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文档简介
1、非靶向性代谢组学中基于质谱的代谢物鉴定Mass appeal: metabolite identification in mass spectrometry-focused untargeted metabolomics应用于代谢组学研究的三种实验策略: 靶标分析(targeted analysis) 半靶标分析(semi-targeted analysis) 非靶标分析(untargeted analysis)非靶标分析的特点靶标与半靶标分析靶标与半靶标分析非靶标分析非靶标分析化学组成和结构已知化学组成和结构未知有成熟的准确、精密、高选择性的研究方法需要探索适合的实验方法有选择的研究部分代谢
2、物基于全部代谢物验证假设的实验(确定代谢物是否存在或定量)产生假说的实验(发现新的代谢物)实验平台气质联用(GC-MS or GCGC-MS)液质联用(LC-MS or HPLC-MS)毛细管电色谱质谱联用(CE-MS)质谱-质谱联用(MSMS)质谱所能提供的信息质合比(m/z)同位素的相对丰度(RIAs)破碎方式可以与标准谱对照的质谱图研究过程中的挑战哺乳动物代谢很容易被干扰代谢物数据库不完整代谢产物物理化学性质的多样化代谢物鉴定的要求metabolites of different nominal massmetabolites with the same nominal mass but
3、 different molecular formula and monoisotopic massmetabolites with the same nominal and monoisotopic masses, but different chemical structures (including chi-rality and isomerism)此外,同一种代谢物质衍生后可能会有多种物质被检出,需要把它们还原为原物质在一个代谢样品中鉴定一种成分,需要区别出:基于GC-MS or GCGC-MS平台 通常使用70eV电子轰击电离源(EI);高可重现性、丰富的结构信息、标准谱图。 以保留
4、时间/保留值(RT/retention index)及质谱图作为鉴定依据 有时难以得到分子离子(无法得知分子量);但使用化学电离(CI)的方式容易得到分子离子 有时结构相近的两种代谢物具有相似的质谱图,如果需要进一步鉴别,可以借助核磁。 很多不在质谱数据库中的代谢物未得到鉴别 引入mass spectral tags (MSTs)的概念,收录代谢物的质谱图和色谱保留值. No clear difference is observed in theEI mass spectra for scyllo-inositol and myo-inositol and chromato-graphic s
5、eparation is required to provide differentiation基于LC-MS平台确定分子式1、质荷比数据库可能的分子式(质荷比越精确,可能的分子式的数目越少)2、同位素相对丰度确定原子个数(也可用同位素标记)3、含盐溶液中的离子可能和碎片离子结合从而影响分子式的确定,预处理(脱盐)可以一定程度上消除此类影响,但可能造成代谢物的丢失4、利用峰对验证(e.g.M+Na+M+H+)5、结合其他的生物和化学信息结合其他生物、化学信息利用代谢物之间的相互转化关系利用同位素的丰度剔除不可能的分子式(文中提供了可供参考的文献,但是没有具体的方法)同位素示踪(通过同位素的标记,可以将所要研究的离子从背景离子中区分出来)此外,有关基于液相色谱保留时间的数据库完整程度不及气相,所以RT的作用有限。质谱-质谱联用将多个质谱串联,目的是有效鉴别具有相近结构的代谢物常用平台:撞击诱导解离(CID)-离子阱
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