Diamond晶体软件问题集锦

1、小木虫Diamond软件问题集锦小木虫Diamond软件问题集锦晶体版版主yanhualover2010年6月13日1. Diamond出图时怎么设置dpi数目我在使用Diamond出图时分辨率并不算小，可是编辑说我的图只有96dpi，但杂志要求至少600dpi,请问我该怎么设置？答：在picture/layout./对话框的Targets中选择Bitmap，然后就可以自己输入需要的分辨 率了要保存为位图格式才可以。如果是JPG格式，还是96dpi.答：呵呵，发现在tools下拉菜单的option里.2. Diamond椭球图阴影画图如图中所示，怎么画出每个椭球中的阴影部分？我用的是3.1d版

2、本.答：这个是在diamo nd中的原子设置中中选的，具体如下：pictureatomsdesignstyle and colorsstyle 中选择 octant 即可。3. 怎样建立氢键我这儿有一个 cif文件，一个tab文件和两个已经用diamond作好的图，但不知道这两个图是怎么画出来的，想知道作图过程，请diamond高手用word或pdf写出作图过程。b4.4.5.5.答：没什么技术含量的吧，堆积一下，删掉多余的原子，创建氢键就好。怎样建立单个分子diamond 打开cif,就是堆积图，怎么才能显示一个分子。答：好像最新的更新包已经改过这个bug 了。但是因为没有对应的破解程序，所

3、以俺还是用以前的3.0,经常遇到这个问题。如果你的分子间没有作用，即：没有乱七八糟的 键连在一起，选中一个原子，然后，ctrol+M,选中一个分子，然后，反选，即选中除该分子之外的所有分子，然后一键delete,就ok 了。如果分子连成片，就删吧。对于非中心分子，即含反离子的分子结构要小心，不要把反离子漏掉了。当然，如果不 用画就没问题了。以上拙见，仅供参考。答：diamond打开cif时选 建立单个分子”，然后点完成，不要点下一步。请教diamond画C60遇到的问题（1） 我这个C60在画多面体的时候，中间in set的atom的半径 在每个面上都要自己 一个一个去设定radium，有没有

4、同类原子半径一起设置的？里面没有找到。（2） 当我把中间的dummy原子（就是为了画多面体的时候新加入的）的半径设为0 后，如果想改 C60的每个面的颜色的画，这个怎么改的？（3） 最后问一下，我保存的图片中背景的diamond demonstrator如何去掉。另献上我第一幅diamond图，如下。第4页共13页小木虫Diamond软件问题集锦第#页共13页小木虫Diamond软件问题集锦6.6.7.7.答：1.可以在atom设置里找到假原子直接设置 2.以假原子为中心画多面体3你用的应该是未破解版本。diamond中如何在螺旋链中插入一根棒diamond中如何在螺旋链中插入一根棒，以及如何

5、看结构是单螺旋还是双螺旋结构，如何画出单，双螺旋结构？答：插入几个哑原子，然后连键，进行一些设置就可以了。前段时间有人传了一些Diamond的说明，其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的。找到了这个文件，感谢原作者Crystals net，我把它上传到纳米盘，你自己下载下来看看就知道怎么做了。答：在孔道两侧虚拟两个原子，然后在这两个原子间成建，设置一下键参数就可以了！ 答：具体说，选择两端的几个院子，再找这几个的中心位置，分别insert atoms ,再连接心连接，in sert bo nd,在按你的意思 edit the bond。如何去掉M-C,M-H 连接打开一个晶体数据后，在con

6、nectivity中把M-C,M-H 去掉后。再点 complete fragments后，这些M-C,M-H又连上了，求助高手。答：点下 connect now 再确定试试。8. diamond里面如何定义元素化合价怎么样定义元素的化合价，然后使半径比例随之改变？默认设置好像都是原子半径。 答：问题解决了，在 atomic parameter里面。9. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了，是怎么回事今天用diamond画配位环境时画到一定程度（配位环境没画完）原子就长不出来了，不知是怎么回事？请高手指点，谢谢！答：试试在 “Type of sphere中把 Rmax值设大一

7、些。 答：或者试试用小太阳符号"Fill coordination directly"。10. 修改Diamond的默认单胞数我不知道动了什么参数让Diamond的默认单胞数为 2 了，也就是说每次一打开就是两个单胞里的不对称结构单元，在哪改回去吖？答：菜单栏的 picture->guida nce->picture creati on assista nt->destroy all atoms, bonds 项 选勾，下一步->在fill cell range with 项里选择需要的单胞数，按完成。0K !每次用diamond打开cif文件时，在

8、引导项中注意选择单胞数，就可以控制显示的单胞数了。11. 在diamond里怎么让所有一定键长的原子连起来呢如题.我怎么选connectivity,设上DMAX,按OK,不管用呢？答：我这么做也不管用，后来就在读入cif之后先不生成图，先在connectivity里设定要的健长范围就可以了。答：那是没有设上，该了之后要再点一下需设原子才行。答：管用的，应该是你操作有问题。12. 怎么取消透视图我用的是3.0读完cif之后出现的直接是透视图，怎么取消啊？ 答：应该是用 Represe ntati on Sett ings。答：用 central projection命令！13. 绘制黄色和蓝色矩

9、形请高手帮忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画？通过原子建立平面时，所得的矩形太大，不知道如何调整到所要的大小。答：好像Diamond里没法加这样的矩形框，这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中加的，或者不是用 Diamond绘制的，比如，可以在Word里加矩形框，然后设置透明度或许可以。答：在Diamond里加平面是很大，因为平面是无限延伸的，像这种有限的平面实际是些多面体，通过共面的点建立的，像拓扑图里经常出现一些表示两个面夹角的情况，就是这么做出来的，你可以尝试一下。答：不错，用加多面体的方法，借助哑原子可以做的。14. Diamond结构图寻求完美的颜色对比见识一下各位高手所作的MS

10、或Diamond做晶体的结构图，主要想参照一下颜色搭配!答：在polyhedra desig ns 和atom desig ns 里面改成你想要的颜色就行了呀。15. 如何去掉 Diamond 中画的图 Diamond 背景字样求助Diamond中画的图copy到word中总有Diamond背景字样，如何去掉呀? 答：你用的那个版本没有破解。16. 溶剂水没加氢如何画氢键我最近想画个氢键堆积图，可是溶剂水没加氢，用diamond画时溶剂水和羧酸氧上的氢 键显示不出来，求助高手我应该怎么办啊？答：先加上氢了，或者你把所有的氢都删掉，直接把0-0之间用虚线连起来就可以了。答：不加H直接连接Q。O键

11、容易被审稿人质疑的。最好还是想办法加加Ho答：给溶剂水加氢，先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的，然后再去固定住一 般就可以的。答：我都是参照文献的氢键数值，直接在Diamond里设定D.A距离然后连接。实在想做的完美，可以在解析结构时，使用envi X 2,找出原子 X周围较为合理的 H,然后将其固定，后者先在Diamond里找出形成氢键 D.A的原子对，然后在解析结构时 在这两个原子之间加入 Dummy并将Dumm淀义为H,然后对H进行固定，这样可能就 合适了。答：具体的情况很复杂，加H的技巧很多，实在一言难尽。17. diamond中怎么画堆积图diamond中怎么画堆积图啊？有机配

12、体要怎么删除啊？ 答：啥样的堆积图？把原子半径改大一点不行吗？ 答：估计是你填充单胞不够。18.原子坐标图中的错误是怎么回事？怎样避免？谢谢。PropertiesStructUTE pfctune 匚cntentsAtomic Darameters答：你那个弹出的错误提示正好把后面的挡住了，不能移开一点再贴上来吗？只能帮你猜谜了，估计是原子坐标没给，因为其它地方不会提示这个错误的。答：他好像不是从文件读入的结构信息， 动输入的。而是自己手动输入的，一般绘图软件都可以手19.如想构造多面体请冋如想构造多面体，中心原子有两个如CeV04，中心原子为Ce和V以配位原子为O来构造两套多面体用什么办法？

13、答：先选中中心原子，然后在object里选polyhedra，然后选ligand做边,如此重复两次就能得到两个多面体。答：一般XP都是画配位环境图，基本上所有的图都能用Diamond做。答：CeVO4多面体骨架图：& V+5 >0-2 .Cm320. 怎样美化diamond图实在没办法，自己对照着说明第一次画图，是LiYF4晶体。白钨矿型四方晶系，空间点群C6 4h-I4 1/a，晶胞参数a=5.167, c=10.794我自己画得不知道是什么，求哪位帮帮忙啊。答：原子比例不太合适，原子小些棍粗些会比较美观；还有坐标上的箭头最好去掉然后把abc字体改大点，不然这样的图放到文章上字

14、会看不清楚。画拓扑重在选择节点，看你选择什么作为结构单元，如果是选某种原子那很方便，在 diamond菜单中改变这种原子之间的默认键长；如果选择的是两个原子的中心或者多个原子的中心，那就需要在 shelx程序中添加原子（cent/x 命令），然后再在diamond中 改变默认键长。首先自己要了解清楚你的结构，然后选择合适的节点，有的时候从不同角度理解结构，可能会选择不同的节点。答：画拓扑的话，做好用一下olex，可以自动简化节点。21. diamond保存图片时可以设置分辨率吗用diamond画图，保存图片选择tif格式直接保存后，像素很低，感觉不清楚。diamond里可以设置，像素，分辨率，

15、再保存吗？答：当然可以。在layout里设置一下，600最好。答：一般300就可以了。答："当然可以。在layout里设置一下，600最好。”这个好象是对 bmp起作用。22. 关于diamond中氢键粗线设置问题如题，在diamond中，由build-create h-bond产生的氢键为较细的虚线，如何把氢键设置得粗一点我试了一下，如果在picture-bo nd design设置粗细，则氢键也会变成实线，与其他的化学键分不开。麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式？ 答：首先进入edit,选edit bon ds,然后选中你要设置的氢键类型，比如NO键，选中 desig

16、n,通过调节radius可以调节键的粗细，然后在f fagmentation里输入大于1的数字线就成虚线了，我一般选4,你可以自己调节。答：你可以全选键然后加粗，点应用、不点确定。23. 控制晶体的层状结构数目Diamond画单晶的结构图，把 CIF文件导入后，用grow命令的话，晶体的层状结构会 一下长很多层，用什么命令才能实现我让它长两层就长两层？我想让它长三层就长三 层？答：用对称操作一个一个加，对称操作码在platon里面。答；structure/fill/cell range里面可以控制大小。24. 使用diamond生成氢键在使用diamond画图时，craete H-bonds总

17、是不成功，没有氢键产生；实际上存在氢键， 有哪位虫友也遇到过类似问题，帮小弟一把！答：你设置供体和受体之间的距离了吗？先设置好氢键的距离。答：必须有氢，否则无法craete H-b on ds 。25. Diamond里面如何选择一个分子请问在Diamond里面有没有简单的方法直接选择一个分子？（除了 destroy的时候选中 分子中的一个原子就可以删除全部之外）就像xp里面的uniq命令那样，谢谢。答：右键有一个"select molecule ” 。26. 如何用 diamond 画 C-H pai 和 pai pai堆积如何用diamond画C-Hpai和paipai堆积，请多

18、指教。答：用假原子，可以完成。答：用picture 中的bo nd desig ns，出现复选框，在Atom groups中选择对象，在style and colors中有一个fragmetation选项，在它的旁边有一个可供选择的小箭头，按向上的箭头，选择你想要的虚线度，数字越大，虚线的长度越小。先选定原子，在 Diamond （般是左下角）的 picture 工具栏里有一个图标，中间是个棕黄色的小圆球，外面有一圈虚线，按一下那个图标试试看，应该可以。或者在build 中的fix spere 即可。或者 click built-fillRectangular-Area。27. 怎么插入假原子

19、请教DIAMOND里，怎么在两原子中心插入一个假原子。谢谢！答：选定两个原子insert就好啦，呵呵。28. 如何看两个原子间的距离请问用DIAMOND画图时，如何看两个原子间的距离期待高手指点 答：在build功能里，连及INSERT-bond两个原子，右键点击即可察看。答：tool measuredistanee，然后在分别点击你所测的两个原子，将鼠标放到一个原子上就会出现距离。29. 怎样在diamond里测面与面之间的距离想通过测面面之间的距离来说明n n堆积，可是在diamond里面怎样测啊？答：Diamond的帮助文件里都有详细说明，自己查一下。平行平面之间的距离实际上就是点到面的

20、距离。Diamond可以非常方便的测出，用Tools/Measure Planes etc 命令。答：先选中一个平面中所需原子 ，Objects->pla nes-> creat pla ne from atoms ;同样 建立第二个平面.;tools->calculate->distanee from planes.30. Diamond里面原子符号的上标怎么弄想标原子名称，而且有对称符号，如i, ii, iii之类的，请问在Diamond里面怎么把他们弄成上标啊？谢谢！答：可object->text 然后打i,加入后移动到某原子那，比如 Cd1i (i为上标)

21、.答：要标某原子，点到那原子，right click, add->label。答：画完图后在 photoshop中处理就行。答：点右键 add: atom label ;点右键 edit atom label 中content的下拉菜单，找到 (individual type );然后在下面ndividual对话中输入你要表达的内容，点OK就行了。答：我一般在微软的画图工具中进行标记。31. 如何用diamond画纳米空心管最近看到了一篇关于纳米管的文献，很好奇里面的空心管是如何画出来的，我用diamond画出了那种圆柱管，但不知道怎样把它弄成空心的，因此在这里请教一下高手了。答：可以参

22、考，photoshop 画空心圆 用椭圆选择工具画圆，然后“描边”，选择好描边的宽度、颜色、位置就可以了。其中， 描边的位置有居内、 居中、局外三种，我们把描边宽度设的宽点就可以清楚的看到这三 种位置有什么区别。但是描边的宽度大到一定像素（比如3 0）就不圆了。这时候的方法是，新建图层上做 圆形选区，填充一个颜色，然后变换选区，删掉多余的。具体做法：Alt+Delete 填充前景色一一右键“变换选区” 一一 Shift+Alt +鼠标拖动角 部控制块，以中心为固定点等比缩小合适大小一一按下Enter键确定一一按下 Delete键删除移动后的选区内容。变换选区也可以通过按键“ Alt+s+t ”

23、（Alt+s是键盘打开“选择”菜单的方式，T是选择菜单下的“变换选区”）实现。如果使用快捷键“ Ctrl+T ”，这是“自由变换”快捷键。它是对被选中的对象进行变换， 不针对选区自身。如果使用"Ctrl+Alt+T"，则是对选中对象的复制并进行自由变换。这个当它出现和变 换选区一样的手柄框时，可以用鼠标拖动来看到是复制了一个出来了，而且是对复制的对象进行变换，也不是对该选区进行变换。32. 怎样去掉不合理的键有些键是不合理的键连，怎样才能去掉这些键？答：build->connectivity可以改吧.答：如果你要删除的是一类键，可以在右侧下拉框找到table of b

24、ond group，上面会有键的列表，找到你要删的一类键，右键select by group ，发现图片上所有的这类键的会被选中。然后再图片上对准选中的其中一个键，右键选删除便可。答：在builconnectivity里，上面是键的类型，下面的框是键长，在上面把你不想要的键的类型前面的框里的对勾去掉，下面的键长可以输入你认为合适的范围。33. 怎样在grow的时候添加上非键的原子我在用diamond的时候，在使用grow的时候不知道为什么非键的原子未被增加，请问 这个问题怎么解决啊？答：grow只会将已经存在的并且成键的原子向外延伸，非键的原子当然就不会增加了。 如果要非键原子一同产生的话可以

25、用fill 功能。34. diamond画图如何只长几个分子我用diamond画图，是多核的配合物，我想只长出几个分子，怎样可以实现呢，如果把 一个晶胞都填充了再删好像很麻烦啊。答：用GET MOLECULE命令就可以做到。答：你的如果不是多核应该很好画的，选中任意一个原子，按住ctrl+alt+S就可以长出该原子附件的所有原子，叙述不大清楚，楼主试试就可以吧。答：选中一原子-build-fixed spheres-设置数值。35. 如何改变背景颜色背景色是黑色怎么变成白色啊？答：在picture-layout-background里，也可以刚进去软件时设置。36. 用diamond输出黑白图

26、因为投稿彩图收费的问题，所以我打算用黑白图画晶体，可是我只会画彩图，不知道怎么弄成黑白的，请高手指点，不胜感激！答：这个问题很好解决。你将Diamond图片贴到 Word里后，在设置对象格式里将图片颜色设为灰度就可以了。Diam ond答：你也可以在用 Diamond绘图时就把它绘成灰白的，因为原子的颜色等在里是可以调整的。37. 用diamond计算MOF微孔得到一个MOF，但不知道怎么算孔有多大？答：孔隙率还是孔直径？孔隙率的话用PLATON算，孔直径的话就直接量距离再减范德华半径。38. diamo nd 的 lege nd 问题在diam ond中如何把右下角lege nd中图中没有的

27、原子隐藏起来而只显示图中有的原子。答：这个没法隐藏的，不过你可以在Structure/Atomic Parameters对话框里将你不需要的原子删除，然后再绘图就可以了。还有一个办法就是做好图后在 Build/Atom Groups 对话框中将你计划要隐藏的原子Assign给其它原子就可以了。答：可以隐藏，在编辑lege nd里面最下面的Select里，将需要隐藏的原子勾掉就可以 了。答：把鼠标放在lege nd上面。点右键，弹出对话框，在display前的筐子里的钩子去掉即可。39. 请问怎样在diamond里面看配位数我的理解是这样的，把某目标原子的配位多面体做出来，查顶点个数就行了.但是

28、在diamond里面,做配位多面体的自由度很大 ，我可以设定配位多面体顶点与目标原子的最 大距离，这样一来配位多面体就很主观了，我不知道这个问题怎么办？答：你应该现在 Build/Co nn ectivity调整键长，然后再做多面体就可以了。答：这就要依据你的金属原子和配位原子之间的键长了，一般的金属（如主族金属，过渡金属，稀土金属）与常见的配位原子（O 和N）之间的键长都不超过3.0。有的文章即使报道超过3.0的也不称之为键长，而是叫做弱作用。这种弱作用也可以参与多面体 的形成。个人意见，仅供参考。40. Diamond 3里面如何画示意箭头Diamond 3里面如何画示意箭头答：我都是先画好图再在PPT里加的。答：画好后，转为.tif文件后用画图软件添加。41. Diamo nd中晶胞的白线如何去除Diamond中晶胞的白线如何去除答：Build/Destroy/AII Cell Edges 。答：可以在快截菜单栏点那个X,然后选择cell ed