高斯以及GV的基本操作.ppt

高斯和高斯view的基本操作 Gaussview的使用必须要进行高斯的安装, 高斯的安装直接点击安装 程序中的SETUP.EXE，按照操作进行，安装过程中按照要求输入 PIN.txt文件中的pin码，然后安装GV，操作不走和高斯雷同。 1、前期的准备：结构优化 1、在Chemdraw里面画好分子，然后copy到Chem3D运用mm2进行初步的优 化。将静态位阻能相对较低的构型保存为pdb或者mol格式(mol更好)； 2、Gaussview打开mol文件，保存gjf文件； 3、用Editplus软件打开gjf，进行修改并写入结构优化命令 其中注意： 1、mol文件保存路径（英 文）； 2、从单晶gif文件里面 copy的结构，注意：双 键和氢的数目，检查键 角的合理性，并手动完 善后，然后保存为gjf的 格式。如左上图所示。 3、 Gaussview打开mol 文件，保存gjf文件时， 将write cartesians 的 () 去掉。如左下图所示 Editplus修改命令行 如图所示， 1、第一行为chk行，也就是计算中对于分子轨 道猜测的文件。书写为：%chk=文件名.chk； 2、第二行为并行核的设置，8核写8。，4核写 4:%nproc=4; 3、第三行为内存的设置：一帮情况下结构优化 内存设置大约为50MW到200MW，体系大可以 适当增加内存：%mem=400MW； 结构优化：内存不大 光学性质：内存稍微大点 Editplus修改命令行 4、第四行为命令行， b97d指的是方法，tzvp指 的是基组 opt指的是任务关键字，例如opt表示这 个任务为结构优化# b97d/tzvp opt；其中： 方法选择： 具有弱相互作用选：b97d,D3，M06-2X 一般情况下，没有金属选：b3lyp 基组选择：（用数学的方式描述分子轨道） 具有弱相互作用选：tzvp 不具有弱相互作用选：6-31g（d）或6-31g* 5、第五行和第七行空置 6、文件名 5、第八行0表示分子带的电荷，1表示自旋多重 度 自旋多重度：2s+1原则 中性分子（0，1）、阴离子自由基（-2,5）、三 线态（3） Editplus修改命令行注意事项 新建立的gjf文件在最后一般都会 有一段参数描述，如果保存为Z矩 阵模式则需去掉后面的参数，如 上图 为去掉参数后的形式；下图 为笛卡尔坐标且未去掉参数的形 式，分子结构输入完成后要有1-2 个空行 过渡金属配合物的优化 %chk=文件名.chk； %nproc=8; %mem=1000MW（不要超过2000mw机器最高线） # p opt b3lyp/gen（自定义基组）pseudo=read 5d 。 。（坐标） 空格一行 C H O N 0(零) 6-31g*（所有C H O N 都为这个基组计算） * M 0（M金属的元素符号，0-零） lanl2dz（所有的M用lanl2dz 计算） * 空格 M 0 lanl2dz 空格 2、前期的准备：自己的电脑与工作站的连接 计算机账户与密码 98 8核艮泰： root MSOS IAM iam (常用软件以及计算账户) MSOS MSOS gentai gentai jiewei 未知 99 4核京峰： root gmsos GMSOS gmsosxie (常用软件以及计算账户) Jf 未知 tai qwerty 常用连接软件XSHELL, XFTP 连接上之后， 如果想看工作站正在工作的情况，在命令行中输入：top 后回车 在PID USER中看cpu的使用情况 3、开始计算：文件传输 通过Xftp软件将，写好的gjf文件传输到工作的计算机上，如上图。然后在工作 计算机上建立在sh文件，可以拖到自己电脑上，通过Editplus软件打开修改，格 式为： nohup 文件名.gjf 文件名.log & 。然后打开上面菜单栏，红色的Xshell， 进入命令输入模式， 任务结束的两个判定标准 Normal ！ 结构优化的任务中 前两个yes， 后两个 最好有2个yes 4、结构优化可以得到的内容 1：前线分子轨道； 2：分子能量； 3：电荷与静电势分布 1）、建立f.chk文件 2）、在Gaussview中打开fchk文件计算前线分子轨道 3）、a：在Gaussview中打开f.chk文件看分子能量 3）、b：在EditPlus中打开log文件看分子能量 搜索文本中最后一个能量参数:SCF 对应的E即为分子能量，单位：Hartree 1 Hartree=27.2114ev= 2625.499 62 kJ/mol = 627.509 469 kcal/mol 4）、在Gaussview中打开f.chk文件看电荷 5、利用结构优化做其他计算 1：将log文件用GV打开保存为gjf文件 2：用Editplus软件打开修改命令行 3：td 指进行紫外吸收的计算， td opt指进行激发态优化 6、紫外吸收光谱的计算 一、原理： 计算激发吸收，即为紫外吸收光谱 二、gjf文件的书写 在优化结构的gjf文件基础上修改 %chk=文件名 #opt geom=connectivity b97d tzvp改为#td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp 其中重金属：nstart=50 计算完的log文件绘图 三、绘图 1、用GaussSun.exe 软件打开文件名.log文件，选：Electroic transions,UV-visable,然后点 击右边的图标，同时会在log文件所在的文件夹，生成GaussSun2.2的文件夹，记载这 个谱图的数据。 2、将数据导入orgin 8.0中，归一化 将计算激发态的log文件在Gausssun.exe中打开 同时生成一对应文件夹gausssum2.2中有相关的紫外谱图数据 Energy能量 Wavelength波长 Osc.strength振子强度：在给定的谱线内，和一个原子的吸收作用相等效的谐振子的数目 表征原子的吸收或发射的重要物理参数。经典电动力学把辐射或吸收的基本单元看作是谐 振子。电磁波的发射或吸收是由谐振子作简谐运动引起的。由此可以计算出一个振子的吸 收系数。在确定的谱线内通常把一个原子的吸收作用用等效的振子数表达，这个数就叫作 振子强度,常用f来表示。fik表示从分立能级i跃迁到k的振子强度。已知振子强度，就可求出 原子吸收系数。 另一文件:UVSpectrum.txt拖入origin 软件， 作图，归一化。如果直接不行，就先将数 据拷贝到EXECL中，在origin 软件。 7、荧光发射光谱的计算 一、原理： 将激发态优化后，在到激发态，即为荧光发射光谱 二、gjf文件的书写 1、优化激发态 在激发态的gjf文件基础上修改 #td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp改为 #空格opt td（root=1，nstart=3） geom=connectivity b97d tzvp 2、从优化的激发态跃迁到激发态 #空格opt td（root=1，nstart=3） geom=connectivity b97d tzvp改为 #td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp 三、绘图 1、用GaussSun.exe 软件打开文件名.log文件，选：Electroic transions,UV-visable,然后点 击右边的图标，同时会在log文件所在的文件夹，生成GaussSun2.2的文件夹，记载这 个谱图的数据。 2、将数据导入orgin 8.0中，归一化 8、势能面扫描 一、原理 固定分子中的某个参数：如二面角、键角、键长，沿着旋转的过程中能量的变化，找出 最稳结构 二、计算过程 1、修改坐标 打开GaussView， 点击 出现对话框，点击ADD，之后 选择旋转的条件:如图：选择bond 选择相应的键长 选择scan coordinate，多少step， 多少步长。 2、点击 Submit 3、results-scan 出现图 Save date 4、或者将数据导出用orgin8.0作图 拟合： Analysis-fitting-polynomial fit-open dial 出现对话框 polyorder2（一般）或者4 拟合，找出对应的数学公式 常用的一些口令 Xshell中