lammps初学者in文件资料中文解析汇报_第1页
lammps初学者in文件资料中文解析汇报_第2页
lammps初学者in文件资料中文解析汇报_第3页
lammps初学者in文件资料中文解析汇报_第4页
已阅读5页,还剩6页未读 继续免费阅读

下载本文档

版权说明:本文档由用户提供并上传,收益归属内容提供方,若内容存在侵权,请进行举报或认领

文档简介

1、实用文案Lammps初学者 in 文件中文解析( 1)初始化Units :Units 命令是用来设定模拟的原子类型。Units style(lammps现在提供的有style=LJ 、real 、metal 、 si 、cgs、electron )LJ 是硬球模型Real 是真实的原子模型Metal 是金属原子模型Si 是硅(半导体)原子模型CgsElectron是电子模型Dimension :Dimension 命令是用来定义模拟的维度,默认情况为三维。Dimension N ( N=2,3)Boundary:Boundary 命令是用来设定模拟的边界条件。Boundary x y z( x

2、, y, z=p,s,f ,m四种类型中的一种或者两种)P 是周期性边界条件S 是自由边界条件(但是具有收缩性)F 是固定边界条件M是具有最小值的自由边界条件(但是具有收缩性)标准文档实用文案Atom-style :Atom-style定义了模拟体系中的原子属性。Delete-atoms :Pair-style:Pair-style定义了相互作用力场类型,即势函数。( 2)原子定义1、Read-data/read-restart:Read-data 或 read-restart为从 data 或 restart文件中读取内容来定义原子。2、Lattice:lattice是用来原子类型构建模型晶

3、格结构。Lattice style scale keyword values.Style 表示点阵类型,点阵类型有none、sc 、bcc、fcc 、hcp、 diamond、sq、 sq2、hex、custom。Scale 表示构建的点阵类型的单位长度Keyword 表示后面可以追加0 个或者多个关键字,关键字有origin、orient 、spacing 、a1、 a2、a3、basis 。各关键字意思为:Region:标准文档实用文案Create-box :Create-box 命令用于在 regionbox 命令指定的区域内创建一个模拟的盒子。Create_box N region-I

4、DN为使用该原子类型进行模拟Region-ID 为使用区域的 ID 使用模拟域Create-atoms :Create-atoms 用于在所创建的模拟的盒子中填充某种原子。Create_atoms type style args keyword values .( 3)设定:力场系数Pair-coeff:模拟参数NeighborNeighbor 是定义Neighbor skin styleSkin 为Style 可取 bin 、nsq、 multiNeighbor-modify :Group:Timestep :标准文档实用文案Timestep 是定义模拟的时间步长。Timestep dtDt

5、 为时间步长(时间单位) ,默认为 1psReset-timestep:FixFix 为定义对部分原子或者对系综的操作。/doc/fix.htmlFix ID group-ID style argsID=指定的操作名称编号(如1、2、3. )Group-ID= 制定操作范围的原子(如all )Style= 操作内容,如何操作Args=相关操作内容的相关操作参数Fix-nvt :恒定 N(原子数量)、 V(体积)、T(温度)对时间积分Fix-npt :恒定 N、P、T 对时间积分Unfix :Compute/compute-modify :输出选项T

6、hermo:Thermo命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。Thermo N每隔 N 个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者log 文件Thermo_style :标准文档实用文案Thermo_style命令主要是用来说明采样的内容,即输出到屏幕或者LOG文件中的内容。(/doc/thermo_style.html)Thermo_style style argsStyle=one 、multi 、customArgs=特定的参数列表One args=noneMulti args=noneCustom args=list of attribu

7、tesPossible attributes=step、elaosed 、elaplong 、dt 、cpu、tpcpu 、spcpu、Atoms、temp、press 、 pe、ke、otatal、enthalpy 、Evdwl、ecoul 、epair 、ebond、eangle 、edihed 、 eimp、Emol、 elong 、etail、Vol 、lx 、 ly 、lz 、xlo 、xhi 、ylo 、 yhi 、zlo 、zhi 、Xy、xz 、yz、 xlat 、ylat 、zlat 、Pxx、pyy、pzz、 pxy、 pyz、pxz、Fmax、 fnorm 、Cella

8、、cellb 、cellc 、cellalpha、cellbeta、cellgamma、c_ID、 c_IDI、 c_IDIJ、f_ID 、 f_IDI、 f_IDIJ、V_nameDump:Dump命令主要是用来输出计算后单个原子的相关信息的。标准文档实用文案Dump ID group-ID style N file argsID:自己给这个 dump命令定义的一个代号(自定义)group-ID :那些信息需要被输出的原子群(预先定义好group )Style :类型N:每经过多少时间步输出信息File :输出名称Args:相关参数(每个类型不同)Restart :( 4)运行Run: Mi

9、nimize :例一units metal #单位为 lammps 中的 metel类型boundary p p p #周期性边界条件atom_style atomic #原子模式lattice fcc 3.61 # Cu的晶格常数 3.61region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z各方向上的晶胞重复单元数,也即区域大小create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子 create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子 pair_style eam # 选取 Cu 的 EAM势作为模型pair_coeff * * Cu_u3.eam #

10、 EAM势文件名称run 0 #运行 0 步,仅为启动 lammps 的热力学数据计算标准文档实用文案variable E equal pe #定义变量 E 为系统总势能variable N equal atoms #定义变量 N 为系统总原子数print the number of atoms & system energy now are $N $E #打印信息create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 #在该位置插入一个原子min_style sd #能量最小化模式, sdminimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 #能量最小化参数

11、,指数越大最小化程度越深print interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $Efix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt系综,原子数、体积和温度保持不变 ;T=100Ktimestep 0.005 #步长 0.005fsrun 1000 #运行 1000 步print nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $Efix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt系综,温度由

12、100K 到 0.0001Krun 1000 #运行 1000 步print nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $Ecompute 3 all pe/atom #计算每个原子的势能compute 4 all ke/atom #计算每个原子的动能compute 5 all coord/atom 3.0 #计算每个原子的近邻原子数dump1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 将信息写入 dump.atom min_style sdminimize 1.

13、0e-12 1.0e-12 10000 10000 #再次能量最小化print the final state: $N atoms, total energy is $E #打印信息例二boundary p s s#边界条件,拉伸方标准文档实用文案向是周期性, 其余是自由边界; 如果是薄膜拉伸则是两个周期性, 块体则是三个周期性unitsmetal#单位制定义为metalatom_style atomic#原子类型自动neighbor 2.0 bin#截断半径相关的东西neigh_modifydelay 1 check yes#邻近原子列表更新速度#create geometrylattice

14、fcc3.61#定义晶胞为 fcc ,晶格常数 3.61Aregion box block 0 30 0 3 0 3#定义一个长方体区域叫box,长 30,宽和高是 3create_box 1 box#创建了这样一个boxcreate_atoms 1 box#在 box 里创建了一种原子mass1 63.546#定义这种原子的质量是 63.546# potentialspair_styleeam#定义势函数是EAMpair_coef* * Cu_u3.eam#势所需要的参数在此文件里#define groupsregion1 block INF 1 INF INF INF INF#定义了一个叫

15、 1 的区域groupleftregion1#定义此区域里的原子叫left标准文档实用文案region2 block 29 INF INF INF INF INF#定义了一个叫 2 的区域grouprightregion2#定义此区域里的原子叫rightgroupboundaryunion leftright#定义left+ right = boundarygroupmobile subtract all left#定义 mobile= all - left# initialvelocitiesvelocity left set 0.0 0.0 0.0 # 设置原子初速度为 0computep

16、 all pressure thermo_temp #计算应力,计算结果记为 pvariablepressxequal c_p1#定义变量pressx=c_p1,c_p1的意思是 p 里第一个值variablepressyequal c_p2#定义变量pressy=c_p2,c_p2的意思是 p 里第二个值variablepresszequal c_p3#定义变量pressz=c_p3,c_p3的意思是 p 里第三个值thermo_stylecustom step temp etotalpress v_pressxv_pressyv_presszvoldump 1 all atom 1000

17、dump.tensile#输出结果到 dump.tensileminimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000#驰豫fix1 left setforce 0.0 NULL NULL#固定左边的原子标准文档实用文案fix 2 all npt 1.0 1.0 1.0 aniso 0.0 0.0 NULL NULL NULL NULL 10.0 drag 1.0thermo 1000#每 1000 步输出一次结果timestep0.002#时间步长 0.002psrun10000#运行 10000 步unfix2fix3all nvefix4all temp/rescale 100 1.0 1.0 5 1.0fix5alldeform 1000 x erate 0.002 units box # 设置沿 x 方向拉伸,应变率为 0.002(1/ps)computesallstress/atom#计算每个原子上的应力,计算结果记为scomputestrea all reduce sum c_s1#将 s 里第一个值求和,计算结果记为 streavaria

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明,都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等,如果需要附件,请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸,网页内容里面会有图纸预览,若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑,并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容,请与我们联系,我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论