EXP02_Gaussian

1、Molecular Simulation and Modeling Instruction of Experiments 上机实习2. Gaussian软件安装、建模及优化软件模块: Gaussian任务: 学习Gaussian软件的安装、分子建模及结构优化注意:1. 在自己的电脑上提交任务 (on-time instruction);2. 如何进行建模及结构优化(on-time instruction).步骤: 1. GaussianView5.0软件安装（1） 打开GaussianView5.0文件夹，看到PIN文件和SETUP文件；（2） 打开PIN文件，复制文件中的内容（序列号）；（3

2、） 双击SETUP，出现图1所示框；（4） 一路点击“Next”，直到出现图2所示框，在Serial中粘贴刚刚复制的序列号；（5） 接着进行“Next”,直到出现图3-4所示框，全部勾选，并点击“Install”；（6） 最后点击“Finish”即可。图1图2图4图32. Gaussian软件的安装（1） 打开Gaussian 09W文件夹，找到PIN文件和SETUP文件（可执行文件），打开PIN文件并复制文件内容，双击SETUP；（2） 一路点击“Next”，出现如下图所示的框，在“Company”中填写cug，在“Serial”中将最先复制的序列号粘贴；（3） 一路“Next”或“确定”，

3、最后“Finish”即可。3. 在GaussianView5.0中进行建模（1） 在程序中找到GaussianView图标，点击打开软件，将看到下图界面： （2） 将上图中红框中的窗口放大，右击将出现一个菜单栏，下面是对菜单栏的介绍：等价菜单改变键长、角结构库快速提交任务当前任务查询计算参数设置编辑参数全选全不选画框选中原子点击选中原子删除原子加H原子分子构建及计算常用工具介绍 （3） 在此，我们以构建CH3CH2OH为例：右击，在菜单栏中选择View，在出现的小菜单中勾上Builder，这样出现构建分子所需的基本工具快捷菜单；（4） 我们选择链状烷烃结构库(见图中红圈)，出现结构库窗口，选择

4、两个C原子的乙烷(见红框)，此时鼠标实质上已经变成了画笔，在界面上点击一次便画出一个乙烷分子，点两次便画出两个乙烷分子；点击一次画一个分子！（5） （5） 我们在乙烷的基础上构建乙醇分子，选择元素结构库(见红圈)，出现结构库窗口，选择O原子(见红圈)，此时出现三种结构(见绿框)，包括O原子、双键O、sp3的O。选择O_sp3，此时鼠标实质为O_sp3画笔，在已有的乙烷上的一个H原子上点击，实现羟基取代H原子，乙醇分子构建完成。 （6） 同Spartan，GaussianView中也有“Minimize”(见蓝色框)，与MS功能类似。 备注：(1)分子在空间内转动：左击按着不动 分子在空间内平动

5、：shift+左击 分子的放大缩小：右击按着不动或ctrl+左击 (2)对某个分子(分子整体)转动：ctrl+Alt+左击(一个面内) 、Alt+左击(在空间内) 对某个分子(分子整体)平动：shift+Alt+左击4. 结构优化设置（1） Ctrl+G，计算参数设置的快捷键（2） 在Job Type一栏中，选择“Optimization”，即结构优化任务，其它为默认值；单点能优化频率优化+频率内禀反应坐标扫描(势能面)稳定性核磁共振谱任务类型（3） 在Method一栏中，可以设置计算方法、基组、自旋态、体系带电荷数等；Methods：方法，包括HF、DFT等Basis Set：基组，包括ST

6、O、GTO等Charge：电荷，体系是否带电？Spin：体系的自旋态（4） 设置任务名(见红色框)，绿色框中为当前任务参数设置详情(及输入文件内容) （5） 点击Submit提交任务，出现提示框，要求保存输入文件并对其命名(注意，保存路径不能有中文)，保存好之后点击OK即可提交任务；将看到Gaussian软件运行。 5. 查看结果（1） 任务完成提示 （2） 结果文件有.chk和.log两个，.chk为检查点文件，.log是系统日志，我们打开.chk文件查看结果；下图为两种打开文件方式，注意要想看动画需要将红圈中的选项勾选，否则只有最终结构。 动画播放显示中间结构 （3） 能量、电荷等分析（注意：Optimization分析要求文件为动画文件，Charge分析要求文件为最终结构，即动画文件的最后一步或者非动画文件）。Summary：计算结果汇总Charge Distribution：电荷分析Optimization：优化过程电荷数偶极矩SummaryOptimizationCharge Distribution PS：如何复制图片，右键单击EditImage Capture练习（使用讲解演示中的计算参数）：0. 自己独立完成讲解演示中的内容1. 构建丁二烯，乙醇胺，乙醛，安非他明分子结构（分子结构见下图）2. 构建平面式和垂直式两种丙二烯分子的初始结构，进行优化，比较他们的相