第一讲 基因芯片概述

1、PLOS BIOLPLOS BIOLNEW ENGL J MEDNEW ENGL J MEDMOL SYST BIOLMOL SYST BIOLNAT REV CANCERNAT REV CANCERTRENDS GENETTRENDS GENETNAT GENETNAT GENETNUCLEIC ACIDS RESNUCLEIC ACIDS RESCANCER CELLCANCER CELLGENOME BIOLGENOME BIOLJ CLIN INVESTJ CLIN INVESTBIOINFORMATICSBIOINFORMATICSEMBO JEMBO JBMC GENOMICSBM

2、C GENOMICSCANCER RESCANCER RESBMC BIOINFORMATICSBMC BIOINFORMATICSONCOGENEONCOGENESYSTEMATIC BIOLSYSTEMATIC BIOLMOL BIOL CELLMOL BIOL CELLPLOS COMPUT BIOLPLOS COMPUT BIOLAM J HUM GENETAM J HUM GENET基因芯片是生物芯片的代表基因芯片是生物芯片的代表Source: GenBank There are approximately 85,759,586,764 bases in 82,853,685 seq

3、uence records in the traditional GenBank divisions and 108,635,736,141 bases in 27,439,206 sequence records in the WGS division as of February 2008. GenBank basepair growth3D structures growthFERN 160,000,000,000LUNGFISH 139,000,000,000SALAMANDER 81,300,000,000NEWT 20,600,000,000ONION 8,000,000,000G

4、ORILLA 3,523,200,000MOUSE 3,454,200,000 HUMAN 3,400,000,000 31,000Drosophila 137,000,000 13,500C. Elegans 96,000,000 19,000Yeast 12,000,000 6,315E. Coli 5,000,000 5,361genes基因组大小Genome (DNA)Transcriptosome (RNA)Proteome (proteins) interactome (pathways)一、比较组织间，疾病状态下不同时间点基一、比较组织间，疾病状态下不同时间点基 因表达的差异因表

5、达的差异二、对复杂疾病的鉴定二、对复杂疾病的鉴定三、药物发现和药物毒性测试三、药物发现和药物毒性测试四、病原微生物分析四、病原微生物分析实验影响因素（不同的人得到不同的结果）：实验影响因素（不同的人得到不同的结果）：一、芯片和探针的设计一、芯片和探针的设计二、实验设计二、实验设计三、三、*样品准备样品准备四、图片获得四、图片获得五、数据均质化五、数据均质化六、数据分析等六、数据分析等生物芯片生物芯片被动式芯片被动式芯片主动式芯片主动式芯片基因（基因（DNA）芯片）芯片蛋白质芯片蛋白质芯片微流控芯片：微流控芯片：样品制备芯片、聚合酶链反应样品制备芯片、聚合酶链反应（PCR）芯片、毛细管电泳芯片和色谱芯片）芯片、毛细管电泳芯片和色谱芯片 cDNA芯片芯片寡核苷酸芯片寡核苷酸芯片组织芯片组织芯片细胞芯片细胞芯片芯片实验室：芯片实验室：样品制备、试剂输送、生化反应、样品制备、试剂输送、生化反应、结果检测、信息处理和传递等一系列复杂工作结果检测、信息处理和传递等一系列复杂工作 Bioinformatics is MultidisciplinaryComput