高性能计算与高性能计算机课件

1、高性能计算与高性能计算机High Performance Computing and High Performance Computers陈国良深圳大学计算机与软件学院国家高性能计算中心（合肥）国家高性能计算中心深圳分中心国家高性能计算中心（合肥）22022/7/25摘要 高性能计算是一个国家的综合国力的体现，是支撑国家实力持续发展的关键技术之一，在国防安全、高科技发展和国民经济建设中占有重要的战略地位。计算科学已经和传统的理论科学与实验科学并列成为第三门科学，它们相辅相成地推动着人类科技发展和社会文明的进步。21世纪科学最重要和经济上最有前途的研究前沿，有可能通过熟练地掌握先进的计算技术和运

2、用计算科学得到解决。 本报告首先简单地介绍一下高性能计算的含义、特点、应用需求、地位和作用；接着讲述国际高性能计算机和我国高性能计算机的发展状况；然后概略地谈一下应用实例；最后对加速我国高性能计算及高性能计算机的发展发表几点参考意见。 国家高性能计算中心（合肥）32022/7/25目录1. 高性能计算的意义2. 高性能计算的发展与现状3. 高性能计算的典型应用4. 高性能计算的挑战与机遇国家高性能计算中心（合肥）42022/7/251. 高性能计算的意义（1）1.1 高性能计算的内在含义1.2 高性能计算的应用需求1.3 高性能计算的战略地位国家高性能计算中心（合肥）52022/7/251.

3、高性能计算的意义（2）1.1 高性能计算的内在含义计算和计算科学所有的学科都转向定量化和精确化三大科学：理论科学、实验科学和计算科学计算科学是一个交叉学科, 用计算的方法来解决应用问题。适用于理论模型复杂或尚未建立、实验费用昂贵或无法进行。计算物理、计算化学、计算生物学、计算地质学、计算气象学。并行计算是跟上摩尔定律的重要手段。国家高性能计算中心（合肥）62022/7/251. 高性能计算的意义（3）高性能计算的含义高性能计算简称HPC (High Performance Computing)，泛指量大、快速、高效的运算。高性能计算主要包括：向量计算并行计算分布式计算网络计算网格计算云计算国家

4、高性能计算中心（合肥）72022/7/251. 高性能计算的意义（4）高性能计算的量纲前缀缩写基幂含意数值KiloK103Thousand千MegaM106Million兆，百万GigaG109Billion千兆，10亿TeraT1012Trillion垓，万亿PetaP1015Quadrillion千万亿ExaE1018Quitillion百亿亿Flops：每秒所执行的浮点运算次数 (floating-point operations per second )目前的PC机运算速度通常在GFlops量级，高性能计算机运算速度则在TFlops至PFlops量级。国家高性能计算中心（合肥）8202

5、2/7/251. 高性能计算的意义（5）1.2 高性能计算的应用需求应用需求计算密集型应用（Computing-intensive)：大型科学工程计算，数值模拟等。应用领域：石油、气象、CAD、核能、制药、环境监测分析、系统仿真等。数据密集型应用（Data-intensive)：数字图书馆，数据仓库，数据挖掘，计算可视化等。应用领域：图书馆、银行、证券、税务、决策支持系统等。通信密集型应用（Network-intensive)：协同工作，网格计算，遥控和远程诊断等。应用领域：网站、信息中心、搜索引擎、电信、流媒体等。国家高性能计算中心（合肥）92022/7/251. 高性能计算的意义（6）千万

6、亿次超级计算机的应用需求应用领域应用需求计算能力需求存储容量需求生物医学蛋白质电子态的计算药物发明中的筛选过程蛋白质折叠100Tflops800Tflops1Pflops30TB200TB1PB航空航天制造发动机燃烧模拟和机翼设计模拟500Tflops100TB气候环境短期天气预报长期天气预报局部突发性灾难预报（如洪水、海啸）20Tflops200Tflops1Pflops10TB100TB500TB核能领域完全等离子分析（包括电子结构分析）核武器数值模拟天然气燃烧500Tflops1Pflops1Pflops1PB1PB1PB纳米技术复合材料的结构分析和功能预测新材料发明200Tflops1

7、Pflops400TB2PB天体物理学超新星三维模拟1Pflops1PB国防和国家安全密码破译先进武器模拟1Pflops1Pflops1PB1PB国家高性能计算中心（合肥）102022/7/251. 高性能计算的意义（7）1.3 高性能计算的战略地位从战略高度上讲高性能计算技术是一个国家综合国力的体现。高性能高计算是支撑国家实力持续发展的关键技术之一 。高性能计算国防安全、高科技发展和国民经济建设中占有重要的战略地位。 重大挑战问题：飞机设计、药物设计、全球气候预测、人类基因、海洋环流新材料、油藏数值模拟、生物分子结构、半导体建模、超导建模等。国家高性能计算中心（合肥）112022/7/251

8、. 高性能计算的意义（8）高性能计算在发达国家的战略地位（1）美国有关发展高性能计算的建议报告从1982年到2005年，美国国防部、能源部、国家科学院、国家科学基金委以及美国总统信息技术顾问委员会、美国信息技术咨询委员会、美国国家竞争力委员会等提出的有关信息技术和计算机的建议报告中，大都涉及到了高性能超级计算机的内容。国家高性能计算中心（合肥）122022/7/251. 高性能计算的意义（9）高性能计算在发达国家的战略地位（2）清单(按年代排序)1982年，美国国家科学院：关于科学研究及工程中的大规模计算1993年，美国国家科学院：从台式计算机到万亿次计算机：充分发挥美国在高性能计算领域领导权

9、1995年，美国国家科学院：特别工作组关于未来国家科学基金委超级计算中心计划报告1996年，美国总统信息技术顾问委员会：信息技术研究：为了未来2000年，美国国家科学院：促使信息技术更好2001年，美国国家科学院：无处不在2002年，美国国防部：适用于国家安全部门的高性能计算2003年，美国能源部：基于科学的大规模模拟2003年，美国国家科学基金委：通过计算机基础结构变革科学与工程2003年，美国国家科学基金委：信息时代的知识丢失2004年，美国国家竞争力委员会：促使美国变革并提高竞争力2004年，美国跨机构：联邦高端计算计划高端计算复兴特别工作组2005年，美国国家科学院：超级计算机未来20

10、05年，美国总统信息技术顾问委员会：计算科学：确保美国竞争力国家高性能计算中心（合肥）132022/7/251. 高性能计算的意义（10）高性能计算在发达国家的战略地位（3）美国发展有关高性能计算的行动计划1993年，美国科学工程技术联邦协调理事会：HPCC (High performance Computing & Communication) Grand Challenge计划，提出发展万亿次(Tera=1012)计算机计划。 1996年，美国能源部和Lawrence Livermore、Los Alamos、Sandia三大核武器国家实验室：ASIC (Accelerated Strat

11、egic Computing Initiative) 计划，提出发展千万亿次(Pera=1015)计算机的目标。1997年，HPCC包括了HECC (High End Computing & Communication),被扩展为CIC (Computing, Information, Communication)计划。1998年度的CIC蓝皮书，将千万亿次计算机硬件和软件研制列入了计划中。2002年启动HPCS计划，希望确定未来10到20年超级计算机的体系结构。国家高性能计算中心（合肥）142022/7/251. 高性能计算的意义（11）高性能计算在发达国家的战略地位（4）美国1996年提出

12、的ASCI（Accelerated Strategic Computing Initiative）计划。通过数值模拟，评估核武器的性能、安全性、可靠性等。高分辨率、高逼真度、三维、全物理、全系统的规模和能力。计划研制5代计算平台，目前，前四代已完成，第五代平台正在研制。随着第一个十年研究结束，已经开始为下一个十年发展制订规划。国家高性能计算中心（合肥）152022/7/251. 高性能计算的意义（12）高性能计算在发达国家的战略地位（5）ASCI平台性能发展图国家高性能计算中心（合肥）162022/7/251. 高性能计算的意义（13）高性能计算在发达国家的战略地位（6）ASCI高性能计算机B

13、lue MountainOption Red国家高性能计算中心（合肥）172022/7/251. 高性能计算的意义（14）高性能计算在发达国家的战略地位（7）美国2002年启动的千万亿次超级计算机研究HPCS计划从2002年起的两年多时间里，ES占据TOP1位置Cluster并不是HPC的最终体系结构美国DARPA于2002年启动高生产率计算系统（High Productivity Computing Systems) HPCS计划希望确定未来10年甚至20年的高性能计算机体系结构高生产率而非峰值计算能力作为评价指标高性能计算的一个新的创新时代的开始国家高性能计算中心（合肥）182022/7/

14、251. 高性能计算的意义（15）高性能计算在发达国家的战略地位（8）HPCS计划的三个阶段国家高性能计算中心（合肥）192022/7/251. 高性能计算的意义（16）高性能计算在发达国家的战略地位（9）HPCS的设计策略国家高性能计算中心（合肥）202022/7/251. 高性能计算的意义（17）高性能计算在我国的战略地位（1）2006年2月，国务院发布国家中长期科学和技术发展规划纲要（20062020年）指出加速发展高性能计算对提高我国国防建设与国家安全、国家经济建设、国家重大工程和基础科学研究等尖端科技领域的核心支撑能力，具有十分重要的战略意义。提出要全面提升我国的自主创新能力，以期将

15、我国在2020年前建设成为一个创新型国家。国家高性能计算中心（合肥）212022/7/251. 高性能计算的意义（18）高性能计算在我国的战略地位（2）中国高性能计算发展大事记1983年，由国防科技大学研制的银河I型亿次巨型机系统的成功问世，标志着我国具备了研制高端计算机系统的能力。1992年，曙光投入200万元研制曙光一号。随后，曙光一号、曙光1000、曙光2000、曙光3000、曙光4000相继问世。1994年，银河I的换代产品银河II在国家气象局正式投入运行，其系统性能达每秒10亿次，大大缩短了我国与先进国家的差距。1997年，银河III并行巨型计算机在北京通过国家鉴定，峰值性能为每秒1

16、30亿浮点运算。1999年，首台“神威I”计算机通过了国家级验收，并在国家气象中心投入运行。2000年，由1024个CPU组成的银河超级计算机系统问世，峰值性能达到每秒1.0647万亿次浮点运算。2002年，世界上第一个万亿次机群系统联想深腾1800出世，获得2004年国家科技进步二等奖。2003年，联想深腾6800问世把世界机群计算推向新的高峰。2004年，曙光4000A成功研制，使中国成为继美国、日本之后第三个能研制10万亿次商品化高性能计算机的国家（进入TOP500前10位）。2005年，中国高性能计算机性能TOP 100排行榜揭晓，曙光位居第一。天梭荣获国家科学技术进步二等奖。2006

17、年，曙光高性能计算机被胡锦涛总书记点评为“中国七大标志性自主创新成果之一”，曙光4000系列高性能计算机荣获国家科学技术进步二等奖。2007年12月，中国首台采用国产高性能通用处理器芯片“龙芯2F”的万亿次高性能计算机“KD-50-I”研制成功。2008年6月24日，中国科学院计算技术研究所、曙光公司和上海超级计算中心在中科院计算所联合举行了曙光5000落户上海超级计算中心的签约仪式。 国家高性能计算中心（合肥）222022/7/251. 高性能计算的意义（19）高性能计算在我国的战略地位（3）国产高性能计算平台神威-I联想-6800天河1号(TH-I)曙光-星云(Nebulae)国家高性能计

18、算中心（合肥）232022/7/252. 高性能计算的发展与现状（1）2.1 高性能计算机的发展2.2 高性能计算机的现状2.3 高性能计算面临的主要问题国家高性能计算中心（合肥）242022/7/252. 高性能计算的发展与现状（2）2.1 高性能计算机的发展历史回顾国家高性能计算中心（合肥）252022/7/252. 高性能计算的发展与现状（3）发展过程中的主流技术607080 900010巨型机萌芽CDC6600向量机鼎盛CRAY-1，SX-3MPP发展Cray T3E，Option Red机群发展NOW, IBM SP2, ASCI Q定制机器ESBlueGene国家高性能计算中心（合

19、肥）262022/7/252. 高性能计算的发展与现状（4）两类构造高性能计算机的方式采用定制部件价格较高（小于1B$市场）对大规模或通信密集的任务进行了优化设计并行向量机采用商用部件利用每年80B$的市场优势对一些计算密集任务有很好的性能MPP/机群国家高性能计算中心（合肥）272022/7/252. 高性能计算的发展与现状（5）并行向量机构造方式PVP采用全定制部件定制的高性能向量处理器（Gflops)节点内多体交叉共享存储（GB)定制的高带宽低延迟互连(交叉开关）国家高性能计算中心（合肥）282022/7/252. 高性能计算的发展与现状（6）机群构造方式机群是一组独立的计算机（节点）的

20、集合体：机群的各节点都是一个完整的系统：工作站，PC机或SMP互连通常使用高速互连网络，如Myrinet、Infiniband等各节点可以协同工作并表现为一个单一的、集中的计算资源CPUMemoryI/O Channel.CPUMemoryI/O ChannelCPUMemoryI/O ChannelCPUMemoryI/O ChannelCPUMemoryI/O ChannelSystem Area Network & Storage Area Network国家高性能计算中心（合肥）292022/7/252. 高性能计算的发展与现状（7）2006年TOP500预测：达到Petascale国

21、家高性能计算中心（合肥）302022/7/252. 高性能计算的发展与现状（8）2.2 高性能计算机的现状从Top500看高性能计算机现状（2010.11）最快的高性能计算机：2.566Pflops最普遍的高性能计算机：机群（415台）安装高性能计算机最多的国家：美国（274台），亚洲（83台，日本26台，中国41台，印度4台），欧洲（126台）生产高性能计算机的企业：HP（159台），IBM（200台）高性能计算机中使用最多的微处理器：Intel系列（398台），IBM(42台），AMD（57台）高性能计算机使用最广泛的领域：企业与研究结构进入500强的最低性能：31.11Tflops，半年

22、前为24.67Tflops500强的总性能为： 43.65Pflops，半年前为32.434Pflops国家高性能计算中心（合肥）312022/7/252. 高性能计算的发展与现状（9）2010/11 Top500前5位一览表(TF) (TF) (kW) 国家高性能计算中心（合肥）322022/7/252. 高性能计算的发展与现状（10）近几年来Top1机器2001年，为IBM ASCI WHITE，LINPACK峰值为12TFLOPS，处理器数目为8192。2002年2004年上半年，为NEC Earth-Simulator，LINPACK峰值为40TFLOPS，处理器数目为5120。200

23、4年下半年2007年11月，为IBM BlueGene，LINPACK峰值为478TFLOPS，处理器数目为212992。2008年6月，Top1为IBM Roadrunner（走鹃），LINPACK峰值为1.026PFLOPS，处理器核数目为122400。2009年6月，Top1为IBM Roadrunner（走鹃），LINPACK峰值为1.105PFLOPS，处理器核数目为129600。2009年11月- 2010年6月， Top1为Jaguar，峰值为1.759PFLOPS，处理器核数目为224162。2010年11月， Top1为TH-1A，峰值为2.566PFLOPS，处理器核数目为

24、186368。国家高性能计算中心（合肥）332022/7/252. 高性能计算的发展与现状（11）IBM Roadrunner 走鹃 （1）国家高性能计算中心（合肥）342022/7/252. 高性能计算的发展与现状（12）IBM Roadrunner（2）基本参数（2008年6月）6,480 AMD Opteron 处理器，51.8 TB内存 (in 3,240 LS21 刀片) 12,960 IBM Cell 处理器，51.8 TB 内存(in 6,480 QS22 刀片) 216 System x3755 I/O 节点 26 288-port ISR2012 Infiniband 4x

25、DDR switches 296 机架 2.35 MW power 1.026PFLOPS国家高性能计算中心（合肥）352022/7/252. 高性能计算的发展与现状（13）IBM Roadrunner（3）混合（Hybrid） 设计（2008年6月）通用处理器+专用处理器采用两种不同架构的处理器：1.8G AMD Opteron双核处理器（X86架构）6912 个处理器 (6480个用于计算节点, 432 个用于系统操作和通信节点) 共13824个 cores (12960+864) 3.2G IBM PowerXCell 8i 异构多核处理器数学运算比Opteron快30倍1个通用核 (P

26、ower Processing Element ：PPE)，8个专用核 (Synergistic Processing Element：SPE) (共有9个处理器核)12960个 PPE cores 和 103680个 SPE cores共116640个 cores (12960+ 103680)系统共有130464个 cores (13824+ 116640)国家高性能计算中心（合肥）362022/7/252. 高性能计算的发展与现状（14）IBM Roadrunner（4）刀片式机群架构（2008年6月）每个Triblade包含4个刀片，一个 LS21 Opteron 刀片，一个扩展连接刀

27、片，两个 QS22 Cell刀片。LS21包含2个 1.8 GHz 双核Opterons，16 GB 内存 。QS22包含2个 3.2 GHz PowerXCell 8i 处理器， 8GB内存。国家高性能计算中心（合肥）372022/7/252. 高性能计算的发展与现状（15）IBM Roadrunner（5）一个Triblade包含4个刀片一个Blade Center H 框包含3个Triblade一个机架(rack)包含4个Blade Center H一个连接单元CU(Connected Unit)包含15个机架Roadbunner包含18个CU，通过两级Infiniband互连国家高性能

28、计算中心（合肥）382022/7/252. 高性能计算的发展与现状（16）ASCI BlueGene/L设计特点采用专门的System-on-a-chip技术减少功耗、体积、复杂度和设计难度实现低延迟、高带宽存储系统MPP结构可扩展到 100k 处理器采用三种互连网络：Gbit以太网用于节点内部3DTorus用于节点间树用于多播通信国家高性能计算中心（合肥）392022/7/252. 高性能计算的发展与现状（17）ASCI BlueGene/L构造图BlueGene/L Compute ASIC国家高性能计算中心（合肥）402022/7/252. 高性能计算的发展与现状（18）最快的并行向量计

29、算机ES体系结构：并行向量机峰值速度/存储器：40Tflops/10TB节点数/处理器数/处理器峰值：640/5120/8Gflops占地：六个篮球场大3层建筑 安装时间：2002年2月主要用途：全球气候变化预测、地震预报、原子能等国家高性能计算中心（合肥）412022/7/252. 高性能计算的发展与现状（19）TOP500中的机群机群系统在高性能计算机中所占比例迅速增加TOP500中目前有424个机群系统TOP500中最普通的并行机体系结构导致了高性能计算机的“平民化”国家高性能计算中心（合肥）422022/7/252. 高性能计算的发展与现状（20）中国的高端高性能机群2008年11月,

30、第32届HPC Top500榜曙光5000A排名第10， LINPACK峰值180.6TFLOPS联想DeepComp7000排名第19， LINPACK峰值102.8TFLOPS2009年11月,第34届HPC Top500榜天河1号排名第5， LINPACK峰值563.1TFLOPS曙光5000A排名第19，LINPACK峰值180.6TFLOPS联想DeepComp7000排名第43， LINPACK峰值102.8TFLOPS2010年06月,第35届HPC Top500榜曙光星云（ Nebulae）排名第2，LINPACK峰值1271TFLOPS天河1号排名第7， LINPACK峰值5

31、63.1TFLOPS2010年11月,第36届HPC Top500榜天河1A排名第1， LINPACK峰值2566TFLOPS曙光星云（ Nebulae）排名第3，LINPACK峰值1271TFLOPS国家高性能计算中心（合肥）432022/7/252. 高性能计算的发展与现状（21）中国的高端高性能机群曙光-星云高性能：实测峰值达每秒1271万亿次，亚洲和中国第一台、世界第三台实测性能超千万亿次的超级计算机高效能：采用自主设计的HPP体系结构、高效异构协同计算技术，高效易用的编程环境，极大方便用户操作应用高可靠：采用全冗余设计，无单一故障点高密度：单柜峰值高达25.7TFlops，国内同类系

32、统单位面积计算峰值最高低功耗：每瓦能耗实测性能超过4.98亿次，是目前国内最绿色的超级计算机低成本：关键部件标准化和产业化，大大节省扩容成本天河1A高自主：使用国产CPU飞腾FT-1000八核处理器，使用国产高速互联交换芯片“NRC”高性能：峰值运算速度4701万亿次，实测Linpack值2566万亿次；内存229TB，存储容量2P高效能：每瓦实测性能6.35亿次，Green500公布的2010年11月数据排名第11位高安全：系统管理员无法进入用户信息系统查看任何信息，保障用户数据的安全可靠易使用：刀片结构，利用高偏上的特定电路，自检系统可以迅速定位刀片位置，便于维修 国家高性能计算中心（合肥

33、）442022/7/252. 高性能计算的发展与现状（22）KD系列个人高性能计算机研制计划 KD-90“微波炉”2011年底CC-NUMA8+8颗30w1GHz8核龙芯3HT交换机16个CPU/4U阶段代号时间结构CPU数主频CPU类型互连网络组装 KD-50“冰箱”2007年底PC-机群336颗8w700MHz龙芯2F通用千兆以太网12个CPU/1U KD-60“洗衣机”2010年中SMP-机群80颗15w800MHz4核龙芯3通用千兆以太网8个CPU/1U国家高性能计算中心（合肥）452022/7/252. 高性能计算的发展与现状（23）从Top500看高性能计算机的趋势（1）关于计算机

34、结构：机群系统仍将是高性能计算机最常用的结构MPP仍然是一个重要结构,尤其是作为PFlops超级计算机的主要结构PVP是另一种获得超高性能的重要结构，但不是主流国家高性能计算中心（合肥）462022/7/252. 高性能计算的发展与现状（24）从Top500看高性能计算的趋势（2）关于微处理器：主要是采用CMOS工艺的商用微处理器多核处理器占统治地位Intel处理器家族仍将是高性能计算机中占统治地位的处理器基于RISC的IBM Power体系也会有一席之地AMD有一定地位(Hyper Transport加快了处理器间的通信速度，简化了一致性协议的实现)近期也采用了一些专用的处理器适用于最高端系

35、统（Roadrunner）向量处理器片上系统GPU国家高性能计算中心（合肥）472022/7/252. 高性能计算的发展与现状（25）2.3 高性能计算面临的主要问题Memory wall：存储器访问能力与处理部件计算能力的不平衡处理器速度每年提高59%，高性能计算速度提高更快。存储器速度每年提高7%。处理器性能与数据访问带宽和延迟之间的差距越来越大。必须从系统存储体系结构上创新，改进时延机制，以提供更高的带宽和更低的延迟。目前对三类超级计算机（定制、混合与商业）的主要区别在于针对不同的存储访问模式所能提供的有效本地和全局存储访问带宽。国家高性能计算中心（合肥）482022/7/252. 高性

36、能计算的发展与现状（26）处理器-内存差距Proc60%/yr.(2X/1.5yr)DRAM9%/yr.(2X/10 yrs)110100100019851986198819891990199119921993199419951996199719981999200020012002200320042005DRAMCPU1987Processor-MemoryPerformance Gap:(grows 50% / year)PerformanceTime“Moores Law”国家高性能计算中心（合肥）492022/7/252. 高性能计算的发展与现状（27）Programming wall:

37、 系统规模增大到10万个以上处理器，系统结构复杂（数据共享与消息通信模式交织），为超级计算机编写高效健壮程序越来越复杂，越来越困难。高性能机器上的程序设计语言、库和应用开发环境的进展比广泛应用的工业软件差很多没有广泛应用的并行程序设计模型软件的研制周期大于硬件的研制周期高端计算的真正危机在于软件国家高性能计算中心（合肥）502022/7/252. 高性能计算的发展与现状（28）Power wall：单个芯片的功耗急剧升高，导致整个系统的总功耗越来越高占地均在数百数千平方米，功耗在数兆瓦综合成本急剧增加，高达数亿美元如ASCI 系统和 ES系统峰值(Tflops)占地(m2)功耗(KW)Gflo

38、ps/m2Gflops/KW时间BlueGene/L36723015001595652452005ASCI.Purple77.826247800124.729.972005RedStorm43.52791700155.9125.592005Earth-Simulator403060800013.0752002ASCI.Q301858710016.144.232004国家高性能计算中心（合肥）512022/7/252. 高性能计算的发展与现状（29）功耗-工业界普遍关注的问题“Hiding in Plain Sight, Google Seeks More Power”, by John Mar

39、koff, June 14, 2006New Google Plant in The Dulles, Oregon, from NYT, June 14, 2006Google 策略在靠近河边的平原上建立机房水力发电全世界共有500,000台服务器国家高性能计算中心（合肥）522022/7/253. 高性能计算的典型应用（1）3.1 高性能计算的应用领域3.2 高性能计算的代表应用实例 3.2.1 国产并行计算机在淮河流域防洪防污中 的应用 3.2.2 高性能计算在油气井射孔优化中的应用 3.2.3 高性能计算在数字油田中的应用 3.2.4 高性能计算在数字化大桥中的应用 国家高性能计算中心（

40、合肥）532022/7/253. 高性能计算的典型应用（2）3.1 高性能计算的应用领域气候能量的燃烧、熔化和裂变技术（军事国防）生物社会经济发展天体物理学数学能源及材料“E3”报告国家高性能计算中心（合肥）542022/7/253. 高性能计算的典型应用（3）高性能计算的应用领域（1）从传统应用到新兴应用历史上，物理和工程科学是计算和计算机科学应用驱动者。现今，像生物科学(从基于实验发展为基于计算、从个体研究发展为跨学科研究、从注意数值技术发展为生物医学计算方法等 ) 等是计算和计算机科学的受益者。将来，社会科学和人文科学则是计算和计算机科学的主要消费者。国家高性能计算中心（合肥）55202

41、2/7/253. 高性能计算的典型应用（4）高性能计算的应用领域（2）传统的科学与工程计算科学工程计算的共性：在过去20年，计算物理是应用的主要驱动力，这类应用具有如下共同特点：应用程序常常由定义在R3t子空间的一组PDE所描述。多物理模拟的不同物理区域的计算方法各不相同。很多应用均主要集中在大学和研究所。研究侧重点离散化PDE及其相应的线性/非线性方程的求解。强调并行机的速度和问题求解精度。很少关心相关的I/O操作。并行化方法与编程模型并行化方法：最常使用区域分解法。编程模型：最常使用数据并行。国家高性能计算中心（合肥）562022/7/253. 高性能计算的典型应用（5）高性能计算的应用领

42、域（3）与社会相关的新兴应用新应用的共性：最近几年，与社会相关的应用急剧增加与传统的计算应用分享市场空间，其共性是：应用问题常常由图来定义，而不是离散的R3空间。计算过程中的交互常是全局性的，而不是通过边界来交换信息的。新出现的应用，无相应的使用经验和成熟的软件。很多应用常集中在与社会相关的国计民生方面。研究侧重点建立诚信机制：包括硬件、软件、人机界面、安全协议的使用等。巨量的数据，而不是科学计算，将是此类应用的主要处理对象，I/O是最为关心的。数据的安全、属主、管理等带来一系列技术、法律和人道等问题。国家高性能计算中心（合肥）572022/7/253. 高性能计算的典型应用（6）高性能计算的

43、应用领域（4）应用实例社会科学社会经济学：利用宏观经济理论和计算经济学(行为方程)来模拟经济活动，施行动态调整平衡，预测货币政策变化所带来的经济含义，修正改变金融政策来防止经济动荡。社会行为科学：当社会和行为科学家面临巨大的数据需要理解和保护这些数据时，社会科学家和计算科学家加强合作是最有利的；社会科学家可帮助计算科学家理解在社会生态系统中怎样运用计算机科学；行为科学家也能帮助计算机科学家开发良好的人机交互模型；心理学家和语言学家同计算机科学家合作，能联合开发易于理解、使用和语言翻译的计算机程序，等等。主体经济学：通过相互作用主体(包括个体、社会群体、机构、生物实体、物质实体等)动态系统建模来

44、研究经济现象和规律，以达到理解以往的经验和规范作用，定量分析和发展理论以及改进方法等之目的。国家高性能计算中心（合肥）582022/7/253. 高性能计算的典型应用（7）高性能计算的应用领域（5）应用实例物理科学挖掘资料发现新星球(褐矮星)：美国国家虚拟观测站的计算机科学家用计算机搜索(约2分钟)两个天文数据库中数百万天体的资料时发现了它，它是研究人员在演示软件的可行性时无意发现的，是天文界惊人的精确发现。超新星建模：伽利略观察巨大星球爆炸500年后，人们对超新星(比太阳至少大10倍)中心坍塌的爆炸机制仍不清楚。最近许多物理学家和计算科学家用一维、二维、三维程序来模拟此现象，有可能提高对此现

45、象的认识和增加对宇宙特性的理解。暗物质与暗能量：最近宇宙科学家发现宇宙在加速膨胀，这与爱因斯坦广义相对论理论物质行为相反，宇宙科学家猜想，除暗物质外，宇宙也可能包含暗能量，此能量将引力作为排斥力，从而导致加速膨胀，美国芝加哥大学天文学家用扩展版FLASH程序模拟了宇宙的能力。国家高性能计算中心（合肥）592022/7/253. 高性能计算的典型应用（8）高性能计算的应用领域（6）应用实例工程与制造微气泡和船舶降阻：很久以来，研究人员已经知道其体积约在50500微米之间的微气泡，在一些情形下可减少船舶80%的阻力、减少燃料消耗、增加航程。但是人们还不能确定最佳微气泡系统的特性，该在哪里加入、加入

46、多少和加入多大的气泡。美国布朗大学通过使用高性能计算机系统，采用新的微气泡计算模型，可降低跟踪少量的微气泡移动来寻找降低阻力的方法。航空系统的高性能计算：在今天的航空中，飞机采用20世纪30年代设计的无线电导航台导航，它沿着固定航线飞行，不能直接地点到点飞行，这导致飞机的源-目的路径要远10%。解决此问题的有效办法是使用高性能计算机来实时地预计飞机冲突和调整航班变化。国家高性能计算中心（合肥）602022/7/253. 高性能计算的典型应用（9）高性能计算的应用领域（7）应用实例生物学解码蜜蜂通信：使用数码录像机记录蜜蜂之间的通信，研究人员发现一些蜜蜂使用声音编码来传达关于食物位置的信息，这种

47、编码能阻止其它的蜜蜂种类拦截此信息。使用数码录像机需要存储和读取巨大的数据量(上万亿位)，使用网络系统，便于广布在各地区的科学家们访问和分析记录蜜蜂行为的数以万帧计的录像，以便帮助解释特定种群适应环境的进化，保证种群继续繁荣。蛋白质动力学：以前蛋白质合成物被视为静态的实体，根据在成份之间的直接交互作用来了解生物学的功能；现在基于计算机模拟，蛋白质被视为有效率的分子机器，活跃的动态与它们的结构与功能密切联系，通过在超级计算机上使用并行方法和优化分子动力学程序来更好地理解蛋白质动力学行为，这对蛋白质工程学和改进药物设计等具有广泛的意义。国家高性能计算中心（合肥）612022/7/253. 高性能计

48、算的典型应用（10）高性能计算的应用领域（8）应用实例国家安全信息情报：它是收集国外敌对势力、组织与个人以及电子通信信息，这些在反间谍活动、反恐怖分子或犯罪活动中能发挥重要作用。在截取、过滤、分析和存储巨大数据方面，超级计算机和并行计算技术具有绝对优势，包括攻克敌人的复杂密码系统、重建和还原不完全和遭受破坏的信息等。解决信息情报问题与解决科学工程问题所使用的计算方法完全不同。传染病传播动态建模：根据遭受的苦难以及所产生的社会与经济后果，传染病对人类和动物的影响是巨大的。借助数学和计算机科学研究传染病的空间和时间传播机制和特征，帮助我们预测、制定和评估控制策略，并通过模拟程序提供虚拟场景，帮助人

49、们面对流行疾病时，应采取的紧急措施和最有效的隔离决策等。强风暴预测：强风暴每年给国家带来的经济损失和人员伤亡是巨大的，由于不准确和缺乏时间性，约有3/4的龙卷风警报被证明是无效的。美国俄克拉荷马州立大学研究人员使用匹兹堡的超级计算机模拟过去所发生的大型龙卷风，首次模拟了整个暴风雨，真实地再现了完整的龙卷风发展过程。国家高性能计算中心（合肥）622022/7/253. 高性能计算的典型应用（11）3.2 高性能计算的代表应用实例 3.2.1 国产并行计算机在淮河流域防洪防污中的应用 淮河流域简介 研究工作简介 基于曙光1000的淮河中上游水库群调度模型 基于曙光2000A的MM4并行化国家高性能

50、计算中心（合肥）632022/7/253. 高性能计算的典型应用（12）淮河流域简介（1）地理位置国家高性能计算中心（合肥）642022/7/253. 高性能计算的典型应用（13）淮河流域简介（2）地形特征三面环山,中游为平原，比降小下游为锅底状平原地形，排水不畅国家高性能计算中心（合肥）652022/7/253. 高性能计算的典型应用（14）淮河流域简介（3）气候特征南北气候过渡带特性, 利于降水的天气系统极容易发生主要致灾系统有：（1）强冷锋/切变线（2）西南暖湿气流（3）西太平洋副高/江淮气旋/梅雨锋（4）台风/热带风暴国家高性能计算中心（合肥）662022/7/253. 高性能计算的典

51、型应用（15）淮河流域简介（4）暴雨特征暴雨中心暴雨主要集中在梅雨期，量、强度大，范围广暴雨中心有可能同时出现在上游、中游和下游国家高性能计算中心（合肥）672022/7/253. 高性能计算的典型应用（16）淮河流域简介（5）流域性大洪水的特点干支流洪水遭遇，淮河上游及中游右岸各支流连续出现多次洪峰，左岸支流洪水又持续汇入干流，从而干流出现历时长达一个月以上的洪水过程，沿淮河长时间处于高水位状态淮北平原出现大片洪涝近20年来，共发生1991、2003、2007三次流域性大洪水，损失严重 年 条目 199120032007死亡人数（人）572294转移人口（万人）50221受淹面积（万亩）82

52、7557703748成灾面积（万亩）602438872380倒塌房屋（万间）1967711.53经济损失（亿元）339.6286155.2国家高性能计算中心（合肥）682022/7/253. 高性能计算的典型应用（17）淮河流域简介（6）水利工程密布淮河有许多水利工程阻断了洪水的运动，导致水流运动的非连续性，严重影响洪水预见期和预报精度，水利工程的频繁启用导致洪水调度难度加大（ 淮河中游洪水处于非天然状态）国家高性能计算中心（合肥）692022/7/253. 高性能计算的典型应用（18）研究工作简介（1）863重点项目：“安徽省防灾减灾智能信息与决策支持系统”，19951998基于曙光2000

53、A的并行化MM4系统淮河中上游九大水库的联合调度系统该项目获2002年度国家科技进步二等奖国家高性能计算中心（合肥）702022/7/253. 高性能计算的典型应用（19）研究工作简介（2）863重点项目：“淮河流域防洪防污智能调度系统”，19982000新型洪水调度模型：水库+河网+行蓄洪区联合调度模型基于进化计算的洪水调度算法沙颖河、淮河干流水质模型基于环境容量的污染物分配模型国家高性能计算中心（合肥）712022/7/253. 高性能计算的典型应用（20）基于曙光1000的淮河中上游九大水库调度模型（1）水库调度的基本原理考虑自身的安全：安全蓄水位考虑单水库下游防洪点的安全：水位、流量级

54、联水库的调洪：水库过流水库群公共防洪点的安全：水位、流量防止水资源浪费：保证库容发挥水库在淮河防洪体系中的作用：蓄洪、调洪（削峰、错峰）国家高性能计算中心（合肥）722022/7/253. 高性能计算的典型应用（21）南湾水库Nan Wan息县Xi Xian潢川Huang Chuan王家坝Wang Jia Ba板桥水库Ban Qiao薄山水库Bo Shan宿鸭湖水库Su Ya Hu班台Ban Tai地理城Di Li Cheng蒙洼Meng Wa南照集Nan Zhao Ji蒙河分洪道蒋家集Jiang Jia Ji梅山水库Mei Shan鲇鱼山水库Nian Yu Shan南润段Nan Run Du

55、an润河集Run He Ji邱家湖Qiu Jia Hu 正阳关Zheng Yang Guan城西湖蓄洪区Cheng Xi Hu钐岗Shan Gang淮Huaihe洪汝河河灌史横排头Heng Pai Tou响洪甸水库Xiang Hong Dian佛子岭水库Fo Zi Ling磨子潭水库Mo Zi Tang河淠姜家湖Jiang Jia Hu唐垛湖Tang Duo Hu城东湖Cheng Dong Hu汪集Wang Ji临淮岗Lin Huai Gang淮滨Huai Bin董峰湖Dong Feng Hu寿西湖Sou Xi Hu瓦埠湖Wa Bu Hu凤台Feng Tai石姚段Shi Yao Duan汤渔湖

56、Tang Yu Hu荆山湖Jin Shan Hu洛河洼Luo He Wa蚌埠Beng Bu茨 淮 新 河河River洪泽湖Hong Ze Hu蒙城Meng Cheng河涡淮南Huai Nan淮洪新河阜阳Fu Yang河颍沙焦岗湖Jiao Gang Hu 鲁台子Lu Tai Zi控制站Control Station水库Reservoir行洪区Flood-Run Area蓄洪区Flood-Store Area上下六方堤Liu Fang Di磨子潭水库佛子岭水库响洪甸水库梅山水库鲇鱼山水库南湾水库宿鸭湖水库板桥水库薄山水库淮河中上游水库分布图国家高性能计算中心（合肥）732022/7/253. 高性

57、能计算的典型应用（22）基于曙光1000的淮河中上游九大水库调度模型（2）计算原理根据实时水情信息和下游防洪点的承受能力，结合防洪体系联合调度的需求，生成实际的调度模型利用动态规划方法求解水库群联合调度模型，其中嵌套求解单库调度模型输入：各水库的入流过程、调洪参数输出：各水库的出流过程、防洪点的水位-流量过程国家高性能计算中心（合肥）742022/7/253. 高性能计算的典型应用（23）基于曙光1000的淮河中上游九大水库调度模型（3）群库联合调度结果库名最高水位(m)最大出流(m3/s)实测值调度值实测值调度值板桥108.35108.3534.0017.30薄山105.81105.770.

58、000.10宿鸭湖53.2853.410.00225.00南湾103.30103.3932.80183.00鲇鱼山107.75108.18200.00242.00梅山127.58129.17645.00517.00响洪甸122.35121.90109.00110.00磨子潭181.65186.70417.00303.00佛子岭118.20118.591430.001500.00库名初始水位(m)结束水位(m)最低控制水位(m)最高控制水位(m)最大控泄流量(m3/s)板桥108.35108.04117.50102.002800.00薄山105.60105.80121.2092.002000.0

59、0宿鸭湖53.2853.1556.4250.501800.00南湾102.04103.30108.9088.00800.00鲇鱼山104.78106.82111.1084.002000.00梅山122.78127.57139.17107.07600.00响洪甸117.41122.35139.10108.002500.00磨子潭177.33177.44197.54163.003300.00佛子岭113.00113.54128.64108.762500.00（1）初始条件（2）调度结果国家高性能计算中心（合肥）752022/7/253. 高性能计算的典型应用（24）基于曙光1000的淮河中上游九大

60、水库调度模型（4）调度后各水库的出入流过程国家高性能计算中心（合肥）762022/7/253. 高性能计算的典型应用（25）基于曙光2000A的MM4并行化（1）实现目标配合中美气象合作，基于曙光2000A国产并行计算机，对MM4进行并行化与安徽省气象局合作，研究MM4对江淮气旋、梅雨锋的适应性实现对暴雨、冰雹的定点、定时、定量预报国家高性能计算中心（合肥）772022/7/253. 高性能计算的典型应用（26）基于曙光2000A的MM4并行化（2）对MM4进行并行化，并使其具有较好的可扩放性及较大的加速比研究MM4对江淮气旋、梅雨锋的适应性实现 “定点、定时、定量”降水预报国家高性能计算中心