研究上皮细胞的分化组会文献分享PPT内容讲授

1、研究上皮细胞的分化动态组会文献分享differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell宣讲人：XXX 时间：20XX.XX背景方法结果总结目录目录01组会文献分享背景02组会文献分享方法03组会文献分享结果04组会文献分享总结组会文献分享背景组会文献分享背景第一部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiatio

2、n dynamics of mammary组会文献分享背景NATURE COMMUNICATIONSDIFFERENTIATION DYNAMICSEPITHELIALCELLS REVEALEDCELL RNA SEQUENCING组会文献分享方法组会文献分享方法第二部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiation dynamics of mammary组会文献分享方法nulliparous: 未生小鼠期（8周岁）gestati

3、on：怀孕期lactation：哺乳期（6天）involution：断奶期（11天）组会文献分享方法 平台： 10X Chromium RNA seq加工：Cell Ranger组会文献分享结果组会文献分享结果第三部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiation dynamics of mammary组会文献分享结果t SNEt SNE分析和分析和相关性发现生相关性发现生物重复性物重复性很好很好（ t-t-分布领分布领域嵌入算法）

4、域嵌入算法）以等级聚类的以等级聚类的方法分群，去方法分群，去掉内皮细胞和掉内皮细胞和免疫细胞免疫细胞群群组会文献分享结果以等级聚类的方法分群，去掉内皮细胞和免疫细胞群，最终分成了15个群（23,184个细胞）通过Krt18, Krt8,Krt5, Krt14 和 Acta2, 将15个群分为两类：luminal型和 basal型basal型通过Krt18luminal型Krt14 和 Acta2组会文献分享结果基因表达Luminal型根据激素受体（hormone receptors）基因表达的高低分为两类Luminal型根据激素受体在低纬度下面，计算细胞之间的距离，代表着分化过程diffusi

5、on maps 重建组会文献分享结果diffusion maps 重建在低纬度下面，计算细胞之间的距离，代表着分化过程发现luminal型和basal型之间有个明显的分离，没有有任何的转移diffusion diffusion 组会文献分享结果说明了在正常的组织中都是自稳态的）在luminal有两条分支一条是朝着激素感应方向C6 C2 C4、C5 C6 C10 C8 感应方向感应方向组会文献分享结果降低细胞数目100% 50% 25%HVGPCA选择与 luminal型有关的基因降低细胞利用pseudotime分析，通过细胞的演化来排列细胞排列细胞组会文献分享结果利用pseudotime分析，

6、通过细胞的演化来排列细胞，可以在细胞分化过程中鉴定基因表达的改变456个拟时依赖性表达的基因1005个branch特异基因细胞的演化组会文献分享总结组会文献分享总结第四部分differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell by sing-cell differentiation dynamics of mammary组会文献分享总结但是发现又与未生小鼠的状态不同C6、C7之间的差异表达基因最多PI前体细胞保持了经历怀孕和哺乳的经历哺乳期后，又返回到了怀孕前状态组会文献分享总结分成了15个细胞群重建分化过程拟时分析Luminal 前体到腺泡的分化但是都是Luminal 前体；C6 主要是未生孕；C7 主要是产后鉴定C7仍然是Luminal 前体研究上皮细胞的分化动态组会文献分享differentiation