课件15级文检pubmed127医科大学医学信息学院

1、PubMed检索检索中国医科大学医学信息学院中国医科大学医学信息学院20152015PubMed( )是由美国国立医学图书馆（是由美国国立医学图书馆（National Library of Medicine，NLM) 的国家生物技术信息中的国家生物技术信息中心（心（National Center for Biotechnology Information，NCBI)开发的医学文献检索系开发的医学文献检索系统 ， 可 通 过 互 联 网 免 费 检 索 。统 ， 可 通 过 互 联 网 免 费 检 索 。概况概况1997-1983-1971-1879-PubMed网络数据库网络数据库Medlin

2、e光盘数据库光盘数据库M大学大学edline联机检索系统联机检索系统Index Medicus （IM）检索期刊）检索期刊概况 收录世界上收录世界上80多个国家和地区多个国家和地区5600多种生物医学期刊及部分在线多种生物医学期刊及部分在线图书的摘要信息图书的摘要信息2400多万条，绝大多万条，绝大部分期刊文献可回溯至部分期刊文献可回溯至1946年，最年，最早的可回溯至早的可回溯至19世纪初。世纪初。 数据每日更新，检索功能强大，数据每日更新，检索功能强大，是当今国际上生物医学研究不可或是当今国际上生物医学研究不可或缺的文献资源。缺的文献资源。PUBMED收录的文献来源包括收录的文献来源包括5

3、类：类： 1. MEDLINE 2. In-Process Citations 3. Publisher-Supplied Citations 4. OLDMEDLINE 5. 其他其他概况概况 1.MEDLINE是是PubMed主体部分，占总文献量主体部分，占总文献量90%。每条文献都进行了深加工，标引了每条文献都进行了深加工，标引了MeSH Terms、Publication Types、GeneBank Accession Numbers等。等。这些记录标注为：这些记录标注为：PubMed-indexed for MEDLINE。 概况 2. In-process Citations临时

4、库，保存尚未完成主题词标引等加工临时库，保存尚未完成主题词标引等加工处理的最新文献。处理的最新文献。标注为：标注为：PubMed-in process其中的数据经标引后加入到其中的数据经标引后加入到Medline数据数据库中。库中。概况3.PublisherSupplied Citations 记录由出版商以电子版形式直接传送到记录由出版商以电子版形式直接传送到PubMed， 标识为：标识为：PubMed-as supplied by publisher大部分出版商提供的文献处于正在加工状大部分出版商提供的文献处于正在加工状态，经标引后加入到态，经标引后加入到MEDLINE中。而少部中。而少部

5、分不进行标引（如综合性期刊中的非生物分不进行标引（如综合性期刊中的非生物医学文献），保持医学文献），保持 PubMed-as supplied by publisher 标识。标识。出版商在印刷版期刊出版之前向出版商在印刷版期刊出版之前向PUBMED传送的电子版内容也显示传送的电子版内容也显示 Epub ahead of print 标识。标识。概况 4.OldMedline部分部分1966年以前出版且未被年以前出版且未被Medline收录的文献记录收录的文献记录标注为标注为 PubMed-OldMedline概况 4.其他其他包含部分包含部分NIH资助的研究人员提交的资助的研究人员提交的au

6、thor manuscript、NCBI在线图书检在线图书检索系统索系统Bookshelf电子书、研究报告、电子书、研究报告、PubMed Central收录的期刊文献等信息。收录的期刊文献等信息。概况PubMed整合在整合在NCBI的统一检索平台上：的统一检索平台上： 40多个数据库，包括多个数据库，包括Literature、DNA & RNA、Genes & Expression、Genomes & Maps、Proteins、Chemicals、Data & Software等类，免费跨库检索。等类，免费跨库检索。检索字段及标识符AD(Affiliatio

7、n): 第一著者单位和地址第一著者单位和地址ALL(All Fields): 全部字段全部字段 AU(Author): 作者姓名作者姓名DP(Publication Date): 出版时间出版时间EDAT(Entrez Date): 录入时间录入时间1AU(First Author Name): 第一作者姓名第一作者姓名FAU(Full Author Name): 作者姓名全称作者姓名全称(2002年以年以后后)LASTAU(Last Author) 最后一名作者（通讯作者）最后一名作者（通讯作者）IP(Issue): 期号、部分号、增刊号期号、部分号、增刊号IS(ISSN): 国际标准刊号国

8、际标准刊号LA(Language): 原文语种原文语种检索字段及标识符MH(Mesh Terms): 主题词主题词MAJR(Mesh Major Topic): 主要主题词主要主题词NM(Supplementary Concept): 补充概念补充概念PG(Pagination): 页码（起页）页码（起页）PT(Publication Type): 出版类型出版类型SB(Subset): 文献子集文献子集SH(Mesh Subheadings): 副主题词副主题词TA(Journal): 刊名缩写、全称或刊号刊名缩写、全称或刊号TI(Title): 文章题名文章题名TIAB(Title/Abs

9、tract): 题名摘要题名摘要TW(Text Words):文本词文本词,TIABMHSHPTNM等等VI(Volume): 卷号卷号 限定字段检索两种方式：两种方式：1. 通过通过“Advanced Search”页面的页面的“Builder”选择字段并构建检索式，详见选择字段并构建检索式，详见“Advanced Search”。2.检索式：检索词检索式：检索词字段标识字段标识 例：例：Smith Jau Chila hypertensionmh 2000:2011dp 2011/01/01:2011/01/31edat注：时间格式：注：时间格式：YYYY/MM/DD开始检索开始检索开始检

10、索 在检索框中输入一个或多个检索词，在检索框中输入一个或多个检索词，单击单击“Search”执行检索。在多个检执行检索。在多个检索 词 间 可 使 用 布 尔 逻 辑 运 算 符索 词 间 可 使 用 布 尔 逻 辑 运 算 符 “AND”、“OR”、“NOT” ，需，需注意的是，逻辑运算符须用大写字母，注意的是，逻辑运算符须用大写字母，逻辑运算符的优先顺序为从左向右的逻辑运算符的优先顺序为从左向右的顺序，可通过加括号提高运算的优先顺序，可通过加括号提高运算的优先级。级。 检索词可以是主题、作者名或期刊检索词可以是主题、作者名或期刊名等。名等。自动匹配检索 对于输入检索框中未加标识的检索词，对

11、于输入检索框中未加标识的检索词，PubMed依次在下列词表中查找匹配的内容：依次在下列词表中查找匹配的内容：MeSH translation tableJournals translation tableFull Author translation tableAuthor indexFull Investigator (Collaborator) translation tableInvestigator (Collaborator) index自动匹配检索如果在如果在6个词表的任何一个中找到匹配的内容，个词表的任何一个中找到匹配的内容，则匹配结束。例如：输入的检索词在主题词转则匹配结束。例

12、如：输入的检索词在主题词转换表中找到与其相匹配的主题词，则使用该主换表中找到与其相匹配的主题词，则使用该主题词进行检索并结束匹配，不会在其他词表中题词进行检索并结束匹配，不会在其他词表中进行匹配。进行匹配。无论输入的单个词在无论输入的单个词在6个词表中是否找到匹配个词表中是否找到匹配的内容，其将被在的内容，其将被在all fields中进行检索；中进行检索；如果输入的是词组，该词组将被拆成单词并如果输入的是词组，该词组将被拆成单词并分别对其进行匹配后将匹配结果以分别对其进行匹配后将匹配结果以AND连接。连接。自动词语匹配是智能化检索过程自动词语匹配是智能化检索过程 ，能保证较，能保证较好的查全

13、率。好的查全率。 自动匹配检索输入的检索词被自动匹配后的具体检索式可通过输入的检索词被自动匹配后的具体检索式可通过Advanced search页面中的页面中的details选项查看或在检索结选项查看或在检索结果页面右侧的果页面右侧的Search details栏中查看。如：输入栏中查看。如：输入heart attack 自动匹配检索自动匹配检索自动匹配检索作者检索两种方式：两种方式：1.以作者姓全称加名首字缩写的格式输以作者姓全称加名首字缩写的格式输入姓名，入姓名，PubMed通过自动匹配自动在通过自动匹配自动在作者字段进行检索。作者字段进行检索。2.通过通过Advanced Search页

14、面中的页面中的“Search Builder ”下拉列表选择下拉列表选择“Author”字段，在字段后的检索框中字段，在字段后的检索框中输入作者姓名，姓名的输入具有自动完输入作者姓名，姓名的输入具有自动完成属性。成属性。作者检索作者检索有自动截词功能，可通过在姓名前后加双引号并加作作者检索有自动截词功能，可通过在姓名前后加双引号并加作者字段标识者字段标识au关闭该功能，如：关闭该功能，如：Smith Jau作者检索如果只输入作者的姓，则如果只输入作者的姓，则PubMed会在会在所有字段中对其进行检索，如只想将其作所有字段中对其进行检索，如只想将其作为作者检索，需加作者字段标识为作者检索，需加作

15、者字段标识au。2002年以后的论文，如果提供作者全名，年以后的论文，如果提供作者全名，可使用作者全名进行检索。作者姓名可正可使用作者全名进行检索。作者姓名可正序或倒序，如：序或倒序，如：juila s wong 或或 wong julia s。为了区分姓名全称与首字缩写，需加标为了区分姓名全称与首字缩写，需加标全名字段标识全名字段标识fau，如：，如：peterson dofau期刊检索 三种方式：三种方式：直接在检索框中输入刊名全称、直接在检索框中输入刊名全称、Medline缩写及缩写及ISSN，PubMed通过自动匹配自动在刊名字通过自动匹配自动在刊名字段进行检索。段进行检索。通过通过A

16、dvanced Search页面中的页面中的“Builder ”下拉列表选择下拉列表选择“Journal”字段，在字段后的字段，在字段后的检索框中输入刊名全称、检索框中输入刊名全称、Medline缩写及缩写及ISSN使用使用PubMed资源的资源的“Journals Database”查查询特定期刊上的文章。询特定期刊上的文章。输入刊名关键词输入刊名关键词“physiology”“physiology”期刊的详细期刊的详细信息信息 期刊检索 如果刊名是Mesh词（如：Gene Therapy、Science、Cell)，或刊名是单个单词（Scanning)，如只想将其作为刊名检索，需加刊名字段

17、标识ta。 推荐使用刊名全称或缩写查找，因为有些过早的文献没有ISSN。 词组检索 对于输入对于输入PubMed的多词词组，的多词词组，PubMed会查询词组索引，如果查到相应会查询词组索引，如果查到相应词组则将其作为一个检索词来检索。如果词组则将其作为一个检索词来检索。如果未查到相应词组，则将其拆分成单个词，未查到相应词组，则将其拆分成单个词，分别进行检索并以逻辑和（分别进行检索并以逻辑和（AND）进行组）进行组配，如：配，如：single cell相当于检索相当于检索single AND cell。 可通过如下方式强制将其作为一个词组可通过如下方式强制将其作为一个词组进行检索：进行检索：

18、1. 加双引号，如：加双引号，如：“single cell” 2.加标段标识加标段标识tw: single celltw 3.使用短横线使用短横线“-”将两词连接起来：将两词连接起来：single-cell 4.使用截词符使用截词符*：single cell*词组检索截词检索和禁用词截词检索：截词检索： 可通过在词干后加可通过在词干后加“*”检索以该检索以该词干开头的所有词的文献。词干开头的所有词的文献。注意：截词检索将关闭注意：截词检索将关闭PubMed的自动单词的自动单词匹配功能以及匹配功能以及Mesh主题词的扩展检索功能主题词的扩展检索功能 。如：输入如：输入heart attack*，

19、不会启动自动匹配，不会启动自动匹配功能检索与之匹配的功能检索与之匹配的Mesh主题词主题词“Myocardial Infarction”及其下位更专指及其下位更专指的主题词的相关文献。的主题词的相关文献。截词功能最多可使用截词功能最多可使用600个词形变化。超过个词形变化。超过600个会显示如下图的提示信息。个会显示如下图的提示信息。截词检索和禁用词截词检索和禁用词 PubMed在检索时忽略一些常用的英语词汇，在检索时忽略一些常用的英语词汇，下表为禁用词列表下表为禁用词列表Advanced Search PUBMED的的Advanced Search页面整合了多种页面整合了多种对检索有用的辅助

20、功能，可实现如下操作：对检索有用的辅助功能，可实现如下操作： Searching by a specific field（Builder） Browsing the index of terms Combining searches using history Previewing the number of search results Edit the Searching Searching by a specific fieldSearching by a specific field 高级检索页面的高级检索页面的“ PubMed Advanced Search Builder ”可以进

21、行特定字段的限定可以进行特定字段的限定检索。可方便实现多个字段的组合检索，完检索。可方便实现多个字段的组合检索，完成复杂的布尔逻辑运算。成复杂的布尔逻辑运算。 首先在下拉列表中选择要检索的字段，然首先在下拉列表中选择要检索的字段，然后在检索框中输入检索词，再选择后在检索框中输入检索词，再选择“AND”、“OR”、“NOT”三种逻辑关系之一，即可三种逻辑关系之一，即可将输入的检索词在所选字段中检索的策略以将输入的检索词在所选字段中检索的策略以相应的逻辑关系加入到检索框中。相应的逻辑关系加入到检索框中。Searching by a specific fieldSearching by a spec

22、ific field检索检索Watson发表在发表在nature上的论文上的论文Searching by a specific fieldSearching by a specific fieldIndex-Browsing the index of terms 通过通过“Builder”检索框后面的检索框后面的“Show index list”选项可查询在所有字段或某一特选项可查询在所有字段或某一特定字段中的索引，可以从索引中选择一个或定字段中的索引，可以从索引中选择一个或几个词来完善检索策略。几个词来完善检索策略。 Index-Browsing the index of terms 检索史

23、按检索式运行的顺序列出各检索式，检索史按检索式运行的顺序列出各检索式，包括检索式序号、检索策略、检索时间、检索包括检索式序号、检索策略、检索时间、检索到的文献条数。到的文献条数。 检索史最多保存检索史最多保存100条检索式，检索史将条检索式，检索史将在离开在离开PubMed或其他或其他Entrez数据库数据库8小时后小时后消失。消失。单击检索式后的文献数链接可显示该检索单击检索式后的文献数链接可显示该检索式的检索结果。式的检索结果。 可通过检索策式的序号对检索策略进行组可通过检索策式的序号对检索策略进行组配，如：配，如：#2 AND #6， #3 AND (drug therapy OR di

24、et therapy)单击检索史窗口下方的单击检索史窗口下方的Clear History按钮按钮可将所有检索式删除。可将所有检索式删除。 点击检索式序号将弹出一选项菜单，提供的点击检索式序号将弹出一选项菜单，提供的选项包括布尔逻辑操作符选项包括布尔逻辑操作符AND,OR,NOT,点击相点击相应的操作符菜单，将把该条检索策略加入到检索应的操作符菜单，将把该条检索策略加入到检索框中，并与检索框中现有的检索式进行选中的逻框中，并与检索框中现有的检索式进行选中的逻辑组配。辑组配。除逻辑操作符外，弹出的选项菜单还提供如除逻辑操作符外，弹出的选项菜单还提供如下选项：下选项：Delete from hist

25、ory:从检索史中删除该条检从检索史中删除该条检索式索式Show search results:查看该条检索策略的检查看该条检索策略的检索结果索结果Show search details:显示该条检索策略自动显示该条检索策略自动词语匹配后实际执行的检索式词语匹配后实际执行的检索式Save in My NCBI：在：在My NCBI中保存该条检中保存该条检索策略。索策略。Preview- Previewing the number of search results 制定好检索策略后，单击制定好检索策略后，单击“Add to history”，可在显示文献条目之前，预览检索，可在显示文献条目之前

26、，预览检索到的文献条数，节省查找文献的时间；通过该到的文献条数，节省查找文献的时间；通过该功能可以逐渐增加检索词来完善检索策略。功能可以逐渐增加检索词来完善检索策略。Edit the Searching 点点Edit，用户可自行修改检索式；，用户可自行修改检索式； 可编辑较复杂的检索式。可编辑较复杂的检索式。Advanced Search 小结 高级检索尤其适用于需要分步检索才高级检索尤其适用于需要分步检索才能完成的复杂课题。能完成的复杂课题。 多字段组合（多字段组合（Builder）、先前输入的）、先前输入的检索式间组配（检索式间组配（History）、查索引）、查索引（Index）、预览文

27、献条数（）、预览文献条数（Add to history）、自行修改检索式（）、自行修改检索式（Edit），），实现复杂运算。实现复杂运算。主题词检索-Mesh Database是是PubMed最具特色的检索功能之一，最具特色的检索功能之一，能保证较好的查全率和查准率。能保证较好的查全率和查准率。主题词数据库可以查询主题词数据库可以查询Mesh词、副主词、副主题词、出版类型、物质名和药物作用等，题词、出版类型、物质名和药物作用等，并生成检索策略。可以使用并生成检索策略。可以使用Mesh词、词、Mesh款目词、副主题词、出版类型、款目词、副主题词、出版类型、物质名或物质名或Mesh范畴注释中的词检

28、索范畴注释中的词检索Mesh数据库中的数据。数据库中的数据。 Mesh DatabaseMesh Database在在MeSH中按物质名检索：中按物质名检索：主题词检索的优点：主题词检索的优点：主题词对同一概念的不同表达方式进行了规主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范；范；通过组配副主题词及限定主要主题词使检索通过组配副主题词及限定主要主题词使检索结果更加专指、准确；结果更加专指、准确；利用主题词的树状结构表，可以很方便地扩利用主题词的树状结构表，可以很方便地扩大或缩小检索范围。大或缩小检索范围。主题词检索主题词检索 小结小结主题词检索主题词检索 小结小结主题词检索的局限：主题词检索的局限

29、：只能检索只能检索MEDLINE、OLDMEDLINE来源的记来源的记录，可能漏掉一些未完成标引的最新文献；录，可能漏掉一些未完成标引的最新文献；虽然虽然MeSH每周更新，但新出现的名词术语一每周更新，但新出现的名词术语一般不会马上收录；般不会马上收录；虽然虽然MeSH收录主题词收录主题词27000个，且可通过个，且可通过20多万款目词和多万款目词和20多万补充概念自动转换为相应多万补充概念自动转换为相应的主题词，但仍有专指医学概念没有收录。的主题词，但仍有专指医学概念没有收录。因此，需根据课题情况，灵活运用各种检索方因此，需根据课题情况，灵活运用各种检索方法，如主题词检索结合自动词语匹配、多

30、字段法，如主题词检索结合自动词语匹配、多字段组合检索等，以达到满意的检索效果。组合检索等，以达到满意的检索效果。 PubMed Tools and More ResourcesClinical Queries 临床查询是专门为临床医生设计的检索服务：临床查询是专门为临床医生设计的检索服务： Search by Clinical Study Category 查找疾病的查找疾病的etiology、diagnosis、therapy、prognosis及及clinical predictions guides文献，综合文献，综合考虑检索结果的敏感性（考虑检索结果的敏感性（broad，sensiti

31、ve search，查全率较高）与特异性（查全率较高）与特异性（narrow，specific search，查准率较高）查准率较高） Finding Systematic Reviews 提供提供systematic reviews、meta analysis、reviews of clinical trials、guidelines等循证医学文献等循证医学文献 Medical Genetics Searches 查询疾病的遗传学文献，有查询疾病的遗传学文献，有ALL 、Diagnosis、Differential Diagnosis、Clinical Description、Managem

32、ent、Genetics Counseling、Molecular Genetics、Genetics Testing等选项等选项Clinical QueriesResearch Methodology FiltersClinical Queries查找疾病的病因、诊断、查找疾病的病因、诊断、治疗、预后等信息治疗、预后等信息检索系统评价等检索系统评价等循证医学文献循证医学文献检索疾病的检索疾病的遗传学文献遗传学文献etiologyetiology、diagnosisdiagnosis、therapytherapy、prognosisprognosis、clinical predictions

33、clinical predictions guidesguidesTopic -Specific Queries列出了为临床医生和卫生服务研列出了为临床医生和卫生服务研究者进行特殊目的检索的目录，可以究者进行特殊目的检索的目录，可以按检索目的、检索主题以及特定期刊按检索目的、检索主题以及特定期刊子集等分类来检索相关信息。子集等分类来检索相关信息。Topic -Specific QueriesTopic -Specific QueriesTopic -Specific QueriesSingle Citation MatcherSingle Citation Matcher 以填空的方式填以填空

34、的方式填入已知的期刊信息，入已知的期刊信息，查询一篇已知论文查询一篇已知论文或指定期刊某一卷或指定期刊某一卷或期上的一批论文。或期上的一批论文。 期刊名和作者名有自动完成属性，输入部期刊名和作者名有自动完成属性，输入部分信息会提示以该信息开头的全部期刊名或作分信息会提示以该信息开头的全部期刊名或作者名。者名。 Single Citation Matcher检索结果处理 检索结果处理 PubMed的检索结果默认显示为的检索结果默认显示为Summary格式，此外还提供格式，此外还提供Abstact、Medline、XML、Pmid list等显示格式。等显示格式。 选中想要的检索结果，可将其保存为

35、文选中想要的检索结果，可将其保存为文本文件，或通过本文件，或通过email发送，也可在线订阅发送，也可在线订阅全文（需付费）。全文（需付费）。检索结果处理 在页面的左侧有选择过滤器选项，可在页面的左侧有选择过滤器选项，可以选择限定条件对检索结果进行进一步限以选择限定条件对检索结果进行进一步限定。定。 可限定只检索那些提供全文或免费全可限定只检索那些提供全文或免费全文的文献，也可将检索策略限定于特定的文的文献，也可将检索策略限定于特定的文献类型、出版时间、年龄组、性别、人文献类型、出版时间、年龄组、性别、人类与动物研究、语种、类与动物研究、语种、PubMed的特定文的特定文献子集等。献子集等。

36、检索结果处理选择了某种限定条件后，系统会显示哪些选项被激选择了某种限定条件后，系统会显示哪些选项被激活，并在此后检索中一直起作用。活，并在此后检索中一直起作用。若要取消某限定条件，可点击若要取消某限定条件，可点击“clear all”，或者在页面左栏直接再次点击已勾选的过滤条，或者在页面左栏直接再次点击已勾选的过滤条件以取消。件以取消。检索结果处理 在检索结果页面右侧有对当前检索结果在检索结果页面右侧有对当前检索结果进行分组显示的标签、检索其他进行分组显示的标签、检索其他NCBI数据库数据库的链接及当前检索的的链接及当前检索的Details查看等内容。查看等内容。 Display Result

37、s Display Results 题名（题名（TI）作者（作者（AU）刊名（刊名（TA）出版时间（出版时间（DP）卷（期）卷（期）起止页码起止页码相关文献相关文献免费全文标识免费全文标识doi号号先于印刷版先于印刷版的电子版的电子版Display ResultsAbstract 格式格式Send toClipboard Clipboard给我们提供一个临时存放所选文给我们提供一个临时存放所选文献的空间。献的空间。Clipboard中的文献将在离开中的文献将在离开PubMed或其他或其他Entrez数据库数据库8小时后消失。小时后消失。Clipboard的最大容量为的最大容量为500篇文献。篇

38、文献。 去重作用：对于已经存在于去重作用：对于已经存在于Clipboard中的中的文献将不能再存入文献将不能再存入Clipboard之中。之中。 Clipboard中的文献默认的检索式序号为中的文献默认的检索式序号为#0，可以此对其进行布尔逻辑检索操作，如：检索剪可以此对其进行布尔逻辑检索操作，如：检索剪贴板中的英文文献可使用检索式：贴板中的英文文献可使用检索式：#0 AND englishlaClipboard Clipboard File:按规定格式保存为本地文件按规定格式保存为本地文件Collections:在在My NCBI的的 collections中永久保存所选文中永久保存所选文献

39、，献， 一次最多一次最多1000条条E-mail:将检索结果以所选格式将检索结果以所选格式发送给指定的发送给指定的e-mail，一次最，一次最多发送多发送200条文献条文献Order:定购所选文献全文，需定购所选文献全文，需注册，付费注册，付费My Bibliography:将检索结果直接保存到将检索结果直接保存到My NCBI帐户帐户中的中的My Bibliography中。中。Citation Manager:将检索结果输出到将检索结果输出到EndNote, Reference Manager和和ProCite等参考文献管理软件等参考文献管理软件Send to File 个性化功能-My NCBI My NCBI：提供个性化服务，非常实用的文：提供个性化服务，非常实用的文献管理工具献管理工具 PubMed主页的右上方有登录主页的右上方有登录My NCBI 按钮按钮个性化功能-My NCBI 注册注册My NCBI并登录后，可以对并登录后，可以对NCBI网站网站的服务进行