高斯09 溶剂效应论坛讨论.doc

Gaussian 09计算溶剂化能量使用scrf=(solvent=toluene,cpcm）命令在G09下计算溶剂化能量（使用气态优化的结构）！但是由于与使用G03时输出文件不一样（没有Total free energy in solution这一项）！请教使用G09怎么计算溶剂化能量？Mcdull发表于 2010-11-14 20:26:55那就直接用文件结束时给出的能量好了。方便的话，也可以把output放box上让大家帮忙分析下。yangxz发表于 2010-11-17 08:30:20做一个包含溶剂的频率计算，总自由能就自动加上了溶剂效应修正。caipingl发表于 2010-11-17 12:21:53用smd模型来计算：scrf=(solvent=toluene,smd），不需要指定半径。单点算出来的能量E加上气态计算的自由能修正，结果比较合理。不过我一般使用G09得到气态优化结构，然后用G03计算溶剂效应。hgp2006发表于 2010-11-19 20:09:49用smd模型来计算：scrf=(solvent=toluene,smd），不需要指定半径。单点算出来的能量E加上气态计算的自由能 .caipingl 发表于 2010-11-17 12:21 /bbs/images/common/back.gif那你这种情况发文章时怎么说呢？03和09的溶剂化计算相差还是很大的！gaoyp0114发表于 2010-11-22 17:08:59请问你是如何算溶剂化能的，对应高斯输出文件的哪项？caipingl发表于 2010-12-22 07:36:37回复 5# hgp2006G03和G09的参考文献都写上，溶剂化效应说明部分指出采用G03计算就可以吧。我对比过一些G03和G09优化结果，差别很小。我想这样做应该是合理的吧。相对于某些体系，G09的SMD模型会得到比较奇怪的结果。个人感觉G09不如G03，有时有些体系用G09优化就会出错，而G03就能正常运行，而且IRC计算时也经常会出错。感觉还是G03用起来得心应手。yangxz发表于 2011-1-5 02:21:31使用G09可以直接优化包含溶剂化效应的结构，在此基础上做频率计算就可以了。SMD模型比较新，但个人感觉不太成功。Bondi Radii应该更稳定一些。Dice发表于 2012-4-6 08:39:25本帖最后由 Dice 于 2012-4-6 08:41 编辑做一个包含溶剂的频率计算，总自由能就自动加上了溶剂效应修正。yangxz 发表于 2010-11-17 08:30 /images/common/back.gif如果要溶剂化能的话，是不是做一个溶液相的计算（opt + freq）和一个气相的计算（opt + freq），然后用 Gsol - Ggas ？Dice发表于 2012-4-6 09:16:47DoVacuum performs the first iteration in the gas phase; this option is required in order to compute a G of solvation.我用 scrf=(smd,solvent=toluene,DoVacuum)，没有见到 G of solvation这个问题我也很疑惑，希望跟大家讨论下。G03中，溶剂化主要是以PCM系列为主，溶剂化的计算自动包括了静电项（elec）和非静电项（non-elec = cav+dis+rep），如果使用scrf=（solvent=溶剂名称，pcm，read）最后来一个scfvac，那么会在.log文件中给出你详细的数据，其中有G（sol）=E（elec）+G（non-elec）（据很多文献的描述，溶剂化自由能包括这两项）。G09中的溶剂化有点烦锁有点坑。首先，它取消了scfvac这个命令，无法直接给出G（sol），PCM的默认计算不再包括non-elec。如果想要计算和输出non-elec并且同时给出G（sol），需要scrf=（solvent=溶剂名称，pcm，externaliteration，dovacuum，read），在gjf最后使用cav（回车）dis（回车）rep，那么你会在.log文件中得到与03一样的结果。其次，这个版本包括了很新的SMD溶剂化模型（Truhlar课题组做的，由很早的SM5演变过来的吧），这个模型的特点主要是对non-elec的改动，它等于CDS=cav+dis+struc，但其elec项依然是PCM做的。并且SMD的计算结果会直接就把non-elec加到所得到的SCF done的能量中。由于non-elec=CDS，故该模型不支持cav（回车）dis（回车）rep这种输入模式。如此时想得到G（sol），方法同上，只是最后不用加任何命令。值得注意的是，SMD is the recommended choice for computing G of solvation in G09。以上为个人的一点认识。G09的优点在于给出了大量的溶剂可供使用，SMD由于的不需要Rsolv，使得这一方法可以使用G09中所有给出的溶剂。以下一些疑问，也希望大家能帮忙。1. G09的PCM默认不计算non-elec，是否可以直接不用在计算，只需计算elec即可？（G09对PCM的算法有所优化，已经到了不用考虑non-elec？此处我没搞明白）；并且，1,4-dioxane只能计算其elec，一旦计算non-elec便会因为vmol和Rsol冲突导致无法计算dis和rep，即便只计算cav所得结果也是Na，错误的结果。2. SMD很不错，其所得结果在很多时候也较为合理，通常它得到的结果要比PCM的更低一些。直接使用SMD，默认溶剂半径是SMD-Coulomb，如果改变半径为UAKS，UFF等也是可以计算的，但是若改变了半径，是否会导致该溶剂化模型的计算精度降低而导致结果不可信？再者，多数情况下Truhlar在使用SMD时多与M06-family的方法并用（M06,M062X,M06-L等），其他方法与其并用时可信度如何？3. 在K. N. Houk和Zhixiang Yu发表在JACS的文章中，对这些溶剂化使用的很随意。但我不明白他们在使用PCM时是否计算了non-elec（文中未提及），我见他们用过B3LYP/SMD，大牛们用了，但我不知道我们是否可用。希望对大家有所帮助。问题：请教高斯09算溶剂效应及能量校正问题，多送金币+小红花作者:sesy(站内联系TA) 收录: 2012-10-13 发布: 2012-10-11我们这级新接触Gaussion09,看小木虫中有很多帖子说09和03做能量校正得到的输出结果不一样，:(所以请教高手看看我用09算的方法对不对，尤其是输入文件写的有问题吗？我先优化完结构然后做单点能和溶剂效应，输入文件如下，请之前用过09的虫友们多多指点。多送金币+小红花 希望大家多多关注，急求解答！一、使用G09程序包，先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，输入文件关键词 ：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=(用A表示)二、再用大基组计算单点能：# b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight输出结果选用的 SCF Done:E(RB3LYP) =-1246.14645414（用B表示）三、最后考虑到溶剂效应：输入文件# b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight scrf=(PCM,solvent=benzene,read,smd,Dovacuum,ExternalIteration)。Radii=uaks （最后）输出结果选用的 DeltaG (solv) (kcal/mol) = -38.40 （用C表示）最后自由能表示：自由能=自由能校正（A）+单点能（B）+溶剂化能（C）请大家看看我这样做对不对，还有不对的话应该怎样写输入文件？多谢大家。lishijunzong(站内联系TA)楼主确定能打印DeltaG (solv) (kcal/mol) = -38.40？，我尝试过几次，用G03可以的，g09不能直接打印sesy(站内联系TA)2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-11 1209楼主确定能打印DeltaG (solv) (kcal/mol) = -38.40？，我尝试过几次，用G03可以的，g09不能直接打印是的，不知阁下用不用09？看看我的关键词和计算公式对吗？我就是按照这个关键词这样做的，我没用过03，我优化用的09，所以能量必须也得用09 ，不知这样校正对不对？谢谢sesy(站内联系TA)有木有研究09的大师们？ 赶紧来帮帮忙吧。只是帮偶看一下这样做对不对？我有将近100个结构，已经算了一半了。急求解答 金币全送您、sesy(站内联系TA)2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-11 1209楼主确定能打印DeltaG (solv) (kcal/mol) = -38.40？，我尝试过几次，用G03可以的，g09不能直接打印是的，以上全是拷字我的gjf文件和out文件，还有有很多内容goodmood660(站内联系TA)第二步 二、再用大基组计算单点能：# b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight输出结果选用的 SCF Done:E(RB3LYP) =-1246.14645414（用B表示）是没有必要算的，只算一三步就行。最后自由能表示：自由能=自由能校正（A）+溶剂化下的单点能溶剂化下的单点能是g09溶剂化输出结果中的SCF Done:E(UB3LYP) = 这一项的能量luyating2005(站内联系TA)期待看到更多关于该问题的探讨，大家加油啊sesy(站内联系TA)7楼: Originally posted by goodmood660 at 2012-10-11 1842第二步 二、再用大基组计算单点能：# b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight输出结果选用的 SCF Done:E(RB3LYP) =-1246.14645414（用B表示）是没有必要算的，只算一三步就行。最后自由能表示：自由能=自由能校 .阁下看看我们计算g09溶剂化下的单点能的输入文件对不对啊？我看了一下，第三步out文件里有好几个SCF Done:E(RB3LYP) = 这一项的能量都不一样啊。请问阁下做的溶剂化下的单点能的输入文件是什么？lin111ok(站内联系TA)我也遇到了类似的问题，lishijunzong(站内联系TA)3楼: Originally posted by sesy at 2012-10-11 1455是的，不知阁下用不用09？看看我的关键词和计算公式对吗？我就是按照这个关键词这样做的，我没用过03，我优化用的09，所以能量必须也得用09 ，不知这样校正对不对？谢谢.直接做出来的应该是smd的能量需要加上ExternalIteration部分打印的文件静电能这样得到就是DELg幸福男人(站内联系TA)一、使用G09程序包，先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，输入文件关键词 ：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=(用A表示)二、输入文件# b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)。Radii=uaks （最后）输出结果选用的 DeltaG (solv) (kcal/mol) = -38.40 （用C表示）最后自由能表示：自由能=自由能校正（A）+(C）飞行鸟(站内联系TA)溶剂化下的单点能就是输出结果中的SCF Done:E(UB3LYP) = *。 另外基组要改善luyating2005(站内联系TA)12楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-12 0736一、使用G09程序包，先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，输入文件关键词 ：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=(用A表示) .你好，我还是有一些问题不明白，看到一些小木虫上的关于该问题的讨论，scrf项目里还需要加 pcm ， ExternalIteration 关键词，我们这个地方不需要再加入这两个关键词了么？刚开始用高斯09 不太明白，望见谅啊sesy(站内联系TA)12楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-12 0736一、使用G09程序包，先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，输入文件关键词 ：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=(用A表示) .你好 ，输入文件# b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)。Radii=uaks按照你的输入文件计算了一下，没有这一项 DeltaG (solv) (kcal/mol) =只有SCF Done:E(UB3LYP) = 这一项的能量，输出结果中的是不是应该取这一项啊自由能=自由能校正（A）+SCF Done:E(UB3LYP) 对不对啊？麻烦了。最近写文章比较着急。幸福男人(站内联系TA)15楼: Originally posted by sesy at 2012-10-12 1646你好 ，输入文件# b3lyp/6-311+g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)。Radii=uaks按照你的输入文件计算了一下，没有这一项 DeltaG (solv) (kcal/mol) =只有SCF Done:E( .自由能=自由能校正（A）+SCF Done:E(UB3LYP)幸福男人(站内联系TA)14楼: Originally posted by luyating2005 at 2012-10-12 1612你好，我还是有一些问题不明白，看到一些小木虫上的关于该问题的讨论，scrf项目里还需要加 pcm ， ExternalIteration 关键词，我们这个地方不需要再加入这两个关键词了么？刚开始用高斯09 不太明白，望见谅啊.pcm和smd是两个不同模型luyating2005(站内联系TA)17楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-14 0713pcm和smd是两个不同模型.谢谢你的回复，这也就是说这两个关键词不应该同时使用对不对？sesy(站内联系TA)13楼: Originally posted by 飞行鸟 at 2012-10-12 0843溶剂化下的单点能就是输出结果中的SCF Done:E(UB3LYP) = *。 另外基组要改善你好 能给我写下你们计算溶剂化下的单点能的输入文件吗？多谢 最近写文章、本组新接触09没有指点的。郁闷ingsesy(站内联系TA)17楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-14 0713pcm和smd是两个不同模型.我也对此有些疑问、阁下是不是用这种方法计算过？那我们这次的溶剂效应是不是就是smd模型啊？为什么我按照这些关键词算出来的，默认的模型显示的是：PCM确认清楚才放心投出文章去嘻嘻、还请赐教，耐心等待中。【求助】高斯09 PCM指定pyridine溶剂的设定作者:CKX(站内联系TA) 收录: 20