLAST第二节多序列比对本节要求了解序列比对程序GenedoClustalXlignX**%W30%)。序列比对程序Genedoc序列比对程序ClustalX序列比对程序ClustalW序列比对程序lignX第三节进化树分析本节要求了解进化树的构建方法和常用的进化树分析软件(考核概率10%)，理解进化树的应用(考核概率30%)，掌握进化树的概念(考核概率60%)。进化树的概念进化树的构建方法常用的进化树分析软件进化树的应用第四章序列的一般分析（8课时）教学要求：本章重点核酸序列的一般分析、蛋白质序列的一般分析，难点核酸序列的一般分析、蛋白质序列的一般分析。第一节序列格式转化本节要求理解序列格式转换软件(考核概率30%)，掌握常见序列格式(考核概率60%)。常见序列格式序列格式转换软件第二节核酸序列的一般分析10%ORFRNA30%30%)。ORF限制性内切酶分析引物设计RNA第三节蛋白质序列的一般分析本节要求了解蛋白质的亚细胞定位(考核概率10%)，理解膜蛋白的跨膜区预测、蛋白质序列的二级结构预测、蛋白质序列的三级结构预测(考核概率30%)，掌握氨基酸的理化性质分析(考核概率60%)。氨基酸的理化性质分析蛋白质的亚细胞定位膜蛋白的跨膜区预测蛋白质序列的二级结构预测蛋白质序列的三级结构预测第五章生物信息学在人类基因组研究计划中的应用及蛋白质组信息学（4课时）教学要求：本章重点在人类基因组研究计划中生物信息学主要研究内容、蛋白质组信息学，难点在人类基因组研究计划中生物信息学主要研究内容、蛋白质组信息学。第一节生物信息学在人类基因组研究计划中的应用本节要求了解生物信息学在人类基因组研究计划中的发展趋势、生物信息学的发展展望(考核概率10%)，理解当前主要研究内容(考核概率30%)。当前主要研究内容生物信息学在人类基因组研究计划中的发展趋势第二节蛋白质组信息学本节要求了解蛋白质组学简介、蛋白质组信息学相关资源(考核概率10%)，理解蛋白质组分析的内容和方法(考核概率30%)，掌握蛋白质组信息学(考核概率60%)。蛋白质组学简介蛋白质组信息学蛋白质组分析的内容和方法蛋白质组信息学相关资源第六章文献检索（2课时）教学要求：本章重点国内外有关生物信息学文献的查找，难点国内外有关生物信息学文献的查找