走近非靶向代谢组学

1、 最新资料推荐走近非靶向代谢组学文章题目为 Metabolomics Study of Hepatocellular Carcinoma: Discovery and Validation of Serum Poten?al Biomarkers by Using Capillary ElectrophoresisMass Spectrometry ,是由大连化物所许 国旺教授课题组在,是由大连化物所许国旺教授课题组在 2021年发 表于 Journal of Proteome Research上的篇文章.研究背景：中国是世界上肝癌发病率较高的地区之一,并且在大多数 病例中,肝硬化都是主要的癌

2、前病变.由于肝癌的快速开展和早期转移,使得肝癌患者容易产生预后不 良.事实上,如果能够肝癌做到早期诊断,可以大大改善患者的治愈 效果,但是至今,对于肝癌的高危人群来说,早期的诊断仍然充满挑 战.目前,超声波检测和血清AFP检测仍然是常用的肝癌筛查 手段.其中,超声波检测不能够很灵敏的区分小的肿瘤和肝硬化结节； AFP检测虽然有效,但是其灵敏度还远不能让其成为一个理想的特异 性检测肝病的方法,这些问题也影响着肝癌的早期诊断和治疗,因此寻找一些新的生物标记物用于临床诊断肝癌显得非常重要.代谢组学作为系统生物学的一个工具,已经越来越多的使用在了临床研究中目前,NMR GC-MS LC-MS作为常用的

3、代谢组学研究工具,对我 们了解疾病的发生开展提供了很多有用的线索.由于仪器本身的限制,过去的研究忽略了对一些极性较大以及离 子型代谢物,而这些化合物在生物体内也起着不可或缺的作用,因此作者在本研究中使用CE-MS作为工具,研究肝癌患者血清中较大极 性代谢物的变化.研究方法：样本来源：血清样本n=183包括健康人,肝硬化患者,以及肝癌患者为 了验证标记物早期诊断水平,将肝癌患者又细分为小肿瘤和正常肿 瘤.其中77例样本用来建立模型,寻找标记物；106例样本用来验 证所寻找的标记物的诊断水平.样本前处理：氯仿除杂,水相超滤离心除蛋白.通过混合相同体积的血清样本配置 QC样本,前处理方法同样本.CE

4、-MS 分析：为减少batch effect ,所有样本检测顺序随机,同时每检测是 个样本后,检测一次QC样本.统计分析：Multivariate variate analysis PLS-DA观察整体分组情况最新资料推荐Univariate analysis是否有统计学意义 Wilcoxon Mann-WhitneyTest False discovery rate (FDR) Hierarchical cluster analysis (HCA)观察代谢物之间的联系Z-score plot观察样本的分布 Receiver operating characteristic (ROC)评价标记

5、物的诊断水平整体工作流程结果方法果与讨论：法学考察 QC样标记多元图ACD.V的化图B图E区间图C最 终代谢样本中,有超记物的选择(元统计分析筛A.得分图显示VIP1 的化合化合物有42个B. Venn图取二E.图中化合物间,将其去除 CD.将图中p终选出27个化谢标记物的验超过90%的化(77个血 清样筛选(筛选出示健康人,肝合物被认为对个.二者交集,3物glycocholic 除.p(corr)值大于化合物.验证和评价(合物的RSD样本)27个化合物肝硬化患者,分 类奉献较大30个化合物被c, acid, tyros于0.3的化合物106个 血清样20%证实所物)已经肝癌患大,图中可以被选

6、出.sine (Tyr),和物去除.(文样本)所建立的方法患者被分为三以看出 VIP1和malic acid在文中有参考文法有很好的稳三组.1的化合物有在VIP1柱形文献) 稳定性和重复有41个,VI形图中处于负性.P21 置信 排除 了 3QC样生物样本合使敏度个,选择在肝癌除了 pipecolic 选择在小肿3/4-methyl-2-样本中的峰面物标记物诊断作者对这四本进行区分,且使用,可以得相比于单个度和特异性.这三种化合分别是Trp ,癌患者vs健康c acid .肿瘤vs肝癌,-oxovaleric a 面积RSD值在断水平的评价四 个化合物做且有很好的灵得到更好的效个标记物, 合

7、合物在所有组, Gln和2-hy康人,以及肝癌以及小肿瘤 acid.最终选在1%-6%之间价.做了 ROC分析灵敏度和特异效果.合理的将标记物组别中的相对含 ydroxybutyric 癌患者vs肝 硬瘤vs健康人对选出4个化合间,进一步证析,在discove异性； 但是如物进行组合,含量的变化如 c acid .硬化比照中,比照中,p值合物作为生物证实其稳定可 ery set 中,T如果将Trp , Gl,可以得到更如图D所示.,p值均小于均小于0.05物标记物,同可靠.Trp单独使用n和2-hydro更好的AUG最终将生物0.05的化合的化合物,时4个化合用已经完全能 oxybutyric

8、 aci 值以及更高物标记物确定合物,排除合物在能够对d联高的灵定为3与临节的癌样G.80%本被代谢临床结果进行比照生物标的比照中图样本与肝硬 化此外,AFP筛 利用所选出勺小肿瘤但是被准确归属.谢通路分析运用Metab行比拟标记和AFP的图D,标记物化最新资料推荐结节进行对筛查中的假阳出的血清标记是AFP20ug同时所有的boAnalyst进行的诊断水平,物组的 AUC值比照时,得到阳性以及 假阴记物组,有83g/L的样本被肝硬化但是行分析,观察结果如图 所值为0.976 ,远了类似的结果阴性结果,在使3.3%的患肝癌被准确归属,以AFP20ug/L察受干扰的代示.在较有挑远高于AFP的果图C.使用标记物组癌但是 AFP以及100%的,患L的样本被准代谢通 路.挑战性的小肿的AUC值0.7组时也得到了 20ug/L的样患肝癌 但是A准确归属.肿瘤vs肝硬746.将所有了极大的改善样本被准确归AFP20ug/L硬化结有的肝善图属,的样结论以为于 A个人文章精简下列图论：利用CE-MS为AFP提供补AFP这些标人观点：章中筛选化合相比于常用简化合物,选图我们往返忆S从较大极性补充,同时也记物在区分小合物的方法很用的VIP值,选出更有意义顾下作者筛选性的化合物中也可以改善A小肿瘤以及肝很值得我们学p值和fold c义的生物标记物