NIS-emelments软件操作指南

1、精选优质文档-倾情为你奉上 NIS-Elements AR快速上手指南尼康仪器（上海）有限公司2009年4月NIS-Elements软件操作指南（一） 认识NIS-Elements的操作界面（1）主菜单栏；（2）上图标工具栏；（3）左图标工具栏；（4）窗口排布选择；（5）控制窗口边栏；（6）图片显示区域；（7）状态栏上图标工具栏和左图标工具栏图标介绍：专心-专注-专业 Open：打开文件Save：保存当前文件Save next：将当前文件保存为新文件Print：打印Undo：撤销前一步操作Redo：还原一步撤销的操作Live Fast：快速预览Z Stack Live：Z轴序列预览Integr

2、ate：叠加，多次拍摄图像累积Average：平均，多次拍摄图像平均RAM Buffer ON：打开内存拍摄Capture to RAM Buffer：拍摄存至缓存·Backgroud Correction ON：打开背景校正Optical Configurations：打开光路配置设定New Optical Configuration：创建光路配置Pointing Tool：指针按钮Magnifier Glass：图像放大工具Annotations & Measurement：注释和测量Binary Toolbar：二元蒙板编辑工具Define/Run Experiment

3、：打开多维拍摄窗口Capture Time Lapse：拍摄时间序列Capture Z Series：拍摄Z轴序列Capture Multichannel：拍摄多通道Capture Multipoint：拍摄多点Copy：复制Paste As New Image：粘贴复制图像Crop：剪切Run Macro：执行宏命令Close All：关闭全部窗口General Option：打开设置窗口Customize Toolbar：自定义工具栏控制窗口介绍：NIS-Elements软件所有控制窗口均可以在主菜单栏View菜单下找到，或者在图片显示区域点击鼠标右键弹出。Acquisition：n AV

4、I Acquisition：AVI拍摄n Auto Capture Folder：自动拍摄存储文件夹n Camera Settings*：相机设定n Capture FRET Image*：拍摄FRET图像n Filters and Shutters*：滤色块和光闸控制n Lamp*：光源控制n ND Acquisition*：多维图片拍摄n Nosepiece*：物镜转盘控制n Microscope Control Pad*：显微镜控制面板n XYZ Navigation*：XYZ导航n Z Series*：Z轴序列Visualization:n Binary Layers：二元蒙板层编辑n

5、 Histogram：柱状图n LUTs: LUTsn Opened Images：已打开图像n Preview： 预览窗口n Synchronizer：窗口同步器n XY Overview*：XY预览Analysis:n Annotations and Measurements：注释和测量n Automated Measurement：自动测量n Automated Measurement Results：自动测量结果n Binary Toolbar：二元蒙板编辑工具n Colocalization：共定位分析n EDF Z-Profile*：Z序列景深扩展n Intensity Profi

6、le：光强分析n Object Count*：目标计数n Object Classifier*：目标分类n Pixel Classifier：像素分类n ROI Statistics：ROI统计n RT Deconvolution*：实时反卷积n Thresholding： 阈值分析n Time Measurement：时间测量n Tacking*：轨迹分析n Volume Measurement：体积测量* 对应的窗口是可选的，在选择了相应软件模块，插件或者相关电动部件正确连接下可使用。（二）NIS-Elements软件的开启和图片拍摄. 打开NIS-Elements软件：1. 在开启软件前

7、，请确认已打开所有需要用到的硬件。双击桌面图标打开软件（Vista系统需要点击Allow确认运行该软件）；2. 选择对应的相机，点击继续。如果只是做图像分析，请选择No Grabber。单击OK；注意：相机的选择在NIS-Elements打开后也可以进行，选择Acquire菜单下Select Camera选项，确认要选择的相机并激活使用。多相机切换也可以通过此选项完成。3. 右键打开Camera Setting，在设置界面设置相机曝光时间，分辨率以及其他可调的设置；. 单张图片拍摄：1. 配置光路， 显微镜拍摄图像时，必须根据需要成像的模式设置好光路（参考显微镜操作指南），出光口切换到相机所安

8、装的端口（例如L100，R100等）。2. 从相机预览图像，点击上工具栏 图标，进行图像快速预览，该预览模式图像属性对应camera setting窗口的fast Capture设定。点击 图标，进行图像预览，该预览模式图像属性对应camera setting窗口的Capture设定。单击 图标，预览停止。3. 图像拍摄，设定曝光时间或点击自动曝光后，点击 按钮拍摄一张图片。注意：彩色相机需要在拍照前将探测框放在空白位置做白平衡，以避免拍摄画面色彩失真。. 时间序列图像拍摄（Time Lapse Acquisition）：1. 点击Acquire菜单下，Capture Time Lapse选项

9、，打开如上窗口，在Time Schedule里（图片2位置）设定需要拍摄时间序列图像的时间间隔，总图片数，或者总时间（总图片数和总时间只需要根据实验需求设定其中一个，软件自动计算另一个数值）；也可以定义多个不同的时间序列，软件将依次执行。2. 选择图片1位置Save to File选项，图像序列可以一边拍摄一边保存，以避免断电或内存不足等意外造成前面拍摄数据的丢失。拍摄数据量很大的情况下，请选择此项并设定保存文件夹。3. 图片3位置对应可以在拍摄时进行的操作，例如关闭透射光等待1秒，自动对焦的设定等，还可以在运行拍摄程序前后加入相应宏命令来达到想要的功能。例如在拍摄前执行Live（）；命令，可

10、以应用自动曝光来拍摄每一帧，使拍摄图片达到最佳曝光时间。4. 选择Perform Time Measurement选项，选定ROI区域，可以在时间拍摄过程中实时监视荧光强度的变化。拍摄进度可以在本窗口最上面进度条上显示。5. 点击Run Now按钮开始拍摄。注意：配置电动光闸或电动长寿命汞灯情况下，做长时间拍摄，请选择Close active Shutter when Idle选项，以避免荧光淬灭，长时间强光照射造成细胞的光毒性。注意：Live（）；宏命令在大部分情况下可以正常使用，但是在某些循环设定的情况下可能工作不正确，当遇到此情况时，请使用LiveNoMsgLoop();宏命令代替。.

11、多点图像的拍摄（Multipoint Acquisition）1. 在配置了XY电动载物台并正确连接时该功能可以使用，点击Acquire菜单下，Capture Multipoint选项，打开如上窗口，在Points栏里（图片1处）设定需要拍摄多点图像的各个位置，可以根据需要点击列表前空白的可选框，增加当前预览位置为拍摄的一个位置；2. 如果需要回览前面选定的点，只用鼠标左键单击相应的列表项目，载物台将自动移动到对应的位置。如果需要微调并更新这个位置，请单击XYZ数值旁边的箭头按钮（如1处列表#3的显示）更新位置列表；3. 列表里的所有点的相关信息可以在图片3处的选项里被保存和重新调用；4. 点

12、击Run Now按钮开始拍摄。注意：如果对例如使用96孔板等规则排列的位置进行拍照，可以使用WP下拉菜单下Custom选项，定义行数和列数，以及起始和终止位置，一次获得多点的定义。注意：当配置PFS时或者选择自动对焦拍摄，Z轴位置可以不包含在多点设置内（图片2位置选择），可以去掉此项选择。如果是单个样本的同一层面的多点观察可以选择PFS一直开着。. Z轴序列拍摄（Z Series Acquisition）1. 点击Acquire菜单下Capture Z Series里Capture Automatically选项，打开如上窗口，在范围设定里（图片1位置）选定需要拍摄Z轴图像的范围，有从左到右对

13、应3个图标对应的3种不同的设定方式：选取顶面和底面、对称范围选择、不对称范围选择，后两种方式只需要找到焦平面根据经验设定上下偏移的范围即可。2. 当拍摄区域选择完毕后，在图示2的位置，会出现扫描范围显示，设定需要拍摄的步进距离或者拍摄Z轴层数，选择仪器所配置的电动z轴设备；3. 点击Run Now按钮开始拍摄。注意：PFS功能在Z轴拍摄时会自动关闭，拍摄完毕后重新开启，并回到之前定义焦平面。. 多色荧光<多通道>拍摄（Fluorescence Acquisition <Multi-channel>）1. 点击Acquire菜单下，Capture Multi-channe

14、l Image里Capture Automatically/manually选项，打开如上窗口；2. 通道设定，如图1位置，在Optical Conf.下拉菜单里选择需要拍摄通道的光路配置，如果没有对应的选择，可以新建一个新的optical configuration，并选择最后得到画面的伪彩色。可以根据需要设置各个荧光通道和DIC通道；3. 点击Run Now按钮开始拍摄，如果配置了手动的设备，需要选择图片2位置的选项，在拍摄前手动切换光路。注意：卤素灯开启到光亮度稳定大约需要2秒，在拍摄DIC图像时，如果直接拍摄会导致曝光不一至问题。解决此问题可以配置透射光光闸或者在拍摄DIC图像之前利用

15、宏命令等待2秒。同样，关闭卤素灯也需要约2秒时间，请将荧光通道拍摄放在DIC通道之前，或者等待2秒拍摄。. 拼图功能（Large Image Acquisition）1. 在电动载物台配置并正确连接时，点击Acquire菜单下，Grab Large Image里Capture Automatically选项，打开如上窗口，选择设定需要拍摄的视场数目或者面积大小；2. 点击run now按钮开始拍摄。注意：在未配置电动载物台时可以在Acquire菜单下，Grab Large Image Manually选择手动拼接图片。. 6D拍摄（6D Acquisition）1. 在已购买6D插件时，点击A

16、pplications菜单下，Define/Run Experiments选项，打开如上窗口，选择需要进行多维拍摄的项并参照前面所述设置各个拍摄条件；2. 拍摄顺序在进度栏里从上到下排列，可以选择右边箭头来更改拍摄顺序（请注意不是所有顺序都可以更改）。3. 点击run now按钮开始拍摄。（三） 图片的保存和查看. NIS-Elements软件图片图层：NIS-Elements软件显示图片分为3个基本层次：1). 注释层：保存注释，测量信息；2). Binary层：二元阈值分析；3). 图像层：根据相机不同获得不同位深的图片。. NIS-Elements文档类型 1). RGB图像：彩色相机拍

17、摄图片格式； 2). 多通道图像（Multi-channel）：多通道拍摄单幅图片； 3). Nd2多维图像：包括时间，Z轴，多点，多通道等的多维图像。. NIS-Elements拍摄图片保存的格式：NIS-Elements软件默认的图片格式有2种，jp2000格式用于单一图像的保存，nd2格式用于多维图像的保存。图像也可以保存成tif，jpg，bmp，gif，png等，多维图像可以保存成avi等常见格式。注意：请在保存所需要图片格式前保存拍摄默认原始格式，原始格式包含图片拍摄所有条件信息。查看拍摄信息，请在图像上单击鼠标右键选择image property。调用原图片拍摄条件，请在图像上右击

18、鼠标选择reuse camera settings工具。注意：如果要在Windows或者Office软件里查看拍摄得到的图片，需要在image菜单下convert栏里将图片转换成8位RGB图像，并另存为常见图片格式，例如tif，jpg等。如果需要批量转换图片，请参考本章后附件一。. 图像查看1). LUTs a. 执行LUT图标，应用LUT到当前图片；b. 实时LUT，根据当前画面自动调节LUT动态范围；c. 自动调节LUT范围；d. 关闭LUT功能；e. 添加过饱和指示； f. 应用LUT到当前图像。右上图中LUT 3个三角形依次为，背景扣除调节、对比度调节、荧光亮度增强调节。对于多通道图像

19、可以分通道单独调节。注意：应用f按钮后，图片原始荧光强度信息会被改变，如果要对图片荧光强度进行测量，请勿按此按钮。2). 多通道平铺显示(Split Components)a. 多通道平铺显示按钮。3). 缩放控制（Room Control）a. 依次为适应窗口，原尺寸显示，放大，缩小按钮。4). 一般控制（general control）a. 显示探测框，探测框应用与光强柱状图，自动曝光和自动白平衡功能；b. 显示背景框，背景框用于参考区域的背景扣减（Image >Background >Subtract Background）；c. 显示网格，用来做粗略的距离的查看；d. 显示

20、标尺，给图像加标尺，如果要用其他格式输出图片，请使用Burn Scale功能；e. 测量框，选择测量范围；f. 感兴趣区域选择；g. 路径光强分析，使用View>Analysis Control>Intensity Profile功能可以用来查看任意直线，折线路径上的各通道光强分布。以上各个按钮处，均可以单击鼠标右键进行详细的设定和相应属性的更改。5). 状态栏（Status Bar）：显示当前图像定标信息，指针位置，光强，图像形式和分辨率。6). 通道的控制: 对于多通道图片，用鼠标左键选择已拍摄图片的某个通道，将其拖出窗口即可得到单通道图像。如果要合并2个单通道图片，只需要将一

21、张图片的通道选中，同样用鼠标左键将其拖动到需要合并的图片窗口即可。通道的颜色可以用鼠标在对应通道位置右击，在channel property对话框中进行更改。7). nd控制a). 在时间序列拍摄时插入一个事件记录点；b). 选择时间附近帧数播放，在此处点击右键设置；c). 帧域选择工具，按住Ctrl用鼠标左键选中单帧，按住Shift用鼠标左键可以选中一系列帧。在帧选择条中右击鼠标可以对选中的帧进行删除，保留等操作。d). 取消帧域选择。e). 下面是播放控制栏，R表示实时播放，M表示最大速度播放。8). nd图像查看（请看示例图片）a). 主视图，显示XY图像；b). 最大/最小光强重建；c

22、). Z，T序列可用，同时显示正交位置的XY，XZ和YZ重建图像；d). Z序列可用，3维视图重建；e). Z，T和多点序列可用，平铺显示各拍摄图片。（四）图片分析 1). ROI Statistics感兴趣区域统计: 在图片显示区域点击鼠标右键弹出菜单选择Analysis里ROI Statistics项，弹出以下窗口，ROI栏即可得到感兴趣区域面积，光强，信噪比等信息。2). Thresholding阈值分析: 阈值分析是通过软件生成一个Binary图层，来进行图像的分析。1. 阈值分析模式选择：根据所需分析图片类型选择相应的分析模式，RGB，HSI（对比度，饱和度，亮度分析），MCH（单通

23、道分析），Intensity（亮度分析）。2. 阈值选取工具，选取相应大小范围阈值加入到所选范围内，点击 可以对选取阈值范围更新计算Binary。选中 可以实时更新Binary图层信息。3. 手动选择阈值范围，或者在左上或者右上角输入数字来约束阈值范围；4. 从左至右依次为清除碎片工具，平滑边缘工具，形态学分割器，可以用来去除图片内细小碎片干扰，自动圆滑区域边缘，自动分割有交叠的多个目标；5. 对上面得到的目标进行筛选工具，根据大小，周长，亮度等信息设定需要的Binary目标。3). Binary Edit二元蒙板层编辑：NIS-Elements软件提供Binary编辑工具。按键盘的Tab键或

24、者在Binary菜单选择Binary Edit项，软件自动切换到编辑界面，可以进行Binary区域的填充，切割，增加目标区域，修改目标区域等功能。注意：Binary Edit可以进行前景和背景的编辑，编辑的时候请确认左上角图标是FG（前景）还是BG（背景）。4). Object Count目标计数：依照Thresholding的方法选择相应的目标，按执行按钮，软件会自动计算当前条件下的目标数量，并在下面列表中显示每个目标的面积，平均光强，周长等等特征测量的信息（具体可测量的参数类型请参见软件手册）。选择 按钮可以以同样条件对整个nd文件的每一帧图片进行分析计数，然后在图标 右端下拉菜单选择输出格式为txt文本或者excel表格（需要系统安装了office）。如果要看所有目标的统计数据，请在ROI Statistics里的Binary栏查看。5). Annotations and Measurements标注和手动测量：此工具可以在图片上进行箭头，选框，文字，感兴趣区域的标记；测量长度，面积，角度，半径，半轴长等参数，显示在下面的数据表中。另外还有目标计数和分类等功能6). Time Measurement时间测量：在时间序列图像上选取感兴趣区域进行时间测量，可以选择多个感兴趣区域进行测量，也可以对感兴趣区域的多个通道进行时间测量。测量结果可以以图表或者数据表格的形式