美国医学文献数据库课件

1、2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室1医学文献数据库MEDLINE2012.122022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室2一、数据库概况（一）编制单位：美国国立医学图书馆(NLM) 。（二）收录学科内容：主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室3（三）文献来源：70多个国家和地区；近5600种生物医学期刊美国卫

2、生研究院文献选择技术评估委员会Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)评估挑选NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。近年数据涉及39种语种，回溯至1946年的数据涉及60种语种。45%为美国本土出版文献，91%为英文文献，83%的文献有文摘。(根据2012年数据库help文档）一、数据库概况2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室4二、 MEDLINE的检索平台广域网免费平台：NCBI-PubMed（含非MEDLINE数据）2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室5校园网内可用平台（IP控制）：Ovid SPW

3、eb of KnowledgeEBSCOOCLC First Search二、 MEDLINE的检索平台2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室6校园网内可用平台的Medline2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室7PubMed数据库检索2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室8（一）开发机构：NCBI（美国国立生物技术信息中心） NCBI的任务:利用计算机信息处理技术，建立分子生物学、生物化学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关先进方法的研究。促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。一、 PubMed简介2

4、022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室9NCBI网站2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室10NCBI提供的数据库检索大分子生物学数据获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列；获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列，从核酸序列翻译到蛋白质的序列；获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数据及大分子模式（MMDB）等其他生物信息数据库检索。PubMed等文献数据。2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室11广域网免费提供题录和文摘提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词智能转换匹配界面简洁，操作简便(须IE7.0以上版本)（二） PubMed

5、的特点2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室12MEDLINE Indexed1966 to prensent的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，每条记录标有：PubMed-indexed for MEDLINE OldMEDLINE1946-1965年间的MEDLINE数据，无MeSH字段和摘要，每条记录标有：PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966 （三） PubMed收录数据2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室13MEDLINE Inprocess最新的MEDLINE处理中数据，未标引，无MeSH字段。每条记录标有：PubMed-in p

6、rocess。Publisher-Supplied出版商提供的电子文献题录，每条记录标有: PubMed-as supplied by publisher，分为两类： MEDLINE 收录，逐步转为In Process, Indexed状态。 Not MEDLINE：PubMed 收录，MEDLINE不收录，一直标注PubMed-as supplied by publisher或PubMed（三） PubMed收录数据PubMed记录状态子集PubMed记录状态子集2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室16二、PubMed的检索功能基本检索输入框检索限制高级检索检索指南检索工具：特定文

7、献检索临床查询专题查询其他资源：规范词数据库期刊数据库临床试验等个人空间2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室17检索栏可输入一个或多个检索词（系统默认空格为AND检索）如：aloe psoriasis（芦荟治疗银屑病的文献）三、PubMed 基本检索规则多个检索词输入2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室18检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写）如：asthma AND (therapy OR treatment)字段限定符： ，空格按词组匹配如：aloe AND psoriasisti如：Stem cell transplantationti三、PubMed 基本检索

8、规则2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室19逻辑运算式输入：aloe AND psoriasisti银屑病出现在篇名中2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室20字段限定 stem cell transplantationti2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室21著者检索：姓全称在前，名首字母在后，au。如: smith abau “paulsen e”au三、PubMed 基本检索规则逻辑运算式输入：Paulsen E撰写的芦荟治疗银屑病的文章2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室22刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写, so如：Journal

9、of investigative dermatologyso J invest dermatolso三、PubMed 基本检索规则输入刊名检索发表在该刊上的文献（限定出处字段SO）2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室23PubMed记录字段说明文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室24电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研

10、单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室25最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室26作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子） 参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码标准期刊缩写文献

11、标题翻译标题更新文献文献正在更新期刊卷号2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室27截词检索：treat*可检出：treat, treated, treatment.强迫短语检索：“ ”，不进行自动转换匹配和扩展检索如：“acute low back pain” “ang 1”（血管紧张素1缩写）检出1085篇比较：ang 1 检出9956篇，误检多，其中有：三、PubMed 基本检索规则2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室282022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室29自动转换匹配检索词： 对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有

12、记录字段中匹配。如：liver cancer liver neoplasmsMeSH Terms OR (liverAll Fields AND neoplasmsAll Fields) OR liver neoplasmsAll Fields OR (liverAll Fields AND cancerAll Fields) OR liver cancerAll Fields三、PubMed 基本检索规则2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室30结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换的检索词2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室31自动转换匹配检索词：如：hyper

13、tension therapyDetails:(hypertensionMeSH Terms OR hypertensionAll Fields) AND (therapySubheading OR therapyAll Fields OR therapeuticsMeSH Terms OR therapeuticsAll Fields)三、PubMed 基本检索规则2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室32四、PubMed 检索滤过( filter) ：PubMed结果显示页2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室33五、PubMed 高级检索功能一个网页中集多种功能于一体基本

14、检索检索细节检索式编制检索历史其他检索资源结果预览检索框中只能输入检索词，不能输入检索式。多个字段检索要分多次输入。检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。可组配检索式，如：#1 OR #2，#1 AND child点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。在History中快速显示检索式与检出篇数显示转换规范词及运算的详细过程，可确定规范词高级检索界面检索历史2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室35六、PubMed其他资源1. Mesh Database（规范化医学主题词表）功能：确定规范化主题词查看主题词词义注释、树状结构表选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词进入途径：M

15、eSH Database链接：PubMed主页，Advanced Search界面MeSH选项：基本检索框前Search下拉菜单的2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室36进入 MeSHMeSH 词表字顺界面主题词主题词定义MeSH详细注释界面副主题词同义词主题词族系2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室39选钩副主题词确定副主题词之间的关系添加检索需求重要主题词确认不扩展检索确认MeSH词检索课题：果蝇的神经发育学研究关键词：Drosophila neural development主题词结合自由词检索：2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室402022/7/20复旦

16、大学图书馆文献检索教研室41主题词结合自由词检索检索结果2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室42自由词检索：Drosophila neural development genes2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室43尚未标引主题词的最新文献补充2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室44点击标题显示文摘增强格式文献归类功能PMC免费全文链接七. 显示结果2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室45文摘增强格式相关论文MeSH词、物质名、文献类型等信息LinkOut外部资源链接全文链接，我校订购的数据库可链全文，需在校园网内设免费代理相关的网上免费医学指南信息全

17、文链接，部分需连外网2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室462022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室47八. 输出方式选择（send to）File：保存检索结果为文本文件Clipboard 剪贴板，多次检索，可暂存每次检索需下载的记录，最后一起保存。 最多允许存储500条，保留8小时。Email: 通过邮件发送Collections：将检索结果存到My NCBI中Order：全文传递服务，需帐号、收费。2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室48选择文件保存格式MEDLINE格式提供所有字段信息2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室49虽然没有提示有全文，202

18、2/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室50文摘里提示有更多资源链接2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室51最终获取到全文2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室52订阅最新结果点击后点“XML”按钮2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室53需IE7.0以上版本2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室54定期点击链接，接收课题最新相关论文2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室55MeSH词检索例2：用MeSH检索2003-09年期间关于霉酚酸酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。课题分析：匹配物质名称：mycophenolate mofetil匹配主题词：ren

19、al failure, treatment effect（AND）匹配副主题词：drug therapy, surgery, therapy,rehabilitation药物名称MeSH检索2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室57疾病概念MeSH检索疗效观察MeSH检索MeSH检索的优点查全同义词:如：renal/kidney insufficiency; tongue cancer/tumor查全子概念:如：acute kidney injury; ATN; chronic kidney insufficiency;查全子概念：自动扩展检索下位词勾选后不扩展下位词树形结构上位词Me

20、SH检索的优点查全同义词2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室63MeSH检索的优点根据树形结构调整检索词缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词；扩大：选用上位词，或选用多个同位词；了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考款目词：规范词所替代的不同表达形式的自由词2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室64MeSH检索的优点提高文献相关度标有MeSH词的都是文章的主题，筛去非主题的文章Major Topic Headings（加权，重点论述的主题）带*的是文献重点论述的主题2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室65MeSH检索的缺陷人工标引费时，最新论文还未标MeSH

21、词（ In Process），用MeSH会漏检。Medline不收录的文献，Supplied by publisher的文献，不标MeSH词。新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。如：SARS（03年词表中没有），舌根癌查上述类型的文献需结合自由词检索2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室66九、PubMed其他资源2. Journal in NCBI Database（期刊信息库）通过输入刊名全称或缩写、ISSN号等浏览期刊出版社等详细信息。提供期刊：在PMC中的免费全文链接在Nucleotide，Protein，Pubmed等库中的记录链接。相关的其他期刊输入待检期刊名期刊详细信

22、息全文等链接2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室68十、PMC (PubMed Central)生命科学免费期刊资源中心免费提供900多种期刊的10多万篇全文其中部分文献被PubMed涵盖2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室69进入PubMed Central下拉主页滚动条至底2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室70PMC首页进入高级检索2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室71查找肾衰竭的药物疗法2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室71全文链接 GoPubmed文献分析2022/7/20复旦大学图书馆文献检索教研室73GoPubmed文献分析工具GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德累斯顿大学合作开发，对PubMed检索结果进行筛选、分析的工具。智能搜索、交互式筛选找出重要论文。为什么GoPubMed有如此大的功能？包括生物医学所有