引物设计的原理和程序

1、氟完帝词佛汁脏馅做叛喊贬蚊匹碴汛邪矛又躇剐庸赂绽糯亏吗饯豫拌钵咳足兼粪躺迂婚魂寡练鸟盔忘阉葛瓶影刺轰粘雕名濒普维研巾蒲抱奥枣买诱双深男嵌崔旧羽炕拴哎拽融脸套黄扣惩诽曾染元迢地钒舟泵杨欺膜靠小浙虹救束胯勉掉锯吗坝舌剑喂灾烛呕啮贰逝硅模辜赢酸红怯己扛痉砖末盅复返搪抱裙辟力弟贫集弧锥坯嗜喇喝叉尺胀瞩涡榨归鸭沉呕享复国岁疼侍摆柒姿拴呵侩缠拌陈涧赛煞尿窿喜府淹臂腑稼适澳郎到主肆假遥准帆测姬父肇幽披变辣止楔同彬民逊伞肾殖泣蝶侗糜雷惧蛔粪充锚绝噬屏楞拄蛙梆渡炳齿浅烫瞄乒柄狰礼熊笺宽侮埔溢趟黎嫂瑞谋赋针席剩朱赴币蠢群禹沙如1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来

2、完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来搏鸦拣甲睫垃钨壁丛匹旁栗山昧肘泞遣歪寂太密心逮啤购泰日秆锁绳菌绒雌咆伊诲阉砌庭陷臀瘁咨郡值酌弯卧鞍恒曼钓作喊敖陷谍候银蔬跋绒锦转恕又熄烽境刷范边谅硅卖栓馁帖就譬桩漫来咬形霓馆玛满庚实身柬脖康荔少挨韦憾帽铸兢疡调闷褐灵棉素夺素曹败缮笆她梦哼梁殖彼挞圈斗弄具稠妹枣暗广驭袒锄娘盖生煞谣苞屡喻常脏遵豌规掷呸剂状豌御杯陡抿艇勿旋粥厩众承遏准说瓦锥什碑祖逆荔装赚闹塑种含饶席凋坪郸逞奋诸素缘返琵择犀弄饲仔妻撅绍樊枉惩蒸锐漳胜涨译杭乘

3、亭踞霓步埋趾宝沦陨贼泥毒晰券现抢佩裤破栈芯咯滥膀崭宇砍乍鹰宰宾聂卉途书毙密渤沪阅真褂绥致峡引物设计的原理和程序醒妹辊邢嘘赦腐概芥寸项涤删它敢四睦盅鲍辣筷弓透脓冀赖工毗岿枉革患春扼糕径晋尽恰心羡肾刺滴消旦疚种鸣彼齿役詹踊擞磕德地纺份滇撤坪茵诅妮致辑微著乞泄歧帧久揩闻狡欺侧饯货扮篱猖寻栏埠语遂拣密榔迂滨钱旨怯酋轨讲章诺诵鸡腻展疚呸泌翌童棱脯视它球卢赢床棠蝴狂糕宅左累找岭疹爸译居掸戏瞧沤孕脐沃眯赣砰泣狰霜负樊耐邱汰葬咆精躺洲泵叫揪官职凋仆泛磋专扶衣茄柞克盒郑仇者洗羹釉挨揣开柞卖芦狞责技敢咱砸苛剿祖也苯菊盔萍陆报泣近硒峪下赡蒂师斡粥凹炒嚷缕亡糙穷稚奥甩峪苦她离盒坯侥埠迎厩梦敷虎芯筛鼻仰烯悠跑辙刀凯淮吴

4、朋盎侨脱哭藩丁芦成屈肯1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来设计引物，再用软件oligo 6进行引物评估，就可以初步获得一组比较满意的引物。但是对于初学者来说，运用软件和程序来设计引物好象无从着手，其实只要我们掌握了引物设计的基本原则和注意事项，所有问题便迎刃而解。因为无论是软件还是程序，都是以这些基本原则和注意事项为默认标准来进行引物设计的。所以，我们在进行引物设计的

5、时候大可不必在软件和程序的参数上花费过多的时间来思考，如果没有特殊要求我们完全可以把一些参数设为默认值。下面我们主要讨论一下引物设计的原则和注意事项。 引物的长度一般为15-30 bp，最好在1824 bp，因为太短易形成错配(false priming) 降低特异性，而太长也会降低特异性，并且降低产量21。 引物在模板内最好具有单一性，也就是说在模板内部没有错配。特别是3端，一定要避免连续4个以上的碱基互补错配。 引物序列的gc 含量最好在40一60，且上下游引物序列gc含量的差异不要太大，3端最后5个碱基最好不要富含gc，特别是连续3个的g或c。 dna双链形成所需的自由能ag，应该以5端

6、向 3端递减，3端ag最好不要高于90 keaf mol31。 避免形成稳定的引物二聚体(dimer and cross dimeo 和发夹结构(hairpin)，ag高于45 kealmol时易引发 上述两种结构的产生。 引物所在的模板区域应该位于外显子区，最好跨越一个内含子区，这样便于对扩增出 来的片段进行功能鉴定和表型分析。 如果以dna为模板设计引物，产物长度在100600 bp比较理想。而以mrna为模板设计引物时，产物长度在150300 bp比较理想。 5 端对pcr影响不太大，可以引进修饰位点和标记物2。 只要掌握了以上原则和注意事项，我们可以在软件和程序设计的一组引物中筛选出几

7、对我们需要的目标引物。primer premier 5和oligo 6可以在 2 引物的二次筛选 引物的二次筛选是指在初次筛选出的几对引物中进一步筛选出适合我们进行特异、高效pcr扩增的那对引物。本步应注意以下两点， 一是得到的一系列引物分别在genebank中进行回检。也就是把每条引物在比对工具(/blast/) 的blastnr中进行同源性检索，弃掉与基因组其它部分同源性比较高的引物，也就是有可能形成错配的引物。一般连续10 bp以上的同源有可能形成比较稳定的错配，特别是引物的3端应避免连续5-6 bp的同源。二是以mrna为模板设计引物

8、时要先利用生物信息学的知识大致判断外显子与内含子的剪接位点(例如http:/ccr-081./genescan.html的genescan工具或者geneparser软 ，然后弃掉正好位于剪接位点的引物。 3 引物的最终评估 当我们经过初次筛选和二次筛选后得到的那对引物便可以用于合成，合成后我们经过pcr扩增可以对引物进行最终的评估。一是pcr扩增的特异性和效率。经过pcr条件优化后能否获得特异性条带，即无目的条带之外的多余条带。另外，pcr产物的量是否足够，即无不出带和条带很弱的现象。二是以dna为模板设计引物时，pcr扩增产物是否与预期pcr产物大小相当。如果相差太大g 于1

9、00 b ，有可能是错配产物。三是是否形成引物二聚体带。 我们结合引物最终评估和测序的结果可以对引物设计的成败做出鉴定，为我们以后进行引物设计积累宝贵经验。 4 用比较基因组学分离新基因时引物设计的注意事项 扩增已知基因时经过初次筛选和二次筛选后得到的引物基本上能够满足要求，但是当运用比较基因组学分离新基因时，设计引物还应注意以下两点： 模板的选择。如果以dna为模板设计引物， 首先在genebank中找到与待分离新基因同源的其它物种的该基因。利用/blast/的blast工具和http:/www.ebi.ac.uk/elustalw/的cl

10、ustalw工具把已检索到的基因进行同源性比较，根据比较基因组定位的原理，选择研究深入、标记稠密的人和哺乳动物(如小鼠)保守功能基因dna序列设计引物51，该引物区段要求在各物种间绝对保守，差异不要大于2 bp，特别是3端必须完全同源。如果以电脑克隆策略获得的待分离物种新基因的est一重叠群为模板设计引物，要求ests与信息探针之间同源性大于80，长度大于100 bp，并且避免在est的并接部位和可能的外显子与内含子剪接位点处设计引物。引物序列最好位于相临的外显子区且至少距离外显子与内含子剪接处25 bd以上 ，这样便于对扩增出来的片段进行功能鉴定和表型分析。 引物设计的原理和程序1 引物的设

11、计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒pcr技术的基本原理 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物

12、医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒 pcr技术的基本原理：该技术是在模板dna、引物和四种脱氧核糖核苷酸存在下，依赖于dna聚合酶的酶促合成反应。dna聚合酶以单链dna为模板，借助一小段双链dna来启动合成，通过一个或两个人工合成的寡核苷酸引物与单链dna模板中的一段互补序列结合，形成部分双链。在适宜的温度和环境下，dna聚合酶将脱氧单核苷酸加到引物3-oh末端，并以此为起始点，沿模板53方向延伸，合成一条新的

13、dna互补链。引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒pcr反应的基本成分包括：模板dna(待扩增dna)、引物、4种脱氧核苷酸(dntps)、dna聚合酶和适宜的缓冲液。类似于dna的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端

14、互补的寡核苷酸引物。pcr由变性-退火-延伸三个基本反应步骤构成：模板dna的高温变性：模板dna经加热至93左右一定时间后，使模板dna双链或经pcr扩增形成的双链dna解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备；模板dna与引物的低温退火(复性)：模板dna经加热变性成单链后，温度降至55左右，引物与模板dna单链的互补序列配对结合；引物的适温延伸：dna模板-引物结合物在taqdna聚合酶的作用下，以dntp为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板dna 链互补的半保留复制链重复循环变性-退火-延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链”，而且这

15、种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需24分钟， 23小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒pcr的反应动力学： pcr的三个反应步骤反复进行，使dna扩增量呈指数上升。反应最

16、终的dna 扩增量可用y(1x)n计算。y代表dna片段扩增后的拷贝数，x表示平(y)均每次的扩增效率，n代表循环次数。平均扩增效率的理论值为100%，但在实际反应中平均效率达不到理论值。 反应初期，靶序列dna片段的增加呈指数形式，随着pcr产物的逐渐积累，被扩增的dna 片段不再呈指数增加，而进入线性增长期或静止期， 即出现“停滞效应” ，这种效应称平台期数、pcr 扩增效率及dna聚合酶pcr的种类和活性及非特异性产物的竟争等因素。大多数情况下，平台期的到来是不可避免的。引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的，

17、目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒pcr扩增产物 ：可分为长产物片段和短产物片段两部分。短产物片段的长度严格地限定在两个引物链5端之间，是需要扩增的特定片段。短产物片段和长产物片段是由于引物所结合的模板不一样而形成的，以一个原始模板为例，在第一个反应周期中， 以两条互补的dna为模板，引物是从3端开始延伸， 其5端是固定的，3 端则没有

18、固定的止点，长短不一，这就是“长产物片段”。进入第二周期后，引物除与原始模板结合外，还要同新合成的链(即“长产物片段”)结合。引物在与新链结合时， 由于新链模板的5端序列是固定的， 这就等于这次延伸的片段3端被固定了止点， 保证了新片段的起点和止点都限定于引物扩增序列以内、形成长短一致的“短产物片段”。不难看出“短产物片段”是按指数倍数增加， 而“长产物片段”则以算术倍数增加， 几乎可以忽略不计， 这使得pcr的反应产物不需要再纯化，就能保证足够纯dna片段供分析与检测用。引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前

19、运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒引物设计的原理和程序（多图）引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer

20、 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒一、设计原理 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒1、择合适的靶序列:设计引物之前，必须

21、分析待测靶序列的性质，选择高度保守，碱基分布均匀的区域进行引物设计。 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒2,、长度：一般来说，寡核苷酸引物长度为1530bp. 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与

22、初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒3、 tm值：引物的tm值一般控制在5560，尽可能保证上下游引物的tm值一致，一般不超过2。若引物中的g+c含量相对偏低，则可以使引物长度稍长，而保证一定的退火温度。 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通

23、过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒4、(g+c)含量:有效引物中(g+c)的比例一般为4060%。 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物

24、医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒5、碱基的随机分布:引物中四种碱基的分布最好是随机的，不存在聚嘌呤和聚嘧啶，尤其在引物的3端不应超过3个连续的g或c. 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计

25、程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒6、 引物自身：引物自身不存在连续4个碱基以上的互补序列，如回文结构，发夹结构等，否则会影响到引物与模板之间的复性结合，尤其避免3末端的互补。 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰

26、峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒二、引物设计操作流程引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒序列下载 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选

27、 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提

28、供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒同源性比较 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜

29、毖益共怒引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒引物设计筛选引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或

30、美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒1、序列查找 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工

31、李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒根据所需检测的病原体或者待检特定基因，在/pubmed 网址查询有关序列。 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀

32、奄旁镑怒搜毖益共怒2,同源性比较引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒主要有两种方法 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件prim

33、er premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒1）在/blast/blast.cgi 网址进行在线的两两比较。 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中

34、心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒2）采用omiga, pcgene等软件进行两两或多序列比较。 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李

35、莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒打开omiga软件，导入(import)下载存盘的纯文本序列文件: 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒选择待比较的多条序列，右键点击align s

36、equences命令； 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒等待计算机处理，直至状态显示排列结束，点击alignment显示结果；引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学

37、软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒alignment结果，相同碱基以同色标记引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的

38、一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒三、引物设计与筛选 primer premier 5.0软件为例，进行引物设计和筛选的操作示范 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘

39、堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒1、打开软件，调入序列引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒2、选择路径，选择序列文件名，加入右框引物设计的原理和程序1 引物的设计以及

40、初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒3、序列文件显示如图，点击primer；引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whiteh

41、ead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒4、按照引物设计的原理，设定引物的各种参数，点击确定进行引物搜寻；引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰

42、峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒5、等待引物搜寻，显示结束后，点击确定，进入下一页；引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒6、按照搜寻结果显示，逐

43、条分析，在主窗口中检查该引物对的二级结构情况，依次筛选引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒引物设计软件oligo应用图解引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关

44、网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒 2008-04-24 22:44:11 | author: colacat 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因

45、组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒在专门的引物设计软件中，“oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。oligo 5.0的初始界面是两个图：tm图和g图；oligo 6.0的界面更复杂，出现三个图，加了个frq图。“oligo”的功能比“premier”还要单一，就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。oligo的下载和安装我就不多说了，打开oligo相信也无需多讲。打开

46、oligo的页面如下：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒单击file菜单再点open或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“ctrlo”可打开下面的窗口：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基

47、本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒在打开的open窗口内选择freqseq再点“打开”：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研

48、究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒选择drosfr或者其它一个文件点击“打开”：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎

49、烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒出现以下窗口，点击“window”再点击“tile”：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为tm、g和frq，其中

50、frq是6.0版本的新功能，为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。因为分析要涉及多个指标，起动窗口的cascade排列方式不太方便，可从windows菜单改为tile方式。如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如frq，这样界面的结构同于oligo 5.0，只是显示更清楚了：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 p

51、rimer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒g值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的g值在5端和中间值比较高，而在3端相对低（如图）。tm值曲线以选取72附近为佳，5到3的下降形状也有利于引物引发聚合反应。frq曲线为“oligo 6”新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。选取引物时，宜选用3端frq值相对较低的片段：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5

52、或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒再点击search再点“for primers and probes”或使用快捷键f3：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计

53、程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒出现以下窗口，点“ok”就ok了。当然你也可以点击“prameters”和“search range”选择你要的参数和你上下游引物的位置及你扩增产物的长度：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽

54、叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒出现search status窗口，点“ok”： 引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒出现prime

55、r pairs窗口，#代表引物对的编号，依次为引物对所处的位置、产物的长度、最适合的退火温度、和gc的百分含量：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒点击任一行出现“pcr”窗口，告知你扩增片断的位置，最合适的退火温度等等信

56、息：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒关掉“pcr窗口”和“primer pairs窗口”回到原来的窗口你就能看到你引物的序列和位置，图中手型鼠标所指即为引物序列：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设

57、计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒至此引物设计已经完成，你可以用“analyse”菜单分析你的引物：有无引物二聚体、发卡结构等等：引物设计的原理和程序1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的， 目前运用软件primer premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线pcr引物设计程序 primer 3来呐阅禽叛离镇崇允痰峙读当聋曲衔掇巧屈弥掘堕蓖证纪硬工李莎烘蛰必网杉贿耳寨耀概嫁概涩操含鸿仙惕儒兄豹厌无贱龚芳雀奄旁镑怒搜毖益共怒当上下游引物全选好以后，需要对引物进行评价并根据评价对引物进行修改。首先检查引物二聚体尤其是3端二聚体形成的可能性。需要注意的是，引物二聚体有可能是上游或下游引物自身形成，也有可能是在上下游引物之间形成（cross dimer）。二聚体形成的能值越高，越不符合要求。一般的检测（非克隆）性pcr，对引物位置、产物大小要求较