pubmed如何进行医学信息检索

1、2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室1美国医学文献数据库美国医学文献数据库MEDLINE2008.9.222022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室2一、数据库概况一、数据库概况（一）主办单位：（一）主办单位：美国国立医学图书馆美国国立医学图书馆(NLM)(NLM)编制。编制。（二）收录学科内容：（二）收录学科内容：n主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关领域的文献。领域的文献。n包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学，基础研究和临床、护理、公共卫生、卫生艺学，基础研究和临床、护理、公共卫

2、生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。政策发展或相关教育活动的内容。n20002000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。方面的研究内容。2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室3（三）文献来源：（三）文献来源：n收录全球收录全球7070多个国家和地区的近多个国家和地区的近50005000种生物医学种生物医学期刊，大都经美国卫生健康研究院的文献选择技期刊，大都经美国卫生健康研究院的文献选择技术评估委员会术评估委员会Literature Selectio

3、n Technical Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)Review Committee(LSTRC)评估挑选评估挑选, ,由由NLMNLM和各和各专业协会的数据协作采集专家推荐。专业协会的数据协作采集专家推荐。n近年数据涉及近年数据涉及3737种语种，回溯至种语种，回溯至19501950年的数据涉年的数据涉及及6060种语种。数据库种语种。数据库47%47%为美国本土出版文献，为美国本土出版文献，90%90%为英文文献，为英文文献，79%79%的文献有著者撰写的英文文的文献有著者撰写的英文文摘，（以上数据根据摘，（以

4、上数据根据20072007年年1111月数据库提供）。月数据库提供）。一、数据库概况一、数据库概况2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室4（四）收录数据类型（四）收录数据类型n已处理完毕的数据（已处理完毕的数据（IndexedIndexed）n1950-1965 1950-1965 回溯数据回溯数据n1966 to present 1966 to present 近年数据近年数据n处理中的数据（处理中的数据（In processIn process）: : 最新的、尚未经规范处理的数据，只有简单的最新的、尚未经规范处理的数据，只有简单的篇名、作者、出处等书目信息和文摘，没有标引规篇名、作

5、者、出处等书目信息和文摘，没有标引规范化医学主题词、物质名称、文献类型等信息。该范化医学主题词、物质名称、文献类型等信息。该库中数据在所有标引工作完成后，每周一次转入库中数据在所有标引工作完成后，每周一次转入MEDLINE-IndexedMEDLINE-Indexed数据库中。数据库中。一、数据库概况一、数据库概况2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室5收录图示收录图示MEDLINEIndexed 1950-1965 1966-present In Process2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室6（五）（五）MEDLINE的检索系统的检索系统nNCBI-PubMednOvid

6、 SPnWeb of KnowledgenEBSCOnOCLC First Search一、数据库概况一、数据库概况2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室7不同检索系统中的不同检索系统中的Medline数据库数据库2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室8二、二、NCBI-PubM2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室9（一）（一）NCBI 网站简介网站简介n1988年，美国的参议员 Claude Pepper 发起， 1988年11月4日通过立法建立国立生物技术信息中心（NCBI）nNCBI的任务: 建立

7、基于计算机信息处理的分子生物学、生物化学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并进行先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 促进全世界范围内生物技术信息收集的合作2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室10NCBI 主页主页2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室11NCBI 生物信息整合系统生物信息整合系统All databasen检索大分子生物学数据n获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列；n获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列；从核酸序列翻译到蛋白质的序列；n获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数据及大分子模式（MM

8、DB）等其他生物信息数据库检索。nPubMed书目文献数据。2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室12（二）（二）PubMed简介简介n特点：1. 免费提供题录和文摘2. 提供与原文的网址链接(部分免费获取） 3. 提供检索词自动转换匹配4. 操作简便、快捷2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室13PubMed 收录数据收录数据nMDENLINE Indexed1966 to prensent的的MEDLINE已标引数据，已标引数据，有有MeSH字段和摘要，每条记录标有字段和摘要，每条记录标有PubMed-indexed for MEDNLINE nOldMDENLINE1950-

9、1965年间的年间的MEDLINE数据，没有数据，没有MeSH字段和摘要，每条记录标有字段和摘要，每条记录标有PubMed-OLDMDENLINE for Pre1966 2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室14PubMed 收录数据收录数据nMDENLINE Inprocess最新的最新的MDENLINE尚未标引的处理中数据。尚未标引的处理中数据。每条记录标有每条记录标有PubMed-in process。nNot MDENLINE是出版商提供的电子文献，是出版商提供的电子文献，PubMed 收录，收录，而而MDENLINE不收录的数据。每条记录标有不收录的数据。每条记录标有PubM

10、ed。2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室15基本检索输入框基本检索输入框特征栏提供辅特征栏提供辅助检索功能助检索功能侧栏提供其他检索侧栏提供其他检索如期刊数据库检索、如期刊数据库检索、规范词数据库检索、规范词数据库检索、特定文献检索等特定文献检索等执行检索执行检索PubMed 主页主页高级检索高级检索个性化服务个性化服务检索帮助手册检索帮助手册2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室16n可以在检索栏中输入一个或多个检索词可以在检索栏中输入一个或多个检索词（系统默认空格为（系统默认空格为AND检索）检索）如：如：placenta growth oxygenn可以在检索栏中输入布尔

11、逻辑运算式（运可以在检索栏中输入布尔逻辑运算式（运算符必须大写）算符必须大写）如：如：asthma AND (therapy OR treatment)（三）（三）PubMed 基本检索规则基本检索规则2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室17输入多个检索词输入多个检索词2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室18n字段限定符：字段限定符： 如：如：Stemti AND neurosciencen截词符：截词符：treat*n强迫短语匹配符：强迫短语匹配符：“brca 1”严格按输入形式匹配，不再自动转换匹配严格按输入形式匹配，不再自动转换匹配和扩展检索，常用于词组和专有名词检索。和

12、扩展检索，常用于词组和专有名词检索。（三）（三）PubMed 基本检索规则基本检索规则2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室19含字段限定的含字段限定的检索式检索式2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室20n自动转换匹配检索词：自动转换匹配检索词：对常用医学名词进行自动在规范词索引、文本对常用医学名词进行自动在规范词索引、文本词及所有记录字段中转换匹配。词及所有记录字段中转换匹配。如：如：renal failure kidney failureMESH OR kidneyAll Field OR renal failure All Field（三）（三）PubMed 基本检索规则基

13、本检索规则2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室212022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室22n自动扩展检索：自动扩展检索：系统自动对主题词、副主题词进行扩展检索。系统自动对主题词、副主题词进行扩展检索。如：输入如：输入hypertension therapy，系统自动检索，系统自动检索高血压的药物治疗、饮食疗法高血压的药物治疗、饮食疗法（三）（三）PubMed 基本检索规则基本检索规则2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室232022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室24n著者检索著者检索(authors)：n姓全称在前，名首字母在后。姓全称在前，名首字母在后。n加字段限

14、定符加字段限定符如：如：genbacev oau moore amaun2002年以后的文章可以查著者全名年以后的文章可以查著者全名 如：如：joshua lederberg （三）（三）PubMed 基本检索规则基本检索规则2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室25著者检索著者检索moore amau（三）（三）PubMed 基本检索规则基本检索规则2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室26n期刊检索（期刊检索（journals）：）：n刊名全称检索刊名全称检索 如：如：new england journal of medicinesonMEDLINE认可的标准刊名缩写检索认可的

15、标准刊名缩写检索 如：如：clin exp immunolson国际标准期刊号检索国际标准期刊号检索 如：如：1059-1524（三）（三）PubMed 基本检索规则基本检索规则2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室27刊名的检索刊名的检索（字段限定来源（字段限定来源SO）2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室28PubMed记录字段说明记录字段说明文摘文摘第一著者单位地址第一著者单位地址出版商提供文献识别号出版商提供文献识别号著者群著者群版权说明版权说明参考评论文献参考评论文献合著者合著者文献参考评论文献参考评论定稿版定稿版校样版校样版输入日期输入日期输入完成日期输入完成日期电子

16、出版日期电子出版日期2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室29电子出版日期电子出版日期文献出版日期文献出版日期数据加入数据加入PubMed日期日期文献勘误文献勘误参考文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部著者姓名全部调研者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称作为文章主题的著者全称文献相关注释文献相关注释基金编号基金编号基因符号基因符号期编号期编号资助调研者资助调研者资助调研单位资助调研单位国际标准期刊号国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号美国立医学图书馆识别号期刊全称期刊全称2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室30最后修订日期最后修订日期规范词表词规范词表词规范词确立日期规范词

17、确立日期系统组织的文摘系统组织的文摘版权拥有者版权拥有者题录提供机构的识别号题录提供机构的识别号病史相关与原始记录病史相关与原始记录其他关键词其他关键词提供其他关键词的机构提供其他关键词的机构数据提供者机构数据提供者机构文章总页数文章总页数出版商提供数据时间出版商提供数据时间期刊出版国期刊出版国数据库文献编号数据库文献编号2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室31作为主题词的个人姓名作为主题词的个人姓名出版状态出版状态文献类型文献类型出版模式（纸张或电子）出版模式（纸张或电子） 参考文献数参考文献数已撤回的文献已撤回的文献酶或化学物质代码酶或化学物质代码正在撤消中的文章正在撤消中的文章初

18、版文献初版文献修订和再版的文章修订和再版的文章子专题文档子专题文档太空署提供的数据太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号分子序列访问号原文来源原文来源引用了病例的文献内部处理代码引用了病例的文献内部处理代码标准期刊缩写标准期刊缩写文献标题文献标题翻译标题翻译标题更新文献更新文献文献正在更新文献正在更新期刊卷号期刊卷号2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室32（四）（四）PubMed的辅助检索的辅助检索1. Limits（检索限制选择）：（检索限制选择）：n字段限制：著者、刊名、篇名、出版日字段限制：著者、刊名、篇名、出版日期、滤过（期、滤过

19、（filter原文收藏处）等限制。原文收藏处）等限制。n数据输入时间：默认检索可回溯到数据输入时间：默认检索可回溯到1950年，限制选择年，限制选择30天天-10年。年。n各种文献类型限制各种文献类型限制n各种语种限制各种语种限制n期刊类别与学科文档限制期刊类别与学科文档限制2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室33作者限定作者限定添加作者姓名输入框添加作者姓名输入框清除限定清除限定期刊限定期刊限定作者姓名索引选词作者姓名索引选词多作者逻辑多作者逻辑匹配选项匹配选项全文、免费全文、摘要限定全文、免费全文、摘要限定日期限定日期限定Limits 检索限制检索限制2022-6-5复旦大学图书馆

20、文献检索教研室34出版日期限定出版日期限定入库日期限定入库日期限定研究对象研究对象人人/动物限定动物限定研究对象性别限定研究对象性别限定语种限定语种限定子文档限定子文档限定2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室35检索字段限定检索字段限定执行检索执行检索清除所有限定清除所有限定文献类型限定文献类型限定研究对象年龄限定研究对象年龄限定2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室362. Previw/index（检索策略预览（检索策略预览/索引）：索引）：n浏览检索式，预览检出文献数量浏览检索式，预览检出文献数量n修改检索式修改检索式n组配检索式组配检索式如：可用检索式编号如：可用检索式编

21、号 #1 OR #2n浏览索引（浏览索引（index）选）选词检索词检索（四）（四）PubMed的辅助检索的辅助检索2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室37检索预览检索预览检索历史检索历史索引加词检索索引加词检索2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室38PubMed - Index 索引检索例索引检索例johns hopkins asthma选择著者地址字段选择著者地址字段输入地址起始单词输入地址起始单词点击显示点击显示索引词表索引词表选择相关词条选择相关词条选择词条间选择词条间的逻辑关系的逻辑关系添加到检索框添加到检索框执行检索执行检索2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研

22、室393. History（检索史）：（检索史）：n历次检索式回顾历次检索式回顾n编辑检索式编辑检索式如：如：#5 AND genbacev oau（四）（四）PubMed的辅助检索的辅助检索2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室40检索历史回顾检索历史回顾检索式检索式检索时间检索时间检出篇数检出篇数检索式编号可替代检索式进行输入检索如：检索式编号可替代检索式进行输入检索如：#6 AND genbacev oau2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室414. Details （检索的详细匹配过程）：（检索的详细匹配过程）：n显示检索词转换匹配运算详细过程n用途：转换、确定规范词 如

23、：liver cancer liver neoplasmsn修改检索策略（四）（四）PubMed的辅助检索的辅助检索2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室42检索明细检索明细数据库匹配过程数据库匹配过程检索词转换检索词转换显示用户输入的检索式显示用户输入的检索式2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室43检索策略（检索式）的修改检索策略（检索式）的修改以下途径均能实现检索策略的修改：以下途径均能实现检索策略的修改：n基本检索框中随时修改基本检索框中随时修改n“Limit” n“Preview/index”n“History”n“Details” 2022-6-5复旦大学图书馆文献检索

24、教研室44（五）（五）PubMed的高级检索的高级检索n在一个网页中集检索史、检索字段选择、在一个网页中集检索史、检索字段选择、检索词输入、词表查询、逻辑算符选择、检索词输入、词表查询、逻辑算符选择、检索限定于一体。检索限定于一体。n选择检索字段后，检索框内只能输入检选择检索字段后，检索框内只能输入检索词，不能输入检索式。索词，不能输入检索式。2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室45多栏复合检索多栏复合检索词表查询词表查询栏间逻辑组配栏间逻辑组配2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室46（六）（六）PubMed其他检索服务其他检索服务1. Mesh Database（规范化主题词

25、表）：（规范化主题词表）：n确定规范化主题词确定规范化主题词n查看主题词词义注释、树状结构表查看主题词词义注释、树状结构表n选择副主题词、扩展主题词、主要主题词选择副主题词、扩展主题词、主要主题词 例例1：欲查植物（：欲查植物（plant）生长素（）生长素（growth factor）研究的相关文献。）研究的相关文献。2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室47PubMed 基本检索基本检索n输入检索式：输入检索式： plant* AND grow* AND factor*默认在全部字段中检索默认在全部字段中检索结果太多，相关度低结果太多，相关度低植物植物Synadenium umbell

26、atum Pax的抗肿瘤和抗血管生成活性的抗肿瘤和抗血管生成活性血管内皮生长因子的水平血管内皮生长因子的水平并非植物生长素并非植物生长素2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室48PubMed 基本检索基本检索n输入检索式：输入检索式：plant *TI AND grow*TI AND factor*TI2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室49MeSH规范化主题词表选词检索规范化主题词表选词检索送至检索框送至检索框2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室50输入自由词检索输入自由词检索AND growth factor2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室51MeSH 查

27、找植物生长素结果查找植物生长素结果2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室52详细结果详细结果2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室53检索分析n一般检索逻辑关系粗浅、修饰概念匹配不特定、检索词涵盖不全面n规范检索逻辑关系紧密、修饰概念匹配特定、下位词检索全面2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室54例例2：欲查肾衰竭（：欲查肾衰竭（renal failure）饮食疗法）饮食疗法(diet therapy)疗效观察疗效观察(treatment outcome)的相关文献。的相关文献。基本检索肾衰竭的基本检索肾衰竭的饮食疗法饮食疗法2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室55

28、结果中有些主要内容结果中有些主要内容并非肾衰竭并非肾衰竭2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室56MeSH Database 规范主题词数据库检索规范主题词数据库检索肾衰竭饮食疗法课题肾衰竭饮食疗法课题1.输入检索词输入检索词3.点按规范词可获详细注解点按规范词可获详细注解2.执行浏览执行浏览2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室57主题词注释主题词注释可选副主题词可选副主题词限定作为限定作为主要主题主要主题词匹配词匹配不进行下位词扩检不进行下位词扩检2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室58该主题词所替代的该主题词所替代的非规范词形式非规范词形式主题词树形结构主题词树形结构

29、表：显示该词的表：显示该词的学科隶属关系学科隶属关系2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室59检出结果更为专指检出结果更为专指2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室60进一步用主题词表检索综合疗效观察进一步用主题词表检索综合疗效观察（treatment outcome）2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室612. Journal database（期刊数据库）：（期刊数据库）：n通过输入刊名全称或缩写等浏览特定期刊上发表的文献。n提供电子原文的超链按钮。（六）（六）PubMed其他检索服务其他检索服务2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室62期刊数据库检索期刊数据库检

30、索2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室63输入待检期刊名输入待检期刊名得出期刊详细信息得出期刊详细信息2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室643. 引文匹配器（引文匹配器（Citation Matcher）:n输入题录信息，查找特定文献进行补缺。输入题录信息，查找特定文献进行补缺。n刊名要准确，缩写要标准刊名要准确，缩写要标准n著者姓名大小写不敏感著者姓名大小写不敏感n如查找：如查找：Taiwan I Hsueh Hui Chih由由Chang PY（taiwan yi xue hui za zhi ) 撰撰写、写、 1975 发表文献的其他著者发表文献的其他著者2022-6-

31、5复旦大学图书馆文献检索教研室65输入待检刊名、年份输入待检刊名、年份输入待检第一著者输入待检第一著者特定文献查找（已知文献第一著特定文献查找（已知文献第一著者，欲查其他信息如其他著者等者，欲查其他信息如其他著者等2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室66得出其他著者得出其他著者2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室674.临床问题（Clinical Queries)n专门检索临床研究方法学（循证医学）文献，主要涉及治疗、诊断、病因、和预后四个分类，并提供强调选择，即敏感度（强调查全）或专指度（强调查准）。2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室685.临床警示（Clinica

32、l Alert）n1991年开始，NIH美国卫生健康研究所不定期公布能引起死亡率和致病率升高的临床试验项目重要新闻稿。2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室69（七）（七）PubMed检索结果输出检索结果输出n显示检索结果显示检索结果n保存检索结果保存检索结果n保存检索策略保存检索策略n打印检索结果打印检索结果2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室70显示字段选择（显示字段选择（Display）nAbstract: 来源期刊、标题、著者、著者来源期刊、标题、著者、著者地址、记录性质、文献类型、勘误、评地址、记录性质、文献类型、勘误、评论、论、PMID或或UI、摘要。、摘要。nCit

33、ation: 显示除上述内容外，加显示除上述内容外，加MeSH叙词、化学物质名称、资助项目号等字叙词、化学物质名称、资助项目号等字段。段。nMEDLINE: （最完整，有标识符）（最完整，有标识符）2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室71显示格式选择显示格式选择2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室72排序排序/输出方式选择输出方式选择排序方式排序方式输出方式输出方式2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室73显示记录选择显示记录选择n单一记录显示：著者姓名单一记录显示：著者姓名n所有记录显示：选所有记录显示：选display旁的格式，及旁的格式，及每页显示记录数每页显示记录数n选定记录显示选定记录显示: 方框内打钩方框内打钩2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室74点击作者链接显点击作者链接显示文摘增强格式示文摘增强格式文摘增强格式文摘增强格式电子期刊全文链接电子期刊全文链接2022-6-5复旦大学图书馆文献检索教研室75输出格式选择（输出格式选择（send to）选中题录（或文摘）后选中题录（或文摘）后nText当前网页文本格式，用浏览器文件保存当前网页文本格式，用浏览器文件保存nFile所有记录纯文本格式保存，用对话