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文档简介

1、单细胞 RNA-seq 分析Jie Li 下机数据的处理（10X为例） 单细胞分析（实操）Cellranger 简介 cell ranger是10X genomics公司提供的，专门用于分析10X 单细胞转录组数据的pipeline，包含了原始数据拆分，构建索引，表达定量，合并数据，聚类分析等多个功能。 直接从官网下载最新版的软件即可，网址如下：https:/ 安装Step1. 下载安装包wget -O cellranger-4.0.0.tar.gz https:/ 安装Step2. 解压文件tar -xzvf cellranger-4.0.0.tar.gzCellranger 构建索引 1.

2、官网下载（人，小鼠的索引）下载网址：https:/ 构建索引 2.自行构建需要准备的文件：基因组序列，注释文件（gtf）运行命令：cellranger mkref -genome=AT -nthreads=10 -fasta=Arabidopsis.fa -genes=Arabidopsis.gtf-genome ：创建索引的名称-nthreads：使用的线程数（默认1）-fasta：参考的基因组序列的路径-genes：基因注释文件的路径Cellranger 定量运行命令：cellranger count -id=sample -transcriptome=/xx/ AT -fastqs=/xxx/fastq_path -localcores=8 -localmem=64参数解释：id：样本名（唯一性）transcriptome：上一步创建的索引的目录名fastqs：下机数据的目录localcores：内核localmem：内存其它参数可以参考：

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