class气体在聚合体中扩散的测量ppt课件

1、气体在聚合体中分散的丈量目的：引见如何运用力场方法来计算气体在资料中的分散系数。模块：Materials Visualizer, Discover, COMPASS, Amorphous Cell背景 气体在有机溶剂，聚合体或沸石中的分散率可以经过分子动力学模拟来计算，同时也可以计算气体在资料中的均方位移。这可以让他计算气体的自分散系数，并进而可以研讨全分散系数。当他进展分子动力学计算的时候，他可以分析温度，压力，密度，浸透尺度和构造对分散的影响。简介 在本教程中，他将经过构建一个包括氧和二甲基硅氧烷PDMS的无定形晶胞中计算氧气在该聚合物。当构建了晶胞以后，将进展分子动力学模拟并计算氧分子的

2、均方位移。虽然本教程中的时间尺度限制了计算，但还是可以用来熟习相关的方法。本教程基于Charati 和Stern(2019)年发表的一篇研讨气体在硅聚合物中分散的文章。 建立初始构造 第一步是构建并优化氧分子和PDMS 聚合物来构建无定形原胞。 从菜单栏中选择Build / Build Polymers / Homopolymer 来显示Homopolymer 对话框。 把库Library改成硅氧烷siloxanes，把反复单元Repeat unit改成二甲基硅化物dimeth_siloxane。 在Homopolymer 对话框中选取Advanced。选上Random ，点击Build。封锁

3、Homopolymer 对话框。 一个名为Polydimeth_siloxane.xsd 的新的3D 自动文档会翻开。 在Project Explorer 中，右键点击project root 并选择新的3D Atomistic Document。右键点击3D Atomistic.xsd 并选择重命名。把名字改成Oxygen 并点击回车。如今可以勾画出氧分子。激活oxygen.xsd。点击Sketch Atom 按钮，从下拉菜单中选择oxygen。在3D Viewer上左键单击，然后松开左键，挪动鼠标以构成一根键。鼠标移到一定间隔，键不能再伸长。双击左键，完成构建。把鼠标移到键上面，它会变成浅

4、蓝色，这时左键点击一下变为双键，O2分子完成构建。留意，在这些操作中，鼠标形状为 。不能点 。完成O2分子的构建后，点 ，防止产生新的原子。他需求对氧分子命名一下，不然，MS Modeling 就会用默许的名字。在Properties Explorer 中，把Filter 改成Molecule。双击Name，输入oxygen，点击OK。留意核对 ChemicalFormula中能否显示O2。 一个阅历力场计算能量最小化或分子动力学中破费最大的部分是非键参数确实定库仑相互作用和范德华力。涉及力场的计算会用各种方法来计算非键参数，随所研讨系统的尺度和类型而变化。不过对范德华力默许的方法是原子级模拟

5、，对库仑相互作用那么是Ewald加和模拟。 对某些聚合物，可以用一组原子而不是单个原子来逼近非键参数。这种方法叫作charge groups。本教程中他会从头到尾用到这个方法。这种方法可以在不损害精度的情况下加速计算。 如今聚合体将自动用charge groups 来计算，假设要显示的话，点击Display Style 对话框。 激活Polydimeth_siloxane.xsd 文档。右键点击3D 原子文档，选取DisplayStyle。在Display Style 对话框中，把Color by 选项改成Charge Group。 在Charges 对话框中指明氧分子是用charge gro

6、up 的。 激活oxygen.xsd。从菜单栏中选取Modify / Charges 来显示Charges 对话框，选择Charge Groups条目，点击Calculate。 在优化两个分子的几何构造之前，必需求让Discover 知道用charge goups 来进展非键计算，而不是用默许选项。在Job Control中选My Computer。如今可以开场优化两个几何构造了。点击工具条上的Discover 按钮 ，然后从下拉列表中选择Minimizer。激活oxygen.xsd。点击Discover Minimization 对话框中的Minimize 按钮。如今义务阅读器显示出来了，并

7、且在Project Explorer 中创建了一个新目录oxygen Disco Min。当计算完成时，最小化的构造会被存放到这个新目录下。激活Polydimeth_siloxane.xsd，点击Minimize 按钮。计算终了后最小化的结果被前往到Polydimeth_siloxane Disco Min/Polydimeth_siloxane.xsd 中。封锁Discover Minimization 对话框。如今有了两个优化的几何构造。 在File中点击Save Project 。从菜单栏中选择Windows | Close All。在ProjectExplorer 中翻开最小化的构造oxygen Disco Min/oxygen and Polydimeth_siloxane Disco M