各种分子遗传标记简介

1、报告人：木木木时 间：2014.1.16几种分子遗传标记技术简介几种分子遗传标记技术简介动物遗传标记课程作业动物遗传标记课程作业分子遗传标记概述分子遗传标记概述1主要分子标记技术主要分子标记技术4分子遗传标记优越性分子遗传标记优越性2分子遗传标记分类分子遗传标记分类3几种分子标记的比较几种分子标记的比较5 分子遗传标记概述分子遗传标记概述 20世纪70年代以来，随着分子生物学的发展，相继建立了RFLP、RAPD、AFLP、SNP、SSCP等分子遗传标记检测技术。 分子遗传标记（Molecular Genetic Markers）是以个体遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是 DNA 水平

2、遗传多态性的直接的反映。动物遗传标记课程作业多为共显性；在生物发育的不同阶段，不同组织的 DNA 都可用于标记分析；表现为中性，不影响目标性状的表达；基因组变异极其丰富，分子标记的数量几乎是无限的；检测手段简单快捷，易于实现自动化。动物遗传标记课程作业分子遗传标记的优越性分子遗传标记的优越性 分子遗传标记的分类分子遗传标记的分类动物遗传标记课程作业Southern杂交为核心的分子标记，如杂交为核心的分子标记，如RFLP其它分子标记技术，如其它分子标记技术，如mtDNAPCR技术为基础的分子标记，如技术为基础的分子标记，如RAPD核酸序列为基础的分子标记，如核酸序列为基础的分子标记，如SNP分子

3、分子 标记标记 主要的分子遗传标记主要的分子遗传标记u原理：原理：用限制性内切酶切割基因组DNA后，基因组DNA在检测区域内发生了重排、插入、缺失或点突变，导致酶切位点发生改变，从而形成了大小不等、数量不同的酶切片段，当这些片段通过凝胶电泳时就形成不同的带，用分子探针杂交并利用放射自显影成像时，不同程度的RFLP谱带表示其多态性。动物遗传标记课程作业1、RFLP （Restriction Fragment Length Polymorphism） 限制性片段长度多态性限制性片段长度多态性动物遗传标记课程作业u RFLP的优点的优点 样品纯度要求较高，样品用量大； 多态信息含量低； 步骤繁琐、工

4、作量大、成本较高。动物遗传标记课程作业 较高的可靠性； 标记数目是无限的； 标记为共显性； 标记之间无干扰； 不受年龄性别以及外界环境的影响。u RFLP的缺点的缺点u RFLP的应用的应用 分子水平上选择目的性状 进行品种或品系遗传纯度的测定 改良回交育种技术 生物进化和分类 疾病诊断方面的应用 特别适应于构建遗传连锁图动物遗传标记课程作业2、AFLP (Amplified Restriction Fragment Polymorphism) 扩增片段长度多态性扩增片段长度多态性:u原理：原理：基因组DNA经两种两种限制性内切酶酶切，形成分子量大小不等的随机酶切片段，将特定的人工合成的短的双

5、链接头连在这些片段的两端，形成一个带接头的特异片段，用含有选择性碱基的引物对摸板DNA进行扩增。扩增产物经放射性同位素标记、聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，然后根据凝胶上扩增产物的多态性来检出多态性。动物遗传标记课程作业动物遗传标记课程作业u AFLP的优点的优点动物遗传标记课程作业 多态性丰富且清晰可辨，一次AFLP分析可检测到100150个标记；被认为是指纹图谱技术中多态性最丰富的一项技术； 可靠性好，重复性高； DNA需要量少； 引物在不同物种间是通用的； AFLP分析的扩增片段较短（30-700bp)，分辨率高。u AFLP的缺点的缺点 对DNA模板质量要求高，对其浓度变化不敏感； 显性标记，

6、只能表明目的条带的有无，不能区分纯合子和杂合子； 操作复杂，耗时，成本高。u AFLP的应用的应用动物遗传标记课程作业遗传图谱的构建；基因标记及定位；种及种下阶元的分类鉴定；遗传距离及杂种优势的利用；遗传多样性和系统进化的研究。3、SSCP（Single Strand Conformation Polymorphism) ) 单链构象多态性单链构象多态性 单链构象多态性检测是一种基于单链DNA构象差别来检测点突变的方法。u原理：原理：单链DNA分子内的相互作用力使其呈现 复杂的空间折叠构象，当有一个碱基发生改变时，其空间构象发生变化，这些空间构象存在差异的单链DNA分子在凝胶中受排阻大小不同。

7、因此，通过电泳可以将构象上有差异的分子分离开，形成了单链构象多态性。动物遗传标记课程作业动物遗传标记课程作业动物遗传标记课程作业u SSCP的优点的优点操作简便，实验步骤少，周期短；具有高的灵敏性，仅单个碱基差异亦可检测出来，拓展了检测范围；能得到更多的图谱信息，更详细的分型结果。u SSCP的缺点的缺点只能作为突变检测方法，要确定突变的位置和类型，还需进一步测序；受外界影响较大，电泳条件要求较严格；易造成漏检。u SSCP的应用的应用动物遗传标记课程作业 基因点突变的监测 大量样本的筛选 cDNA的筛查 检测人类遗传性疾病 病毒的分型和分类 保种和育种4、RAPD（Random amplif

8、ied polymorphism DNA） 随机扩增多态性随机扩增多态性DNAu原理：原理：以基因组DNA为模板， 以单个人工合成的随机多态核苷酸序列（通常为10 个碱基对）为引物，在Taq 酶作用下，进行PCR 扩增。扩增产物经凝胶电泳分离、溴化乙锭染色后，在紫外透视仪上检测多态性。扩增产物的多态性反映了基因组的多态性。动物遗传标记课程作业动物遗传标记课程作业u RAPD的优点的优点 引物可随机合成和随机选定，长度一般为9- 10 bp； 不同生物基因组可以共用一套引物； 退火温度低，一般为36，允许适当的错配； 每个RAPD 反应中，仅加单个引物，就可通过引物和模板DNA 随机配对实现扩增

9、，扩增无特异性； RAPD 分析所需的DNA 样品量极少。动物遗传标记课程作业u RAPD的缺点的缺点 重复性差，易受到各种因素的影响； 标记呈显隐性遗传。 5、TRS（Tandem Repeated Sequence) ) 串联重复序列标记串联重复序列标记 微卫星微卫星DNA又称简单序列重复又称简单序列重复(Sample Sequence Repeats，SSR)，广泛存在于真核生物基因组中，以16个碱基为核心序列，首尾相连组成的串联重复序列。动物遗传标记课程作业l小卫星（小卫星（Minisatellite DNA)l微卫星（微卫星（Microsatellite DNA）动物遗传标记课程作业

10、u原理：原理：每个微卫星两侧一般是相对保守的单拷贝序列，据此可设计专一引物，通过PCR技术扩增微卫星片段，扩增产物经凝胶电泳分离后，不同个体间因核心序列的重复次数不同而产生DNA多态性。 单拷贝序列单拷贝序列在单倍体基因组中只出现一次，但储存了巨大的遗传信息，可以编码各种不同功能的蛋白质，因此对这些序列的研究有特别重要的意义。 动物遗传标记课程作业动物遗传标记课程作业数量多且均匀分布在基因组中；具有丰富的多态性；等显性遗传，因此检测可以显示纯合子和杂合子；检测容易、重复性较好、省时，适合于进行自动化分析。u 微卫星微卫星DNA的优点的优点u 微卫星微卫星DNA的缺点的缺点相对的物种专一性；开发

11、困难，费用较高，耗时长；实际分析时一般每次只分析单个位点；不同引物退火温度不同，需要探索。个体及亲缘关系鉴定种群(品种、品系)内遗传纯度和彼此之间遗传距离构建遗传连锁图谱定位功能基因及QTL杂交优势预测群体遗传结构分析及遗传关系的分析在标记辅助选择和标记辅助导入等方面的研究监测育种和遗传操作效应亲子鉴定、胚胎移植、混合受精、亲缘关系分析动物遗传标记课程作业u微卫星微卫星DNA的应用的应用6、SNP（Single Nucleotide Polymorphism) ) 单核苷酸多态性标记单核苷酸多态性标记u 概念：概念：SNP指染色体上某个位点单个核苷酸的变异，包括转换、颠换、缺失或插入等。 u

12、特性：特性： 高密度； 代表性； 易实现自动化分析，标记为双等位标记。动物遗传标记课程作业 SNP的应用的应用l 人类基因单体型图的绘制人类基因单体型图的绘制 描述人类常见的遗传多态性模式和染色体上具有成组紧密关联SNPs的区域，用来绘制人类基因单体型图。l SNP与疾病易感基因的相关性分析与疾病易感基因的相关性分析 随着大量代谢通路和上百万SNPs的确认，SNP作为新一代遗传标记在人类疾病研究中显示出极高的潜在价值。l SNP研究与药物设计研究与药物设计 随着SNP的研究与药物基因组学的结合，根据特定的基因型来设计药物将成为可能。动物遗传标记课程作业7、mtDNA标记标记 mtDNA（Mitochondrial DNA）：线粒体DNA 母系遗传、缺乏重组及进化速率快等 动物单亲（母亲）亲缘鉴定、种质资源的起源、分子进化和分类的研究动物遗传标记课程作业动物遗传标记课程作业