系统生物学软件试题

1、1.Which option is wrong about CytoScape(C)Open source Java baseddealing with specific simple networksintegrating networks with annotations2.GEO数据库创建于2000年，是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源,它包含（A）多个物种160016016000163.以下能反应节点在网络中重要性的是（C） A聚类系数 B 节点的度 C 介数 D 与该点连接的边中割边的数目4.MCODE插件的主要用途（A） A寻找识别显著的model模块 B寻找差异表达基因 C

2、进行功能富集 D对数据进行分析5.下面关于网络的说法不正确的是（B） A介数高的点表明该点是枢纽点 B.一个hub，度高则介数越高 C聚类系数反映了网络连接的紧密性D.hub节点分为date和party两种6.下列选项中不属于EXPANDER软件提供的聚类方法的是（D）A.CLICKB.K-meanC.SOMD.principal component analysis(PCA) 7.共改变的功能模块中起主导作用的基因是（A）driver gene Passage geneA+B以上选项都不是8.通过下列哪个选项可以进行层次聚类（C）AUnsupervised Grouping Clusteri

3、ng CLICKBGroup Analysis Functional Analysis TANGOCUnsupervised Grouping Hierarchical Clustering ClusterDGroup Analysis Promoter Analysis PRIMA9.下列哪个不是Cytoscape的插件（D）ANetwork analysisBMCODE CBinGODTANGO10.下列哪个不是常用筛选差异表达基因的方法（B）倍数法（ fold change）PCA（principal component analysis）CT检验（T-test）DSAM（signifi

4、cance analysis of microarrays）11.下面哪个不是筛选差异表达基因的分析软件（A）AMOE B R (Bioconductor)C Array toolD EXPANDER12.GEO数据库中，存储探针ID与其对应的Symbol以及GeneID等，是数据库中的哪种记录种类（B）A GSM B GPL C GSE D GDS13.下列数据库不属于常见的芯片数据库的是（C）A、GEO B、EBI C、GAD D、SMD14.下列不是芯片数据预处理步骤的是(D)A 背景校正 B 标准化 C 合并 D 筛选差异基因15下面哪个网络是无向网络：（A）A 蛋白质互作网络B信号网

5、络C代谢网络D共表达网络 16.以下哪步不是芯片数据的分析流程：（D）A 图像分析和数据提取B 数据预处理C后续芯片数据分析D 标准化17.下面哪个不是cytoscape的特点：（D）A开源B可视化C整合D 收费18.以下哪个缩写的解释是错误的：(D )GO：富集分析B .BP：生物过程C .MF：分子功能D. CC：共阻系数19.以下不是Expender当中筛选探针数据所需要的方法（D）AT-test B.SAM C.Fold Change D.PCA20.Cytoscape中TANGO的功能是（C）AmicroRNA靶富集 B.启动子分析 C.功能分析 D.网络分析21. Cytoscap

6、e中用于通路富集分析的工具是（B）A.TANGO B.KEGG C. MCODE DBinGO22.Cytoscape可以通过（C）进行扩展开发其功能。A Addins B Appoint C Plugin DEditer23.下列数据格式中，Cytoscape可以读取的不包括（ D ）ASIF B. SBML C. Excel D.AIF24.下列哪一个不是GEO将研究者递交的数据分成三个等级的实体类型（D）A GPL B GSM C GSE D GSS25.在Cytoscape中，哪个不是创建网络的方法（ D ）A 导入预设的格式化网络文件B 导入预设的未格式化的文本文件C 从 Web S

7、ervice 中导入网络D 导入预设的未格式化的word文件 26.欲将癌基因网络划分模块，我们应该使用如下哪个插件（B ）A Network analysis B MCODEC BiNGO D Network Modifications27. BiNGO插件主要有什么功能（A）A 功能富集分析 B 数据标准化C 筛选差异基因 D 数据预处理28.下列哪一项不是做功能富集的（D）下载GO数据 B.处理数据C.广义/狭义的注释 D.不用做预处理29.Network Analysis of Genomic Alteration Profiles Reveals Co-altered Functio

8、nal Modules and Driver Genes for Glioblastoma.这篇文献的工作步骤的顺序为：（D）(1) 搜索共突变模块对（2）提取有改变的基因（3）寻找人类互作网络（4）共改变模块对打分A（1）（2）（3）（4） B（2）（3）（4）（1） C（4）（3）（2）（1） D（3）（2）（4）（1）30.GEO数据库中，“GPL”代表的是（C）A系列 B 样本C 平台D 数据集 31.EXPANDER这个软件的分析步骤包括（D）（1）数据的预处理和标准化（2）识别差异表达基因（3）聚类和双向聚类（4）富集分析（5）表达数据基于网络的分析A（1）（2）（3）B（1）（2

9、）（3）（4）C（1）（3）（4）（5）D（1）（2）（3）（4）（5）32.SAM筛选差异表达基因的方法比T检验更为可靠。因为（A）A在d统计量中引入残差Se，使假阳性降低B在d统计量中引入方差Si，使假阳性降低C对于d统计量，均值相减所的差值放大倍数，而分母不变D对于d统计量，分母缩小，分子不变。33.MCODE插件的主要用途（A）A寻找识别显著的model模块B寻找差异表达基因C进行功能富集D对数据进行分析34.下列选项不属于EXPANDER可做的富集分析的是（D）AGO功能富集 B 启动子区域的TF结合位点分析C KEGG通路富集D 离子富集35.以下说法错误的是（D）A一个样本可以在

10、多个系列中B一个系列可以引用多个平台C一个数据集只引用一个平台D一个系列只可以形成一个数据集36.现版本的Arraytools中对单通道数据标准化的方法有几种（A）A 3 B 4 C 5 D 637.为了使用ArrayTools的功能，必须把Excel的安全级别设置为(B)A低 B 中或低 C 高或中 D 不用设置38.下面比较Spotted cDNA arrays和Affymetrix arrays那个不是Affymetrix arrays的特点（C）A 1 target sample / arrayB Probes are 25-mersC 2 target samples / array

11、D 11-20 probe pairs / gene39.用Arraytools数据预处理一下那个操作一定不要（D）A NormalizationB Gene filterC Gene subsetsD Network built40.GEO不能提供哪些数据下载（B）A 原始数据.cel文件B 相关文献全文 C Senes Matrix FileD SOFT formatted family file41.CH2I_MEAN的含义是（C）A前景通道的中值B背景通道的中值C前景通道的均值D背景通道的均值42.利用Median方法进行标准化的时候，认为样本间的差异来自于哪种分布（A）A随机分布B超

12、几何分布C正态分布D二项分布43.以下哪个功能不能用ArrayTools实现（D）A.基因注释 B.标准化 C.层次聚类D.TF结合位点分析44.以下四个对Affymetrix芯片的描述中，哪个是错误的（C）A. Affymetrix芯片是单通道芯片B. Affymetrix芯片特有 PM-MM探针设计C. Affymetrix芯片的探针长度大于100bpD. Affymetrix芯片只有前景信号45.Arraytools对芯片数据进行标准化时，以下哪个标准化方法不能选择（A）A. z-scoreB.GCRMNAC.MAS5.0D. JustRMA46.Arraytools将芯片的信息整合到一

13、起分析，以下哪个不属于整合的范畴（B）A.表达谱数据B.蛋白质网络C.实验描述D.基因标识47.GEO芯片数据中 CH1B_MEDIAN表示的是（D）A 前景信号的均值 B 背景信号的均值 C 前景信号的中值 D 背景信号的中值48.芯片数据处理中，我们一般用的Unique ID是（A） A Clone ID B Gene Symbol C Cluster ID D NAME49. arraytools利用参考序列基因标准化时，是将所有的值减去（B） A 均值 B 中值 C 最大值 D 最小值 50.下面关于表达谱数据分析叙述错误的是（D） A.可用来识别差异表达基因 B.需分析那个差异表达是

14、显著的 C.基因数目一般很大 D.由表达谱得到的数据一般是没有噪声的51.用SAM分析时，当有更多的数据要求时，会产生什么情况（A） A、实验很“昂贵” B、实验很“便宜” C、很容易做出 D、无法做出52.系统生物学所需数据一般在哪些数据库中得到（D）A、GEO B、NCBI C、SMD D、以上均可53.SAM应用下面哪个标准进行评估(C) A.TNR B.TPR C.FDR D.FNR54.下面哪些问题不是SAM能够解决的问题(C) A.确定差异表达的基因B.确定哪些改变是显著的C.能够接受普通数据分布D.处理数量较大的基因55.SAM计算统计函数d(i)时在分母上增加一个量s0的原因（

15、D）？ A.因为s(i)值太小，当表达水平低时d(i)值会很高 B.d(i)的分布应该和基因表达水平及s(i)独立 C.添加s0是为了使d(i)的相关系数可以作为s(i)的函数 D.以上都是56.SAM中Permutation的个数至少是（B）时差异基因个数基本可以稳定下来？ A.100 B.500 C.1000 D.150057.基因集比较工具分析基因集在预定义分类中的差异表达情况，哪个不能用来表示哪些基因集比随机期望包含有更多的差异表达基因。 C A Gene Ontology分类、B Biocarta通路 C protein通路 D 用户自定义58.连接聚类簇中哪一种以其提供了以上两种方

16、案里优缺点的折衷而使用的比较多 C A完全连接 B单一连接 C平均连接59.表达谱上基因/样本间的相似度或者距离依次进行嵌套融合，并以“_”的形式呈现 C A 柱状图 B有向无环图 C系统树图 D盒装图60.which method does not assume normal distribution of the data B A FDR B SAM C FWER D CYTOSCAPE61.if we want to set a higher threshold, we shoud choose _ B A FDR B FWER C SAM D CYTOSCAPE62.散点图绘制时，代表

17、基因的数据点会排列在_度对角线上 B A 30 B 45 C 60 D 9063.差异表达的基因会落在异常界线外，该界线可由用户通过指定两类间表达量几何均数的倍数_来生成 BA 和 B差 C乘 D除1.ArrayTools的基本功能：1.导入数据，多维数据的预处理；2.基因注释；3.可视化；4.过滤、标准化；5.基因的聚类分析、差异基因筛选；6.层次聚类分析实验；7.生存分析；8.阵列组之间类的比较；9.微阵列的意义分析2.SAM算法流程： _ _1.用d(i)统计量对真实差异基因差异程度进行排序；d(i)=XI(i)-XU(i)此结果为均值/S(i)+/-方差+So；2.划定一个阈值FDR：

18、随即重排样本标签，得到随机情况下的样本排序，在实际情况下划定一个阈值，看随机情况中是否有通过的差异基因，若有通过的，则假阳性率为：随机通过阈值的基因数/ 真实样本通过阈值数。若FDR阈值控制的过于严格（阈值比较大），则可能会过滤掉一些真实的差异基因。这样，由FDR可以给出具体有多少比例为假阳性的结果。3.单双通道的差异：单通道是以Affimetrix公司基因芯片为代表，长度固定，为25bp，用PM和MM做比对出结果；双通道的是cDNA微阵列，实验的（癌症）是红光信号cy5，对照的（正常）是绿光信号cy3，长度通常在200-800之间；Cytoscape功能：1，支持分子网络和通路的可视化2，提供强大的图形布局工具3，可对网络进行过滤和修剪3，可同时组织多个网络，4，可对大型网络进行操作5，可整合基因表达谱、基因注释等数据6，可安装插件扩展其功能Cytoscape原理（Cytoscape拥有很多功能，不知道原理的题会怎么出）：MCODE：PPI网络的聚出来的类别可表示蛋白质复合物、蛋白质家族、通路，MCODE利用聚类系数挖取模块。BinGO：利用GO对cytoscape可视化的网络EXPANDER的功能：1，原始数据的预处理（RMA）2，标准化3，过滤