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文档简介
1、近来研究 roc,有一点心得,也有一个疑问。roc 曲线理论以真阳性率(灵敏度)为纵坐标,假阳性率(1特异度)为横坐标绘制。各种作图软件的比较、软件的下载安装、作图的具体步骤:(1)excel 做的散点图: (由于我们经常使用 excel,所以开始时觉得这个方法较容易接受。但由于excel 毕竟不是做 roc 曲线的专用工具,所以需要自己算出敏感度和特异度,而且无roc 曲线的分析。)这个方法要算出相应的敏感度和 1-特异度的值,然后选中数据区,做散点图,只是做参照线(也就是对角线)的时候,有点麻烦,因为excel 的线性拟合的截距不是 0,改为 0 后,斜率不是45 ,而且没有相应的点,所以
2、我是用了小聪明,拷贝了两列特异度作为数据源,在原来的散点图中添加数据,画的参照线。(2)spss15.0 作图结果: (只能进行 roc 曲线下面积 auc 的非参数估计,以及找出最佳工作点,使用该软件的感觉有点像 matlab,有两个窗口,个人感觉该软件功能很强大,只是软件的下载很费事,要下载相应的算号器。在安装的过程中,使用算号器破解。)1:建立数据表(filenewdata)输入数据,数据表的界面如图二,可以在data view(修改数据的数值) 和 variable view(修改数据的类型)之间切换。2:analyzeroc curvetest variable(选择你的测试值,可以
3、有多个,本例为 test1、test2、和test3 的比较,故选择 3 个值),state variable(选择测试结果值,本例为 diagnosis) value state(判断正确的取值,本例为 1 ) disply 的选项全选。在 output 窗口可以得到如图所示的曲线。medcalc 作图的结果:(该软件的界面很友好,比 spss 好用,分析功能强大,有详细的 roc 曲线的 report,作出来的图也很漂亮,双击图像可以对图的显示效果做调整,只是每次使用该软件,第一次点击显示不能使用该软件,第二次要输入:medcalc sn:user name : jodi hodnik p
4、roduct key:9spp9-wa699-ky8mk-565pf 才可以使用。1:建立数据表:(和 spss 类似)2 : statisticsroc curveroc curve analysis(画一个结果的 roc 曲线) 或者 comparison ofcurves(多个结果的比较)疑问:在蛋白质分类的预测结果中 test 这一列的取值是什么?为研究这个问题,我做了以下的 roc 曲线:(roc 也算是了解了,希望可以用到我的论文中,蛋白质预测的最终能得到一列和 test 这一列同样性质的值吗?)(1)test3 和 state 取值相同时,做出来的蓝色的roc 曲线是一条最理想的 roc 曲线,(auc=1)(2)在 statue 中输入 20 个值(14 个 1,6 个 0,该行表示实际的判定结果,即真假样本的个数),在 test 中输入一些值,20 的:判定为 1 的有 1 个,判定为 0 的
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