常用网站及文献数据库检索方法

1、1生物信息学实验课件邢晋祎 生命科学学院Copyright2实验一实验一 常用网站及文献常用网站及文献数据库检索方法数据库检索方法实验类型：基础 学时：33实验课程须知 1.实验报告严禁抄袭或者copy，如果想copy，请尽量检查清楚，不可以出现同姓名或同学号，或者5次报告同样时间的愚蠢错误。 2.尽量自己动手，将每次实验认真完成，当然如果不做实验，总是打游戏，聊qq，我也没办法，我只有一双眼睛，你们有69人。 3.请尽量利用实验时间，尽量多学习，多钻研，只要能够点击的地方都可以点击，搞不明白的英语单词，请使用有道词典查询。4实验目的1.通过对生物信息学常用网站的浏览，熟悉生物信息学操作的基本

2、内容。2.了解生物信息学数据库资源，掌握一级数据库，二级数据库，高级数据库。3.熟悉EntrezPubMed文献检索方法。5实验材料 计算机，网络。6实验过程 一.常用网站 1. NCBI ：理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。78实验过程 2. EBI：EMBL欧洲生物信息学研究所EBI分支，生物学数据库和软件资源。91011实验过程 3. SCOP： 蛋白质结构分类(SCOP)数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。1213here1415实验过程 4. PDB： 蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，由美国Brookhaven国家实

3、验室建立。1617实验过程 5. expasy：瑞士专家蛋白质分析系统。由瑞士生物信息学研究所维护。提供序列、结构和表达的链接，以及数据库和软件。1819实验过程 二.数据库 1.一级数据库（一级数据库（Primary databases）：）： GenbankGenbank数据库、数据库、EMBLEMBL核酸库和核酸库和DDBJDDBJ数据库；数据库；SWISS-PROTSWISS-PROT数据库、数据库、trEMBLtrEMBL数据库、数据库、PDBPDB数据库等等。数据库等等。以文中粗体缩写为关键词在google搜索。20实验过程 2.2.二级数据库（二级数据库（Secondary da

4、tabasesSecondary databases）：）： 人类基因组图谱库人类基因组图谱库GDBGDB、真核生物基因、真核生物基因表达调控因子数据库表达调控因子数据库TRANSFACTRANSFAC、蛋、蛋白质结构家族分类库白质结构家族分类库SCOP SCOP 等等。等等。以文中粗体缩写为关键词在google搜索。21实验过程 3.高级数据库：PIR（Protein Information Resource ）以KEGG等。22实验过程三三. .数据库数据库1.1.国际核酸序列数据库 GenBank(NCBI, 美国国立生物技术信息中心)： EMBL(欧洲分子生物学实验室的数据库)： DD

5、BJ(日本核苷酸数据库)：23实验过程 2. DNA2. DNA序列和结构数据库序列和结构数据库BioSino(核酸序列公共数据库核酸序列公共数据库)：TRANSFAC(真核生物基因表达调控因子数据库真核生物基因表达调控因子数据库)：RepBase(真核生物真核生物DNA中重复序列数据库中重复序列数据库)：dbSTS(序列标记位点数据库序列标记位点数据库)：dbEST(表达序列标签数据库表达序列标签数据库)：dbGSS（基因组调查序列数据库）（基因组调查序列数据库）24实验过程 3. 3. 基因组数据库基因组数据库GDB(人类基因组数据库人类基因组数据库)：euGenes(真核生物基因综合知识

6、库真核生物基因综合知识库)：25实验过程 4. 4. 蛋白质序列数据库蛋白质序列数据库SWISS-PROT(无冗余蛋白序列数据库无冗余蛋白序列数据库)：PIR(蛋白质信息资源库蛋白质信息资源库)：OWL(复合蛋白序列数据库复合蛋白序列数据库)：26实验过程5. 5. 蛋白质结构与分类数据库蛋白质结构与分类数据库PDB(蛋白质结构数据库蛋白质结构数据库)：PROSITE(Motif数据库数据库)：SCOP(蛋白质结构分类数据库蛋白质结构分类数据库)：CATH(蛋白质结构与功能关系分类数据库蛋白质结构与功能关系分类数据库)：27实验过程 6. 6. 疾病相关基因数据库疾病相关基因数据库OMIM(人

7、类孟德尔遗传疾病数据库人类孟德尔遗传疾病数据库)：GeneCards(人疾病相关基因的数据库人疾病相关基因的数据库)：MTB(家鼠肿瘤生物学数据库家鼠肿瘤生物学数据库)：28实验过程1. Entrez-pubmed检索方法。 NCBI PubMed Limit Preview/index history293031323334 2.中文、外文以及数字资源检索途径。 数字图书馆 外文生物期刊检索 中文生物期刊检索实验过程35 数字图书馆： 超星数字图书馆：1993年北京世纪超星信息技术发展有限公司成立，致力于纸张图文资料数字化技术及相关应用与推广。2000年1月超星数字图书馆在互联网上正式开通；

8、网址：http:/ PQDD (ProQuest Digital Dissertations) 是美国UMI公司出版的博硕士论文数据库，收录欧美1000余所大学的160多万篇学位论文，是目前世界上最大和最广泛使用的学位论文数据库。PQDD具有以下特点： 1.收录年代长，PQDD从1861年开始收录，迄今已有130多年的数据积累。 2.更新周期短，PQDD每周更新。 3. PQDD不但能够看到题录和文摘，而且可以看到近 二年以来的绝大多数学位论文的前24页的全文。 4.如果读者需要完整的全文，可以通过文献传递服务去订购全文。 36外文生物期刊检索 BA(美国生物学文摘) EBSCO host Kluwer Online Journals MEDLINE ScienceDirect Online Elsevier Springer-link37中文生物期刊检索 cnki(中国学术期刊网)-中国学术期刊全文数据库（CJD） VIP(重庆维普)-中文科技期刊全文数据库(维普数据) wanfang(万方数据)38思考题1.将你所浏览的网址汇总写入实验报告并将实验报告打印，保存好。2.写出pubmed所查询的分子名