基因启动子序列的查找实用教案

1、一、基因(jyn)序列查找NCBI选择“Gene”输入基因(jyn)的名字（）-Search第1页/共21页第一页，共22页。基因序列(xli)查找选择特定物种(wzhng)的p53基因eg.TP53(human)第2页/共21页第二页，共22页。基因序列(xli)查找获得TP53基因(jyn)的详细信息：基因(jyn)名称、全称、别名、类型等。下拉获得更多详细信息第3页/共21页第三页，共22页。基因序列(xli)查找基因组结构：不同版本中，此基因在染色体中的位置、转录(zhun l)方向等。第4页/共21页第四页，共22页。基因序列(xli)查找基因(jyn)组区域，转录，产出：p53基因

2、(jyn)在不同转录本中的信息点击GenBank第5页/共21页第五页，共22页。GenBank :获得基因详细信息：位置(wi zhi)、定义、登录号、版本、特征、碱基序列等。第6页/共21页第六页，共22页。基因序列(xli)查找FASTA :获得基因(jyn)的全部序列（包括非转录区序列）。第7页/共21页第七页，共22页。启动子序列(xli)的查找1、在NCBI中查找所需的基因(jyn)（以p53为例）查找P53的基因(jyn)序列；第8页/共21页第八页，共22页。启动子序列(xli)的查找1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）选择(xunz)特定物种的P53基因，例如hum

3、an.第9页/共21页第九页，共22页。启动子序列(xli)的查找1、在NCBI中查找所需的基因(jyn)（以p53为例）获得human p53基因(jyn)的详细信息第10页/共21页第十页，共22页。启动子序列(xli)的查找2、确定此基因在染色体上的位置和转录(zhun l)方向（正向/反向）；转录(zhun l)方向：从右向左，反向转录(zhun l)，说明启动子区与第一外显子区位于此段基因的右侧。第11页/共21页第十一页，共22页。启动子序列(xli)的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度(chngd)；获得FASTA格式的序列信息，右侧为此段基因的长度(chngd)：7668

4、402-7687550bp.启动子区位于基因5端2000bp，即7687550-7689550bp第12页/共21页第十二页，共22页。启动子序列(xli)的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度；查找第一外显子的位置：在p53基因的详细信息页面(y min)中查找mRNA的详细信息，确定其在基因序列中的位置。第13页/共21页第十三页，共22页。启动子序列(xli)的查找3、确定(qudng)启动子区与第一外显子区的长度；进入P53基因mRNA的详细信息界面第14页/共21页第十四页，共22页。启动子序列(xli)的查找3、确定(qudng)启动子区与第一外显子区的长度；进入P53基因mR

5、NA的详细信息界面，找到exon（第一外显子）的位置：1-174bp第15页/共21页第十五页，共22页。启动子序列(xli)的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度；进入P53基因FASTA信息(xnx)的界面，确定第一外显子的长度：第一外显子位于基因5端1-174bp的位置，由于基因为从右向左反向转录，第一外显子位于启动子（ 7687550-7689550bp ）的左侧174bp：7687376-7687550bp；第一外显子+启动子： 7687376-7689550bp第16页/共21页第十六页，共22页。启动子序列(xli)的查找4、下载启动子区与第一外显子区的序列；数据保存(boc

6、n)为FASTA格式第17页/共21页第十七页，共22页。启动子序列(xli)的查找4、下载启动子区与第一外显子区的序列；数据(shj)保存为FASTA格式，用word打开。第18页/共21页第十八页，共22页。启动子序列(xli)的查找4、下载启动子区与第一外显子区的序列；去除序列中的段落标记：Word-查找替换(t hun)-特殊格式-段落标记-全部替换(t hun)第19页/共21页第十九页，共22页。第20页/共21页第二十页，共22页。感谢您的观看(gunkn)！第21页/共21页第二十一页，共22页。NoImage内容(nirng)总结一、基因序列查找。NCBI选择“Gene”输入基因的名字（）-Search。3、确定启动子区与第一外显子区的长度(chngd)。获得FASTA格式的序列信息，右侧为此段基因的长度(chngd)：7668402-7687550bp.。进入P53基因mRNA的详细信息界面，找