hbn六方氮化硼分子模拟构型_第1页
hbn六方氮化硼分子模拟构型_第2页
hbn六方氮化硼分子模拟构型_第3页
hbn六方氮化硼分子模拟构型_第4页
全文预览已结束

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

hbn六方氮化硼分子模拟构型HBN（六方氮化硼）分子的模拟构型可以通过不同的软件来实现。下面是一种常见的方法，使用VMD和LAMMPS软件进行模拟构型：1.首先，在文本编辑器中创建一个包含HBN分子的输入文件，扩展名为.pdb（例如，hbn.pdb）。在文件中按照以下格式添加原子坐标（单位为埃）：ATOM1BRES10.0000.0000.000ATOM2NRES10.0001.4210.000ATOM3BRES11.229-0.7100.000ATOM4NRES11.2290.7100.0002.保存并退出文件。3.打开VMD软件，在主窗口中选择“File”->“NewMolecule”，然后选择刚刚创建的.hbn.pdb文件。4.在VMD主窗口的“Extensions”菜单中，选择“TkConsole”打开命令行窗口。5.在命令行窗口中输入以下命令，将分子构型导出为LAMMPS格式：bashsetsel[atomselecttop"all"]selwritepdbhbn_lammps.pdb6.关闭命令行窗口。7.打开终端或命令提示符，并转到保存LAMMPS输入文件的目录。8.创建一个名为"hbn.in"的输入文件，并将以下内容复制到文件中：text#LAMMPSinputscriptforHBNsimulation#Initializationunitsrealatom_stylefulldimension3boundarypppatom_modifymaparray#Createatomsread_datahbn.data#Potentialpair_stylelj/cut10.0pair_coeff110.15003.16555787617979pair_coeff220.07502.56310287433584pair_coeff120.11252.86433037525732#Simulationsettingstimestep1.0thermo100thermo_stylecustomsteptempetotalpress#Runsimulationrun1000注意：这里的势函数参数（pair_coeff）可能需要根据实际情况进行调整。9.保存并退出文件。10.使用以下命令运行LAMMPS模拟：bashlammps<hbn.in这些步骤将根据给定的原子坐标和势函数参数，使用VMD

人人文库> 全部分类> 应用文书 > 产品手册

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论