第一章 核酸的结构与性质测试题

第一章 核酸的结构与性质一、名词解释负超螺旋（negative supercoiling） ，正超螺旋（positive supercoiling） ，拓扑异构酶（topoisomerase） ，DNA 变性（DNA denaturation） ，DNA 复性（DNA renaturation） ，DNA 解链温度（melting temperature ， Tm） ，增色效应（hyperchromicity） ，卫星 DNA（satellite DNA） ，高度重复 DNA（highly repetitive DNA） ，Z 型 DNA(Z-form DNA)，B 型 DNA(B-form DNA)二、填空题1.组成 DNA的基本单位是 ，组成 RNA的基本单位是 。2.DNA中的左右螺旋是 型 DNA，对于表达调控有一定作用。3.DNA分子中 G-C含量高，分子比较稳定，熔解温度 Tm 值 ，poly d （A-T）的 Tm 值较poly d （G-C）的 。4.DNA双链变性时，其 260nm 的光吸收值将 。5.DNA通过分子折叠形成的三股螺旋叫 ，它存在于 区，因而具有重要的生物学意义。6.热变性 DNA在缓慢冷却时，可以复性，此过程又称为 。复性与许多因素有关，包括 DNA浓度和 DNA片段的大小、 和 。7. DNA高级结构的主要形式是 结构，可以分为 和 两大类。8. DNA变性过程中紫外吸收增加，使之达到最大变化值一半时的温度称为 。三、选择题1.核酸中核苷酸的连接方式是（ ） 。A.2-3 磷酸二酯键 B. 2-5磷酸二酯键 C. 3-5磷酸二酯键 D.氢键2.以下关于 Tm值错误的是（ ） 。AG-C 含量越高，Tm 值越高BTm 值是 DNA双螺旋结构失去一半时的温度C当 DNA溶液的温度出于 Tm值时，溶液的紫外吸光值达到最高值的一半DTm 值受变性条件的影响3.DNA在水溶液中的变性温度又称为（ ） 。A.延伸温度 B 退火温度 C 熔解温度 D 降解温度4.符合 DNA结构的正确描述是（ ） 。A 两股螺旋键碱基顺序相同 B 两股链平行，走向相反C 每一个戊糖上有一个自由羟基 D 戊糖平面垂直于螺轴5.B型右键 DNA的螺旋距比 Z型左旋 DNA（ ）A.大 B.小 C. 相同 D.不可比6.下列关于核算结构的叙述，哪一项是错误的？（ ）A在双螺旋中，碱基对形成一种近似平面的结构B G和 C之间是两个氢键相连而成C 双螺旋中每 10对碱基对可使螺旋上升一圈D 双螺旋中大多数为右手螺旋，但也有左手螺旋E 双螺旋中碱基的连接是非共价的结合7.DNA的二级结构是指（ ）A 4种核苷酸的连接及其排列顺序，表示了该 DNA的化学构成B DNA双螺旋进一步扭曲盘绕所形成的超螺旋结构C 两个 DNA分子反向平行盘绕所形成的双螺旋结构D 染色质结构8.核酸变性可发生下列哪种效应？（ ）A 减色效应 B 增色效应 C 浮力密度上升 D 沉降速度下降 E 溶液黏度下降9.双链 DNA中，下列哪一组碱基含量高，则它的 Tm值也高？（ ）A 腺嘌呤鸟嘌呤 B 胞嘧啶胸腺嘧啶C腺嘌呤胸腺嘧啶 D 胞嘧啶鸟嘌呤10.生物体内天然状态的 DNA 几乎都以（ ）形式存在。A. B-DNA B. Z-DNA C. A-DNA D. cDNA11.应用紫外分析仪，测量 DNA含量时，选用的波长是( ).A. 260nm B. 280nm C. 230nm D. 660nm12. 下列关于 DNA拓扑异构酶 I和 II差别的说法，其中正确的有（ ）A I型使 DNA的一条链发生断裂和再连接，而 II型使 DNA的两条链同时发生断裂和再连接B I型催化反应不需要消耗 ATP, II型需要消耗 ATPC I 型主要与转录有关，II 型主要与复制有关D I 型和 II型都只能引入负超螺旋13.下列关于双链 DNA碱基含量关系，错误的是（ ）A . A=T G=C B. AT=GC C. AG=CT D. AC=GT14.RNA分子中的发卡结构是（ ）A. DNA串联重复顺序的转录产物 B.DNA 镜像重复顺序的转录产物C. DNA颠倒重复顺序的转录产物 D.DNA 随机顺序转录产物15. which of the following structures have twist, which have writhe, and which have both?a. a closed circular DNA molecule ling flat on a planeb. double-stranded DNA wrapped around a nucleosomec. a circular, single-stranded oligonucleotided. an overtwisted telephone corde. a humane chromosome四、判断题（对的划 错的划）1.自然界中的 DNA超螺旋都是负超螺旋。 （ ）2.核酸对紫外光的吸收是由碱基造成的。 （ ）3.核酸降解成单核苷酸时，紫外吸收值下降。 （ ）4.若 DNA分子为双股螺旋，那么根据碱基互补配对原则，应该是 A的含量与 T相当，G 的含量与 C相等。然而噬菌体 M13DNA的碱基组成不符合这种规则，因此，该 DNA在病毒颗粒中呈单股结构。（ ）5.若双链 DNA中的一条链碱基顺序为 pCpTpGpGpApC，则另一条链的碱基顺序为 pGpApCpCpTpG。 （ ）6.双股 DNA比单股 DNA的紫外线吸收力强。 （ ）7.无论 DNA或 RNA，分子中 G和 C含量越高，其熔点（Tm）值越大。 （ ）8.碱性的组蛋白和阳离子都能降低双链 DNA的 Tm值。 （ ）9.真核染色体 DNA分子是环形的。 （ ）10.DNA的 Tm值随(AT) / (GC)值的增加而减少。 （ ）11.DNA的复性指变性 DNA在适当条件下，二条互补链全部或部分恢复到天然双螺旋结构的现象，它是变性的一种逆转过程。 （ ）12.真核生物 mRNA两端都有 3羟基。 （ ）13.Tm是 DNA的一个重要特征，其定义为：使 DNA双螺旋 90%解开时所需的温度。 （ ）14.与 DNA双螺旋相反方向缠绕而形成的超螺旋叫做“负超螺旋” 。 （ ）15.单链 RNA分子内的发卡结构是同向重复 DNA转录的产物。 （ ）16.具有回文结构的 DNA分子的碱基序列是镜像对称的。 （ ）17.具有回文序列的单链可形成发卡结构。 （ ）五、问答题1请画出一段简短的 DNA 结构图，其中包括 4 种不同的核苷酸，并给出详细的注解，同时注明如，果换成 RNA，其结构将有什么变化。2请列出 Watson 和 Crick 提出 DNA 双螺旋模型的依据。3区别碱基配对和碱基堆积力.这两种相互作用对双螺旋结构的柔性有何影响？请在你的答案中描述双螺旋结构中大沟和小沟的形成。4核酸的紫外吸收有何特点？实验中如何利用这一特点研究核酸？5. Draw an A:T base pair.a. Indicate how each base is joined to deoxyribose.b. Indicate which edge of each base pair faces into the major groove and which into the minor groove.c. Use two different colors to indicate whether an atom is a hydrogen bond donor r a hydrogen bond acceptor.6. Draw an G:C base pair.a. Indicate how each base is joined to deoxyribose.b. Indicate which edge of each base pair faces into the major groove and which into the minor groove.c. Use two different colors to indicate whether an atom is a hydrogen bond donor r a hydrogen bond acceptor.7. Other than hydrogen bonding, what else contributes to the stability of the double helix?8. Certain chemical agents such as nitrous acid can deaminate cytosine, converting it into uracil. How might this explain why DNA contains thymine in place of uracil? 9. The virion DNA of an E.coli phage called X174 has the base composition: 25% A, 33% T, 24% G, and 18% C. what do these data suggest about the structure of the phages chromosome?10.Describe several reasons why the major groove is more often used by proteins to recognize specific DNA sequences than the minor groove.11. Describe the ways in which DN A can vary form its ideal B structure, and contrast the B form of DNA with the A and Z forms. What factors or conditions favor these deviations from the B form and the choice between the three possible forms?12. Consider a covalently closed, circular DNA molecule of length 10,500 base pairs and Lk 950. what is the effect of the binding of 110 molecules of ethidium on Lk, Tw, and Wr?13. Describe three differences between topoisomerase I and topoisomerase II. You have an experiment in min that requires topoisomerase II, but not topoisomerase I, and would like to purify this enzyme from bacterial cells. Describe a purification strategy that would allow you to specifically lsolate topoisomerase II, relying on the unique activities of each enzyme.14. populations of the following types of molecules are incubated with the indicated enzymes. Predict all possible products for each reaction.a. complementary single-stranded circles + topoisomerare Ib. negatively supercoiled DNA + eukaryotic topoisomerase IIc. negatively supercoiled DNA + topoisomerase I15. Describe the two experiments that indicated that genes are made of DNA.16. Describe the evidence that led Watson and Crick to deduce that a cellular DNA molecule is a double helix.第二章 基因组 DNA 和染色体一、名词解释基因间区域，散在重复序列，内含子，垃圾 DNA，长散布核元件，长末端重复序列，微卫星，短串联重复序列，短散布核元件，30nm 纤维，Alu 元件，浮力密度，着丝粒，染色质，染色小体，核心八聚体，连接组蛋白，LTR 元件，小卫星，类核，核小体，沉降系数，组成型异染色质，常染色质，染色体骨架，组蛋白（histones） ，连接 DNA（linker DNA） ，C 值（C value） ，C 值悖论（C value paradox） ，基因家族（ gene family） ，染色体结构域（domain of a chromosome） ，染色体（chromosome） ，端粒（telomere） ，基因组（genome）二、填空题1.核苷酸通过 键连接形成核酸分子，核苷酸中的碱基使核苷酸与核酸在 附近具有最大的紫外吸收值。2.稳定 DNA双螺旋的主要因素是 。3.真核生物的基因一般为 基因，其中为多肽链编码的部分经常被 打断。4.染色体中 DNA与 结合成复合体，并形成为串珠样的 结构。5.真核细胞核小体的组成是 和 。6.天然染色体末端不能与其他染色体断裂片段发生连接，这是因为天然染色体的末端存在 结构。三、选择题1.关于 C值的表述正确的有（ ）.A.C值与生物体的形态复杂性呈正相关B.C值与生物体的形态复杂性呈负相关C. C值与生物体的形态复杂性是大致相关，但是存在例外D.C值是衡量物种进化级别的参考2.真核细胞的染色质主要是由以下成分构成的（ ）A. DNA、RNA 和组蛋白 B. DNA、组蛋白和非组蛋白C. DNA、RNA 和非组蛋白 D. DNA、组蛋白和碱性蛋白3.组蛋白的纯电荷是（ ）A. 正 B. 中性 C. 负 D.不带电荷四、判断题（对的划 错的划）1.高等真核生物的基因组往往包含大量的非编码序号。 （ ）2.核小体是染色质的基本结构单位。 （ ）3.端粒序列是一种高度重复序列。 （ ）4.真核生物的基因不一定都含有内含子。 （ ）5.一个带有反向重复序列的双链 DNA经变性后，复性时其单链可形成发夹环。 （ ）五、问答题1.简述真核生物染色体上组蛋白的种类、特性，组蛋白修饰的种类及其生物学意义。2. 简述真核生物细胞内核小体和核小体核心颗粒的结构。3.试述 DNA的主要物化性质。4核酸的紫外吸收有何特点？实验中如何利用这一特点研究核酸？5.简述原核与真核细胞染色体结构。6大肠杆菌基因组的遗传组成和真核生物的区别何在？7解释为什么核酸酶保护实验可用于研究染色质结构？8讲述 DNA 是如何包装进入染色体以及 30nm 纤维的？5画出典型的中期染色体并标出着丝粒和端粒. 着丝粒和端粒的功能和主要特征是什么？9解释为什么染色体带型和异粒模型表明在真核细胞染色体上基因并不是均匀分布的。10用人类基因组中的例子解释何谓多基因家族。11以人类基因组为例对卫星，小卫星和微卫星 DNA 加以区别。12列出 LINE 和 SINE 相似性和不同。13试描述组成型异染色质，兼性异染色质和常染色质之间的差异。14How is the 2 meters worth of DNA in every human cell compacted to fit into a nucleus of less than 15 microns? Describe the various ways in which DNA is compacted, describing the proteins of structures involved at each level, and the degree of compaction provided.15. What is meant by the C-value paradox? What is the underlying reason for this paradox?16. How does the genetic organization of the Escherichia coli genome differ from that of a eukaryote?17. Explain how nuclease protection experiments can be used to study chromatin structure?18. Write a short essay describing how DNA is packaged into chromatosomes and into the 30 nm fiber?16. Draw a typical metaphase chromosome and label the centromere and telomeres. What are the functions and key features of the centromere and telomeres?19. Explain why chromosome banding patterns and the isochore model suggest that genes are not evenly distributed in a eukaryotic chromosome?20. Compare the genetic organizations of the human, yeast, fruit fly and maize genomes?第三章 DNA 复制一、名词解释 复合物，自主复制序列，DNA 聚合酶 ，DNA 聚合酶 ，DNA 聚合酶 I，DNA 聚合酶 II，DNA 聚合酶 III，DNA 拓扑异构酶，解旋酶，复制起始位点，起始识别复合物，复制前复合物，增殖细胞核抗原复制蛋白 A，端粒酶，前导链（leading strand） ，后随链（lagging strand） ，引物（primer） ，引发酶（primase） ，端粒酶（telomerase） ，DNA 解旋酶（DNA helicase） ，DNA 聚合酶（DNA polymerase） ，DNA 连接酶（DNA ligase） ，冈崎片段（ Okazaki fragment） ，复制叉（replication） ，复制子（replicon） ，DNA 半保留复制（DNA semi-conservation replication） ，DNA半不连续复制（DNA semi-discontinuous replication ）二、填空题1.真核生物 DNA聚合酶 ， 和 参 与 合 成 。2 端 粒 酶 实 际 上 是 一 种 酶 ， 由 和 构 成 。3.DNA 复 制 时 的 RNA 引 物 是 由 的 活 性 切 除 的 。4.在 DNA 复 制 过 程 中 形 成 的 不 连 续 片 段 被 称 为 ， 其 延 伸 和 连 接 分 别 由 和 完 成 。5.原 核 生 物 中 主 要 负 责 DNA 修 复 的 酶 是 。6.在 DNA 复 制 过 程 中 ， 连 续 合 成 的 子 链 称 为 ， 另 一 条 非 连 续 合 成 的 子 链 称 为 。7.DNA 复 制 过 程 中 负 责 保 护 单 链 不 被 降 解 的 酶 是 。8.在 大 肠 杆 菌 中 发 现 了 种 DNA 聚 合 酶 。 DNA 合 成 主 要 由 DNA 聚 合 酶 完 成 。9.真 核 生 物 染 色 体 末 端 的 特 殊 重 复 序 列 被 称 为 ， 其 复 制 由 完 成 。10.合 成 DNA 复 制 时 所 需 要 的 RNA 引 物 的 酶 是 。11.DNA 拓 扑 异 构 酶 是 与 有 关 的 酶 。12.DNA 复 制 时 与 DNA 解 链 有 关 的 酶 和 蛋 白 质 是 、 和 。三、选择题1.在 原 核 生 物 复 制 子 中 除 去 RNA 引 发 并 加 入 脱 氧 核 糖 核 苷 酸 的 酶 是 （ ）A.DNA聚合酶 I B. DNA聚合酶 II C. DNA聚合酶 III D.外切核酸酶 MFI2.DNA聚合酶的校对活性是指（ ）A. 53 外切酶活性 B. 35外切酶活性 C. 35 内切酶活性 D. 53内切酶活性3.在 DNA复制过程中，与解链有关的酶和蛋白质有（ ）A.双链结合蛋白 B.解链酶 C.拓扑异构酶 I D. 拓扑异构酶 II E.单链结合蛋白4.生物体 DNA复制起始位点都共有的特征是（ ）A. 起始位点是包括多个短重复序列的独特 DNA片段B. 起始位点是指合成第一个脱氧核苷酸的位点C.多聚体 DNA结合蛋白专一性识别这些短的重复序列D. 起始位点旁侧序列是 A-T丰富的，易于 DNA解螺旋E. 起始位点包括 G-C丰富区5.DNA聚合酶 II具有（ ）活性。A. 53 聚合酶活性 B. 35外切酶活性 C. 53 外切酶活性D. 内切酶活性 E. 连接酶活性6.在染色体的复制过程中，亲代组蛋白八聚体和新合成的组蛋白八聚体与 DNA的装配方式是（ ）A.全保留式 B.随机方式 C.半保留式 D.半随机方式7.Klenow酶不能够进行 DNA修复，因为其丧失了（ ）A. 53合成酶活性 B. 35外切酶活性C. 53 外切酶活性 D.转移酶活性8.大肠杆菌是单复制子的，其 DNA在进行复制时，是以（ ）方向进行的。A.单向 B.不对称方式 C.双向 D.任意方向9.线粒体 DNA的复制是（ ）进行的。A.单向 B.对称 C.不对称 D.多向10. 大肠杆菌 DNA polymerase I 具有 35 和 53 外切核酸酶活性，这两种酶活性的作用方式是（ ）A. 35 活性只切割碱基配对处的磷酸二酯键B. 53 活性只切割碱基不配对处的磷酸二酯键C. 35 活性只切割碱基不配对处的磷酸二酯键D.两种活性对切割处的碱基配对与否无选择，只是 53 活性一次只切除一个核苷酸11.促旋酶（gyrase）是一种（ ）A.解旋酶（helicase） B. II 型 DNA拓扑异构酶C. I型 DNA拓扑异构酶 D. DNA 聚合酶 12. 大肠杆菌中负责 DNA复制的酶是( )A.DNA聚合酶 I B. DNA聚合酶 II C. DNA聚合酶 III D. DNA聚合酶 IV13.在切口平移（nick translation）反应中加入 E. coli DNA pol I的原因是为了（ ）A.只利用其 53 的合成特征B. 只利用其 53 的外切核酸酶活性C. 利用其 35 的外切核酸酶活性D. 既利用其 53 的聚合特性又利用其 53 的外切核酸酶活性14.DNA切口平移所用的酶为（ ）A. Klenow酶 B. Taq 酶 C. DNA 聚合酶 I D.DNA连接酶四、问答题1.什么是滚环复制？其特征是什么？2.阐述 DNA半保留复制过程。3.DNA具有很高的准确性（accuracy）或保真度（fidelity） ，出错率低于 10-10.请解释：DNA 复制过程中和复制后有哪些机制保证复制的准确性？4.简述大肠杆菌的 oriC的结构特征。5. 大肠杆菌 I型 DNA聚合酶（DNA polymerase I ）有几种酶活性？它在体内有哪些功能？举出一个这种酶在分子生物学技术中的应用例子。6.原核生物 DNA聚合酶 I发挥聚合活性时所需的条件有哪些？7.简述 DNA连接酶作用的条件。8.详细描述大肠杆菌复制起点的结构概每个成分在复制起始中的作用。9.将大肠杆菌与酵母及哺乳动物复制起点进行比较和对比。10.细述大肠杆菌复制叉处所发生的事件.11.真核细胞复制叉处所发生的事件与大肠杆菌复制叉处的事件的不同之处有哪些？12.解释为什么经过多轮复制后染色体 DNA会缩短，端粒酶如何防止此种情况发生。13Give short definitions of the following termsAutonomously replicating sequence (ARS) , DNA ligase, DNA polymerase , DNA polymerase , DNA polymerase , DNA polymerase I , DNA polymerase II, DNA polymerase III, DNA topoisomerase, FEN1, Helicase, Initiation region, Lagging strand, Leading strand, Okazaki fragment, Origin of replication, Origin recognition complex (ORC) , Origin recognition sequence , Prepriming complex, Pre-replication complex (pre-RC), Primase, Primer, Primosome , Proliferating cell nuclear antigen (PCNA), Proofreading, Replication factor C (RFC), Replication factory, Replication protein A (RPA), Replisome, Semiconservative replication, Single-strand binding protein (SSB), Telomerase, Terminator sequence, Transcription factory, Tus14(a) Draw a schematic diagram of the primer:template junction, labeling the 5 and 3 ends of each of the strands. Indicate where deoxynucleotides are added during the process of DNA replication.(b) Draw the reaction by which the deocynucleotides are added to a growing DNA strand during replication. What happens to the pyrophosphate that is produced in this reaction?15Describe two ways by which DNA polymerase ensures that the correct base is added to the growing polynucleotide chain during replication, addressing what these mechanisms have in common, and how they differ. What is the contribution of these mechanisms toward the overall fidelity of DNA replication?16Okazaki discovered the fragments named after him by briefly exposing replicating DNA to radioactively-labeled nucleotides, and then separating the labeled DNA fragments by size. Using this method, he identified two populations of fragments. Describe what these two populations must have looked like. Why was it important to use a short exposure to the radioactive label rather than a longer one?17Size of Okazake fragments differs in different organisms. What might influence this size? 18How is the DNA unwound at the replication fork? What effect does this have on the DNA upstream of the fork, and how does the cell deal with this effect?19Address how cooperative binding contributes to SSB function during DNA replication. What is the advantage of such binding for SSB activity?20List at least five distinct activities provided by proteins within the replisome. What are some of the advantages of having multiple proteins working together to carry out the various aspects of the replication process?21Name three different initiators discussed in the chapter. What features do they have in common, and how do they differ?22Explain why the replication machinery is incapable of completely replicating the ends of the chromosomes. What is the practical effect of this? How do eukaryotic cells get around this problem?第四章 DNA 的突变、损伤和修复一、名词解释突变（mutation） ，正向突变（forward mutation） ，回复突变（back mutation ） ，沉默突变（silent mutation） ，点突变（point mutation ） ，颠换（transversion） ，转换（transition） ，同义突变（synonymous mutation） ，错义突变（missense mutation） ，移码突变（frame shift mutation） ，无义突变（nonsense mutation） ，错配修复（mismatch repair） ，切除修复（excision-repair） ，AP 位点（AP site） ，重组修复（recombination repair） ，SOS 修复系统（SOS repair system）二、填空题1.大肠杆菌进行错配修复时用来区分子链和母链的依据是 。2. 是一种阻遏蛋白，结合于 SOS系统中个基因的操作子上。3.在光复活过程中，光复活酶作用于 ，使它复原为 。4.如果碱基的改变并不改变该密码子编码的氨基酸，因此不会造成什么影响，这就是 ；如果突变后密码子改变了编码氨基酸的种类，这就是 。三、选择题1.修复后仍然会存在差错的 DNA损伤修复方式是（ ）A.光复活和暗修复 B.光复活和重组修复C. 暗修复和重组修复 D. 重组修复和 SOS修复2.可以修复紫外线引起的 DNA损伤的途径是（ ）A. 光复活 B. 暗修复 C. 重组修复 D. SOS 修复3.细菌的 DNA经过紫外线照射后，出现的损伤主要是形成（ ）二聚体。A.嘌呤-.嘌呤 B. 嘌呤-嘧啶 C. 嘧啶-嘧啶 D.随机二聚体4.关于 DNA损伤后切除修复的说法中错误的是( )A.切除修复包括糖基化酶起始作用的修复B.修复机制中以切除修复最为重要C.切除修复包括有重组修复及 SOS修复D.切除修复中有 UVrABC酶进行的修复E.对 DNA损伤部位进行切除后再合成正确的碱基5.下列可能引起移码突变的是( )A.点突变 B.转换 C.颠换 D.缺失 E.插入 3个或 3的倍数个核苷酸6.点突变包括（ ）A.转换 B. 颠换 C. 插入 D. 缺失7.DNA损伤的光修复需要（ ）参与。A.DNA聚合酶 B.糖基化酶 C.光修复酶 D.转甲基酶 E.内切核酸酶四、判断题（对的划 错的划）1.AP位点可以由自发的脱嘌呤作用产生，也可以由尿嘧啶 DNA糖基化酶切去一个已脱碱基的胞嘧啶产生。 （ ）2.DNA的碱基切除修复时先除去包括 AP位点在内的一小段 DNA，然后由 DNA聚合酶 I合成新的片段，形成黏性末端或平端。 （ ）3.DNA损伤的光复活修复是由 DNA聚合酶参与的。 （ ）4.碱基的替换有两类即转换（transition）和颠换（transversion） ，A 和 T替换是转换，而 C被G替换则是颠换。 （ ） 5.在大肠杆菌细胞中重组修复亦称复制后修复。 （ ）五、问答题1.什么是重组修复？2.何为基因突变？扼要说明基因突变类型及后果。3.为什么说 DNA甲基化可用来调控复制和 DNA修复？4.RecA蛋白是怎样调节 SOS反应的？5.Explain how errors in DNA replication can lead to mutations.6.Distinguish between the various types of DNA repair mechanism that are known.7. Compare and contrast the direct DNA repair systems of bacteria and eukaryotes.8. How can DNA damage be bypassed during genome replication in Escherichia coli and eukaryotes? 9. Discuss the links between DNA repair and human disease. 10. Describe the specific damage that is done to DNA by each of the following, addressing in particular which bases may be affected and what compounds are produced as result:a. bleomycinb. nitrosaminesc. X-raysd. watere. methyl-nitrosoguanidinef. gamma radiationg. reactive oxygen speciesh. ultraviolet lightWhat repair mechanism can the cell use to deal with each of these types of damage?11. Ethidium bromide is commonly used in molecular biology labs on order to visulalize DNAfor example, during gel electrophoresis of DNA. What effect does this chemical have on DNA? What are the potential biological consequences of this?12. Ethylmethane sulfonate(EMS) is an alkylation agent that has often been used in the lab to induce mutations in model organisms such as Drosophila. X-rays have also been extensively used to generate mutations. What types of mutations do you think each of these agents will tend to produce?13.What is the role of base flipping in DNA repair? What does the repair machinery accomplish by relying on this phenomenon?14.Outline the steps involved in base-excision repair. How does the cell manage to accommodate all of the various types of damaged bases? If the excision repair system fails to remove a damaged base prior to DNA replication, will it inevitably result in a mutation?15. Outline the steps involved in nucleotide excision repair. Which of these steps is affected in the disease xeroderma pigmentosum?16. If the replication machinery encounters a lesion in the template DNA that prevents its progression, what options exist for getting past the lesion? Which of these is the option of last resort? Why?17. Identify the major steps of homologous recombination. What bacterial and eukaryotic proteins are responsible for carrying out each of these steps? Design a genetic screen that would identify bacterial genes involved in recombination. 18. Draw a Holliday junction, using different colors to indicate the strands originating from the different chromosomes. Indicate the two ways in which the junction can be resolved to regenerate two independent double-stranded DNA molecules. Which of these will give rise to a crossover product, and which will produce a non-crossover product? 19. Describe the roles of RuvA and RuvB in promoting branch migration. What are the genetic consequences of branch migration occurring during recombination? 第五章 DNA 重组一、名词解释转座元件（transposable element） ，转座（transposition） ，转座重组（transposition recombination） ，转座子（transposon） ，反转录转座子（retrotransposon） ，长分散重复序列（long interspersed repeated sequence，LINES） ，短分散重复序列（short interspersed repeated sequence，SINES） ，插入序列（insertion sequence，IS） ，复制型转座（replicative transposition） ，.非复制型转座（non- replicative transposition） ，共整合体（cointegrate） ，自主性转座因子，非自主性转座因子，Alu 家族（Alu family） ，同源重组（homologous recombination） ，位点特异性重组（site-specific r