进化树的构建

1、烦请各位看看，有没有什么大的问题，请直接贴上你的意见和建议，我会尽快修改。主要是针对初学者，写得尽量简单一些。谢谢！phyloge ntics_lylover.doc (73.0k) lz还真勤劳，一个字：顶Amazi ng!Thank you for your hard work!oldfish的批评意见也一并上传。写得不错。呵呵phyloge ntics_lylover_with_comme nts.doc (105.5k)晕，出丑了改过来了。谢谢再贴一个来自yzwpf的批评意见。写得很不错。NJ,ML,Bayes 均需要选择模型，对PAUP和MrBayes而言，ModelTest 有专门

2、的版本可 自动选择模型，意味着它会输出两者专用的设置模型的命令，用户需要的只是将该命令简单的复制粘贴。MrBayes和MAC5均可利用gap信息构建进化树。ml法无需比对应该是错误的。至少在 paup中未比对会出错。计算基因分化的年代，这个更一般的是知道进化树中某两个或更多物种的分歧时间，然后可以使用r8s软件分析进化树中其他序列的分歧时间。在mega中打开树后也可进行极为简单的年代分析，但必须满足分子钟假设且无法根据多个分歧时间进行校正！>楼主，这是我写的帖子呀！怎么变成了mediocrebe ing，呵呵！NJ,ML,Bayes 均需要选择模型，对PAUP和MrBayes而言，Mod

3、elTest 有专门的版本可 自动选择模型，意味着它会输出两者专用的设置模型的命令，用户需要的只是将该命令简单的复制粘贴。MrBayes和MAC5均可利用gap信息构建进化树。ml法无需比对应该是错误的。至少在 paup中未比对会出错。计算基因分化的年代，这个更一般的是知道进化树中某两个或更多物种的分歧时间，然后可以使用r8s软件分析进化树中其他序列的分歧时间。在mega中打开树后也可进行极为简单的年代分析，但必须满足分子钟假设且无法根据多个分歧时间进行校正！1 Mega的功能：数据输入 排序功能 数据处理 密码子分析 序列综合编辑 序列阅读 Substitution Pattern Homo

4、geneity Test单因子模式替换分析 遗传距离 选择测试 分子钟 进化树构建 距离矩阵 系统树分析2 Bioedit 的功能：序列处理和编辑功能 用于序列处理和编辑的简单的图形界面 使用编辑选项包括残基的 select and drag 选择和拖动和 grab and drag 抓取和拖动 变量选择选项鼠标点击插入和删除缺口全框选择全屏编辑中剪切复制和粘贴编辑窗口的自 动刷新。 固定序列框保护排列中的固定残基 自动的和手动的注解序列使用一个模板序列自动注解同 一排列中的其他序列。 序列分组分为各个颜色编码家族为同步手动排列锁定组 成员。 根本的多基因树图阅读器支持节点翻转和打印。 链接多

5、基因树图到排列并保存到 BioEdit 格式排列文件。 在 ABI 自动序列模型 377 373 3700 中显示打印和编辑ABI 痕迹文件在版本 2 和 3 中有 SCF 文件就象用 Licor 序列输出文件。RNA 比较分析功能 RNA 比较分析工具包括共变，可能配对和互交信息分析。 使用鼠标指示的动态数据视图的互交信息输出 2 D 矩阵图表，关于互交信息矩阵行和框的互交式的1 D 图表。 用 BioEdit 或 GanBank 格式保存序列注解信息。 通过氨基酸翻译排列蛋白质编码核酸序列在排列中搜索 保存的残基寻找好的 PCR 目标或帮助定义基序。 在核酸或蛋白质序列中搜索用户定义的基序

6、或用通配符 搜索精确的文本并选择包括或忽略缺口。 使用自动更新的排列蛋白质全标题和 GenBank 区域信息进行 ClustalW 多序列排列。 基本序列处理在文档之间复制粘贴序列翻译和还原编码 RNA DNA RNA 反转 / 互补，大写字母 / 小写字母。 多文档界面最多同时打开 20 个文档但是在其他打开的窗口不能设置限制 六框翻译核酸序列为 Fasta 格式 ORF 表 用矢量图进行半自动质粒矢量绘图和注解自动酶切位点和位置标记自动多接头视图 和用户控制绘图工具 将质粒文件保存为可编辑的矢量图形文件如位图复制到其他图形程序并可以打印 氨基酸和核苷酸成分摘要和图表Revert to Sa

7、ved 恢复保存和 undo 撤销功能 编辑氨基酸和核酸序列简单的指定色彩表编辑蛋白质和核酸序列使用不同的色彩表排列易感的描影法以信息为根据其中包括排列位置BioEdit能够读写 Gen Ba nk, Fasta, NBRF/PIR, Phylip 3.2和 Phylip 4 格式能够读ClustalW 和 GCG 格式.10个附加格式的导入输出过滤器使用Don Gilbert 的ReadSeq导入/添加一个文件到最后的另一个文件上（不考虑文件格式） 基本的多文本编辑器限制性内切酶图谱用于任何或所有形式的翻译复酶和输出选项包括酶的提供者和环状DNA选项游览限制性内切酶创造商自动连接到你喜欢的网

8、页游览器如Netscape 或In ternet Explorer 。Paup的功能：PAUP （简约法和其他方法的亲缘分析）是由简约法、最大似然法和距离法用于亲缘分析的程序，为系统发育分析提供一个简单的，带有菜单界面的，与平台无关的，拥有多种功能（包括进化树图）的程序。管理数据（排除元素、删除分类）定义假设（增加元素权重、设置元素类型、保存当前假设、重新打开假设）查找树（定义最佳标准、定义查找策略）、打印树（显示树、描述树、打印低决议树、 打印高决议树）设置最优标准为距离依靠法（设置最优标准、显示距离、构建邻位相连树、建立最小平 方树）、可能性法（设置最优标准、评价简约性树、设置可能性模式参

9、数、开始查找树）在批文件中提交命令（四）、DAMBE的功能：单倍型归纳，基因频率和碱基组成分析，遗传距离计算，序列排 序，其中以单倍型归纳最为常用。 DNA and protein seque nee editi ng DNA和蛋白质序列的编辑 DNA seque nee con version DNA序列的格式转换 Multiple seque nee alig nment, alig nment edit ing and an alysis多序列比对，序歹U编辑和分析 Phyloge netic tree an alysis系统发生树分析 Dot-matrix comparison of

10、DNA or protein seque nces DNA或蛋白质的点矩阵比较 DNA seque nee assembly and edit ing DNA序列装配编辑 Gen erat ing BLAST docume nts for access ing the BLAST E-mail Server产生BLAST文档，以供联系 BLAST的E-mail服务器 En ha need motif search in seque nee and database在序列和数据库方面增强了主题搜索的功能 Restrict ion an alysis限定分析 Drawi ng seque nee

11、maps with publicatio n-quality以公众出版物的质量画出序列的分析图 Restrict ion patter n predicti on模式限定 Electro nic cloning模拟的无性繁殖系化从已定的碎片中重沉默的转变分析有指导的修正错配碱基is蛋白质亲水/疏水基团的分析 Recon struct ing restrictio n maps from restrictio n fragme nts建DNA的限制性分析图 Sile nt mutati on an alysis to create/destroy restrict ion sites Direc

12、ted mismatch to create/destroy restrict ion sites密码子分析及其翻译 Tran slatio n and codo n usage an alysis Protein hydrophobic/hydrophilic profile an alys Protein characterizati on: seque nee compositi on and predictio n of isoelectric point.蛋白质描述：序列合成和等电点预测 Protein seco ndary structure predicti on蛋白质的二级结构

13、预测 Reverse tran slati on反转录 Desig n of PCR and seque ncing primers PCR反应的引物设计 Characterizati on of thermody namic properties of DNA or primer seque nces DNA或引物序列的热力学特征分析 Misprimi ng an alysis底物分析 Man ageme nt of oligo, DNA and protein databases DNA和蛋白质的数据库管理 Gen eratio n of random seque nces随机序列的产生

14、In ternet access with in tegrated Web browser自动连接到你喜欢的因特网浏览器 Multi-process ing to uni eash computer power计算机扩展Fasta 格式：Fasta格式，又叫Person （ Fasta的主要作者）格式，是最简单的格式，使用最多。A sequence in FASTA format begins with a single-line description, followed by lines of sequence data. The description line is distingui

15、shed from the sequence data by a greater-tha n （">"） symbol in the first colu mn. It is recomme nded that all li nes of text be shorter tha n 80 characters in len gth.Fasta格式先以一单行的描述开始，后接序列的详细数据。FASTA格式第一行是描述行，第一个字符必须是“ >'字符；随后的行是序列本身，一般每行序列不要超过80个字符，回车符不会影响程序对序列连续性的看法。序列由标准的IUB/

16、IUPAC 氨基酸和核酸代码代表；小写字符会全部转换成大写；单个“”号代表不明长度的空位；在氨基酸序列里允许出现“U和“*号；任何数字都应该被去掉或换成字母（如，不明核酸用“N；不明氨基酸用“X”。）此外，对于核酸序列，除了 A、C、G、T、U分别代表各种核酸之外，R代表G或A（嘌呤）；Y代表T或C（嘧啶）；K代表G或T（带酮基）；M代表A或C（带氨基）；S代表G或C（强）； W 代表A或T（弱）；B代表G、T或C ； D代表G、A或T ； H代表A、C或T ； V代表G、 C或A ； N代表A、G、C、T中任意一种。对于氨基酸序列，除了20种常见氨基酸的标准单字符标识之外，B代表Asp或As

17、n ； U代表硒代半胱氨酸；Z代表Glu或Gln ； X代表 任意氨基酸；“ * '代表翻译结束标志。Mega格式：第一行必须以“ #MEGA”作为Mega格式序列的开头。第二行以“Title开头，后面跟上题目，题目必须简洁明了以便于以后的工作。再后面接数据文件的属性描述部分。注释可以标注在任意位置，但必须用方括号“括起来。PHYLIP是多个软件的压缩包，下载后双击则自动解压。当你解压后就挥发现 PHYLIP的功 能极其强大，主要包括五个方面的功能软件：i，DNA和蛋白质序列数据的分析软件。ii，序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。iii，对基因频率和连续的元素分析的软件。

18、iv,把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对 序列进行分析的软件。 V，按照DOLLO简约性算法对序列进行分析的软件。vi，绘制和修改进化树的软件。Gen ba nk 格式：简单地讲，Gen ba nk 格式包括三个部分：描述部分；特征部分； 序列本身。其中特征部分是记录的最重要部分，它概述了被测序DNA生物的背景。需要注意的是，Genbank格式在最后的末尾必须以II结尾，以示终结。以上是介绍了一下几种软件的功能，和几种常用序列的格式，希望对大家有用！不错，赞！好啊！很有用，谢谢 你写得太好了，我收藏!写得太好了 不顶，对不起这么好的文章 学习先现在我想知道，如何用软件直接得出序列的转换 I颠换