chapter1生物信息学概论.

1、2013-10-312生物信息学黄原2013-10-31参考书1 1、 生物信息学孙啸 东南大学（课程讲义）2 2、 生物信息学应用技术王禄山高培基 化学工业出版社，2008.12008.12013-10-313 3、 简明生物信息学钟扬复旦大学高等教育出版社作业及考核课外自学作业：在教师指导下，每人必 须完成一个生物信息学数据库或软件使 用的作业并在课堂上演示使用过程。40分数据库和软件的使用练习（30学时）: 每人一个基因进行研究型分析实验，第14周课程结束时提交分析报告。60分2013-10-31312013-10-31第一章生物信息学概论2013-10-316简介第1节生物信息学概念第

2、2节生物信息学的发展历史第3节生物信息学计算机基础 第4节 生物信息学主要研究内容第5节生物信息学所用的方法和技术2013-1().312013-10-31第12013-1().31细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程的中各种生物信息生命科学中的O息科学1、生物信息学概念概念（广义）概念（狭义）生物信息的获取、存贮、分析和利用Bioinformatics生物数据+ 计算机2、生物分子信息生物信息学主要研究两种信息载体 一DNA分子2013-10-3114DNAthe molecule of lifeTrillions of cellsEach cell:46 humanchromosomes

3、chromosomes2 meters ofDNA3 billion DNAsubunits (thebases: A, I C G)Approximately30,000 genes codefor proteins thatperform most lifefunctionsDNY-GG01-0085prot&nProtein Machines MA/ 乡 y w/Ooed in gerwsand如DNAacqvofKCSP* OYBINConlidpProteim oct oloneor in complexesperformQMcellular fuoetionigene生物分子至少携

4、带着三种信息-遗传信息-与功能相关的结构信息 、-进化信息(1)遗传信息的载体DNA月I*控制生物体性状的基因是一系列DNA片段幕生物体生长发育的本质就是遗传信息的传递和表达2013-10-31I6From DNA to HumansD.V4 MAC OS、UNIX/LINUX) Database Algorithm Programmer (C+, PERL, JAVA, XML) Networks (WWW、FTP、WIKI、BLOG)2013-1().31第4节 生物信息学主要研究内容生物分子数据的收集与管理 数据库搜索及序列比较DNA和蛋白质序列分析 基因表达数据的分析与处理 蛋白质结构

5、预测1、2、3、5、2013-10-31441、生物分子数据的收集与管理2、数据库搜索及序列比较芻在一定程度上就是通过序列比较序列比较的一个棊棣优越是 Z(Alignment),即将两个岸列的各个字符 (代衰楼昔酸或肴氨基酸残基)按照对应等同 或賁置换关系进特对比排列，其结果是两个序塑芸直的排列顺序，这是序列相似程度的一种 定性皤述研究的是多个序列的共性。序列蠶蠶鸚翻涙繋区域2013-10-31DDBJ CSWISS-PROPDB (蛋白质结构EMBL CGenBank C2013-10-31发现同源分子GAGAACTGTTTAGATGCAAAATCCACAAG T 9ATr nA arcor

6、wriwmAMIMOAGOSEQUENCES2013-1CLD ASLD A1 ISOLATE HUMAN ONA SEQUENCEHUMANEBACTERIA(E.2)WORM(CMOOEL HUMAN PAOTEINSTRUCTURE BASSJ ONKNOWN STRUCTURE OF ASIMILAR PROTEIN FROM AMOOEL ORGANISM (reo areab encoded by th soquoncoFLY(D.mckmogastcf)FWD SIMILAR S8QtNCS IN DATA-O MUDtzL OXUANZ PHQTfclN(rofloct gro

7、at dflo5 FIND DRUGTHWBJNOSTOMODEtEO /- PROTEIN /2013-10-313、遗传语言基因484、基因表达数据的分析与处理析，将表达模式相似的基因聚为一类，在此基所用方法主要有：-相关分析方法-模式识别技术中的层次式聚类方法-人工智能中的自组织映射神经网络-主元分析方法2013-10-31471基因芯片2013-10-312础上,分析基因的功能基目48fv r m. v4l :、MK I 1 ,DI n lv IM I I Vi H ?l H wvp-AX m y“Ik. I.V1“、丁 X xW li jit II (I ZI 115 :RF2 Wdf s mq 1 6/,Er % hwhti?Mr VIVI 75MSrpjtu you sure M rt - W.* - a Irv mmi. ill u-0 I ! IX M 1 Q ai-aiwe-、WfH ?uy n Mk p35I 1 ,，F u*! e、0 Xvi九 g 八、I. I 4 % Ijr/I 4 M ? *l * dm Kl( (V .Mk %. 1*. (I 44、” L IUHOX,、“I I . M q.ior X* A N