条斑紫菜优良品系的基因芯片表达谱分析

1、条斑紫菜优良品系的基因芯片表达谱分析关键词：条斑紫菜;基因芯片表达谱;优良品系;差异表达基因Expression Profiles Analysis of Gene Chip between New Fine Varieties of PyropiayezoensisCHEN Shu-yin， LU Qin-qin， ZHANG Mei-ru， CHEN Guo-yao， XU Guang-pingMarine Fisheries Research Institute of Jiangsu Province， Nantong，Jiangsu 226007，ChinaKey words： Pyr

2、opiayezoensis; gene chip expression profiles; fine varieties; differentially expressed genes1 材料和方法1.1 样品材料与RNA提取用于试验的样本材料为国家紫菜种质库保有，并为同时间、同一培育条件下的无污染自由丝状体阶段样本。品系编号及特性见表1。1.3 芯片杂交与扫描1.4 数据分析与差异表达基因挑选利用差异倍数Fold changeFC值进展挑选，标准为FC值= 2.0，表示组间差异倍数大于或等于2，负值表示下调，FCabs表示组间差异倍数的绝对值。对样本结果进展比较，当FCabs大于 2 或小于

3、 0.5 时，视为差异表达基因发生有意义表达变化。差异表达基因分别提交GOGeneOniology数据库，按GO的3个Ontology，分别描绘基因的分子功能Molecular function，MF、所处的细胞位置Cellular component，CC、参与的生物过程Biological process，BP，对差异基因进展GO功能分类注释，断定差异基因主要影响的生物学功能或通路。2 结果与分析2.1 芯片试验结果评估试验制备的 RNA 的纯度、浓度、完好性和总量均符合后续研究要求，见表2。另外，利用 Agilent 软件对杂交芯片扫描图进展质量分析，说明芯片样本背景信号值与噪点值都在适

4、当范围内，芯片数据质量较高。芯片数据的散点图评估得出各组数据总体分布趋势正常。2.2 差异表达基因挑选与GO富集分类BP中，主要功能分类多包括Macromolecule metabolic processGO：0043170、Nitrogen compound metabolic process GO：0006807及Organic cyclic compound metabolic processGO：1901360，这些过程与高分子、氮或有机环状化合物代谢相关;并且这些代谢途径呈现互相交织，处于较近层次。3 结论与讨论基因芯片技术也称DNA微阵列 DNAmieroarray，可在短时间内平

5、行地、大量地检测基因表达程度的变化;通过对来源不同的个体、组织等的基因表达情况进展比照分析，对基因群在这些不同状况下的变化特征进展描绘，来分析比较差异基因的生物学意义。随着微阵列芯片技术的成熟，基因芯片技术将被用来挑选作物的基因表达程度、基因突变及多态性，并寻找高产量、抗干旱的相关基因11-13。利用基因表达谱分析，结合代谢组学和蛋白组学研究，已在说明植物抗逆机制和开掘植物逆境胁迫响应相关基因方面获得重要进展14。本文中两个优良新品系06DO与L0601，系江苏南通条斑紫菜主产区人工栽培群体选育的、具有明显特色的优良栽培新品。品系L0601的出苗效果、抗逆程度及栽培生长性状等均表现良好;06D

6、O新品种具有原藻色泽深、品质优良及增产表现等特征。通过以本地优势原种HAI为对照进展比较分析，采用品系在实验室培育的无污染自由丝状体样本，初步分析品系在孢子体阶段的基因差异表达。由于06DO是通过诱变获得，与对照样本差异最多见表4，其FC小于-10的下调基因有104个。B与A两组中，上调或下调的差异表达基因皆有部分一样，上调基因中皆有大量与蛋白质合成等有直接关系的，在下调基因中均有60s ribosomal protein、Heat shock protein等，但差异基因的表达程度及频率分布均不同;两组基因集的GO分类也各有异同点，根据其功能推测与藻类耐旱机理相关，如光合作用相关基因Polyubiquitin等表5。由于品系的不同遗传特性，L0601与 HAI相比较基因差异表达程度较低，且归集的生物学功能简单。参考文献：3 牛建峰， 高胜寒， 骆迎峰， 等. 条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析J.海洋科学， 2021， 35 6 ： 76- 81.7 刘思言， 沈铖武， 王丕武. 基因芯片技术在植物中的应用研究进展J.广东农业科学， 20218：