DNA序列比对同源性分析图解BLAST

1、1、进入网页：/BLAST/ 2、点击 Search for short, nearly exact matchesWV-% VYiw-wl I i 5a1ff1aHwQ QJ- Th wh Ji1 11nvw»d i>b.li J I 4 i5 « W l<Nucleotide v?v?W-bbiooxoir P Quickly search for hhly simidr sequences (meqablast) Quickly search for dvergent sequences (dsconti

2、gu 口 u$ megablast) NudE<it:rie -nucleot ide BLAST fhastn)discontiguous megablastTranslated* Translated query vs. proteh database(Uastx)3、在search 栏中输入引物系列：注：文献报道 ABCG2 的引物为 5'-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3'；5'-TGCCCATCACAACATCATCT-3'(1 )输入方法可先输入上游引物，进行 blast程序，同样方法在进行下游引物的 blast程序。 这种方法叫繁

3、琐，而且在结果分析特异性时要看能与上游引物的匹配的系列，还要看与下游引物匹配的系 列 之后看两者的交叉。CTGAGATCC TGAGCCTTTGGNow:53。(2)简便的做法是同时输入上下游引物：有以下两种方法。输入上下游引物系列都从A、输入上游引物空格 输入下游引物与“亨From:To：Now.BLAST!333.bbiQQ.C9 防B、输入上游引物回车 输入下游引物4、 在 options for advanced blasting中:select from栏通过菜单选择 Homo sapiensExpect 后面的数字改为10W33.bbiQQ.，Q府艰虹t fromHomo sapi

4、ens ORGNOptions for advancedbhstingLinut by entrezq-iy Low complexity EH Human r«电0出§以7 vrlooliip table only CJ Misk 1cQthwi advanced5、在 format 中：select from栏通过菜单选择 Homo sapiensExpect后面的数字填上0 1033W.bbiQQ£QmFonnatShow 回0Linfc口ul HS“iueflc电 Ritneval 0NCBLgi Alignment CDSfeMurtMadang Chr

5、acM Lower Cggv M asking Colo vNumber of: 口电裁理tigs 100印 v Gt蛙hicpyem纳 1 0口Autofomt©, Semrauto "6、 点击网页中最下面的 “BLAST! ”Aut口f- Semiiauto vX ，Get the URL with preset vsdues 77、 出现新的网页，点击 Format !Your request has been succes$6Jly submitted and put into the Blast QueueQuety = (40 letters)Your sea

6、rch was limited by an Entrez query Homo sapiens ORGNThe request ED 畛 1166094202-17628-08962526090 BUkSTO2The re fulls are estimated to be ready m 15 seconds but maybe done sooner.8、 等待若干秒之后，出现 results of BLAST 的网页。该网页用三种形式来显示blast的结果(1 )图形格式：Distiiburion of 95Hi零 on Hi妙 QnryMouse-over to show define

7、 and scores, click to shw alignments图中代表这些序列与上游引物匹配、并与下游引物互补的得分值都位于4050分图中代表这些序列与上游引物匹配的得分值位于4050分，而与下游引物不互补图中代表这些序列与下游引物互补的得分值小于40分，而与上游引物不匹配通过点击相应的bar可以得到匹配情况的详细信息。(2 )结果信息概要:Sequences ptaducia9 siQnilicant aligntuents:_ _(Bits)3Tb32mMH O。4827.，ffog d4plens ATP-binding cassetcB42_U1115$3277Q1 qtol

8、 口出98467. 1, hcm sapiens ATP-bindlng cftjsttte. .42 1 61 口3”27321幽|»0695 507，11 Hone sapiens clone FLH18S081 .OIL; 4. 比 1 白工19之111之口，08弓. i| Homo sapiens clone JAR Ele S ABCG2., 姓.5从左到右分别为:A、数据库系列的身份证：点击之后可以获得该序列的信息B、系列的简单描述C、高比值片段对(high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。按照得分的高低由大到小排列。得分的计算公式=匹配

9、的碱基X2 + 0.1 o举例：如果有20个碱基匹配，则其得分为40.1 oD、E值：代表被比对的两个序列不相关的可能性。E值最低的最有意义，也就是说序列的相似性最大。设定的E值是我们限定的上限，E值太高的就不显示了E、最后一栏有的有 UEG的字样，其中：U代表：Unigene 数据库E代表：GEO profiles 数据库G代表：Gene数据库(3)结果详细信息：0/21 ，0Mntltiej - 21/21 1。*). Gaps - and-Plud/PiuJ213W33 bbiQQ.GQR)CTGAGATCCTGAGCCTTTGCT±143 C TGAGATCC TG AGC

10、C TTTGGT>re 40.1 bits (20), Expect " nellies 20/20 (100*)Gap andwPiu?/Nlnu3Y 20 GTGCCCATCACAACATCATCI Hill II I I I HIIIH I IX 29379 CTQCCCATC kC AAC ATATC圈出来的部分代表序列的信息第一个大括号代表上游引物与该序列的正链的匹配情况:共有21个碱基匹配，得分 42.1分，E值为0.020上游引物与序列的21432163 位点匹配第二个大括号代表下游引物与该序列的负链的匹配情况：共有 20 个碱基匹配，得分 40.1 分， E 值

11、为 0.077下游引物与该序列的29360 29379位点互补注意点：上游引物为20 个碱基，为什么会变成21 个碱基呢？这是因为下游引物的第一个碱基为 T ，刚好与系列的 2163 位点的 T 匹配，因此下游引物的开头的第一个碱基被当成了上游引物了。同理，上游引物的最后一个碱基为G,被当成了下游引物了。通过寻找有没有与120位点、2040位点完全匹配的序列，就可以避免这个因素的干扰了。为什么与上下游引物匹配的 ABCG2 序列有多种？A 、 为同一个基因来源的不同的mRNA 片段B 、 为该基因的 DNA 系列C 、为同一个基因来源的不同的cDNA 片段。结果判断：验证文献报道的引物是否正确：如果你可以在所显示的结果中找出你的目的基因，一般说明