实验六蛋白质结构分析与预测

1、复旦大学 实验六：蛋白质结构分析与预测实验六：蛋白质结构分析与预测杜杜 娟娟基因与蛋白质组学数据分析基因与蛋白质组学数据分析实验项目六：蛋白质结构分析与预测实验项目六：蛋白质结构分析与预测一、 实验目的和要求： 掌握蛋白质二级、三维结构预测服务器的使用和结果分析； 掌握常用大分子空间结构显示软件的使用方法；23实验内容实验内容1 蛋白质二级结构预测蛋白质二级结构预测 以人基质金属蛋白酶以人基质金属蛋白酶MMP14(Matrix metalloproteinase )序列为例，介绍序列为例，介绍SOPMA的的二级结构预测方法。二级结构预测方法。 人基质金属蛋白酶人基质金属蛋白酶MMP14(Mat

2、rix metalloproteinase, MMP14)氨基酸序列的氨基酸序列的fasta形式形式可从可从NCBI的蛋白质数据库获得的蛋白质数据库获得(gi|4826834|ref|NP_004986.1|matrix metalloproteinase 14 preproprotein Homo sapiens)。45人民卫生出版社人民卫生出版社8年制及年制及7年制临床医学等专业用年制临床医学等专业用生物信息学生物信息学（3 3） 查看结果，主要含有查看结果，主要含有alpha helix (Hh)alpha helix (Hh) - -螺旋螺旋，Extended strand (Ee)E

3、xtended strand (Ee)延伸链，延伸链，Beta turn (Tt)Beta turn (Tt) - -转转角，角，Random coil(Cc)Random coil(Cc)无规卷曲。其中无规卷曲。其中HhHh有有150150个氨基酸个氨基酸，占，占25.77%25.77%；EeEe有有110110个氨基酸，占个氨基酸，占18.90%18.90%；TtTt有有5252个个氨基酸，占氨基酸，占8.93%8.93%；CcCc有有270270个氨基酸，占个氨基酸，占46.39%46.39%。HhHh、CcCc和和EeEe贯穿于整个氨基酸贯穿于整个氨基酸链链，TtTt主要分布在氨基酸链

4、的主要分布在氨基酸链的第第300300个氨基酸之后。个氨基酸之后。67第一步：进入第一步：进入SWISS-MODEL三级结构预测服务器主页三级结构预测服务器主页 第二步：选择第二步：选择“Start Modeling” 粘入粘入MMP14蛋蛋白质序列；在这里可以填写白质序列；在这里可以填写E-mail地址，将结果发地址，将结果发送至电子邮箱，也可以在新的网页上直接展示；送至电子邮箱，也可以在新的网页上直接展示；8MSPAPRPPRCLLLPLLTLGTALASLGSAQSSSFSPEAWLQQYGYLPPGDLRTHTQRSPQSLSAAIAAMQKFYGLQVTGKADADTMKAMRRPR

5、CGVPDKFGAEIKANVRRKRYAIQGLKWQHNEITFCIQNYTPKVGEYATYEAIRKAFRVWESATPLRFREVPYAYIREGHEKQADIMIFFAEGFHGDSTPFDGEGGFLAHAYFPGPNIGGDTHFDSAEPWTVRNEDLNGNDIFLVAVHELGHALGLEHSSDPSAIMAPFYQWMDTENFVLPDDDRRGIQQLYGGESGFPTK粘贴粘贴protein.txt中中一条蛋白质序列一条蛋白质序列MMP输入用户输入用户Email（选填）（选填）910选择选择1slm作为模板作为模板1112模板的模板的PDB代码代码下载建好的结下载建

6、好的结构模型构模型查看模板信息查看模板信息查看双序列比对查看双序列比对结果结果131415与模板序列比对结果，并与模板序列比对结果，并显示二级结构区域显示二级结构区域161. 对于以下蛋白质序列，这是来自于什么物种的什么蛋白？用SOPMA方法预测这个蛋白的二级结构，将预测结果第一部分整理到实验报告里； 第36位是什么氨基酸？处于什么二级结构？第186-192区间的氨基酸处于什么二级结构？2. 用Swiss model 预测其三级结构，利用Pymol观察所得三级结构，写出所用的模版蛋白PDB代码，将二者双序列比对的结果整理到实验报告里。MGNTLLEALNVRVVGNGERVLVLAHGFGTD

7、QSAWQRILPYFLPHFRIILYDLVCAGSVNPDYFDFRRYTTLDAFVDDLLNILDALGVDRCAYVGHSVSAMIGILASIRRPELFTKLVLIGASPRFLNDHDYHGGFEEGEIEKVFSAMEANYDAWVHGFAPLSVGADVPAAVREFSRTLFNMRPDITLFVSRTIFNSDLRGVLGLVKVPCCIIQTAKDVSVPTSVALYLKNHLGGRNTVEMLNVEGHLPHLSAPMLLAPVLRRALSR 3. 利用pymol观察并做出所得到三维结构的图，蛋白用cartoon显示，这个蛋白包含多少个螺旋和折叠？图片整理到实验报告中。将SOPMA的预测的结果和Swiss model预测的结果进行对比，两者结论是否相同？ 作作 业业实验报告 到网络教学平