1212-江苏15个细胞转录组项目结果文件readme

1、complete_dir/结果文件说明|- 01.rawdata：（原始数据）|- Sle.total.s.xls：统计各样本原始数据 reads 数、GC 含量、Q20、Q30 的表- XX：样品目录|- XX.acgtn：各样品原始数据碱基分布|- XX.acgtn.pdf/png/svg：各样品原始数据碱基分布图|- XX.quality：各样品原始数据碱基质量值分布|- XX.quality.pdf/svg/png：各样品原始数据碱基质量值分布图- XX.s：各样品原始数据reads 数、GC 含量、Q20、Q30 等指标|- 02.alignreads_dir：比对结果|- s|-

2、s|- s|- sles.junction_align_s.xls：reads 连接片段统计表les.reads_align_detail.s.xls：详细统计les.reads_align_s.xls：reads 比对结果统计表les.region_align_s.xls：区域比对结果统计表- XX.map_s：XX 样品比对结果统计|- images_qualimapReport：比对结果|- Coverage Profile Along Genes (Total).png：Mapped Reads 在 mRNA上的位置分布的随机性检验|- Reads Genomic Origin.png

3、：Mapped Reads 在组区域的分布|- rnaseq_qc_results.txt：比对结果统计文件|- XX.insert_size.pdf/png：片段大小检验|- 03.stringtie_dir：变异结果文件|- gene_structure_s.xls：结构优化统计文件。统计结构优化的名称、ID、位置、原来区域、结构优化后的区域|- gene_structure.xls：结构优化文件|- gffcmp.annoed.gtf：结合原来和结构优化后的 gtf 文件- gffcmp.ss：结构优化前后p 分析结果文件统计文件|- 04.snp_ysi|- s|- s|- s|- s

4、les.samtools.filter.result.vcf：变异位点结果文件 les.samtools.filter.result.vcf.gene：同上，加入了所在 gene name les.samtools.filter.result.vcf.list：les.var-substitutions.0.pdf/png：snp 变异类型图- snp_var.s.xlp 变异统计表|- 05.alternative_splicing：可变剪接（针对有重复项目/无重复见结尾）|- A_vs_B：两组对比|- A3SS.MATS.JC.txt：3端差异可变剪接|- A5SS.MATS.JC.tx

5、t：5端差异可变剪接|- fromGTF.A3SS.txt：由 GTF 和 RNA 衍生的所有可能的 3端选择性剪接事件|- fromGTF.A5SS.txt：由 GTF 和 RNA 衍生的所有可能的 5端选择性剪接事件|- fromGTF.MXE.txt：由 GTF 和 RNA 衍生的所有可能的互斥外显子事件|- fromGTF.RI.txt：由 GTF 和 RNA 衍生的所有可能的内含子保留事件|- fromGTF.SE.txt：由 GTF 和 RNA 衍生的所有可能的外显子跳跃事件|- MXE.MATS.JC.txt：互斥外显子差异可变剪接|- RI.MATS.JC.txt：内含子保留差

6、异可变剪接|- SE.MATS.JC.txt：外显子去除段差异可变剪接|- 06.expres_dir：表达分析|- all.gene_fpkm_s|- all.gene_fpkm.xls：le_cor.pdf/png/svg：样品表达量和相关性图表达量统计文件|- all.gene_fpkm.xls.minCol10.minR品间主成分分析图ponents.pdf/png：样|- all.gene_fpkm.xls.minCol10.minRow10.s件le_cor.dat：样品间相关性系数文|- all.gene_fpkm.xls.minCol10.minRow10.spearson 相

7、关性分析图le_cor_matrix.pdf/png：样品间|- FPKM_Box_plot.pdf/png：各样品表达量箱线图|- FPKM_Density_plot.pdf/png：各样品表达量密度分布图|- fpkm.distribution.pdf/png：样品表达量范围分布图|- FPKM_Histogram_plot.pdf/png：各样品表达量直方图|- fpkm.s.xls：样品表达量范围统计|- FPKM_Violin_plot.pdf：各样品表达量小提琴图|- whole.gene.oreadcount.xls：count 统计文件- XX.t_d- XX.t_dtab_d

8、ir：tab：表达定量结果文件表达定量结果文件|-A_ysis：（共表达网络分析）PS：若样品量低于 12，则无此结果文件|- Cytosc|- CytoscInput.edge.txt：之间的相关性信息Input.node.txt：模块之间的相关性信息|- EigengeneDendrogramHeatmap.pdf/png：模块之间的相关性图|- GeneDendrogramColors.pdf/png：层次聚类树|- GeneIDs-all.txt：用于A 分析的所有的名称|- GeneIDs-black/grey60.txt：层次聚类图中每个模块包含的|- NetworkHeatmap

9、.pdf/png：可视化网络图信息|-df/png：权重参数的参考图A.txt：用于进行A 分析的表达量文件|- 08.deg_ysis：（差异表达分析，|log2(foldchange)|1，FDR0.05）|- anno.s|- deg.s.xls：各组之间差异表达.xls：各组之间差异表达注释结果统计上下调数目统计|- A_vs_B：两组之间进行差异分析|- A_vs_B.heatmap.pdf/png：根据异表达表达量文件所做的差异表达聚类热图|- A_vs_B.Mix/up/down_Anno上下调分别注释的结果ion：样品之间的差异表达注释以及|- A_vs_B.Mix.annoi

10、on.xls：样品之间差异表达注释结果，包括COG,KOG,KEGG,GO,NR,Pfam,Swissprot 等数据库注释结果。|- Cog_Anno：COG 数据库注释|- A_vs_B.Mix.Cog.classfy.s：差异表达COG 注释分类统计|- A_vs_B.Mix.Cog.classfy.s.pdf/png：统计分布图|- GO_s：差异表达GO 注释分类统计|- A_vs_B.Mix.GO.Biological.s：生物过程|- A_vs_B.Mix.GO.Biological.xls：生物过程|- A_vs_B.Mix.GO.Cellular.s：细胞组成|- A_vs_

11、B.Mix.GO.Cellular.xls：细胞组成|- A_vs_B.Mix.GO_enri|- A_vs_B.Mix.GO_enri|- A_vs_B.Mix.GO_enri|- A_vs_B.Mix.GO_enrient.DIFFgene.xls：富集ent.pie.pdf/png：富集结果饼图ent.rect.pdf/png：富集结果柱状图ent.s.xls：富集结果统计|- A_vs_B.Mix.GO.list.txt：某个|- A_vs_B.Mix.GO.Molecular.s注释到的 GO 号：分子功能|- A_vs_B.Mix.GO.Molecular.xls：分子功能|- A

12、_vs_B.Mix.GO.pdf/svg/png：GO 功能分类图|- Kog_Anno：Kog 数据库注释结果，结构同 Cog 数据库注释结果|- pathway：kegg 注释结果|- kegg_enrient：kegg 富集|- A_vs_B.Mix.KEGG.enrient.pdf/png：富集结果作图|- A_vs_B.Mix.KEGG.list：富集结果- A_vs_B.Mix.KEGG.Phase.pdf/png：富集结果散点图|- kegg_map：差异表达的KEGG 通路注释图|- ko00071.html- ko00071.png- kegg_s|- A_vs_B.Mix.

13、Kegg.ko：代谢通路分类|- A_vs_B.Mix.KEGG.pdf/png：分类统计图|- A_vs_B.Mix.KEGG.s|- A_vs_B.Mix.KEGG.tree.s- A_vs_B.Mix.KEGG.xls|- topGO：topGO 富集结果|- A_vs_B.Mix.topGO_BP.pdf/png：有向无环图-生物过程|- A_vs_B.Mix.topGO_BP.xls：生物过程富集结果|- A_vs_B.Mix.topGO_df/png：有向无环图细胞组成|- A_vs_B.Mix.topGO_CC.xls：细胞组成富集结果|- A_vs_B.Mix.topGO_MF

14、.pdf/png：有向无环图分子功能- A_vs_B.Mix.topGO_MF.xls：分子功能富集结果|- A_vs_B.tf_num.pdf/png：各个转录因子|- A_vs_B.tf_num.txt：统计各个转录因子包含的差异转录因子数目作图包含的差异转录因子数目|- A_vs_B.tf_sum.s.txt：差异转录因子所属及对其进行描述的详细信息|- A_vs_B.txt：各组之间的样品的差异表达表达量文件|- A_vs_B.up_Annoion：|- whole.gene.oreadcount_new.xls.A_vs_B.DESeq2.DE_results：|-whole.gen

15、e.oreadcount_new.xls.A_vs_B.DESeq2.DE_results.MA_n_Volcano.pdf：|-whole.gene.oreadcount_new.xls.A_vs_B.DESeq2.DE_results.MA.pdf/png：差异表达MA 图|- whole.gene.oreadcount_new.xls.A_vs_B.DESeq2.DE_results.sigdiff|- whole.gene.oreadcount_new.xls.A_vs_B.DESeq2.DE_results.sigdiff.xls：经过滤后差异列表文件|-whole.gene.ore

16、adcount_new.xls.A_vs_B.DESeq2.DE_results.Volcano.pdf：差异表达Volcano 图|- 09.all_gene_annoion：所有ion.xls：所有序列的 fa 文件注释结果|- All_Database_anno|- allgene.fa：所有的注释结果分类统计|- Cog：Cog 数据库注释结果|- allgene.fa.Cog_class.txt：所有COG 注释结果|- allgene.fa.Cog.cluster.s- allgene.fa.Cog.cluster.s：所有COG 注释分类统计.pdf/png：所有COG 注释分类

17、统计图|- Function_Annoion.s.xls：所有在各功能数据库的注释统计|- GO：所有的 GO 注释统计|- allgene.fa.GO.anno.txt：所有的 GO 注释统计结果|- allgene.fa.GO_enrient.detail.s.xlsx：各个 GO 二级 Term 的数目统计及信息|-|- allgene.fa.GO_enri|- allgene.fa.GO_enri|- allgene.fa.GO_enrient.pie.pdfpng/svg：GO 分类结果注释饼图ent.rect.pdf/png/svg：GO 分类结果注释柱形图ent.s.xls：各个

18、 GO 二级 Term 的数目统计|- allgene.fa.GO.pdf/png/svg：GO 注释结果分类图- allgene.fa.GO_tree.s.xls：GO 注释结果分类图的作图文件egrated_Function.annoion.xls：所有的注释结果统计|- Kegg：Kegg 注释结果|- allgene.fa.Kegg.pdf/svg/png：Kegg 通路统计，纵坐标(左边)为KEGG 二级代谢通路的名称，纵坐标(右边)为 KEGG 一级代谢通路的名称，横坐标为注释到该通路下的基因个数及其个数占被注释上的总数的比例|- allgene.fa.Kegg.pathway：Kegg 途径名称 ID、包含的ID、数目等- Kegg_map：差异表达|- ko00010.html：- ko00010.png：的KEGG 通路注释图|- Kog：Kog 注释结果，结构同 Cog 注释结果|- Nr：NR 注释结果|- allgene.fa.nr.anno.txt：所有NR 注释结果|- allgene.fa.nr.lib.pdf：NR 注释结果最多的前十个物种统计分布图- allgene.fa.nr.lib.s：NR 注释结果最多的前十个物种统计|- Pffam 注释结果|-