酶切位点识别序列

1、酶切位点（Restriction Enzyme cutting site ） : DNA 上一段碱基的特定 序列，限制性内切酶能够识别出这个序列并在此将 DNA 序列切成两段。 可能存在同尾酶，不同酶的识别序列不同， 有的可能能识别多个酶切位点比如 STY1 识别序列有 WW PCR 引物设计时酶切位点的保护碱基表 不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求（在本表中没有 列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上 6 个保护碱基，以确保酶切 反应的进行。 保护碱基：当酶切位点在双链 DNA 的尾端时，限制性内切酶经常不能成功切断（简单的想象 为酶遇到识别位点之后从旁边掉下去了 =_=|）所

2、以经常在引物设计时，在末端的限制 性内切酶识别位点之后再加上 2、3 个碱基以确保成功酶切。比如你的引物是 5 GCTAGCNNNNI 3可以改成 5 CAGGCTAGCNNNNN 3呃CAG 是我 随便加的，你可以考虑一下 CG/AT 含量 酶 寡核苷酸序列 链 长 切割率% 2 hr 20 hr GGTCGACC 8 0 0 Acc I CGGTCGACCG 10 0 0 CCGGTCGACCGG 12 0 0 CACATGTG 8 0 0 Afl III CCACATGT GG 10 90 90 CCCACATGT GGG 12 90 90 GGCGCGCC 8 90 90 Asc I

3、AGGCGCGCCT 10 90 90 TTGGCGCGCCAA 12 90 90 CCCCGGGG 8 50 90 Ava I CCCCCGGGGG 10 90 90 TCCCCCGGGGGA 12 90 90 CGGATCCG 8 10 25 BamH I CGGGATCCCG 10 90 90 CGCGGATCCGCG 12 90 90 CAGATCTG 8 0 0 Bgl II GAAGATCTTC 10 75 90 GGAAGATCT TCC 12 25 90 BssH II GGCGCGCC 8 0 0 AGGCGCGCCT 10 0 0 TTGGCGCGCCAA 12 50 90

4、 BstE II GGGT(A/T)ACC C 9 0 10 AACTGCAGAA CCAATGCATTGG 22 0 0 BstX I AAAACTGCAG CCAATGCATTGG AA 24 25 50 CTGCAGAA CCAATGCATTGG ATGCAT 27 25 90 CATCGATG 8 0 0 Cla I GATCGATC 8 0 0 CCATCGAT GG 10 90 90 CCCATCGAT GGG 12 50 50 GGAAATTC C 8 90 90 EcoR I CGGAAATTC CG 10 90 90 CCGGAAATTC CGG 12 90 90 GGGGC

5、CCC 8 90 90 Hae III AGCGGCCGCT 10 90 90 TTGCGGCCGCAA 12 90 90 CAAAGCTTG 8 0 0 Hi nd III CCAAAGCTTGG 10 0 0 CCCAAAGCTTGGG 12 10 75 GGGTACCC 8 0 0 Kpn I GGGGTACCCC 10 90 90 CGGGGTACC CCG 12 90 90 Mlu I GACGCGTC 8 0 0 CGACGCGTCG 10 25 50 Nco I CCCATGGG 8 0 0 CATGCCATGGCATG 14 50 75 CCATATG G 8 0 0 CCCA

6、TATG GG 10 0 0 Nde I CGCCATATG GCG 12 0 0 GGGTTTCATATG AAACCC 18 0 0 GGAATTC CATATG GAATTCC 20 75 90 GGGAATTC CATATG GAATTCCC 22 75 90 GGCTAGCC 8 0 0 Nhe I CGGCTAGC CG 10 10 25 CTAGCTAGCTAG 12 10 50 TTGCGGCCGCAA 12 0 0 ATTT GCGGCCGCTTTA 16 10 10 Not I AAATAT GCGGCCGCTATAAA 20 10 10 ATAAGAAT GCGGCCGC

7、TAAACTAT 24 25 90 AAGGAAAAAA GCGGCCGCAAAAGGAAAA 28 25 90 TGCATGCAT GCA 12 10 90 Nsi I CCAATGCAT TGGTTCTGCAGTT 22 90 90 TTAATTAA 8 0 0 Pac I GTTAATTAA C 10 0 25 CCTTAATTAA GG 12 0 90 GTTTAAAC 8 0 0 Pme I GGTTTAAAC C 10 0 25 GGGTTTAAAC CC 12 0 50 AGCTTT GTTTAAAC GGCGCGCCGG 24 75 90 GCTGCAGC 8 0 0 TGCA

8、CTGCAGTGCA 14 10 10 Pst I AA CTGCAGAACCAATGCATTGG 22 90 90 AAAA CTGCAG CCAATGCATTGGAA 24 90 90 CTGCAG AACCAATGCATTGGATGCAT 26 0 0 CCGATCGG 8 0 0 Pvu I ATCGATCGAT 10 10 25 TCGCGATCG CGA 12 0 10 Sac I CGAGCT9G 8 10 10 Qcc 11 GCCGCGGC 8 0 0 sac II TCCCCGCGGGGA 12 50 90 GTCGAC GTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC 28

9、0 0 Sal I GCGTCGAC GTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG 30 10 50 ACGC GTCGAC GTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA 32 10 75 GAGTACT C 8 10 25 sea I AAA AGTACT TTT 12 75 75 CCCGGG 6 0 10 CCCCGGGG 8 0 10 sma I CCCCCGGGGG 10 10 50 TCCCCCGGGGGA 12 90 90 GACTAGT C 8 10 90 Spe I GGACTAGT CC 10 10 90 CGGACTAGT CCG 12 0 50 CTAGACTAGT C

10、TAG 14 0 50 GGCATGCC 8 0 0 Sph I CATGCATGCATG 12 0 25 ACATGCATGCATGT 14 10 50 AAGGCCTT 8 90 90 Stu I GAAGGCCTTC 10 90 90 AAA AGGCCTTTT 12 90 90 CTACTAGAG 8 0 0 Xba I GCTACTAGA GC 10 90 90 TGCTACTAGA GCA 12 75 90 CTAGTACTAGA CTAG 14 75 L 90 CCATCGAG G 8 0 0 Xho I CCCATCGAG GG 10 10 25 CCGCATCGAG CGG 12 10 75 CCCCGGGG 8 0 0 Xma I CCCCCGGGGG 10 25 75 CCCCCCGGGGGG 12 50 90 TCCCCCCG