ctDNA检测用于局部肺癌患者疾病分子残留(MRD)早期筛查

1、EarlydetectionofmolecularresidualdiseaseinlocalizedlungcancerbycirculatingtumorDNAprofilingCancerDiscoveryIF:20.010研究策略及患者入组CTannrPFrrDiagnosis；LocalizedLurgCane已rRaJujIherspyi?riurgyiy*1,LandinarkMRDanalysis+/-chemDtherapywithin4maafendoftxSurveiHan&eassessmenti：Q3-6mo)MsnuscnpCPublishEd(JEirm卜!irs

2、tonSeptanmanu&crp!shavebeenpeerreviewedarulbctDNA|quntiliratianctDNAFlquaniHiGalicwictDNAElqugntifigatian研究策略40例肺癌患者入组，37例非小细胞肺癌，3例小细胞肺癌；7例IB期,33例II-III期;共计255份血浆样本（术前基线和疗后不同随访节点）进行ctDNA检测,用于患者复发监测研究;每次取血节点均进行CT/PET-CT检查;CAPP-Seq（Cancerpersonalizedprofiling-Seq）（128基因，188kb）基线血浆突变检出更lr0i=Lst咿|HisSol

3、ogySmokingLocalTherap/ChernoiherapvlMWi3n=a显炖匸口一pueoTP閃KRASkEA户？EGFRSTKf?用&CDKN2ASU&tIVOther苗uia(lon$Nonmenist|NdtmNofDUltKKlS勺pllwl.ui沾.Ifld如Otherdrivers173(82%)38x(18%)n=211Mutationsdetectedpre-tx匚CmndictatedrivermutationsOthermutations37(93%)例肺癌患者基线期血浆中可检出基因突变，89%腺癌，93%鳞癌，100%其他NSCLC和SCLC；平均每例患者可

4、检测5个突变，中位突变频率0.62%；高频突变DriverGeneTP53、KRAS、KEAP1、EGFR等；37例患者基线血中共检出211个SNV，18%为drivermutations，82%基因突变检出为Private/Passenger突变；基线血浆突变检出相关性因素代谢肿瘤体积(Metabolictumorvolume)(Pearsonr=0.55,P=)；KEAP10.0004)；肿瘤分期StageIVsII-III(P=0.002疗后血浆突变检出-多随访节点Casesdetectedbymostrecurrentlyrmutateddrivergenes%)诃20304pPre-

5、treatrnemtPosl-lreatment疗后血浆突变检出检测37例患者疗后多个随访节点血浆ctDNA，20例（54%）患者至少在一个随访节点中ctDNA检测阳性，这部分患者均复发（100%）；突变检出分析，35%Drivergenemutation，35%Passengergenemutation，30%Both，driver/passengergenemutation均可预测患者复发；TP53、KRAS、EGFR和KEAP1为高频检出突变基因亠ctDNAneverdetectedposttxC亠ctDNAeverdetectedpost-tx亠tlONA刚讯detectedpost-

6、bt(n=17)亠dDNAeverdetectedpost-tx(n=20)limefromlandmark(mo)疗后多随访节点血浆突变检出疗后/随访血浆(AnyPost-treatmentTimePoint)ctDNA检出与FreedomfromProgression(无进展期)、Disease-SpecificSurvival(疾病相关生存率)和OS相关()_mAJns匸丄u叟山Timefromlandmark（mo）疗后血浆ctDNA检出与影像学比较72%复发患者，ctDNA分子复发早于临床复发（影像学）5.2个月（中位）；临床影像学评估可分为三类，无进展，可疑，复发；37例患者227

7、次影像学评估，ctDNA分子检测灵敏度显著高于临床影像学；StageIIIBNSCLC，影像学检查，可疑，ctDNA检查，阴性，患者未复luiwcalNodisease100%12IAIDCr%Parentsrecurred（%227scansRdlogy申onRadiologyNoevydunoBdise-油怙中relafcrl口Equlvmi:口W巾咽tOCk%、PosMkcIDNA000冋）NetdslHOBC/OaectedTlrn&frompre-LKphebolomyimo）HSurveirScan1Sconi疗后血浆突变检出-MRDLandMarkOthermutationsde

8、tectedMedian=0.2t%BU.2UE七VNdTJEGFRKRASPCDH10EPHA5EPHA3NAV3KEAP1PXDNLDCAF4L2PDZRN3GPF158SALL1GPR112ZIC1CSMD318%18%18%MRDLandMark(治疗后4个月内血浆样本firstPost-treatmentblood）32患者具有疗后4个月内血浆样本,17例患者（53%）MRDLandMarkctDNA阳性；平均每例患者可检测2个mutation,中位突变频率0.20%(50%患者MRD检出少于术前血浆mutation检出数目)；A亠NqctDNAdetectedatMRDlandma

9、rk亠ctDNAdetectedatMRDlandmarkP0.0017111i11061218243036Timefromlandmark(mo)MRDLandMarkTimefromlandmark(mo)17例MRDLandMarkctDNA阳性患者均复发（100%）；仅有一名ctDNAMRD检测阴性患者出现复发（LUP026）；ctDNAMRD检测阴性/阳性两组患者疾病进展及因病致死均有显著差异；LUP236LUP2B0LUP3U?LUP284LUP246LUP117LUP235LUP020LUP241LUP014LUP2&3LUP24QLUP123LUP230LUF2F9LUP2ML

10、unooeDeathOAliveatla&tlollo-upIPTipgiressjonNdprogression.UP347LUP332LUP342LUP234.UP141LUPI30LUPi27LUP026LUP237LUP013LUP243LUP221LIJP0D1LUP2t5LUP013OQXIM3CP口030paoEopunNGO102030W60TimefromMRDlandmark(mo)、q2loNadiseaseSlau-eIHAderioDJRadiologyint&rfrfetatiortLQ2:OUJelllH-=-o1(ml雲)EJolE-lccbQLloon90LU

11、P026ctDNAMRD检出阴性；疗后8个月检测ctDNA阳性;ctDNA检测结果与临床影像学一致ctDNA检测与CT检测比较ctDNAMRDNodDNA.dicted日IN*TOlandmandCoP0.001HR=14.3站號Cl=3AM1.tWt兀Tinfrornlandr(mo)GUj3i*ajjQajiisniB晌皿8朋工LolMSPUPndmsj*ConipietBarmrlilre&nnnse(n*ornhn3sli&MRDLandMark检测与免疫治疗B1251M75w50250Exomti=41至CAPP-SeqP=0.0011EKDTTie=41*CAPPSeq/r93P0

12、,0001hlintionlomdcomDmrlsorii?5CAPP-Se-口-codirqmutations+coffospQnrisioj-200NSCLC”exomecodingmutaiions2505007501000WES520010002C0&300040005000(suo_snLUCTS.n-KON5CLGWholeExorneSequencing(ffmutations)免疫检查点抑制剂NSCLC患者外显子200非同义突变,预示免疫检查点抑制剂疗效较好；癌组织小Panel测序，可以用于推测患者TMB,但是ctDNA测序与TMB的关系并未证实；利用TCGA数据库中WES数据

13、与CAPP-Seq数据进行关联分析,WES与CAPP-Seq具有较好的关联性,且Exome=41*CAPP-Seq；5例患者WES测序结果显示,测序结果与公式计算结果相符；MRDLandMark检测意义疗后单节点MRDctDNA检测意义在于能够及早的预测患者复发,做到早治疗,正确选择治疗方式MRDctDNA检测，20%患者使用EGFR-TKI药物，33%患者使用免疫疗法,47%患者使用化疗20%47%PotentialtXMRDTbasedunctDNA|itjtatior:vpe&jnuniber/33%ctDNAMRDEGFRTKII:ImmunotherapyIIChemotherapy

14、ALLLE2Q：_EGFK_L85aRjiMLgiiacLifLdJlNARadiologyinterpretation!StageIBMenoEquivocalBrainmetScan3o13E诂CLOuo=ffllueuuooNU1Q17hGE/mL-11I1I1II11112345e7Timefrompre-txphlebotomy(mo)患者LUP20，81岁，stageIB，放疗疗效较好，但是3个月后发现脑转移；在MRD节点（疾病进展前），可检出EGFRL858R变异，预示该患者可能使用EGFR-TKI药物获益。LUF238:Hicihmutationbunden（331/exome

15、）RadiologyinterpretationStageIIIASquamMetabolicCRBrainmetoo1o11(1EH1OJZ)uomlua?clucoVNQtJ1HO1Q027hGE/mL246610Timefrompre4xphlebotomy(mo)患者LUP238,III期肺鳞癌患者，通过CAPP-SEQ及计算公式，预测全外显子包含331个突变，经一线放化疗，病情完全缓解；MRDctDNA检测阳性，5个月后脑转移；该患者使用免疫疗法可能受益；结论检测37例患者疗后多个随访节点血浆ctDNA，20例（54%）患者至少在一个随访节点中ctDNA检测阳性，这部分患者均复发；32例接受MRDLandMark血浆ctDNA检测的肺癌患者，94%（17/18）复发患者MRDLandMark血浆ctDNA检测阳性；一线治疗后ctDNA检测阳性（分子复发）较临床影像学复发早5.2个月（中位值）；ctDNA检测结果显示，53%患者疗后TumorBurden较低时使用EGFR-TKI或免疫检查点抑制剂获益讨论术后ctDNA检测预测患者复发已在不同癌种中均有报道，本文使用疗后ctDNA检测预测早期局部肺癌复发，灵敏度高于其他癌种及肺癌相关其他研究。CAPP-seq