关键词和词组为基础的数据库检索

第三章

关键词为基础的数据库检索

本章主要内容：基本概念Entrez检索方法SRS检索方法DBGET检索方法本章重点难点：以关键词为基础的数据检索的基本方法、原理(重点掌握Entrez检索方法)检索数据库的方法用关键词或词组进行数据库检索

(Text-baseddatabasesearching)用核苷酸或蛋白质序列进行数据库检索

(Sequence-baseddatabasesearching)

关键词

名词、描述性词、词组序列注册号(Accessionnumber)

检索体系

EntrezSequenceRetrievalSystem(序列检索系统，SRS)Integrateddatabaseretrievalsystem(DBGET)检索须知（1）

连接词AND,OR,NOT riceANDenzyme riceANDenzymeNOTkinase retrotransposonORretroelement

用引号将两个单词组成一个词组“diseaseresistance”diseaseresistance=diseaseANDresistance

检索须知（2）

wildcard“*”放在单词后使检索范围扩大，但专一性降低Wan*=所有以Wan开头的单词enzyme*=enzyme+enzymes

1.Entrez/Entrez/NCBI的检索体系优点：三种检索体系中最容易操作的体系

缺点：检索范围有限

8大类44个与Entreze体系相连的数据库

“NucleotideSequences”databases(15)“ProteinSequences”databses(4)“Structures”databases(5)“Genes”databases(4)“GeneExpression”databases(4)“Taxonomy”databases(2)“Genomes”databases(6)“Literature”databases(4)Entrez主页/Entrez/Entrez系统中部分数据库之间的连接

检索方法（1）：数据库之间检索

NCBI主页或Entrez主页输入关键词各个数据库中检索到的信息数量

点击相应数据库查看信息目录，每一条信息与其它数据库的相关信息链接检索方法（2）：选择数据库检索

NCBI主页选择数据库，输入关键词检索到的信息目录，每一条信息与其它数据库的相关信息链接查看信息内容

选择数据库后，可选择在这一数据库中的检索内容、时间范围、分子类型、基因位点等

检索到的信息目录

点击“Limits”修改检索时间范围点击“Search”检索选择时间范围内的数据分子量检索

检索一个分子量为2002的蛋白质，输入“2002[MOLWT]”，结果目录，详细内容

与其他检索词相结合，如检索人类分子量为2002的蛋白质，输入“2002[MOLWT]AND“human”[ORGN]”其他专一检索

关键词[栏目缩写或全名]，如“2002[MOLWT]或2002[molecularweight]检索在“Keywords”栏目中出现“kinase”的蛋白质数据，输入“kinase[Keyword]”，结果目录

范围检索

检索分子量在2002－2009之间的蛋白质，输入“2002:2009[MolecularWeight]”，结果的详细内容

检索核苷酸长短在3000－4000之间的DNA，输入“3000:4000[SLEN]”，结果目录

检索注册号在AF123456－AF123478之间的核苷酸数据，输入AF123456:AF123478[Accessionnumber]，结果目录

如何获取外文文献全文不管是本科生毕业、研究生开题、还是工作中收集最新的一手资料，都需要查看文献，当然也少不了外文文献。如何获取外文文献的全文呢？Entrez检索体系(humanimmunodeficiencyvirus,HIV)Google学术搜索其它数据库检索（SCI、SpringerLINK、WileyInterScienceetc.）2.SRS(SequenceReterievalSystem)SRS（http://srs.ebi.ac.uk/）是一个开放的数据库查询系统，不同的SRS系统（版本）可以根据需要安装不同的数据库EuropeanBioinformaticsInstitute(EBI)的检索体系

优点：检索面宽缺点：操作复杂16大类274个数据库与SRS体系相连Literature,BibliographyandReferencedatabases(9)GeneDictionariesandOntologies(7)Nucleotidesequencedatabase(32)Nucleotiderelateddatabases(8)UniprotUniversalProteinResource(7)Otherproteinsequencedatabases(14)Proteinfunctiondatabases(14)Proteinstructuredatabases(6)Proteininteractiondatabase(3)Enzymes,reactionsandmetabolicpathwaydatabases(7)MutationandSNPdatabases(1)Otherdatabases(7)Userowneddatabases(2)Applicationresultdatabases(18)EMBOSSresultdatabases(135)EMBLGDSGroupedBy(4)

16大类274个数据库与SRS体系相连（续）SRS基本检索规则与常用检索规则不同的检索规则用“|”代表“OR”，用“&”代表“AND”，用“!”代表“NOT”数字和日期检索片段长度检索时用“:”代表或，用“!”代表≠；如“12:”表示12，“:12”表示12，“!12:”表示>12，“:!12”表示<12，12:15表示12而15可以识别两种日期格式：YYYYMMDD或DD-MMM-YYYY；如20020619或19-Jun-2002索引检索（indexsearch）（不是所有SRS检索系统都可以进行索引检索）由数据库名、域名和检索词三部分组成，数据库和域名之间用“-”连接，域名与检索词之间用“:”（字符串检索）或“#”（范围检索）分开，如：[pir-des:elastase]表示在蛋白质数据库PIR的des（description）域搜索关键词“elastase”[swissprot-date#20010415:200220414]表示在蛋白质数据库SWISS-PROT中检索从2001年4月15日到2002年4月14日的所有记录[{swissprotswissnewsptrembl}-des:kinase]表示在SWISS-PROT、SWISSNEW和SPtrEMBL三个数据库中的des域搜索关键词“kinase”检索方法（1）：快速检索

操作简单，检索数据库有限适用于目标明确的检索在SRS主页(http://srs.ebi.ac.uk/)选择数据库种类，输入关键词检索到的信息目录，每一条信息与其它数据库的相关信息链接查看信息内容

检索方法（2）：深入检索

操作稍微复杂，可以检索所有数据库适用于范围广泛的检索在SRS主页点击“LibraryPage”在“LibraryPage”网页选择数据库，然后点击“QueryForm”在“QueryForm”网页输入关键词检索检索到的信息目录，每一条信息与其它数据库的相关信息链接3.DBGET(Integrateddatabaseretrievalsystem)http://www.genome.ad.jp/dbget/日本的检索体系优点：与KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KEGG)database相连 操作简单缺点：检索面较SRS和Entrez窄DBGET与41个数据库相连

检索方法（1）

在DBGET主页（默认选择所有数据库）或选择数据库后输入关键词查看检索到的信息目录

查看信息详细内容

检索方法（2）

在DBGET主页选择并点击一个数据库在选择的数据库网页输入关键词检索查看检索到的信息目录

查看信息详细内容

不能总是得到你所需要的信息

关键词的使用 retrotransposon retro-transposon数据库所包含数据的多少和范围 不同的数据库包含内容有限关键词的拼写错误4