[建筑]土壤细菌多样性论文：土壤细菌多样性苹果再植障碍T-RFLPDGGE.doc

土壤细菌多样性论文：环渤海湾苹果产区再植障碍园与丰产园土壤细菌遗传多样性分析【中文摘要】本研究采用了T-RFLP技术和DGGE技术等分子生物学方法调查并比较了青县、昌邑、瓦房店三个再植障碍较严重的采样点土壤中的细菌多样性及群落结构,并结合相关环境数据,通过PCA、CCA等统计学方法评价了土壤中细菌群落变化与营养元素变化的相关性;同时对来自于环渤海湾苹果产区的九个采样点的土壤样品中的可培养细菌进行分离,获得了一株对苹果常见土传病害具有良好抗性的拮抗菌,以及能够有效降解苹果主要自毒物质根皮苷的降解菌。多样性分析的结果表明,环渤海湾苹果产区的再植障碍园样品的群落结构特点与丰产园样品有明显差异;丰产园土壤中细菌群落的多样性以及均匀度指数大于再植障碍园样品,优势度指数则相反。CCA分析的结果表明土壤中Cu含量的变化与环渤海湾苹果产区再植障碍园与丰产园土壤中细菌群落结构的差异有一定的相关性。基于T-RFLP的定性分析的结果表明环渤海湾苹果产区果园土壤中占优势的细菌群落可能由Firmicutes、-Proteobacteria、Actinobacteria、-proteobacteria、-proteobacteria、Bacteroidetes和Tenericutes构成;再植障碍园土壤中.【英文摘要】In this study, we used T-RFLP and DGGE to study and compare soil bacterial diversity and community structure of three samples which had serious replant problem. With relevant environmental data, we used the PCA, CCA and other statistical method to evaluating the changes in soil bacterial communities associated with replant problem. Though analysised the culturable bacteria in soil sample which from nine sampling points in apple-producing areas around the Bohai area. We got a strain of antagonistic bacteria .【关键词】土壤细菌多样性 苹果再植障碍 T-RFLP DGGE【英文关键词】Soil bacterial community Apple replant problem T-RFLP DGGE【索购全文】联系Q1：138113721 Q2：139938848【目录】环渤海湾苹果产区再植障碍园与丰产园土壤细菌遗传多样性分析中文摘要10-11英文摘要11-121 前言13-291.1 再植障碍研究概述13-161.1.1 再植障碍的危害13-141.1.2 再植障碍的研究现状14-161.1.2.1 再植障碍的特征141.1.2.2 再植障碍的发生机理研究现状14-161.1.3 再植障碍的应对措施161.2 细菌群落分析方法16-221.2.1 环境基因组16S rDNA 的PCR 扩增17-191.2.2 T-RFLP19-201.2.3 DGGE20-211.2.4 连载体测序21-221.3 生物群落多样性的测度22-251.3.1 多样性的测度22-241.3.1.1 物种丰富度22-231.3.1.2 物种相对多度模型231.3.1.3 物种多样性指数231.3.1.4 物种均匀度指数23-241.3.2 多样性的测度24-251.3.2.1 二元属性数据测度法241.3.2.2 数量数据测度法24-251.4 生物群落梯度分析25-271.4.1 直接梯度分析261.4.2 间接梯度分析261.4.3 约束直接梯度分析26-271.4.3.1 典型变量分析26-271.4.3.2 典型相关分析271.4.3.3 冗余分析271.4.3.4 典型对应分析271.5 本研究的立项依据、研究内容与技术路线27-291.5.1 立项依据27-281.5.2 研究内容281.5.3 技术路线28-292 材料与方法29-412.1 材料29-312.1.1 样品的采集292.1.2 仪器设备292.1.3 生化试剂292.1.4 主要溶液的配制29-312.1.4.1 LB 培养基292.1.4.2 PDA 培养基29-302.1.4.3 根皮苷培养基302.1.4.4 鉴定培养基302.1.4.5 氨苄青霉素（Amp）溶液30-312.1.4.6 X-Gal 贮液312.1.4.7 IPTG 贮液312.1.5 样品理化指标测定312.1.6 PCR 引物312.1.7 病原菌株312.2 方法31-412.2.1 样品总DNA 的提取及PCR 扩增31-332.2.1.1 样品总DNA 的提取31-322.2.1.2 PCR 扩增322.2.1.3 PCR 扩增的反应条件322.2.1.4 PCR 扩增产物的纯化32-332.2.2 T-RFLP 分析332.2.2.1 荧光PCR 产物的限制性酶切332.2.2.2 酶切产物的基因扫描332.2.3 DGGE33-362.2.3.1 PCR 产物的定量332.2.3.2 DGGE33-342.2.3.3 连载体测序34-362.2.4 数据分析36-372.2.4.1 细菌群落多样性分析362.2.4.2 去趋势对应分析（DCA）36-372.2.4.3 典型对应分析（CCA）372.2.5 苹果常见土传病害拮抗菌的筛选37-382.2.5.1 含有拮抗菌的土壤样品的筛选372.2.5.2 苹果常见土传病害拮抗菌的筛选37-382.2.6 根皮苷降解菌的筛选38-392.2.6.1 以根皮苷为碳源的微生物的富集382.2.6.2 以根皮苷为碳源的微生物的分离及纯化382.2.6.3 分光光度法筛选根皮苷高效降解菌382.2.6.4 盆栽试验38-392.2.6.5 165 rDNA 序列的测定392.2.7 菌种生理生化鉴定39-412.2.7.1 接触酶392.2.7.2 淀粉水解392.2.7.3 VP 测定392.2.7.4 吲哚392.2.7.5 甲基红39-402.2.7.6 葡萄糖发酵402.2.7.7 乳糖发酵402.2.7.8 蔗糖发酵402.2.7.9 麦芽糖发酵402.2.7.10 脂酶40-413 结果与分析41-553.1 果园土壤理化指标分析41-423.1.1 青县果园土壤理化指标分析413.1.2 昌邑果园土壤理化指标分析41-423.1.3 瓦房店果园土壤理化指标分析423.2 T-RFLP 分析42-483.2.1 T-RFLP 图谱的分析42-453.2.2 多样性指数分析453.2.3 T-RFLP 图谱中主要片段的定性分析45-463.2.4 基于T-RFLP 的主成分分析46-473.2.5 环渤海苹果产区果园土壤的细菌群落结构与环境因子之间的关系47-483.3 DGGE 结果分析48-503.3.1 青县样品DGGE 图谱与结果分析483.3.2 昌邑样品DGGE 图谱与结果分析48-493.3.3 瓦房店样品DGGE 图谱与结果分析49-503.4 苹果常见土传病害的拮抗菌的筛选50-513.4.1 拮抗菌X 的抗菌效果照片50-513.4.2 拮抗菌X 的16S rDNA 序列分析513.5 根皮苷降解菌的筛选51-553.5.1 以根皮苷为碳源的微生物的筛选51-523.5.2 根皮苷光谱52-533.5.3 360nm 波长下根皮苷标准吸光曲线的制备533.5.4 根皮苷降解菌的初步筛选53-543.5.5 根皮苷降解菌pd6-3 的盆栽试验543.5.5.1 砧木株高543.5.5.2 根系扫描543.5.6 16S rDNA 的测定54-554 讨论55-574.1 种植方式不同的两类果园土壤中细菌群落结构的差异性554.2