转录组系列讲座02医学方向mRNA测序数据挖掘策略解析

®医学方向mRNA测序数据挖掘策略解析解螺旋

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牌01020304转录组测序简介I-Sanger云平台分析特色如何使用云平台挖掘数据后期实验验证方法CONTENTS课程目录

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转录组测序简介01知

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牌DNAProtein蛋白质Translation翻译Transcription转录Reverse

Transcription逆转录RNA中心法则的中心一环！解

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转录组测序(RNA-Seq)转录组测序简介知

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牌转录组：特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA（广义）。时间：某一时期、某一功能状态等空间：特定组织、器官等转录组测序：通过新一代高通量测序，全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。特点：研究表达的基因/转录本解

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转录组测序简介知

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牌转录组测序简介样品采集RNA抽提质检Illumina

HiSeq测序生信分析+数据挖掘如何真正实现数据挖掘?解

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牌转录组数据挖掘发现大规模功能基因(de

novo)挖掘新基因、新转录本（有参转录组）研究基因/转录本的表达、差异及功能发现特定组织或者条件下的可变剪切形式SNP检测与分析ncRNA的鉴定及靶基因预测转录组测序简介RNA-seq解

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生理调控生长发育免疫应答致病机制药物效应分子标记知

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牌转基录因本功功能能转基录因本差差异异表表达达 转基录因本表表达达有明确的研究通路：查找目标通路所包含的基因，并进行差异基因注释和富集分析；

有明确的研究基因：查找目标基因所参与的通路，并进行功能分类和富集分析；无明确的通路和基因：依据不同样本组间基因差异表达分析，查找样本间差异表达基因，并进行功能和代谢通路研究。转录组测序简介解

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牌数据挖掘费时费力4参数固定无法调整静态结果不便查找沟通困难周期较长转录组测序简介解

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I-Sanger云平台分析特色02知

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旋4.表|

达陪与伴

差医

生异科分研析成

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1.背景与质控2.组装与注释3.功能查询分析5.基因集分析6.序列分析10个云平台分析模块19处基因集构建端口42项数据分析内容转录组云平台分析架构I-Sanger云平台分析特色知

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牌I-Sanger云平台分析特色解

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牌，1.

双研究层面真核生物中，一个基因在转录时首先会产生一条初始转录本

(pre-RNA)，再经过加工修饰后可得到多条成熟的转录本，从而对应不同的蛋白亚型

(isoform)；传统分析：取每条基因中最长的转录本作为unigene，进行后续的功能注释、表达量和差异表达分析。无法全面展示不同转录本的信息，也不能反映不同样品间转录本表达的变化优势一：双研究层面解

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I-Sanger云平台分析特色知

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牌优势二：查询功能解

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I-Sanger云平台分析特色2.1

六大数据库专业检索——功能查询知

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牌优势二：查询功能解

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I-Sanger云平台分析特色2.2

基因/转录本详情页全面展示2.3

转录因子个性化分析转录因子：一种可与DNA序列特异结合的蛋白质，其一般有一个或多个与DNA结合的结构域；作用机制：可与基因上游启动子区域结合，也可以和其它转录因子形成转录因子复合体来影响基因的转录，

因而在生物体内具有重要作用。知

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牌概念：根据一定的筛选条件，获得的基因/转录本集合；目的：从众多基因/转录本中挖掘与研究目的或表型相关的一些基因/转录本，并进行功能、表达等研究。优势三：基因集分析解

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I-Sanger云平台分析特色知

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牌如何管理基因集查看，编辑，删除删除，合并，去冗余优势三：基因集分析解

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I-Sanger云平台分析特色如何使用云平台挖掘数据03如何使用云平台挖掘数据 知

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牌转录组测序如何发高分文章解

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转录组测序是种研究方法，结合多层次的数据来解释某一生物学问题越来越成为热门，例如转录组+Small

RNA，转录组+LncRNA，转录组+蛋白等，是目前文章发表的套路和趋势；小样本量可以解释生物学现象，但是大样本量可以揭示现象背后的机理，能够更全面的挖掘转录信息（WGCNA、时序表达分析等）；转录组数据挖掘也越来越重要，美吉转录组云平台帮你深入挖掘转录组数据。知

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牌基因表达定量差异表达基因筛选差异基因功能和富集分析基因结构及其他分析解

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参考基因组de

novo组装转录组测序分析思路获得转录组的基因信息如何使用云平台挖掘数据研

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牌

新基因新基因，参考基因解

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交互式转录组云平台数据挖掘数据挖掘----基因功能①

功能：功能描述、转录因子、

基因家族等，如myb、

signal、resistance，字母大小写均识别②编号：基因

ID, GO

ID,Pathway

ID

如何使用云平台挖掘数据知

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牌数据挖掘-----

基因表达① 基因表达量高低② 共有特有表达基因如何使用云平台挖掘数据解

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牌数据挖掘-----

差异基因表达①

组间差异如何使用云平台挖掘数据解

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牌基因集分析-----

基因功能与基因表达关联纽带如何使用云平台挖掘数据解

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牌功能信息表达信息序列信息在染色体的位置、基因ID、基因名称等

基本信息六大主流数据库的注释信息比较该基因在各样本的表达量情况基因序列、CDS序列以及蛋白序列，方便后续验证基因详情页-----

涵盖单基因全部信息Tips：点击结果表中蓝色字体的“Gene/Transcript_id”,

即可进入。共有10余处如何使用云平台挖掘数据解

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牌原始数据文章/生物学问题方便快捷，一步到位如何使用云平台挖掘数据解

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后期实验验证方法04知

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牌后期实验验证方法解

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通过转录组学获得的行使某种功能的基因，该如何进行实验验证了？1.

差异表达基因验证qRT-PCR验证：广义概念是指以外参或内参为标准，通过对PCR终产物进行分析，进行PCR

起始模板量的定量。狭义概念是指用外标法（荧光杂交探针）监测PCR扩增效率，达到精确定量起始模板数的目的；western

blot：是将电泳分离后的细胞或组织总蛋白质，从凝胶转移到固相支持物NC膜或PVDF

膜上，然后用特异性抗体检测某特定抗原的一种蛋白质检测技术；northern

blot：是一种通过检测RNA表达水平来检测基因表达的方法，通过电泳将不同分子量大小的RNA分子进行区分，然后通过与特定基因互补配对的探针杂交来检测目的片段。知

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牌后期实验验证方法2.

基因功能验证通过基因下调（基因干扰法）、基因上调（基因转染法）后看蛋白表达水平、细胞功能改变、在动物模型中相关功能的变化等。基因上调解

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基因下调解

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Hammond

S

M,et

al.NatureReviewsGenetics,2001.知

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牌2.1

基因下调-RNA干扰技术外源性与内源性双链RNA

触发编码区同源mRNA

特异性的降解，导致基因表达沉默，这种现象发生在转录后水平，又称为转录后基因沉默(post-transcriptional

gene

silencing)。后期实验验证方法解

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doi:10.1002/0471143030.cb1912s44知

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