蛋白同源建模及分子对接（课堂PPT）

1、1蛋白同源建模及分子对接以CueO蛋白为例2基本策略 建立模型：Swiss-model、 Modeller 模型检测：Save 模型优化：Chiron 再次检测：Save 分子对接：Autodock3序列与模板相似度，30%模板可用GMQE（Global Model Quality Estimation）是一种基于目标模板对准结合性质的质量估计，数值在0-1之间，越接近于1表示模型越接近实验结果。Swiss-model同源建模4QMEAN(Qualitative Model Energy Analysis)QMEAN对模型的质量估计是基于蛋白模型的局部和全局计分，包括四个结构描述符：All a

2、tom：成对原子距离依赖性电位C-： C-相互作用势能Solvation：残基包埋情况Torsion：扭转角分布5蛋白模型 局部(每个氨基酸)Z-score6Z-score在pdb数据库中所有蛋白中的分布7Modeller软件 Modeller是一种用Python语言编写的，可用于本地建立分子模型的软件。然而，很多人并不熟悉Python语言，因此有人编写了一个Moldoller的GUI界面的软件Easymodeller， Easymodeller科用于简单的单模板建模。目前Modeller最新版本为9.16 Easymodeller 最新版本为4.0。 与在线建模软件相比， Modeller还

3、可进行模型的修饰、多模版建模等操作。8Easymodeller建模确定模板NCBI blast，blastp选择pdb数据库，identity30%模板可用。也可用Swiss-model来寻找合适模板。9Easymodeller界面粘贴序列添加模板，3-10个建立模型10以4e9q.A为模板，建立了CueO的蛋白模型，左图为不含有铜辅基的模型，右图为含有4个铜辅基的模型。铜离子11蛋白模型的检测与评价以Swiss-model构建的CueO模型为例Swiss-model构建的CueO的蛋白模型12SAVE网站评估蛋白模型13Procheck红色：核心区域黄色：允许区浅黄色：大致允许区空白：禁阻区

4、14ERRAT15verify3d16Prove17结果总结一根据SAVES的检测结果，需要局部优化的部位如下： Procheck：位于 gener区域的残基。 ERRAT：错误建模区域（置信度高于99%），残基集中于140160，300320,400420之间。 Verify3d：得分90%ERRAT Overall quality factor83.570 60.042 接近91%Verify3d Averaged 3D-1D score0.287.45% 89.5% 80%Prove Z-score average1.392.11-0.10 0.10Z-score RMS31.8338.131.021Autodock 4.0分子对接 受体：以Swiss-model构建的CueO模型为例，未经优化。 配体：文献中所给出的CueO的底物之一二乙醇胺（Diethanolamine）22准备受体和配体CueODiethanolamine23Grid box参数设置24分子对接结果展示25待解决的问题 1. 蛋白模型的评估还需完善。 2.蛋白模型的优化：因为在线网站Chiron的优化效果并不好，所以在查阅文献后，