血浆-血清-体液蛋白质组学.ppt

1、血浆，血清，体液蛋白质组学研究和应用，1，蛋白质组学基本知识，2，血浆，血清蛋白质组学，唾液蛋白组学，尿液蛋白质组学，大脑，等额蛋白质组学，1，蛋白质组学基本知识，3，4，蛋白质组(电脑技术，7，ief 3360 isoelectric focusing第二方向是分子量，HPLC:HIGH-Performance Liquid Chromatograph Y或HIGH-Pressure liine dige:2-d difference gel Electro phoresis，默认缩写，it raq 3360 isobaric tag for relative and absolute qu

2、antitation同位素标记相对和绝对定量，8离子源是电子轰击对于复杂的样品，单层质谱期间会发生很多扰动棒，会影响测量。MS: MSS Spectroscopy(质谱)，MS/MS通过两个质量分析器之间的碰撞室进行一定能量碰撞的串行4条质谱，选择性扫描碰撞后获得的子离子碎片，不符合一定质量数的离子被丢弃，降低背景噪音，大大提高检测的灵敏度和准确度，默认缩写，9，ESI-MS:electro spray ion ization-Mass spectroscopy，传记喷雾质谱，Maldi-TOF-MS:matrix-assisted lassisted在蛋白质组学研究中，质谱排序通常由两种茄子

3、方法完成。一种是使用连接质谱(MS/MS)排序。另一个是源后崩溃技术排序，默认缩写，IPG(EF):Immoblized pH Gradients ISoelectric Focusing(固相)profound 3360 prowl . rocke feller . edu、pep ident 3360 www . expasy . ch/tools、protein prospector 3360 prospector常规连接质谱发现工具、se quequeue limited pi range(4-8)proteins 150 KD not seen in 2d gels difficul

4、t to see membrane proteins(30% of all proteins)Only deteins 与现有的2DE动态范围相比有所增加。缺点：显示效率低的Lys的氨基约为1%。仅限于2DE分离能力；蛋白质在2DE中一起移动现象的影响，会影响复杂样品的isoform定量。精炼含2-D Difference Gel电子(Dige)，24，Cys-Labeling Modify Beforesis Cys的段时，有效钚段损失较大(最高可达90%)ICAT的分子量很大，会影响小区段的数据库搜寻。标记为2H，1H的钚段在反向分离时显示出轻度洗涤时间不一致，因此数量上存在困难。ICAT

5、 Workflow(技术流程)进行了补充，克服了优点3360牙齿2DE方法的缺点。只鉴定包含Cys的段，降低了质谱分析的复杂性。25，isobaric labeling :n-termlys modify after digest requires ms/ms measurements，优势3360总体标签、范围和敏感度高于ICAT。绝对可以定量。缺点：在量化之前需要MS/MS折扣。酶解后标记样品的复杂性高。仅适用于LC-MALDI-TOF/TOF或LC-MS/MS。补充it raq工作流(技术流程)，26，The mass difference between labelled(12c/13

6、c)和unlabelled peptides are 105.0215 da/115缺点：为了提高蛋白质鉴定率和定量率，必须使用Trypsin以外的酶。补充icpl工作流(技术流程)，补充icpl reagent structure，27，acid cleavable ICAT reagents(ABI)，优点：在标记为删除亲和基因的肽分子量C上标记，总流出时间一致缺点：类似于ICAT试剂。，28，SILAC Workflow(技术流程)补充(stable isotope labeling with amino acids in cell culture)，优点：省略体外标记化学反应和分离纯化

7、阶段，有助于量化低丰度蛋白质检测与传统蛋白质分离手段完美结合缺点：无法分析和量化组织样本。培养细胞在稳定同位素介质丰富的情况下生长，会影响细胞的繁殖，从而改变蛋白质的表达水平。贵。不适用于人体样本。29，enzymatic labeling : trypsin catalyzed o16 to o18 exchange补充，优点：MS/MS扫描时易于识别Y系列离子。简单快捷。没有倾向性，完全标记。翻译后不丢失修改信息。缺点：不稳定。完全标记后，肽段只有4Da差异。30，label-free strategies : extracted ion current(xic)-based quant

8、ification补充，优点：精确定量。无需标记，即可定量所有样品。不丢失修饰信息。缺点：样品定量分析中容易出错。要进行两次平行的实验，对仪器、环境等要求很高。不合适的时候，多次精制两个独立的样品。31，peptide ions from more abundant proteins would be selected more frequently in ms spectrum。LC-ms/ms，Spectral counts or number of peptides identified for each protein基于Spectral counts数量直接估计丰度或： emPAI=

9、10p ai-where pai is the number of observed peptides divided by the number of theoretically observable peptides . m . mannet al MCP 4.9 1265-1272 semiques缺点：没有报告两个样品之间的蛋白质量。示例，LC-MS/MS之间的比较不准确。第二，开始血浆/血清蛋白质组学，32，(Human Plasma Proteome Project，HupoPPP)，33，Hupo Human Proteome Project(HPP)。HPP的主要研究目的是确认

10、所有人类基因组编码的蛋白质及其功能。公开：构成各种人类组织不同细胞类型的蛋白质表达频谱蛋白质组翻译后修饰频谱；蛋白质组细胞映射；蛋白质-蛋白质相互作用图表；蛋白质结构和功能联系图，34，HPP首次执行计划：Human Plasma Proteome Project(HUPO PPP)Human Liver Proteome Project(人间蛋白质组节目)分析血浆蛋白质组，比较各种蛋白质组分析技术平台的敏感性和局限性。比较了徐璐不同高风度蛋白质去除方法和去除与否对蛋白质识别的影响。数据提取、整理和存储的标准化目的：全面了解人类正常血浆/血清中所有表达蛋白整体表达蛋白在不同生理条件下的变异，HUPO PPP，36，人类血浆/血清蛋白质组学研究的特殊意义，Gilbert Omenn，2006.12人血浆蛋白质组学专着。也就是说，机体的每个细胞都可以做反映生理状态的记录，以粪便或信号分子的形式释放到血液中的人血液中的蛋白质是发现各种疾病相关和/或未知生物标志物最有价值的标本。日常血液检查只能反映血液所掌握的信息中的一小部分。在疾病的早期诊断中，迫切需要发现更有效的疾病标志物，但迄今公认的新疾病标志物的数量很少。，38，人血浆蛋白的总状态，血浆中含有约7%的蛋白质，1%的其他物质，92%的水分。这些蛋白质包括维持机体正常生理状态的蛋白质、各种病理、生理状态下