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1、绪论1生物化学研究的对象和内容是什么? 解答:生物化学主要研究 :( 1)生物机体的化学组成、生物 分子的结构、性质及功能; ( 2)生物分子分解与合成及反 应过程中的能量变化; (3)生物遗传信息的储存、传递和 表达; ( 4)生物体新陈代谢的调节与控制。2你已经学过的课程中哪些内容与生物化学有关。 提示:生物化学是生命科学的基础学科, 注意从不同的角度, 去理解并运用生物化学的知识。3说明生物分子的元素组成和分子组成有哪些相似的规侓。 解答:生物大分子在元素组成上有相似的规侓性。碳、氢、 氧、氮、磷、硫等 6 种是 解答 蛋白质、核酸、糖和脂的 主要组成元素。碳原子具有特殊的成键性质,即碳
2、原子最外 层的 4 个电子可使碳与自身形成共价单键、共价双键和共 价三键,碳还可与氮、氧和氢原子形成共 价键。碳与被键 合原子形成 4 个共价键的性质 ,使得碳骨架可形成线性、分 支以及环状的多O 种多性的化合物。 特殊的成键性质适应了生物大分子多样 性的需要。氮、氧、硫、磷元素构成了生物分子碳骨架上的 氨基(一NH2 )、羟基(一OH)、羰基(C)、羧基(一COOH )、 巯基( SH) 、磷酸基( PO4 )等功能基团。这些功能基团因氮、硫和磷有着可变的氧化数及 氮和氧有着较强的 电负性而与生命物质的许多关键作用密切相关。 生物大分 子在结构上也有着共同的规律性。 生物大分子均由相同类 型
3、的构件通过一 定的共价键聚合成链状,其主链骨架呈现 周期性重复。构成蛋白质的构件是 20 种基本氨基 酸。氨 基酸之间通过肽键相连。肽链具有方向性(N端tC端),蛋白质主链骨架呈 “肽单 位 ”重复;核酸的构件是核苷酸 ,核 苷酸通过3,5磷酸二酯键相连,核酸链也具有方向性(5、t 3、核酸的主链骨架呈 磷酸-核糖(或脱氧核糖)”重复;构成脂质的构件 是甘油、脂肪酸和胆碱,其非极性烃长链 也是一种重复结构;构成多糖的构件是单糖,单糖 间通过 糖苷键相连,淀粉、纤维素、糖原的糖链骨架均呈葡萄糖基 的重复。二 蛋白质化学1.用于测定蛋白质多肽链 N端、C端的常用方法有哪些? 基本原理是什么? 解答
4、: ( 1 ) N- 末端测定法:常采用 2, 4 二硝基氟苯法、 Edman 降解法、丹磺酰氯法。 2, 4 二硝基氟苯 (DNFB 或FDNB)法:多肽或蛋白质的游离末端氨基与2, 4 三硝基氟苯2, 4 DNFB (反应(Sanger反应)生成DN多肽或DN蛋白质。,由于DNFB与氨基形成的键对 酸水解远比肽键稳定,因此DN 多肽经酸水解后,只有N末端氨基 酸为黄色 DNP氨基酸衍生物,其余的都是 游离氨基酸。 丹磺酰氯(DNS)法:多肽或蛋白质的游离末端氨基与与丹磺酰氯( DNSCl )反应 生成 DNS 多肽 或 DNS 蛋白质。 由于 DNS 与氨基形成的键对酸水解远 比肽键稳定,
5、 因此 DNS 多肽经酸水解后, 只有 N 末端 氨基酸为强烈的荧光物质DNS 氨基酸,其余的都 是游离氨基酸。 苯异硫氰酸脂( PITC 或 Edman 降解)法: 多肽或蛋白质的游离末端氨基与异硫氰酸苯酯(PITC )反应( Edman 反应) ,生成苯氨基硫甲酰多肽或蛋白质。在 酸性有机溶剂中 加热时, N 末端的 PTC 氨基酸发生环 化, 生成苯乙内酰硫脲的衍生物并从肽链上掉下来,除去N 末端氨基酸后剩下的肽链仍然是完整的。 氨肽酶法:氨肽酶是一类肽链外切酶或叫外肽酶, 能从多肽链的 N 端 逐个地向里切。 根据不同的反应时间测出酶水解释放的氨 基酸种类和数量, 按反应时间和残基释放
6、量作动力 学曲 线,就能知道该蛋白质的 N 端残基序列。( 2) C 末端测定法:常采用肼解法、还原法、羧肽酶法。 肼解法:蛋白质或多肽与无水肼加热发生肼解,反应中除 C 端氨基酸以游离形式存 在外,其他氨基酸都转变为相应的 氨基酸酰肼化物。 还原法: 肽链 C 端氨基酸可用硼氢化锂还原成相应的 a氨基醇。 肽链完全水解后,代表原来C末端氨基酸的 a一氨基醇,可用层析法加以鉴别。 羧肽酶法:是一类肽链外切酶,专一的从肽链的c末端开始逐个降解,释放出游 离的氨基酸。被释放的氨基酸数目 与种类随反应时间的而变化。根据释放的氨基酸量(摩尔 数)与反应时间的关系,便可以知道该肽链的c末端氨基酸序列。2
7、测得一种血红蛋白含铁0.426%,计算其最低相对分子质量。一种纯酶按质量计算含 亮氨酸 1.65%和异亮氨酸 2.48%,问其最低相对分子质量是多少?解答:(1)血红蛋白:(最低相对分子质量=2 )酶铁的相对原子质量 55.8 *00= X100 = 13 100铁的百分含量 0.426因为亮氨酸和异亮氨酸的相对分子质量相等,所以亮氨酸和 异亮氨酸的残基数之比为: 1.65%:2.48%=2:3 ,因此,该酶 分子中至少含有 2 个亮氨酸, 3 个异亮氨酸。 2X131.11 100M r (最低)=15900 1.65 3X 131.11X 1 最低/l)r=(9015900 2.483指出
8、下面 pH 条件下,各蛋白质在电场中向哪个方向移动,即正极,负极,还是保持原点? ( 1)胃蛋白酶(pl 1.0), 在 pH 5.0; (2)血清清蛋白( pI 4.9) ,在 pH 6.0; (3) a脂蛋白(pl 5.8),在 pH 5.0 和 pH 9.0 ;解答:(1)胃蛋白酶 p| 1.0 v环境pH 5.0,带负电荷,向 正极移动;(2)血清清蛋白 pl 4.9 v环境pH 6.0,带负电荷,向正极移动; (3) a脂蛋白pl 5.8 环境pH 5.0,带 正电荷,向负极移动;a脂蛋白pl 5.8 v环境pH 9.0,带负电荷,向正极移动。4何谓蛋白质的变性与沉淀?二者在本质上有
9、何区别?解答:蛋白质变性的概念:天然蛋白质受物理或化学因素的影 响后,使其失去原有的 生物活性,并伴随着物理化学性质 的改变,这种作用称为蛋白质的变性。 变性的本质:分子 中各种次级键断裂,使其空间构象从紧密有序的状态变成松 散无序 的状态,一级结构不破坏。 蛋白质变性后的表现: 生物学活性消失;理化性质改变:溶解度下降,黏度增 加,紫外吸收增加,侧链反应增强,对酶的作用敏感, 易被水解。 蛋白质由于带有电荷和水膜,因此在水溶液中 形成稳定的胶体。如果在蛋白质溶液中 加入适当的试剂, 破坏了蛋白质的水膜或中和了蛋白质的电荷,则蛋白质胶体溶液就不稳定 而出现沉淀现象。沉淀机理:破坏蛋白质的水化膜
10、,中和表面的净电荷。 蛋白质的沉淀可以分为两 类: (1)可逆的沉淀:蛋白质的结构未发生显著的变化, 除去引起沉淀的因素,蛋白质仍 能溶于原来的溶剂中,并 保持天然性质。如盐析或低温下的乙醇(或丙酮)短时间作 用蛋白质。 (2)不可逆沉淀:蛋白质分子内部结构发生 重大改变,蛋白质变性而沉淀,不再能溶 于原溶剂。如加 热引起蛋白质沉淀,与重金属或某些酸类的反应都属于此 类。蛋白质变性后,有时由于维持溶液稳定的条件仍然存 在,并不析出。因此变性蛋白质 并不一定都表现为沉淀, 而沉淀的蛋白质也未必都已经变性。5下列试剂和酶常用于蛋白质化学的研究中:CNBr ,异硫氰酸苯酯,丹磺酰氯,脲,6mol/L
11、 HCI B巯基乙醇,水合茚 三酮,过甲酸,胰蛋白酶,胰凝乳蛋白酶,其中哪一个最 适 合完成以下各项任务? (1)测定小肽的氨基酸序列。 (2) 鉴定肽的氨基末端残基。 (3)不含二硫键的蛋白质的可逆 变性。若有二硫键存在时还需加什么试剂?( 4)在芳香族氨基酸残基羧基侧水解肽键。 (5)在甲硫氨酸残基羧基侧 水解肽键。 (6)在赖氨酸和精氨酸残基侧水解肽键。 解答:(1)异硫氰酸苯酯; (2)丹黄酰氯; (3)脲; B-巯基乙醇还原二硫键;(4)胰 凝乳蛋白酶;(5) CNBr ;(6)胰蛋白酶。6由下列信息求八肽的序列。( 1)酸水解得 Ala , Arg ,Leu , Met, Phe,
12、 Thr, 2Val。(2) Sanger 试剂处理得 DNP-Ala。(3)胰蛋白酶处理得 Ala, Arg, Thr 和 Leu,Met,Phe, 2Val。当以Sanger试剂处理时分别得到 DNP-Ala和 DNP-Val o(4)溴化氰处理得 Ala , Arg,高丝氨酸内酯,Thr,2Val,和Leu,Phe,当用 Sanger试剂处理时,分别 得 DNP-Ala 和 DNP-Leuo解答:由(2)推出N末端为 Ala ;由(3)推出Vai位于 N 端第四, Arg 为第三,而 Thr 为第二;溴化氰裂解,得 出N端第六位是 Met,由于第七位是 Leu,所以Phe为第 八;由(4
13、),第五为Val。所以八肽为:Ala-Thr-Arg-Val-Val-Met-Leu-Phe o7.个a螺旋片段含有180个氨基酸残基,该片段中有 多少圈螺旋?计算该a-螺旋片 段的轴长。解答:180/3.6=50圈,50X0.54=27nm,该片段中含有 50圈螺旋,其轴长为 27nmo8一种四肽与 FDNB 反应后, 5.7mol/LHCl 水解得到 DNP-Val 及其他 3 种氨基酸; 用当这四肽用胰蛋白酶水 解时发现两种碎片段;其中一片用 LiBH4 (下标)还原后再进行酸水 解,水解液内有氨基乙醇和一种在浓硫酸条件下 能与乙醛酸反应产生紫(红)色产物的氨基 酸。试问这四 肽的一级结
14、构是由哪几种氨基酸组成的? 解答:用证明 N 端为 Val。 ( 1)四肽与 FDNB 反应后, 5.7mol/LHCl 水解得到 DNP-Val , (2)LiBH4 还原后再水 解,水解液中有氨基乙醇,证明肽的C端为Gly。(3)水解液中有在浓 H2SO4 条件下能与乙醛酸反应产生紫红 色产物的氨基酸,说明此 氨基酸为Trp。说明C端为Gly -Trp(4)根据胰蛋白酶的专一性,得知N端片段为 Val -Arg (Lys),以(1)( 2) ( 3)、 结果可知道四 肽的顺序: N-Val-Arg(Lys)-Trp-Gly-C。9概述测定蛋白质一级结构的基本步骤。解答:(1)测定蛋白质中氨
15、基酸组成。(2)蛋白质的 N端和 C 端的测定。 ( 3 )应用两种或两种以上不同的水解 方法将所要测定的蛋白质肽链断裂,各自得到一 系列大小 不同的肽段。(4)分离提纯所产生的肽,并测定出它们的序列。(5)从有重叠结构的各个肽的序列中推断出蛋白质 中全部氨基酸排列顺序。 如果蛋白质含有一条以上的肽链, 则需先拆开成单个肽链再按上述原则确定其一级结 构。如 是含二硫键的蛋白质, 也必须在测定其氨基酸排列顺序前, 拆开二硫键, 使肽链分开, 并确定二硫键的位置。拆开二硫键可用过甲酸氧化,使胱氨酸部分氧化成两个半胱氨磺 酸。三 核酸I. 电泳分离四种核苷酸时,通常将缓冲液调到什么 pH ? 此时它
16、们是向哪极移动?移动的快慢顺序如何 将四种 核苷酸吸附于阴离子交换柱上时, 应将溶液调到什么 pH? 如果用逐渐降低 pH 的洗脱液对阴离子交换树脂上的四 种核苷酸进行洗脱分离,其洗脱 顺序如何?为什么?解答: 电泳分离4种核苷酸时应取 pH3.5的缓冲液, 在该 pH 时,这 4 种单核苷酸 解答 之间所带负电荷差异 较大,它们都向正极移动,但移动的速度不同,依次为: UMP>GMP>AMP>CMP :应取 pH8.0,这样可使核苷酸 带较多负电荷,利于吸附于阴离 子交换树脂柱。虽然 pHII. 4 时核苷酸带有更多的负电荷,但pH 过高对分离不利。 当不 考虑树脂的非极性
17、吸附时,根据核苷酸负电荷的多 少来决定洗脱速度,则洗脱顺序为 CMP>AMP> GMP > UMP,但实际上核苷酸和聚苯乙烯阴离子交换树脂之间存在 着非极性 吸附, 嘌呤碱基的非极性吸附是嘧啶碱基的 3 倍。 静电吸附与非极性吸附共同作用的结果使 洗脱顺序 为: CMP> AMP > UMP >GMP 。2为什么 DNA 不易被碱水解,而 RNA 容易被碱水解 解答:因为RNA的核糖上有2-OH基,在碱作用下形成2部磷酸酯,继续水解产生 解答2-核苷酸和3-核苷酸。DNA的脱氧核糖上无 2 -OH基,不能形成碱水解的中间产 物,故对 碱有一定抗性。3一个双螺
18、旋 DNA 分子中有一条链的成分 A = 0.30 ,G =0.24, 请推测这一条 链上的T和C的情况。 互补 链的A,G,T和C的情况。 解答: 解答 T + C=1 -0.30 024 = 0.46 :T = 0.30 , C = 0.24 , A + G= 0.46。4.对双链 DNA 而言, 若一条链中(A + G)/(T + C)= 0.7 , 则互补链中和整个 DNA 分子中 (A+G)/(T+C) 分别等于多 少? 若一条链中(A + T)/(G + C)= 0.7,则互补链中和整个 DNA分子中(A + T)/(G + C)分别等于多少 ?解答: 设 DNA 的两条链分别为a
19、和 B贝y: Aa = T 3 Ta = A 3 Ga =CB, Ca = G ,因解答为:(A a + G a (/Ta + C )x = (T 3 + C 3 )/(A3+ G3)= 0.7,所以互补链中( A3+ G3)/(T3+ C3) =1/0.7 =1.43;在整个 DNA 分子中,因为 A = T, G = C, 所以,A + G = T + C ,(A + G )/ (T + C) = 1 :假设同(1 ),贝Aa + T a = T 3 + A Ga + C a = C 3 + G 3所以,(Aa +Ta) / ( Ga + C a(AB + T )3 ( GB + C p
20、0.7 ; = / =在整个 DNA 分子中,a + T a + A B + T B( Ga +Ca + (A /Gp +C0 = 2 (Aa + T X /2 ( Ga +Ca = 0.7 5T7 噬菌体 DNA( 双链 B-DNA) 的相对分子质量为2.5 X07,计算DNA链的长度(设核苷酸对的平均相对分子质量为 640)。解答:0.34 (2.5 >107/640) = 1.3104nm =13m。6如果人体有 1014 个细胞,每个体细胞的 DNA 含量为6.4 109个碱基对。试计算人 体DNA的总长度是多少? 是太阳一地球之间距离(2.2 X09 km)的多少倍?已知双链D
21、NA 每1000个核苷酸重 1为0-18g,求人体 DNA 的总质量。 解答:每个体细胞的DNA的总长度为:6.4 XI09 X0.34nm = 2.176109 nm = 2.176m , 解答 人体内所有体细胞的 DNA 的总长度为:2.176m X1014 = 2.176 1011km,这个长度与太阳 地 球之间距离 ( 2.2 109 km) 相比为:2.1761011/2.2109 = 99 倍, 每个核苷酸重 110-18g/1000 = 10-21g ,所以,总 DNA 6.4102310-21 = 6.4102 = 640g 。7 有一个 X 噬菌体突变体的 DNA 长度是 1
22、5m, 而正 常 X 噬菌体 DNA 的长度为 17m , 计算突变体 DNA 中 丢失掉多少碱基对?解答:解答(17-5)X103/0.34 = 5.88xi03bp8概述超螺旋 DNA 的生物学意义。 解答: 解答 超 螺旋 DNA 比松弛型 DNA 更紧密,使 DNA 分子的体积 更小,得以包装 在细胞内; 超螺旋会影响双螺旋分子的 解旋能力 ,从而影响到 DNA 与其他分子之间的相 互作用; 超螺旋有利于 DNA 的转录、复制及表达调控。9为什么自然界的超螺旋 DNA 多为负超螺旋? 解答:环 状 DNA 自身双螺旋的过度旋转或旋转不足都会导致超螺 旋,这是因为超螺旋 解答 将使分子能
23、够释放由于自身旋转 带来的应力。 双螺旋过度旋转导致正超螺旋, 而旋转不足 将 导致负超螺旋。虽然两种超螺旋都能释放应力,但是负 超螺旋时,如果发生 DNA 解链(即氢 链断开,部分双螺 旋分开)就能进一步释放应力,而 DNA 转录和复制需要解 链。因此自然界 环状 DNA 采取负超螺旋,这可以通过拓 扑异构酶的操作实现。10真核生物基因组和原核生物基因组各有哪些特点 解答: 解答 不同点 : 真核生物 DNA 含量高, 碱基对总 数可达 10,且与组蛋白稳定结合形成染色体,具有多个复 制起点。 原核生物 DNA 含量低, 不含组蛋白, 称为类核体, 只有 一个复制起点。 真核生物有多个呈线形
24、的染色体; 原核生物只有一条环形染色体。 真 核生物 DNA 中含 有大量重复序列,原核生物细胞中无重复序列。真核生物中为蛋白质编 码的大多数基因都含有内含子 (有断裂基 因);原核生物中不含内含子。 真核生物的 RNA是细胞 核内合成的, 它必须运输穿过核膜到细胞质才能翻译, 这 样严格的空间间隔在原核生物内是不存在的。 原核生物功能上密切相关的基因相互靠近,形成一个转录单位,称操 纵子,真核生物不存在操纵子。病毒基因组中普遍存在重叠基因,但近年发现这种情况 在真核生物也不少见。相 同点 :都是由相同种类的核苷酸构成的的双螺旋结构,均是遗传信 息的载体,均含有多个基因。11如何看待 RNA
25、功能的多样性它的核心作用是什么解答:RNA的功能主要有: 控制蛋白质合成; 作用于RNA 转录后加工与修饰; 解答 参与细胞功能的调节;生物催化与其他细胞持家功能;遗传信息的加工; 可能是 生物进化时比蛋白质和 DNA 更早出现的生物大分子。 其核心作用是既可以作为信息分子又可 以作为功能分 子发挥作用。12什么是 DNA 变性? DNA 变性后理化性质有何变化? 解答: DNA 双链转化成单链的过程称变性。 解答 引起 DNA 变性的因素很多,如高温、 超声波、 强酸、强碱、 有机溶剂和某些化学试剂(如尿素,酰胺)等都能引起变性。DNA变性后的理 化性质变化主要有: 天然DNA分子 的双螺旋
26、结构解链变成单链的无规则线团,生物学活 性丧 失; 天然的线型 DNA分子直径与长度之比可达 1 : 10, 其水溶液具有很大的黏度。 变性后, 发生了螺旋 -线团转变, 黏度显著降低; 在氯化铯溶液中进行密度梯度离心,变 性后的DNA浮力密度大大增加,故沉降系数S增加;DNA 变性后,碱基的有序堆积被破 坏,碱基被暴露出来, 因此,紫外吸收值明显增加, 产生所谓增色效应。 DNA 分 子具旋 光性,旋光方向为右旋。由于 DNA 分子的高度不 对称性,因此旋光性很强, 其a = 150。当DNA分子变性 时,比旋光值就大大下降。13哪些因素影响 Tm 值的大小? 解答: 影响 Tm 的因素 主
27、要有: G-C 对含量。 G-C 对含 3 个氢键, A-T 对含 2 个氢键, 解答 故 G-C 对相对含量愈高, Tm 亦越高(图3-29 ) 。在 0.15mol/L NaCl,0.015mol/L 柠檬酸钠溶 液(1 >SSC)中,经验公式为:(G+C) % = (Tm - 69.3 ) X2.44。 溶液的离子强度。离子强 度较低的介质中, Tm 较低。 在纯水中, DNA 在室温下即可变性。分子生物学研究工作 中需核 酸变性时,常采用离子强度较低的溶液。溶液的pH。高pH下,碱基广泛去质子而丧失形成氢键的有力,pH 大于 11.3 时, DNA 完全变性。 pH 低于 5.0
28、 时, DNA 易脱嘌呤,对单链 DNA 进行电泳时,常在凝胶中加入NaOH 以维持变性关态。 变性剂。 甲酰胺、 尿素、甲醛 等 可破坏氢键,妨碍碱堆积,使 Tm 下降。对单链 DNA 进 行电泳时,常使用上述变性剂。14哪些因素影响 DNA 复性的速度? 解答:影响复性速 度的因素主要有: 复性的温度,复性时单链随机碰撞, 不能形成 解答 碱基配对或只形成局部碱基配对时, 在较 高的温度下两链重又分离, 经过多次试探性碰撞才 能形成 正确的互补区。所以,核酸复性时温度不宜过低,Tm-25 C是较合适的复性温度。单链片段的浓度,单链片段浓度越高,随机碰撞的频率越高, 复性速度越快。 单链片段
29、 的 长度,单链片段越大,扩散速度越慢,链间错配的概率也越 高。因面复性速度也越慢,即 DNA 的核苷酸对数越多,复 性的速度越慢,若以 C0 为单链的初始浓度, t 为复性的时间,复 性达一半时的 C0t 值称 C0t1/2 ,该数值越小,复性 的速度越快。 单链片段的复杂度,在片 段大小相似的情 况下,片段内重复序列的重复次数越多, 或者说复杂度越小, 越容易形成互 补区,复性的速度就越快。 真核生物 DNA 的 重复序列就是复生动力学的研究发现的, DNA 的 复杂度越 小,复性速度越快。15概述分子杂交的概念和应用领域。解答:在退火条件Southern下,不同来源的 DNA 互补区形成
30、双链,或 DNA 单链和 RNA 单链的互 解答 补区形成 DNA-RNA 杂合双链的过 程称分子杂交。 通常对天然或人工合成的 DNA 或 RNA 片段进 行放射性同位素或荧光标记,做成探针,经杂交后, 检测放射性同位素或荧光物质的位置, 寻找与探针有互补 关系的 DNA 或 RNA 。直接用探针与菌落或组织细胞中的 核酸杂交,因未改 变核酸所在的位置,称原位杂交技术。 将核酸直接点在膜上,再与探针杂交称点杂交,使用 狭缝 点样器时,称狭缝印迹杂交。该技术主要用于分析基因拷贝 数和转录水平的变化,亦可 用于检测病原微生物和生物制 品中的核酸污染状况。杂交技术较广泛的应用是将样品 DNA 切割
31、成大小不等的片段,经凝胶电泳分离后,用杂交 技术寻找与探针互补的 DNA 片段。 由于 凝胶机械强度差, 不适合于杂交过程中较高温度和较长时间的处理,提出一种方 法,将电泳分离的 DNA 片段从凝胶转移到适 当的膜(如硝酸纤维素膜或尼龙膜)上,在进行 杂交操作, 称 Southern 印迹法,或 Southern 杂交技术。随后, Alwine 等提出将电泳分离 后的变性 RNA 吸印到适当的膜上再进 行分子杂交的技术, 被戏称为 Northern 印迹法, 或 Northern 杂交。分子杂交广泛用于测定基因拷贝数、基因定位、确定 生物的遗传进化关系 等。Southern杂交和Norther
32、n杂交还 可用于研究基因变异,基因重排, DNA 多态性分析和 疾病 诊断。杂交技术和 PCR 技术的结合,使检出含量极少的 DNA 成为可能。 促进了杂交技术 在分子生物学和医学领域 的广泛应用。 DNA 芯片技术也是以核酸的分子杂交为基础 的。16概述核酸序列测定的方法和应用领域。 解答: DNA 的 序列测定目前多采用 Sanger 提出的链终止法,和 Gilbert 提出的化学法。 解答 其中链终止法经不断改进,使用日益 广泛。链终止法测序的技术基础主要有:用凝胶电 泳分离 DNA 单链片段时,小片段移动,大片段移动慢,用适当 的方法可分离分子大小仅差一个核苷酸的DNA片段。用合适的聚
33、合酶可以在试管内合成单链 DNA 模板的互补 链。反应 体系中除单链模板外, 还应包括合适的引物, 种 脱氧核苷三磷酸和若干种适量的无机离子。 4 如果在 4 个试管中分别进行合成反应, 每个试管的反应体系能在一种 核苷酸处随机中断链的 合成,就可以得到 4 套分子大小不 等的片段,如新合成的片段序列为 -CCATCGTTGA- ,在 A 处随机中断链的合成, 可得到 -CCA 和 -CCATCGTA 两种片 段,在 G 处中断合成可得到 -CCATCG 和 -CCATCGTTG 两 种片段。在 C 和 T 处中断又可以得到相应的 2 套片段。 用同位素或荧光物 质标记这 4 套新合成的链,在
34、凝胶中置 于 4 个泳道中电泳,检测这 4 套片段的位置,即可直 接 读出核苷酸的序列。 在特定碱基处中断新链合成最有效的 办法,是在上述 4 个试管中按 一定比例分别加入一种相应 的2,3双脱氧核苷三磷酸(ddNTP),由于ddNTP的3 位无 -OH, 不可能形成磷酸二酯键,故合成自然中断。如上 述在A处中断的试管内,既有 dATP,又有 少量的 ddATP,新合成的-CCA 链中的 A 如果是ddAMP,则链的合 成中断,如果是 dAMP,则链 仍可延伸。因此,链中有几 个A,就能得到几种大小不等的以A为末端的片段。如果用放射 性同位素标记新合成的链, 4 个试管中新合成的链 在凝胶的
35、4 个泳道电泳后, 则 经放射自显影可检测带子 的位置, 由带子的位置可以直接读出核苷酸的序列。采用 T7测序酶时,一次 可读出 400 多个核苷酸的序列。近年采用 4 种射波长不同的荧光物质分别标记 4 种不同的双 脱 氧核苷酸,终止反应后 4 管反应物可在同一泳道电泳,用激光扫描收集电泳信号,经计算 机处理可将序列直接打印 出来。采用毛细管电泳法测序时,这种技术一次可测定 700 个左右核苷酸的序列,一台仪器可以有几十根毛细管同时 进行测序,且电泳时间大大缩短,自动 测序技术的进步加 快了核酸测序的步伐, 现已完成了包括人类在内的几十个 物种的基因组测 序。 RNA 序列测定最早采用的是类
36、似蛋 白质序列测定的片段重叠法, Holley 用此法测定酵 母丙氨 酸 tRNA 序列耗时达数年之久。随后发展了与 DNA 测序 类似的直读法,但仍不如 DNA 测序容易,因此,常将 RNA 反转录成互补 DNA (cDNA ),测定 cDNA 序列后推断 RNA 的序列,目前 16S rRNA 1 542 b 的全序列测定, 23S rRNA 2 904 b 的全序列测定,噬菌体 MS2 RNA 3 569 b 的 全序列测定均已完成。四糖类的结构与功能1.书写a-D-吡喃葡萄糖,L-(-)葡萄糖,B-D- (+)吡喃葡 萄糖的结构式,并说明D、 L ; +、-; a、 B各符号代表的意义
37、。 解答:书写单糖的结构常用D、L ; d或(+)、I或(-);a、 B表示。D-、L-是人为规 解答 定的单糖的构型。 是以D-、L-甘油醛为参照物,以距醛基最远的不对称碳原子 为准, 羟基在左面的为 L 构型, 羟基在右的为 D 构型。单 糖由于具有不对称碳原子 ,可使平面偏振光的偏 振面发生一 定角度的旋转,这种性质称为旋光性。其旋转角度称为旋光 度,偏振面向左旋转 称为左旋 ,向右则称为右旋。 d 或(+)表示 单糖的右旋光性 ,l 或(-)表示单糖的左旋光性。2.写出下列糖的结构式:a-D-葡萄糖-1-磷酸,2-脱氧-B-D-呋喃核糖,a-D-呋喃 果糖,D-甘油醛-3-磷酸,蔗糖,
38、葡萄 糖醛酸。 解答:略。3 .已知某双糖能使本尼地(Benedict)试剂中的 Cu2+氧化成 Cu2O的砖红色沉淀,用B-葡糖糖苷酶可将其水解为两分 子B-D-吡喃葡糖糖,将此双糖甲基化后再水解将得到2,3,4,6-四 氧甲基-D-吡喃葡糖糖和1,2,3,6-四氧甲基-D-吡喃 葡糖糖 ,试写出此双糖的名称和结构式。 蔗糖双糖能使本尼 地(Benedict)试剂中的 Cu2+氧化成 Cu2O的砖红色沉淀,说 明该双解答:糖具还原性,含有半缩醛羟基。用B葡糖苷酶可将其水解为两分子炉D-吡喃葡糖,说明 该双糖是由&糖苷键构成的。将此双糖甲基化后再水解将得到2,3,4,6-四氧甲基-D-
39、吡喃葡 糖糖和1,2,3,6-四氧甲基-D-吡喃葡糖, 糖基上只有自由羟基才能被甲基化,说明3-葡糖(1 t 4葡糖构成的为纤维二糖。4根据下列单糖和单糖衍生物的结构:CH2 OH C HO H H C C C O H OH OHCHO H C OH HO H H C C C H OH OH CHO CHOH C NHCOCH3 HO C H HO HO H C C C H H OH H H HO CC C OH OH HCH2OHCH2OHCH2OHCH2OH(A)(B)(C)(D)(1)写出其构型(D或L)和名称;(2)指出它们能否还原本尼地 试剂; (3) 指出哪些能发生 成苷反应。解答
40、:(1)构型是以D-丄-甘油醛为参照物,以距醛基最远的 不对称碳原子为准 , 羟基解答在左面的为 L 构型, 羟基 在右的为D构型。A、B、C为D构型,D为L构型。 B、C、D 均有醛基具还原性,可还原本尼地试剂。 A 为酮 糖,无还原性。 (3) 单糖的半缩醛上羟基与非糖物质(醇、酚等)的羟基形成的缩醛结构称为糖苷, B,C,D 均能发生成苷反应。5透明质酸是细胞基质的主要成分,是一种黏性的多糖,分子量可达 100000,由两单糖衍生物的重复单位构成 ,请指出 该重复单位中两组分的结构名称和糖苷键的结构类型。解答:透明质酸的两个重复单位是由B D-葡萄糖醛酸和N-乙酰氨基葡萄糖通过B解答-1
41、,3糖苷键连接而成。6.纤维素和淀粉都是由1-4糖苷键连接的D葡萄糖聚合物,相对分子质量也相当, 但它们在物理性质上有很大 的不同, 请问是什么结构特点造成它们在物理性质上的如 此差别解释它们各自性质的生物学优点。 解答:淀粉是葡 萄糖聚合物,既有 a-1 4糖苷键,也有a-1, 6糖苷键,为多分支 解答结构。直链淀粉分子的空间构象是卷曲成螺 旋形的 ,每一回转为 6 个葡萄糖基 ,淀粉在水溶 液中混悬时 就形成这种螺旋圈。支链淀粉分子中除有a-(1,4)糖苷键的糖链外,还有a-(1,6)糖苷键连接的分支处,每一分支平均约含 2030个葡萄糖基,各分支也都是卷曲成螺旋。螺旋构象是碘显色反应的必
42、要条件。碘分子进入淀粉螺旋圈内,糖游离 羟基成为电子 供体,碘分子成为电子受体,形成淀粉碘络 合物,呈现颜色。其颜色与糖链的长度有关。 当链长小于 6 个葡萄糖基时 ,不能形成一个螺旋圈 ,因而不能呈色。当平均 长度为 20 个葡萄糖基时呈红色 ,红糊精、无色糊精也因而 得名。大于 60 个葡萄糖基的直链淀粉呈蓝色。支 链淀粉 相对分子质量虽大,但分支单位的长度只有 2030 个葡萄 糖基,故与碘反应呈紫红色。纤维素虽然也是由 D-吡喃葡萄糖基构成,但它是以伕(1,4)糖苷键连接的一种没有分支的线性分子,它不卷曲成螺旋。纤维素分子的链与链间,能以 众多氢键像麻绳样拧在一 起,构成坚硬的不溶于水
43、的纤维 状高分子(也称纤维素微晶束) ,构成植物的细胞壁。人和 哺乳动物体内没有纤维素酶 (cellulase),因此不能将纤维素水 解成葡萄糖。虽然纤维素 不能作为人类的营养物 ,但人类食 品中必须含纤维素。因为它可以促进胃肠蠕动、 促进消化 和 排便。7说明下列糖所含单糖的种类、糖苷键的类型及有无还原性 ( 1)纤维二糖 ( 2)麦芽糖(3)龙胆二糖( 4)海藻糖( 5)蔗糖( 6)乳糖解答:(1)纤维二糖含葡萄糖,B-1, 4糖苷键,有还原 性。 解答 (2)麦芽糖含葡萄糖,a1, 4糖苷键,有还 原性。(3)龙 胆二糖含葡萄糖,B-1, 6糖苷键,有还 原性。(4)海藻糖含葡萄糖,al
44、, 1糖苷键, 无还原 性。(5)蔗糖含葡萄糖和果糖,al, 2糖苷键,无还原性。(6)乳糖含葡萄糖和半乳糖,a1, 4糖苷键,有还原性。8人的红细胞质膜上结合着一个寡糖链,对细胞的识别起重要作用。被称为抗原决定基 团。根据不同的抗原组合 ,人的 血型主要分为 A型、B型、AB型和 0型4类。不同血 型的 血液互相混合将发生凝血 ,危及生命。红细胞 N Ac GlcB 1,4Gala 1, 2 Fuc a 1, 3X 已知 4 种血型的差异仅在 X 位组成成分的不同。 请指出 不同血型 (A 型、 B 型、 AB 型、 0 型) X 位的糖基名称。解答:A型X位是N-乙酰氨基-a-D-半乳糖;
45、 解答B型 X位是aD-半乳糖;AB型X位兼有 A型和B型的糖; O 型 X 位是空的。9.请写出下列结构式:(1) a L岩藻糖(3) N S酰氨基一a D-葡萄糖解答:略。10 .随着分子生物学的飞速发展,生命的奥秘正在逐渐被揭 示。大量的研究已表明,各 种错综复杂的生命现象的产生 和疾病的形成过程均与糖蛋白的糖链有关。请阅读相关资 料, 列举你感兴趣的糖的生物学功能。 解答:略。 解答(2) a 一 D半乳糖 N 一乙酰氨基一 a D半乳糖胺五 脂类化合物和生物膜1.简述脂质的结构特点和生物学作用。 解答: (1)脂质的结 构特点:脂质是生物体内一大类不溶于水而易溶于非极性有 机溶剂的
46、有机化合物, 大多数脂质的化学本质是脂肪酸和 醇形成的酯及其衍生物。 脂肪酸多为 4 碳以 上的长链一 元羧酸,醇成分包括甘油、鞘氨醇、高级一元醇和固醇。脂 质的元素组成主要为 碳、氢、氧,此外还有氮、磷、硫等。 (2)脂质的生物学作用:脂质具有许多重要的生物功能。脂肪 是生物体贮存能量的主要形 式, 脂肪酸是生物体的重要代谢燃料, 生物体表面的脂质有防止机械损伤和防止热量散 发的作用。磷脂、糖脂、固醇等是构成生物膜的重要物质, 它们作为细胞表面的组成成分与细胞的识别、 物种的特异性以及组织免疫性等有密切的关系。有些脂质 (如萜类化合物和固醇等) 还具有重要生物活性,具有维生素、激素 等生物功
47、能。脂质在生物体中还常以共价键或通过 次级键 与其他生物分子结合形成各种复合物,如糖脂、脂蛋白等重 要的生物大分子物质。2概述脂肪酸的结构和性质。 解答: (1)脂肪酸的结构:脂 肪酸分子为一条长的烃链(“尾”)和一个末端羧基(“头”)解 答组成的羧酸。烃链以线性为主,分枝或环状的为数甚少。 根据烃链是否饱和,可将脂肪酸分 为饱和脂肪酸和不饱和 脂肪酸。 (2)脂肪酸的性质: 脂肪酸的物理性质取决于脂 肪酸烃链的长度和不饱和程度。 烃链越长,非极性越强, 溶 解度也就越低。 脂肪酸的熔点也受脂肪酸烃链的长度和 不饱和程度的影响。_ 脂肪酸中的双键极易被强氧化剂,H2O2、如 超氧阴离子自由基
48、02 )羟自由基0H) (、 ( 等所氧化, 因此含不饱和脂肪酸丰富的生物膜容易发生脂 质过氧化作用, 从而继发引起膜蛋 白氧化,严重影响膜的 结构和功能。脂肪酸盐属于极性脂质,具有亲水基(电 离的羧基)和疏水基(长的烃链),是典型 的两亲性化合 物,属于离子型去污剂。 必需脂肪酸中的亚油酸和亚麻 酸可直接从植物食物中获得,花生四烯酸则可由亚油酸 在 体内转变而来。它们是前列腺素、血栓噁烷和白三烯等生物 活性物质的前体。3概述磷脂、糖脂和固醇类的结构、性质和生物学作用解答:解答I.磷脂包括甘油磷脂和鞘磷脂两类,它们主 要参与细胞膜系统的组成,少量存在于其 他部位。 (1) 甘油 磷脂的结构:甘
49、油磷脂是由 sn-甘油-3-磷酸衍生而来,分子 中甘油的两个醇羟基 与脂肪酸成酯,第三个醇羟基与磷酸 成酯或磷酸再与其他含羟基的物质 (如胆碱、乙醇胺、 丝氨 酸等醇类衍生物 )结合成酯。 (2)甘油磷脂的理化性质:物理性质:甘油磷脂脂双分子层结构在水中处于热力学的稳 定状态,构成生物膜的结 构基本特征之一 化学性质: a. 水解作用:在弱碱溶液中,甘油磷脂水解产生脂肪酸的金属 盐。如果用 强碱水解,甘油磷脂水解生成脂肪酸盐、醇(X OH )和磷酸甘油。b.氧化作用:与三酰 甘油相似,甘 油磷脂中所含的不饱和脂肪酸在空气中能被氧化生成过氧 化物, 最终形成黑色 过氧化物的聚合物。 c. 酶解作
50、用:甘 油磷脂可被各种磷脂酶( PLA )专一水解。 (3)鞘磷脂即鞘 氨醇磷脂,在高等动物的脑髓鞘和红细胞膜中特别丰富,也存在于许多植 物种子中。鞘磷脂由鞘氨醇、脂肪酸和磷脂 酰胆碱(少数磷脂酰乙醇胺)组成。 n .糖脂是指糖基通过 其半缩醛羟基以糖苷键与脂质连接的化合物。 糖脂可分为 鞘糖脂、 甘油糖脂以及由固醇衍生的糖脂,其中鞘糖脂和 甘油糖脂是膜脂的主要成分。(1) 鞘糖脂是神经酰胺的 1 位羟基被糖基化形成的糖苷化合物。依据糖基是否含有唾液 酸或硫酸基成分,鞘糖脂又可分为中性鞘糖脂和酸性鞘糖 脂。中性鞘糖脂:又称脑苷脂,是由神经酰胺的C1上的羟基与一单糖分子(半乳糖、葡 萄糖等)以糖
51、苷键结合 而成,不含唾液酸成分。中性鞘糖脂一般为白色粉状物,不 溶于水、 乙醚,溶于热乙醇、热丙酮、吡啶及苯等,性质 稳定,不被皂化。它们不仅是血型抗原,而 且与组织和器 官的特异性,细胞之间的识别有关。酸性鞘糖脂:糖基部分含有唾液酸或硫酸基的鞘糖脂称为酸性鞘糖脂。糖基部 分含有 唾液酸的鞘糖脂常称神经节苷脂, 是最复杂的一类 甘油鞘脂, 由神经酰胺与结构复杂的寡糖 结合而成,是大 脑灰质细胞膜的组分之一,也存在于脾、肾及其他器官中。 (2)甘油糖脂是糖基二酰甘油, 它是二酰甘油分子 sn-3 位上 的羟基与糖基以糖苷键连接 而成。 甘油糖脂主要存在于植 物和微生物中。 植物的叶绿体和微生物的
52、质膜含有大量的 甘油 糖脂。它可能在神经髓鞘形成中起作用。川.固醇类也称甾类,所有固醇类化合物都是以环戊烷多氢菲为核心结构,因羟基的 构型不同,可有a及B两型。胆固醇(也称 胆甾醇 )是一种重要的甾醇类物质, 一种环戊烷多氢菲的衍生 物。是动物 组织中含量最丰富的固醇类化合物,有游离型 和酯型两种形式。存在于一切动物细胞中,以 脑、神经组 织及肾上腺中含量特别丰富,其次为肝、肾、脾和皮肤及脂 肪组织。4生物膜由哪些脂质化合物组成的?各有何理化性质?解答:组成生物膜的脂质主要包括磷脂、固醇及糖脂。解答(1)磷脂: 甘油磷脂,是生物膜的主要成分。是由sn-甘油-3-磷酸分子中甘油的两个醇羟基与脂肪
53、酸成酯,第三个醇羟基与磷酸成酯或磷酸再与其他含羟基的物质(如胆碱、乙醇胺、丝氨酸等醇类衍生物 )结合成酯。 物理性质:纯的 甘油磷脂是白色蜡状固体,大多溶于含少量水的非极性溶剂 中。用氯仿 甲醇混合溶剂很容易将甘油磷脂从组织中提 取出来。 这类化合物又称为两性脂质或称极性 脂质,具有 极性头和非极性尾两个部分。化学性质:a.水解作用:在弱碱溶液中, 甘油磷脂水解产生脂肪酸的金属盐。 强碱水 解,生成脂肪酸盐、醇(X OH)和磷酸甘油。b.氧化作用: 甘油磷脂中所含的不饱和脂肪酸 在空气中能被氧化生成过 氧化物,最终形成黑色过氧化物的聚合物。c.酶解作用:甘油磷 脂可被各种磷脂酶(PLA)专一水
54、解。鞘磷脂(SM):鞘磷脂由鞘氨醇、脂肪酸和磷脂酰胆碱(少数为磷脂酰乙醇 胺)组成。 鞘磷脂为白色晶体,性质稳定,不溶于丙酮和 乙醚,而溶于热乙醇中,具两性解离性质。( 2)固醇:高等植物的固醇主要为谷甾醇和豆甾醇。动物细胞膜的固醇最 多的是胆固 醇。 胆固醇分子的一端有一极性头部基团羟基 因而亲水, 分子的另一端具有羟链及固醇的环 状结构而疏 水。因此固醇与磷脂类化合物相似也属于两性分子。 物理 性质:胆固醇为白色斜方晶体, 无味、无臭,熔点为148.5°C, 高度真空条件下能 被蒸馏。胆固醇不溶于水,易溶于乙醚、 氯仿、苯、丙酮、热乙醇、醋酸乙酯及胆汁酸盐溶 液中。 介电常数高,
55、不导电。 化学性质:胆固醇 C3 上的羟基易 与高级脂肪酸 (如软脂酸、 硬脂酸及油酸等 )结合形成 胆固醇 酯。 胆固醇的双键可与氢、 溴、 碘等发生加成反应。 胆 固醇可被氧化成一系列衍生物。 胆固醇易与毛地黄糖苷结 合而沉淀, 这一特性可以用于胆固醇的定量测定。 胆固醇 的氯仿溶 液与醋酸酐和浓硫酸反应,产生蓝绿色(Liebermann Burchar(反应)。 (3)糖脂:是指糖基通过 其半缩醛羟基以糖苷键与脂质连接的化合物。鞘糖脂和甘油 糖脂是膜脂的主要成分。 鞘糖脂: 依据糖基是否含有唾 液酸或硫酸基成分, 鞘糖脂又可分为中性鞘糖脂和酸性 鞘 糖脂。中性鞘糖脂,是非极性的。鞘糖脂的
56、疏水尾部伸入膜 的脂双层,极性糖基露在细胞 表面,它们不仅是血型抗原,而且与组织和器官的特异性,细胞之间的识别有关。中性鞘 糖 脂一般为白色粉状物,不溶于水、乙醚溶于热乙醇、 热丙酮、吡啶及苯等,性质稳定,不 被皂化。酸性鞘糖脂, 糖基部分含有唾液酸或硫酸基的鞘糖脂。糖基部分含有唾液 酸的鞘糖 脂常称神经节苷脂,不溶于乙醚、丙酮,微溶于 乙醇,易溶于氯仿和乙醇的混合液。甘油糖脂:是糖基二酰甘油,它是二酰甘油分子 sn-3 位上的羟基与糖基以糖 苷键连接而成。 甘油糖脂主要存在于植物和微生物中。 植 物的叶绿体和微生物的质膜含有大量的甘 油糖脂。在哺乳 动物组织中也检测出了半乳糖基甘油酯,可能在
57、神经髓鞘形 成中起作用。5何为必需脂肪酸?哺乳动物体内所需的必需脂肪酸都有 哪些? 解答:哺乳动物体内能够自身合成饱和及单不饱和 脂肪酸,但不能合成机体必需的亚油 解答 酸、亚麻酸和花 生四烯酸等多不饱和脂肪酸。我们将这些机体生长必需的而 自身不能合成, 必须由膳食提供的脂肪酸称为必需脂肪酸。6何为生物膜?主要组成是什么?各有何作用?解答:任何细胞都以一层薄膜将其内容物与环境分开,这层薄膜称为 细胞的质膜。此外 解答 大多数细胞中还有许多内膜系统, 它们组成具有各种特定功能的亚细胞结构和细胞器如细胞核、线粒体、内质网、溶酶体、高尔基体、过氧化酶体等, 在植物细胞中还有叶绿体。所有 这些膜虽然组分和功能不 同,但在电镜下却表现出大体相同的形态、厚度69nm的3 片层结构。这样细胞的外周膜和内膜系统称为 “生物膜” 。 (1)膜脂:其中磷脂、糖脂、固醇等脂质物质都属于两性 分子。当磷脂分散于水相时, 分子的疏水尾部倾向于聚集 在一起,避开水相,而亲水头部暴露在水相,形成具有双分 子层结构的封闭囊泡,通称为脂质体。脂质体的
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