Gaussview软件使用手册

1、Gaussview 软件使用手册GaussView GaussView /后端的模式来协助高斯GaussView 为高斯用户提供了三种主要的便利。首先,GaussView PDB .第二，GaussView 使得建立多种形式的高斯计算变得容易。它使得准备为普通工作模式以及如 ONIOM， QST2/OST3 （PBC)GaussView 来进行工作。最后，GaussView 使得用户可以通过多种的图形技巧来检验高斯计算的结果.高斯的计算结果中可以用图形来表示的有下列几种:;分子轨道任何估算密度的电子密度表面；静电潜在表面；原子价；与振动频率相符的一般模型；IR，Raman,NMR，VCD以及其

2、他的频谱；结构优化，IRC ,能级表面的扫描以及ADMP 和BOMD;这本书为所有的GaussView .将项目按照一般目.为了找出用户感兴趣的特殊信息，可以通过索引来打开有关主题或者是 特殊的对话框。颜色收集以及对话在索引中的主题菜单下（下面直接中英语）菜单项目通过菜单=项目的格式显示出来。按钮在索引中显示为“名称按钮（从图1 开始）显示了一系列的按钮名称，菜单途径等价于按钮和键盘的快捷键.在多种 GaussView 结构的基于指导的帮助包含在了网上帮助中。在主帮助窗口中选择指导主题来打开他们。GaussView 指导基础分子创建分子创建的例子和策略下面举例说明怎样利用 GaussView

3、来创建分子。创建维生素分子:利用不典型的原子下面是一个使用 GaussView 创建维生素分子的例子：ViewFileNew的选项来创建一个新的文件；BuilderRings；Active Fragment button上面点击。在环碎片中选择苯。View窗口。点击一下演示苯。BuilderElement选项，在氮上点击。Active .在 View 更加容易。在创建窗口中点击Delete Atom键.在View窗口上，通过点击该键删除与氮相连的氢。Builder 窗口上点击Rebond 按钮，然后点击Clean 按钮.创建芳环维生素:在环之间设置角度下面的例子展示了怎样在已存在的文件上创建芳

4、环维生素.在这个例子中，以维生素为基础来创建。1、 你可以接着上述例子来做，创建维生素；2、 在 Builder 窗口上点击Rings 按钮.确保芳环已经被选中;3、 在View 窗口上点击氮原子对面碳原子上的氢原子.另一个环就在屏幕上显示了出来; 4、 在 Builder 窗口上选择Dihedral 按钮。确保Move Group 被标记；5、 选择两环之间的原子，如下所示:更改角度6、 移动光标来是的各环所处的平面相互垂直（或者是在文本框中输入 90。0);7、 点击Ok 按钮；芳环维生素现在完成了。创建五价铁原子：在指定的项目上选择最好的构型下面是创建五价铁原子的一个例子1、 打开一个新

5、的模型。选择铁分子然后选择双锥形的铁的构型:2CN CO 基团是因为其是线形的。3、 将氮原子转换成氧原子(选择氧元素之后再是自由电子模板现在分子已经完成了。创建初级紫染:悬挂结构下面是一个展示怎样在GaussView 上面创建一个初级紫染的 6，6dibromoindigo：1、 创创建一个新文件；2Builder 5 6 元碳环（在左侧中的插图中View 段;3、 在五元环中，点击合适的氧原子来将其换成氢原子；4、 将与氧原子相对的碳原子改变成氮原子；5、 将六圆环（在氮原子同一侧的）中的最外层碳原子上的氢原子改成在相同形式的溴原子;6、 在 Builder 窗口上点击Clean 按钮.不

6、要重新成键。然后保存文件；7、 在View 窗口上展示刚刚保存的文档；8、 旋转和移动另一个环是的两个碳原子近到足够成键，同时使得两结构方向合适；注意：如果只是要两个结构中的一个，在按住 Alt 一个窗口同样也是很有用处的。在View 菜单上通过Add View 选项来创建。9、 将两个成键碳原子上的氢原子删除；10、在Builder 窗口上选择Bond 来创建一个11、点击Clean；分子结构完成。取代两种结构：创建二氯化二苯下面的例子给出了一种包含取代结构的分子结构。1、 创建一个新的View 窗口，然后在上面放置一个苯环.将其中的一个碳原子换成氯原子。重复该过程创建另一个氯代苯环。2使得

7、氯原子处于另一换的相反位置。用户可以通过按住 Alt 键同时按下鼠标左键拖动来完成该过程：3、 将环放置使得它们重叠同时碳原子的成键位置正确;4、 删除重叠部位的氢原子同时移动键；5、 在两个碳原子之间创建一个键，完成分子结构： 分子结构完成。ONIOM 例子在一个小的缩氨酸链中的ONIOM 层上分配原子注意:这个例子是为了更好的说明而不是为了精确1、 创建一个包含以下氨基酸的缩氨酸链：PheAlaGly;选择氨基末端的 Phenylalanine，中心 Fragment 的Alanine 以及有羰基末端的甘氨酸。2、在Edit菜单上选择Assign LayeSelect AlLow.结构大致

8、如下:点击Apply3Ala 中的原子，在 Phe Ala 点击Expand Selection （两到三倍添加少量原子通常比.点击。在下列添加附加的原子(选择然后点击 Apply）直到结构正确是十分必要的.根据需要利用中间的鼠标键来给选项添加原子，然后点击 Apply 来固定结构,根据需要重复操作.下图中中间层轨道的原子以棍状出现, 底层则以线状出现：4:Ala 上所有包括与之相连的重原子在内的所有原子。点击Ala Using 场转换成Distance。在Expand .结果如下：点击Apply.然后结果如下:已完成的ONIOM 分配的原子点击刚才放置到高层的氢原子然后将其移动（放置）至中间

9、层。点击Close。原子层的分配完成。运行一个工作该例子使用了创建的分子，层在创建程序中最终的例子上被定义,然后接着以下步骤来。、在Calculate 菜单中选择Gaussian。、点击Multilayer ONIOM Model.三种选项(High，Medium 和 Low）出现在了Method 系列中，从这些选项中用户可以分别选择作用于不同层原子的方法。、点击High 选项，然后选择RHF/6-31G 工作.、点击Medium 选项，然后选择受限制的AM1 工作。、点击Low 选项具体说明一种在使用Amber force 区域的原子结构计算方法。、下列的结构(高斯ONIOM 工作的运行例子

10、）显示了在正常运行状态的着三种选项（一个重叠着一个）:这些运行的区域在工作的route section 显示：# ONIOM=（RHF/6-31G:RAM1：Amber)用户现在可以继续填写剩下的文本框,然后工作就可以准备好保存并运行了。创建周期性的结构周期性束缚状态（PBC）指示 1通过乙烯创建一个经过多元炔的聚合体PBC/1DRGroup Select R-Group vinyl” 按钮来创建乙烯基（乙烯（当前的结构。在视图窗口中的任意空白位置点击来创建一个乙烯分子。点击“Center“工具箱按钮来使得视图窗口以该分子为中心。在住窗口中的“View 5 来创建一个穿过丁烷基的分子”来显示分子的PBC 对话框。在PBC Lattice Dimensions在PBC （0。在PBC Cel”选项上，用鼠标在Viewa(（0）使得a 胞的替代。在View 窗口中，点击原子 7。在PBC对话框的CellTrim Delete All Atoms Outside 。在PBC ”Cell选项上点击“Center Contents”按钮。这样，我们就为穿越多乙炔的聚合体的PBC/1D 模型定义了一个初始合成胞体。在 PBC ”Cell Replicati