fish检测基因异常的原理及结果判读

1、 FISH检测基因异常的原理及结果判读 The principle of FISH in detecting gene alteration and result interpretation柏乾明复旦大学附属肿瘤医院病理科2015-8-30 荧光原位杂交（FISH）技术根据核酸碱基互补的原则，用已 知碱基序列并带有荧光标记的核酸作为探针，在组织上原位与待测核酸序列进行杂交的技术。 优点：敏感、特异与组织形态及免疫组化相结合 FISH检测基因异常的原理基因扩增基因缺失 FISH检测基因异常的原理基因易位-分离探针基因易位-融合探针 2013-2014年度检测总例数（16637例） FISH 4

2、7.91%FISH测序法ARMS 法 基因重排 微不稳检测HPV多亚型检测 Cobas法ALK(Ventana)检测 基因名称2014年（例） 2013年（例） 基因扩增 Her-225952448MDM28666MET552EGFR30基因易位 ALK681235ROS1720SYT99100EWSR110284DDIT31926FOXO1A119PDGFB172TFE-3220c-myc6864bcl-6269bcl-2203IgH/bcl-235IgH/bcl-177IgH/MLT132IgH11RET5USP69ETV-63基因缺失 P1611VHL2扩增&缺失 Urovysion22

3、18 FISH 结果判读 可能原因：1. 技术相关原因2. 组织质量相关原因3. 其它 步FISH结果判读 明确检测目的、探针类型 明确判读标准 结果判读：发现问题-解决问题的过程 如何“发现问题” 没有调查就没有发言权 仔细 全面 彻底 FISH法检测Her-2基因扩增 胃癌 阳性：簇状阳性 orHer-2/CEP17 2.0 ： Her-2/CEP172.0 乳腺癌 阳性：Her-26.0 或Her-2/CEP17 2.0（均质、连续，且10%浸润癌） ： Her-24.0且Her-2/CEP172.0 不确定： 4.0Her-26.0且Her-2/CEP172.0 备注：本切片中HER2

4、基因信号平均拷贝数不高（平 均拷贝数4.0） ，但依据HER2/CEP17比值2.0，应判为（+），有扩增；此类病人能否从靶向治疗中获益尚有争议，请结合免疫组化结果及临床综合指导治疗。 不确定病例：1. 明确诊断：a.不同医师观察，综合评价； b.增加计数；c.换个时间再观察;2. 解决问题：a.换蜡块重复检测b.不同方法验证 结果判读： 发现问题= 解决问题 仔细80% ）Case 1: 乳腺癌（MP15- 请教诊断？ 解决问题组织形态组织病理诊断分子病理诊断免疫组化分子检测 诊断报告：本切片中HER2基因信号有异质性， 约510%浸润性癌、脉管内癌栓及部分导管原位癌中HER2基因信号呈簇状

5、，HER2/CEP17范围约1020/13， 倾向（+），有扩增；其余肿瘤细胞中HER2/CEP17范围约14/14，平均3.3/2.71.2。 病例小结异质性组织形态 仔细 全面分子病理诊断80%95%免疫组化分子检测FISH结果应由有经验的病理医师报告！FISH检测HER2基因扩增需要全覆盖！ 病例小结异质性广义：所有肿瘤均有异质性； 狭义：碰撞混杂孤立散在 不确定/阳性碰撞混杂孤立散在/不确定 病例小结异质性广义：所有肿瘤均有异质性； 狭义：碰撞混杂孤立散在 不确定/阳性碰撞混杂孤立散在/不确定 病例小结异质性广义：所有肿瘤均有异质性； 狭义：碰撞混杂孤立散在 不确定/阳性碰撞混杂孤立散

6、在/不确定 病例小结异质性广义：所有肿瘤均有异质性； 狭义：最终结果：碰撞混杂孤立散在阳性 不确定/阳性不确定碰撞混杂孤立散在/不确定 病例小结异质性 “”a. 异质性细胞是否肿瘤细胞？b. 异质性阳性细胞是什么成分？ 解决方案结合组织形态及免疫组化结果综合判断异质性成分及范围！ ）Case 2: 乳腺癌（MP15- 诊断报告：本切片中HER2基因信号有异质性， 约30%浸润性癌中HER2/CEP17平均约5.0/4.41.1，应判为（），不确定；其余肿瘤细胞中HER2/CEP17平均约2.7/2.0 1.4。 病例小结异质性特别注意：HE中不同组织形态的成分中HER2基因信号情况！ 明确“异

7、质性”a. 异质性细胞是否肿瘤细胞？b. 异质性阳性细胞是什么成分？ 解决方案结合组织形态及免疫组化结果综合判断异质性成分及范围！ ）Case 3: 乳腺癌（MP15- （-），（+），阳性 异质性？ “”a. 异质性细胞是否肿瘤细胞？b. 异质性阳性细胞是什么成分？ 解决方案结合组织形态及免疫组化结果综合判断异质性成分及范围！ 病例小结不一致病例组织形态组织病理诊断分子病理诊断免疫组化分子检测前提条件：核对无误！必要时重复验证！ 病例小结不一致病例诊断报告： 本切片中HER2基因信号有异质性，约 30%浸润性癌中HER2基因信号呈小簇状， HER2/CEP17 平均约7.7/2.33.3 ，

8、应判为（+），有扩增；其余肿瘤细胞中HER2/CEP17平均约2.5/2.01.3 。 ）Case 4: 乳腺癌（MP15- 山重水复疑无路，柳暗花明又一村。 病例小结浸润灶小&微浸润 仔细80% 全面95% 彻底99% 微浸润 明确有微浸润解决问题 一致阳性 一致 不一致 明确无微浸润组织形态分子病理诊断免疫组化 可疑微浸润分子检测 Case 5: 胃癌（活检组织）（MP15- ）HER2基因状态： （-），无扩增 病例小结其它林子大了啥鸟都有啊！ 病例小结其它 仔细80% 全面95% 彻底99%时刻警醒自己！怀疑一切值得怀疑的问题！ FISH法检测HER2基因扩增总结异质性微浸润不确定免疫

9、组化与FISH结果不一致17 号染色体单、多体其它各种特殊问题仔细、全面、彻底 一切病例均为阳性！一切病例均有异质性！ FISH法检测ALK基因易位 专家组共识：ALK阳性非小细胞肺癌是指包括ALK FISH检测、或ALK序列融合变异、或ALK融合蛋白IHC特定方法检测阳性的肺癌，是非小细胞肺癌的一个分子亚型，常见于腺癌，该类患者通常可从ALK抑制剂治疗中获益。FISH（Abbott） Ventana IHC（Roche） RT-PCR（Amoy） 任一阳性即可诊断 对一种方法有怀疑时可选用另外两种方法进行验证 FISH法检测ALK基因易位-原理与结果判读Vysis ALK FISH :ALK

10、 Dual Color Break Apart Rearrangement Probe细胞阳性细胞15%的肿瘤细胞内出现红绿分离信号或绿色缺失信号，判为（+），即有ALK基因相关易位。 FISH法检测ALK基因易位-病例分享 检测体会优势：分离信号，直观可信；大部分病例敏感、特异，易判断。几乎没有假阳性 目前仍是ALK判读的“金标准” 不足：对细胞量少的病例； 接近cut off病例； 保存年份久/前处理欠佳的病例；无信号，部分信号弱其他异常信号特征的判断及其价值：需要进一步验证 单拷贝？单独绿色信号？以及所有型信号。需结合免疫组化（Ventana，D5F3）及RTPCR综合判断推荐：有条件者

11、，FISH及Ventana IHC同时进行；无条件者，可先行IHC，阳性者FISH证实；不一致时，RTPCR验证。 FISH法检测基因缺失P16基因缺失在鉴别间皮增生与间皮瘤中的应用：参考文献标准： 纯合性缺失：20%； 杂合性缺失：二倍体及多倍体25%；单倍体44% 间皮瘤中的阳性率 建立本实验室的诊断标准是王道。VHL基因缺失在肾透明细胞癌中的应用有待分享。 检测项目检测意义 基因扩增 Her-2指导乳腺癌化疗方案的制定 MDM2诊断与鉴别诊断高分化脂肪肉瘤与去分化脂肪肉瘤 MET预测耐药，指导非小细胞肺癌化疗方案的制定 c-myc诊断与鉴别诊断血管肉瘤等 EGFR辅助指导非小细胞肺癌化疗

12、方案的制定 基因易位 ALK指导化疗方案的制定，诊断与鉴别诊断炎性肌纤维母肿瘤，ALK相关淋巴瘤等 ROS1指导非小细胞肺癌化疗方案的制定 SYT诊断与鉴别诊断滑膜肉瘤 EWSR1诊断与鉴别诊断尤文肉瘤、尤文样肉瘤等 DDIT3诊断与鉴别诊断黏液脂肪肉瘤FOXO1A诊断与鉴别诊断腺泡状横纹肌肉瘤PDGFB诊断与鉴别诊断隆突性皮纤维肉瘤 TFE-3诊断与鉴别诊断Xp11.2相关肾细胞癌、恶性PeComa、腺泡状软组织肉瘤、上皮样血管内皮瘤等c-myc诊断与鉴别诊断Burkitt淋巴瘤等，指导化疗方案的制定bcl-6诊断与鉴别诊断弥漫性淋巴瘤等，指导化疗方案的制定bcl-2诊断与鉴别诊断滤泡性淋巴瘤等，指导化疗方案的制定IgH/bcl-2诊断与鉴别诊断滤泡性淋巴瘤等，指导化疗方案的制定IgH/bcl-1诊断与鉴别诊断套细胞淋巴瘤等，指导化疗方案的制定IgH/MLT1 诊断与鉴别诊断MALT淋巴瘤等，指导化