生物信息学文章SCI发表_sw_20121026

1、基于生物信息学的方法基于生物信息学的方法发表发表SCISCI文章文章宋伟宋伟http:/目目 录录http:/1 生物信息学简介2 2 生物信息学发表生物信息学发表SCISCI文章优势文章优势3 SCI 简介4 4 基于生物信息学可发表基于生物信息学可发表SCISCI文章内容文章内容5 5 发表发表SCISCI文章流程文章流程一、生物信息学简介一、生物信息学简介生物信息学（bioinformatics）定义：是在大分子方面的概念型的生物学，并且使用了信息学的技术，这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法，并以此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。 (Luscom

2、be,2001)http:/http:/研究内容研究内容生物信息的存储与查询；序列比对；基因预测及基因组分析；分子进化与系统发育分析；RNA结构预测；蛋白质结构预测；分子设计与药物设计；生物网络；生物芯片；一、生物信息学简介一、生物信息学简介归根结底，生物信息学主要研究两种信息载体：DNA分子蛋白质分子从信息学的角度来看，生物分子是生物信息的载体http:/一、生物信息学简介一、生物信息学简介生物分子至少携带着三种生物分子至少携带着三种信息：信息：遗传信息遗传信息与功能相关的结构信息与功能相关的结构信息进化信息进化信息http:/一、生物信息学简介一、生物信息学简介遗传信息的载体DNA。控制生

3、物体性状的基因是一系列DNA片段，DNA通过自我复制，在生物体的繁衍过程中传递遗传信息蛋白质的结构决定其功能：空间结构。DNA分子和蛋白质分子都含有进化信息通过比较相似的蛋白质序列，如肌红蛋白和血红蛋白，可以发现由于基因复制而产生的分子进化证据http:/一、生物信息学简介一、生物信息学简介二二、生物生物信息学优势信息学优势http:/二二、生物生物信息学优势信息学优势20世纪50年代，DNA双螺旋结构的阐明开创了分子生物学的时代。以生物学和医学为主要研究内容的生命科学研究从此进入了前所未有的高速发展的阶段。生物数据激增，平均每10个月翻一番，仅从文章的增长数量来看，分子生物学和遗传学的文献积

4、累从60年代中期的接近10万篇, 到2000年，则增长至约50万篇！HGP生物数据的激增（每10个月翻一番）生物学家数学家计算机科学家生物信息学（bioinfomatics)的诞生http:/另外，更为大量的数据已经不再以传统的文献形式发表；这里，最为典型的是DNA序列的数据。DNA序列的数据已经从80年代初期的约百条序列、几十万碱基上升至90年代末的数十亿碱基及包括人类基因组在内的一大批(数百万)cDNA、基因和基因组序列了。至2000年底，国际数据库中记录的接近一千万条DNA序列的碱基数已超过100亿！也就是说，在短短的约18年间，数据量增长丁近十万倍！http:/二二、生物生物信息学优势

5、信息学优势事实上， 在今天的一个大型的基因测序中心，每天可进行十万个测序反应，产生出l07的序列数据。参与人类基因组测序的公共部分合作的各国测序中心，自1999年6月开始进入大规模测序阶段，在短短的8个月内，测序能力上升了将近8倍。至2000年6月，这些中心在6个星期内的测序量就相当于一个人的基因组。也就是说，每周7天，每天24小时。每秒即可产出1000个碱基的数据！至2000年10月，从230亿的测序数据中产生的草图总数据数已达45亿碱基(45Gb)。http:/二二、生物生物信息学优势信息学优势生物分子数据 计算机计算 + 生物信息是一门交叉学科，无论是生物学，计算机学，数学等都可以对其进

6、行系统研究，进而快速高效的发表SCI文章http:/二二、生物生物信息学优势信息学优势生物信息学发表文章的优势1. 丰富的数据资源和生物软件工具； 数据库：NCBI, EBI, DDBJ, PDB, SWISS-PROT等； 软件工具：Cytoscape，BLAST, R语言，String, David等；2.免去了繁杂和重复的实验；3.速度快；3.是一门新兴的学科且具有长远的研究意义；4.内容丰富，知识庞大，可研究和待解决的问题很多。 包括生物学方面的(如分子的功能如何进化)和计算方面的(如数据库系统间如何最有效地协同)http:/二二、生物生物信息学优势信息学优势三、三、SCISCI介绍介

7、绍http:/Science Citation Index, SCI三、三、SCISCI介绍介绍SCI是美国科学引文索引的英文简称，其全称为：Science Citation Index，创刊于1961年，它是根据现代情报学家加菲尔德(Engene Garfield) 1953年提出的引文思想而创立的。SCI是由ISI（ Institute for Scientific Information Inc.）美国科学情报所出版，现为双月刊。SCI是一部国际性索引，包括有：自然科学、生物、医学、农业、技术和行为科学等，主要侧重基础科学。所选用的刊物来源于94个类、40多个国家、50多种文字，这些国家

8、主要有美国、英国、荷兰、德国、俄罗斯、法国、日本、加拿大，中国等。http:/SCI基本概念引文(Citation)和来源文献(Source Item)： 一篇文章的参考文献称为引文，该篇文章称为来源文献。刊载来源文献的期刊或专著丛书等称为来源出版物(Source Publications)。 被引作者或引文作者(Cited Author)：即参考文献的作者。 引文索引：反映文献之间引用和被引用关系及规律的一种新型的索引工具。影响因子（Impact Factor,IF)是ISI的期刊引证报告中的一项数据。 即某期刊前两年发表的论文在统计当年的被引用总次数除以该期刊在前两年内发表的论文总数。三、

9、三、SCISCI介绍介绍SCI收录范围印刷版(SCI) 双月刊3,500种 联机版(SciSearch) 周更新5,600种 光盘版(带文摘)(SCICDE) 月更新3,500种(同印刷版) 网络版(SCIExpanded) 周更新5,600种(同联机版)http:/三、三、SCISCI介绍介绍四、基于生物信息学发表四、基于生物信息学发表SCISCI文章文章http:/四、基于生物信息学发表四、基于生物信息学发表SCISCI文章文章发表SCI文章的重要性：深入的研究，推动科学发展；提高知名度；个人付出的结晶；基金的申请和评价；获得学位或晋升职称；分享成果的乐趣；http:/基于生物信息学可发表

10、基于生物信息学可发表SCISCI文章内容文章内容基因基因芯片芯片数据的二次挖掘数据的二次挖掘构建疾病数据库构建疾病数据库基因组进化分析药物治疗的生物信息分析基因突变及SNP分析新算法或者新软件包开发构建网络服务器（web service）疾病潜在的候选基因分析基因多态性分析http:/基于生物信息学可发表基于生物信息学可发表SCISCI文章内容文章内容1. 基因芯片数据分析实例：对人肝癌基因芯片数据开始分析，通过数据标准化、质量控制、差异表达基因筛选、基因功能富集分析等流程，得到人肝癌相关基因并预测其分子生物学机理。合作发表文章： He B, et al.A comprehensive ana

11、lysis of the dynamic biological networks in HCV induced hepatocarcinogenesis. PLoS One. 2011 Apr 19;6(4):e18516. PMID: 21526182；影响因子：4.092；http:/基于生物信息学可发表基于生物信息学可发表SCISCI文章内容文章内容2. 疾病数据库的构建实例：从公共数据库收集下载人类肺癌相关数据，利用相关的生物信息学方法对数据进行分析、处理，得到肺癌相关的信息（gene，miRNA，Protein，SNP等），然后构建肺癌数据库。合作发表文章： Wang L, et a

12、l.HLungDB: an integrated database of human lung cancer research.Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D665-9. PMID: 19900972；影响因子：8.026http:/基于生物信息学可发表基于生物信息学可发表SCISCI文章内容文章内容3. 植物细胞器基因组进化分析实例：根据基因组测序和组装获得目标基因组的序列和结构，然后对其进行功能注释、SNP、Repeat以及多态性分析。合作发表文章： Zhang T, ea al.The complete chloropla

13、st and mitochondrial genome sequences of Boea hygrometrica: insights into the evolution of plant organellar genomes.PLoS One. 2012;7(1):e30531. PMID: 22291979；影响因子：4.092http:/基于生物信息学可发表基于生物信息学可发表SCISCI文章内容文章内容4.软件包的开发实例：目前二代测序技术的广泛应用，需要一种全面的高效的质量评价软件来对测序结果进行分析，例如correlation between forward and rever

14、se reads, read GC-content distribution, base Ns quality等，本实验还特别创新了新的功能： detect and remove duplicate reads after taking sequencing errors into account and trimming low quality reads from raw data。合作发表文章： Zhang T, ed al.BIGpre: a quality assessment package for next-generation sequencing data.Genomics

15、Proteomics Bioinformatics. 2011 Dec;9(6):238-44. PMID: 22289480；http:/基于生物信息学可发表基于生物信息学可发表SCISCI文章内容文章内容5. 构建网络服务器实例：通过对现有的算法或者新开发的算法进行编程，然后实现在线的计算、分析和预测等功能。合作发表文章： Lun Yang, et al. SePreSA: a server for the prediction of populations susceptible to serious adverse drug reactions implementing the met

16、hodology of a chemicalprotein interactome. Nucleic Acids Res. 2009 July 1; 37(Web Server issue): W406W412. PMID: 19417066 ；影响因子：8.026http:/基于生物信息学可发表基于生物信息学可发表SCISCI文章内容文章内容6. 药物治疗疾病的生物信息学分析说明：通过对比药物处理前后的疾病芯片的基因差异表达，利用适当方法筛选差异表达基因，并对其进行功能分析和代谢分析，从而阐述药物治疗的机理。合作发表文章： Shao L, et al. Dynamic network of

17、transcription and pathway crosstalk to reveal molecular mechanism of MGd-treated human lung cancer cells. PLoS One. 2012;7(5):e31984. PMID: 22693540 ；影响因子：4.092http:/基于生物信息学可发表基于生物信息学可发表SCISCI文章内容文章内容7. 疾病潜在的候选基因分析说明：通过对芯片数据的挖掘，得到疾病的差异转录调控网络，进而对网络进行聚类分析和功能注释分析，得到疾病潜在的候选基因及功能。合作发表文章： Bai J, et al. Tr

18、anscriptome network analysis reveals potential candidate genes for squamous lung cancer. Int J Mol Med. 2012 Jan;29(1):95-101. PMID: 21922129 ；影响因子： 1.573http:/基于生物信息学可发表基于生物信息学可发表SCISCI文章内容文章内容8.基因多态性分析说明：通过研究不同的地区人类某基因的外显子及内含子序列，得到不同的某基因多态性，进而构建基因多态性数据库。合作发表文章： Chen L, et al. Genetic polymorphism

19、analysis of CYP2C19 in Chinese Han populations from different geographic areas of mainland China. Pharmacogenomics. 2008 Jun;9(6):691-702. PMID: 18518848；影响因子： 3.9748http:/合作发表合作发表SCISCI文章举例文章举例1. Zhang, T., et al., The Complete Chloroplast and Mitochondrial Genome Sequences of Boea hygrometrica: In

20、sights into the Evolution of Plant Organellar Genomes. PLoS One, 2012. 7(1): p. e30531.2. Zhou, H., et al., Genomic analysis of the multidrugresistant Acinetobacter baumannii strain MDRZJ06 widely spread in China. Antimicrob Agents Chemother, 2011. 55(10): p. 4506 12.3. Zhang, T., et al., An efficie

21、nt procedure for plant organellar genome assembly, based on whole genome data from the 454 GS FLX sequencing platform. Plant Methods, 2011. 7: p. 38.4. Zhang, T., et al., BIGpre: A Quality Assessment Package for NextGeneration Sequencing Data. Genomics Proteomics Bioinformatics, 2011. 9(6): p. 238 4

22、4.5. Yang, L., et al., Chemicalprotein interactome and its application in offtarget identification. Interdiscip Sci, 2011. 3(1): p. 22 30.6. Yang, L., et al., Exploring offtargets and offsystems for adverse drug reactions via chemicalprotein interactome clozapineinduced agranulocytosis as a case stu

23、dy. PLoS Comput Biol, 2011. 7(3): p. e1002016.7. Xuan, J., et al., Metabolomic profiling to identify potential serum biomarkers for schizophrenia and risperidone action. J Proteome Res, 2011. 10(12): p. 5433 43.8. Xiao, Y., et al., Characterization of a novel missense mutation on murine Pax3 through

24、 ENU mutagenesis. J Genet Genomics, 2011. 38(8): p. 333 9.9. Wen, Z., et al., Discovery of molecular mechanisms of traditional Chinese medicinal formula SiWuTang using gene expression microarray and connectivity map. PLoS One, 2011. 6(3): p.e18278.10. Sardana, D., et al., Drug repositioning for orph

25、an diseases. Brief Bioinform, 2011. 12(4): p 346 56.合作发表合作发表SCISCI文章举例文章举例11. Luo, H., et al., DRARCPI: a server for identifying drug repositioning potential and adverse drug reactions via the chemicalprotein interactome. Nucleic Acids Res, 2011. 39(Web Server issue): p. W492 8.12. Li, P., et al., A

26、tPID: the overall hierarchical functional protein interaction network interface and analytic platform for Arabidopsis. Nucleic Acids Res, 2011. 39(Database issue): p. D1130 3.13. Chen, G., et al., De novo transcriptome assembly of RNASeq reads with different strategies. Sci China Life Sci, 2011. 54(

27、12): p. 1129 33.14. Chen, G., C. Wang, and T. Shi, Overview of available methods for diverse RNASeq data analyses. Sci China Life Sci, 2011. 54(12): p. 1121 8.15. Chen, G., et al., Revealing the missing expressed genes beyond the human reference genome by RNASeq. BMC Genomics, 2011. 12(1): p. 590.16

28、. Yang, L., et al., ReCGiP, a database of reproduction candidate genes in pigs based on bibliomics. Reprod Biol Endocrinol, 2010. 8: p. 96.17. Xu, F., et al., Global protein interactome exploration through mining genomescale data in Arabidopsis thaliana. BMC Genomics, 2010. 11 Suppl 2: p. S2.18. Wan

29、g, L., et al., HLungDB: an integrated database of human lung cancer research. Nucleic Acids Res, 2010. 38(Database issue): p. D665 9.19. Shi, L., et al., The MicroArray Quality Control (MAQC)II study of common practices for the development and validation of microarraybased predictive models. Nat Bio

30、technol, 2010. 28(8): p. 827 38.20. He, B., et al., HCCNet: an integrated network database of hepatocellular carcinoma. Cell Res, 2010. 20(6): p. 732 4.合作发表合作发表SCISCI文章举例文章举例21. Du, J.F., et al., Cloning, expression and functional analysis of CuZnSOD gene in swine. Yi Chuan, 2010. 32(10): p. 1037 42

31、.22. Yang, L., L. Xu, and L. He, A CitationRank algorithm inheriting Google technology designed to highlight genes responsible for serious adverse drug reaction. Bioinformatics, 2009. 25(17): p. 2244 50.23. Yang, L., et al., SePreSA: a server for the prediction of populations susceptible to serious

32、adverse drug reactions implementing the methodology of a chemicalprotein interactome. Nucleic Acids Res, 2009. 37(Web Server issue): p. W406 12.24. Yang, L., J. Chen, and L. He, Harvesting candidate genes responsible for serious adverse drug reactions from a chemicalprotein interactome. PLoS Comput

33、Biol, 2009. 5(7): p. e1000441.25. Xing, Y., et al., Systematic screening for polymorphisms within the UGT1A6 gene in three Chinese populations and function prediction through structural modeling. Pharmacogenomics, 2009. 10(5): p. 741 52.26. Wei, Z., et al., Association analysis of serotonin receptor

34、 7 gene (HTR7) and risperidone response in Chinese schizophrenia patients. Prog Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry, 2009. 33(3): p. 547 51.27. Hirao, T., et al., Complete nucleotide sequence of the Cryptomeria japonica D. Don. chloroplast genome and comparative chloroplast genomics: diversified ge

35、nomic structure of coniferous species. BMC Plant Biol, 2008. 8: p. 70.28. Chen, L., et al., Genetic polymorphism analysis of CYP2C19 in Chinese Han populations from different geographic areas of mainland China. Pharmacogenomics, 2008. 9(6): p. 691 702.29. Lou, J., J. Xue, and Q. Lin, Transcriptomewide Network Analysis of Squamous Lung Cancer Reveals Potential Methylation G