9.第九章如何从已知靶基因预测与其相互作用的miRNAs

1、如何从已知靶基因预测与其相互作用的miRNAs主讲人：唐婷婷什么是miRNAs miRNAs（MicroRNAs）是一种2025个核苷酸长度的单链小分子RNA，不具有编码功能。它广泛存在于植物、病毒、哺乳动物当中。 成熟的miRNAs是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生，随后组装进RNA诱导的沉默复合体，通过碱基互补配对的方式识别靶mRNA，并根据互补程度的不同指导沉默复合体降解mRNA或者阻遏mRNA的翻译。 本章以大鼠脑源性神经营养因子（brain-derived neurotrophic factor,BDNF）为例，详细讲述如何从已知mRNA预测与其相互作用的miRNA

2、s。预测主要涉及几个常用的生物信息学预测网站，如TargetScan，miRanda，miRDB和miRwalk等。本章将一一叙述上述网站的使用以及人工交集方法。第一节 用TargetScan预测调控mRNA的miRNAs首先在搜索栏输入 http:/进入 主页。 随后选择预测的物种 (图 )，在 栏中输入需要预测的基因名 (图 )并点击。随后可看到与其有可能互补的 及其 序列的保守性(图 3)，之后下拉页面(图 4)，此时，可根据第五章方法进行 的筛选。第一节 用TargetScan预测调控mRNA的miRNAs图 1第一节 用TargetScan预测调控mRNA的miRNAs图 2第一节

3、用TargetScan预测调控mRNA的miRNAs图 3第一节 用TargetScan预测调控mRNA的miRNAs图 4第二节 用miRanda预测调控mRNA的miRNAs首先输入 /microrna/getGeneForm.do进入主页。随后在 中输入基因名 ,并选择相应物种,点击 。（图5）随之选择你所需的 。（图6）根据需要选择靶基因与 的分数（图7），随后可见不同 与预测靶基因可见的结合位点根据需要记录下所需研究的 （图8）第二节 用miRanda预测调控mRNA的miRNAs图 5第二节 用miRanda预测调控mRNA的miRNAs图 6第二节 用miRanda预测调控mRN

4、A的miRNAs图 7第二节 用miRanda预测调控mRNA的miRNAs图 8第三节 用miRDB预测调控mRNA的miRNAs首先输入 :/ / / / 进入主页。选择靶基因的种属，并输入靶基因的名称 (图 9)并点击 之后则会出现网站预测到的 列表(图 10）点击 便可看到此 与 更多信息(图 11）第三节 用miRDB预测调控mRNA的miRNAs图 9第三节 用miRDB预测调控mRNA的miRNAs图 10第三节 用miRDB预测调控mRNA的miRNAs图 11第三节 用miRDB预测调控mRNA的miRNAs图 12第四节 用miRwalk预测调控mRNA的miRNAs首先输

5、入 :/ / .-./ / / / . 进入主页点击 下拉菜单中的 (图 12)选择种属，并在 中输入需要预测的靶基因()如图（13）所示勾选选项，点击 之后便出现与 相关的 的列表(图 14)，下拉后可见一个彩色表格，为其他预测网站预测结果的交集(图 15)。图 13第四节 用miRwalk预测调控mRNA的miRNAs第四节 用miRwalk预测调控mRNA的miRNAs图 14第四节 用miRwalk预测调控mRNA的miRNAs图 15第四节 用miRwalk预测调控mRNA的miRNAs图 16第五节 根据需要建立各网站预测结果交集 将各网站预测 的 复制到 表格中，并利用查找功能进行比对查找并进行标记(本章以 与 的交集为例（图 和图 )后根据结果运用 进行结果展示，即 检索到与 相关 有 个 检索到的结果有 个，它们之间的交集有 个，分别为 、 、 、 、 、 、 、(图 )。第五节 根据需要建立各网站预测结果交集图 和图 第六节 预测中需要注意的问题() 在预测之前，首先要上 进行 的确认，随后再按照上述方法进行预测，当输入 无法进行预测时，可换成对应 进行预测。() 虽然 可以进行其他网站的链接预测但其结果较为局限，有可能因此漏掉一些重要信息，所以还是建议大家分开检索后，进行人工交集。() 每次查阅完后建议大家将