华大基因2010暑期实习计划.doc

华大基因2010暑期实习计划前 言华大基因自1999年成立以来，先后高效率、高质量的完成了国际人类基因组计划“中国卷”（承担1%）、国际人类单体型图计划（承担10%）、水稻基因组计划、家蚕基因组计划、家鸡基因组计划等多项具有国际先进水平的科研工作。继2008年第一个亚洲人基因组图谱（承担100%）发表在国际顶级杂志nature上之后，华大基因通过广泛开展国际国内合作，先后启动了国际千人基因组计划、炎黄计划，中丹复杂代谢疾病研究计划，大规模桑蚕基因组重测序计划、黄瓜基因组计划、国际大熊猫基因组计划、人肠道元基因组研究计划等一系列大型科学研究项目。2009年至今，已有8项研究成果先后发表在国际顶级杂志nature系列及Science上（/research.php?id=222），为中国和世界基因组科学的发展做出了突出贡献，奠定了中国基因组科学在国际上的领先地位；同时建立了大规模测序、生物信息、克隆、基因与健康等技术平台，其测序能力及基因组分析能力位居世界前列。多年来，华大基因致力于基因组科学人才的培养，通过与高校联合办学、招收实习生、提供海外深造等方式发掘培养了一大批年轻的优秀基因组学人才，为推动整个基因组科学和产业的发展发挥了重要作用。为更好的推动基因组学在高校中的普及和发展，让更多的对基因组科学感兴趣的优秀在校大学生能够亲身感受和掌握基因组及生物信息学前沿进展及先进技术，为将来的科学研究工作奠定扎实的基础，2010华大基因暑期实习计划全面启动，面向全国招收生物、医学、数学、物理及计算机专业并对此领域有兴趣有志向的在校大学生。入选暑期实习的学生将会参加为期一周的统一培训，然后加入意向部门进行为期三周的进一步学习和实践，实习期结束时会进行统一考核，考核成绩优秀者将享受一定奖励（详见“考核与奖励办法”）。经过双向选择，优秀的学生可以选择加盟华大享受大四一年带薪实习机会，或加入华大创新班投身于基因组科学科研与实践，同时还有机会申请进入我们的联合办学伙伴香港中文大学、华南理工大学、丹麦哥本哈根大学及丹麦奥尔胡斯大学等学府继续学习深造。部门需求与简介（一）部门需求一览表部门接收人数专业要求选拔条件科学特种兵团（生物信息中心）200人数理类、计算机类、生物类（数理及计算机类占2/3）1良好的自学能力和探索精神；2良好的团队精神，强烈的上进心和自我提升意识；3强烈的历史使命感、社会责任感和国家荣誉感；4具有扎实的数理统计，软件编程（C/C+）或分子生物学基础者优先。技术体系&生产平台30人生物类为主、化学、医学类为辅1全国排名前十的高校学生优先考虑；2具备较强的学习能力、动手能力及创新能力。健康事业部10-15人七年临床医学、五年临床检验、血液学、组织配型1优秀的硕博亦可报名；2良好的学习能力。农能&微生物平台30人生物类、农学、植物学、微生物1. 综合类高校学生优先考虑；2学习能力良好、综合素质全面；能长期实习者优先。克隆与基因工程平台5人生物类1对克隆与基因工程拥有浓厚兴趣；2面向大三学生，培训时间较长，大四能长期实习者优先。计算平台15人计算机科学与技术、软件工程、电子、自动化相关专业1211或者985计算机学科重点专业优先考虑；2数学好，酷爱编程者优先。（二）部门简介科学特种兵团（生物信息中心）深圳华大基因研究院科学体系特种兵团是研究院核心科学技术研究团队，主要从事符合国家战略需求和生物经济产业发展需要的前瞻性基础科学和应用科学研究。团队下设生物信息核心技术开发组及癌症与细胞发育、复杂疾病、动物进化与分子育种、植物进化与分子育种、微生物基因组研究五个课题攻坚组。本团队以Perabyte（1015）数量级的海量基因组学数据为出发点，联合数理统计方法、数据结构与算法、计算机软件开发、数据挖掘与建模和生物学思想理念，以“大科学”模式探索生命科学前沿问题的并捕捉生物技术产业机遇。特种兵团是深圳华大基因研究院的精锐科学研究队伍，代表着研究院最新科研力量和最高科研水平，汇聚了来自全国各大院校数学、物理、计算机、生物等学科背景的优秀年轻人，平均年龄不到24岁。作为研究院的创新源头，科学体系倚重并鼓励团队成员的学习和创新能力，无论专业、不讲资历，在学习、工作和生活等方面保持了一个开放、平等、积极进取的氛围，为有志于突破生命科学领域、引领生物产业革命的年轻人提供了一个广阔自由高端的职业发展空间。科学体系以保持国际顶尖的科研竞争力、推动生物经济在中国和世界的发展为目标，攻克了一系列具有战略意义的重大科学项目，多项科研结果发表于Nature和Science等国际高水平杂志。这一年轻的团队因取得的杰出成绩而被誉为华大基因科学体系“特种兵团”。科学“特种兵团”要求每一名“特种兵”都以“肩负华大未来，争当科研尖兵”为使命，以一名“将军”的标准来严格要求自己，不断提高，带领团队完成各个方向的重大科学研究项目。技术体系&生产平台华大基因技术体系与生产平台以测序技术为基础，在生命科学特别是基因组学的各个重点研究领域开展科研、应用服务等，设计新一代测序技术、基因学基础研究、基因资源发掘和利用、重大疾病机理研究、疾病早期诊断和个体化医疗、合成生物学、微流体技术、纳米技术等。技术体系依托华大新一代测序平台和生物信息分析平台，充分整合和发挥当前基因组学迅猛发展的各项资源和优势，已建立或正在建立的技术有基因组重测序技术、基因组De Novo测序技术、单细胞测序技术、全基因组外显子捕获测序技术、目标区域捕获测序技术、Small RNA测序技术、转录组测序技术、数字化表达谱测序技术、全基因组甲基谱测序技术、MeDIP测序技术，MBD测序技术、ChIP测序技术，SNP测序分型技术等，这些技术广泛应用于生物学和医学各个重要研究领域。生产平台拥有国际领先水平的测序一起，2010年测序能力将达到每日3.2T的数据量，将成为世界第一的测序中心。目前已经完成或正在承担多个具有国际影响力的大型基因组研究项目，如“炎黄1号”第一个黄种人基因组计划、熊猫基因组计划、癌症基因组研究、糖尿病关联基因及变异研究、千人基因组计划、世界“三极”动物基因组计划、人体肠道微生物基因组研究计划、千种植物转录组研究计划等。健康事业部华大健康事业部依托深圳华大基因雄厚的基因组学领域的技术优势，以基因引领未来为理念，医学科学发展的前瞻性为指导，掌握着生命健康产业的源头。在国家高度关注下、不断提高的人民群众健康水平和人们对自身健康的关注度不断提高的迫切需要下，健康事业部凭借先进的科学技术与管理，抓住产业变革的先机。健康事业部以“基因与健康”为特色，业务上进行了跨越式发展，业务包括分子诊断、新药研发、数字健康，到最前沿的个人基因组领域。在市场起飞之前进入行业，最终实现基因组科学与健康产业密切结合的可持续发展模式。经过多年的建设和不懈努力，健康事业部已经汇聚一批在国内外具有较大影响力的技术人才和管理人才，拥有一支高学历、高素质的专业团队。同时建立了华大基因临床检验中心从事临床医学检测。并于日前正式和北大深圳医院合作共同设立基因组学临床应用研究中心，并最终以此模式为契机推广全国，最终直接将最新的基因组学技术应用于临床及公众。农能&微生物平台农业基因组平台致力于建成具国际先进水平的转基因服务平台、分子育种研发平台、产业孵化基地。今年转基因通量将达到10000个基因，为各类科研项目和合作单位提供高通量的转基因服务，大大加快相关农业分子育种研究的产业化进程。2009年，在平台的基础上成立了“基因组学农业部重点实验室”。该平台的目标是继续保持农业基因组学研究的国际领先地位，为种质资源保护、挖掘和利用提供技术手段和技术支持。进而为我国农业科研界培养大批基因组学和生物学人才，为国家粮食安全、资源安全和环境安全提供技术、专利和人才的多重保障。华大微生物平台于2009年9月9日正式成立。本实验室依托华大基因世界第一的核酸测序能力；依托强大的生物信息中心；依托万种微生物计划；利用环境基因组学和高通量培养、筛选平台对环境微生物资源进行深度挖掘和集约型工业化应用。为我国实现可再生能源、低碳、循环的可持续发展，提供高效的生物转化体系。克隆与基因工程平台克隆与基因工程平台创建于2007年，是以一批优秀海外归国科学家为核心力量，同国内外一流实验室及大型公司紧密合作，形成的产学研一体化技术平台。目前，该平台拥有多项成熟的、国际一流的技术体系：多物种原代细胞培养与细胞株构建、基因工程与转基因细胞构建、干细胞技术、手工克隆、胚胎冷冻保存、胚胎移植等。主要研究方向及成果：1、转基因克隆猪：以医用迷你猪为模型，构建携带有与人类遗传性疾病相关基因的转基因克隆猪。该模型猪将应用于疾病发病机理研究、抗病药物开发和临床医学治疗检测等。我们已经同丹麦实验室合作，并成功克隆出老年痴呆病模型。现正开发的转基因克隆猪模型包括乳腺癌模型和高胆固醇疾病模型，拟开发有2型糖尿病模型等。2、动物繁育：结合传统繁育手段，以基因工程与动物克隆为技术核心，开发高产、优质、侍郎动物品种，进而促进我国农业发展。现正与国内大型农牧公司及科研院所合作，通过克隆手段对优质品种（如猪、牛等）及有较高经济价值动物（如马、狗等）进行繁育。同时，我们还通过分子生物学与基因工程手段改良和开发具有更高市场和营养价值的新品种。3、干细胞研究：包括生殖干细胞（EGC），胚胎干细胞（ESC），诱导干细胞（iPSC）。目前我们已经将EGC应用于转基因和克隆的研究，并有望能够改善成纤维细胞对转基因细胞构建的局限性和提高动物克隆效率。我们将着力于构建iPSC，并将克隆技术与干细胞技术有机结合，开创干细胞研究与应用新途径。计算平台华大基因计算平台隶属于深圳华大基因研究院，以实现超大规模生物信息学计算为中心任务，在高效能计算、云计算服务等领域，不断拓展自身的技术疆界。华大基因计算平台是由强大的计算硬件和丰富的应用软件综合而成的计算服务平台。华大基因拥有数个大型生物信息学超级计算中心，总峰值计算能力达到102T flops，总内存容量达到20TB，总存储能力达到10PB，有能力为海量生物信息学数据的存储、处理和分析提供稳定而高效的资源保障。随着基因研究技术进步，生物信息数据的存储计算需求每12到18个月就会增长10倍，远远高于Moore定律提供的参考数值。在生物信息大爆炸的宏观背景下，华大基因对计算硬件资源的投入也在不断攀升。2010年，华大基因第一个超过1 P FLOPS计算能力的超级计算集群将正式投入使用。届时，该集群将成为国内乃至国际生物信息学界新的性能标杆。实习内容实习时间：7月20日-8月20日学习内容分两大类：通识类和专业类。（一）通识类课程。为期一周，主要包括文化课、公共基础课。文化课主要包括华大历史文化、价值观、经典项目分享、各平台介绍、素质拓展等；公共基础课包括各平台均需学习掌握的基因组学前沿知识和技术等。通识类课程为必须学习的内容，学习方式为以讲授和讨论为主。具体安排如下：通识类课程文化课公共基础课1华大整体介绍2经典项目分享3素质拓展训练1基因组学基础知识及前沿进展2生物信息学概论与技术3文献阅读与写作实践（二）专业类课程。学习及考核时间为三周，可分为两大模块：专业基础知识模块、实践与实验模块（上机或实验操作）。学习方式以进入意向部门进行实战演练和讨论为主，有专人指导学习，不同部门开设内容不同。具体安排如下表：（根据实际情况会有所调整）专业类课程部门专业基础知识实践与实验特种兵团1. BMS系统使用2.生物信息学绘图3.实用生物统计学4.软件编程5.生物信息常用软件信息分析工作环境介绍及实战1. Linux系统使用指南2. BLC集群使用规范技术体系1.基因组学新技术（Solexa）2.测序技术应用项目介绍3.分子生物学基本实验技术1.分子生物学基本实验技术2.solexa测序技术观摩健康事业部1.健康部门理论知识2.医学分子检测新技术1.HLA项目实战演练2.HPV项目实战演练3.无创性产前诊断实战演练4.市场营销模拟现场演练计算平台1.设计模式、J2EE框架介绍2.计算机体系结构3.分布式存储系统原理4.并行算法1.上机实践2.系统操作实验3.高性能计算实践农能/微生物1.基因组学核心技术2.生物信息学与分子进化3.转基因4.分子育种1.分子克隆技术实验2.再生转化技术实验3.转基因分子鉴定技术实验4.性状鉴定实验5.菌种筛选实验克隆与基因工程1.手工克隆的背景，原理2.手工克隆流程及注意事项3.克隆技术实验基本操作4.克隆胚胎的移植1.观摩学习手工克隆实验专家队伍杨焕明：教授，博士生导师，中国科学院院士，深圳华大基因研究院理事长。1988年获丹麦哥本哈根大学博士学位，先后在法国马赛免疫中心、美国哈佛大学和UCLA等单位的基因组研究中心工作。1994年回国任中国医学科学院教授，1995年获全国杰出青年基金。1997年受聘为丹麦ARHUS大学客座教授。1998年受聘为中国科学院遗传所教授及人类基因组中心主任，是中国1%人类基因组测序任务的主要负责人。此外他还带领团队创建了“北京华大基因研究中心”，为我国的水稻、家蚕等大型基因组以及“非典”病毒等微生物基因组的研究做出了重大贡献。2006年荣获何梁何利科学与技术进步奖； 2007年当选中国科学院院士；2008年当选发展中国家科学院院士。研究方向：基因组学，遗传学。王 俊：教授，博士生导师，深圳华大基因研究院常务副院长，丹麦哥本哈根大学/奥胡斯大学/南丹麦大学、北京大学客座教授2002年获得北京大学生物信息学博士学位。1999年至今从事基因组学，生物信息学研究，组织实施了家蚕、家鸡、家猪、水稻、炎黄等多个重大基因组计划，在基因组组装，基因注释，比较基因组，基因进化，表达分析等方面取得多项研究成果，有多篇论文发表在Nature，Science等国际顶尖杂志上。2008年获国家杰出青年基金，先后获得“中国科学院杰出科技成就奖”、“中丹合作科学奖”，“新世纪百千万人才工程国家级人选”、“中国科学院重大创新贡献奖”等多项荣誉。研究方向：基因组学，生物信息学。李松岗：教授，博士生导师，深圳华大基因研究院副院长1984年毕业于北京大学生物系，曾任北京大学生命科科学院副院长。从事生物信息学研究工作多年，曾参与水稻基因组测序、拼接、信息学分析工作，对完成水稻基因组项目做出重要贡献，还作为家蚕，家鸡，炎黄计划等多个项目生物信息主要负责人，指导完成多个项目的基因组生物信息学分析。拥有丰富的教学和科研工作经验，从教二十多年来先后指导过10名博士生、6名硕士生。在国际知名期刊上发表的学术论文共二十余篇，2002年出版的学术专著实用生物统计学被评为北京市精品教材。研究方向：基因组学、生物信息学。黄三文：教授，博士生导师，分子遗传课题组组长，中国农业科学院蔬菜花卉所学术委员会委员1996-2000年，任中国农业科学院蔬菜花卉研究所助理研究员，2000-2005年赴荷兰瓦赫宁根大学，获得植物遗传育种博士学位。此后任中国农业科学院蔬菜花卉研究所生物技术室功能基因课题组组长，南京农业大学、中国农业科学院博士生导师，属中国农业科学院二级杰出岗位人才。致力于各类蔬菜花卉尤其是茄科、葫芦科作物的基因组科学研究，2002-2006年间，先后出席多个国际性茄科作物学术大会并发言。全国青联留学联谊会农业秘书长、中国院系学会终身会员，荷兰华人生命科学网发起人之一。已在国内外多家知名学术期刊发表十余篇论文。研究方向：蔬菜作物生物技术，分子遗传及其应用研究。 考核与奖励办法考核方式“铜人阵”经过一个月培训与实践后，暑期实习生需统一进行“铜人阵”考核，顺利通过“铜人阵”者将能获得如下奖励：1. 大四阶段在华大带薪实习机会，华大提供食宿