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文档简介
®甲基化研究与多组学研究解螺旋|
知识金牌知识金牌010203高通量技术发展多组学研究现状多组学分析策略CONTENTS课程目录解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌高通量技术发展编年史1981
1986
1989
1991
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1998
2000
2002
2003
2005
2006
2007
2009 2010
2011-12AffylaunchesGeneExpressionmicroarraysRise
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医
生
科
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长知识金牌高通量测序成本趋势知识金牌肿瘤的基因突变的复杂性对精准医学的挑战异病同治同病异治解螺旋|陪伴医生科研成长解
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医
生
科
研
成
长知识金牌不同肿瘤基因突变的复杂性/10.1016/j.cell.2017.09.042肝癌宫颈癌知识金牌不同类型肺癌中基因突变的复杂性Lung
adenocarcinomasLungadenocarcinomas+squamous
cellcarcinomasSCLCpulmonary
carcinoidsLung
adenocarcinomas解螺旋|陪伴医生科研成长large-cell
neuroendocrinecarcinomas知识金牌多组学研究策略发现差异基因或位点整合分析
不同层面的差异整合聚类挖掘关键通路、基因阐明机制共性个性biologyMedicineMathematicsStatisticsbioinformatics解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌多组学研究策略在食管癌中的应用鳞癌解螺旋|陪伴医生科研成长腺癌知识金牌解螺旋|陪伴医生科研成长旋
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医
生
科
研
成
长知识金牌多组学研究案例:肝癌通过多平台的整合分析,奖HCC分为了3个亚型,其中一个和不良预后相关,
p53靶基因的表达与不良生存率相关。
WNT信号通路及免疫检查点蛋白是潜
在的靶向治疗目标。解螺知识金牌中科普瑞多组学研究策略解螺旋|陪伴医生科研成长实验平台的选择甲基化数据分析多组学数据的整合分析(分型与聚类)多组学数据筛选与挖掘新的思路知识金牌基因芯片的种类及应用基因组层次转录组层次表观遗传学层析SNP芯片比较基因组杂交芯片表达谱芯片miRNA芯片ChIP-ChipDNA甲基化芯片用于研究各种生用于研究基因拷用以大规模分析用以研究miRNA用于研究蛋白质在全基因组水平物DNA序列的差贝数目的变化,一定的生物对象在不同组织中的与DNA在染色质下研究DNA甲基异和单核苷酸多从而明确疾病相在特定的生物过表达情况。环境下的相互作化分布。态性。关遗传基因。程中基因表达变用。化的全面信息。基因芯片能用于从基因组、转录组到表观遗传学层次的各项研究。解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌高通量测序技术的应用全基因组de
novo
测序全基因组重测序外显子/目标区段捕获测序宏基因组测序mRNA/转录组测序RIP-seqsmall
RNA测序DNA-蛋白质相互作用(ChIP-seq)DNA甲基化(WGBS,RRBS,MeDIP-seq)DNARNA表观解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌850K芯片技术介绍解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌甲基化芯片还可以提供CNV结果解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌肿瘤的分类:M
class
&
C
class3,299
samples12
cancer
types(TCGA
)通过对3299份来自于12种实体瘤的样本的分析,可以将肿瘤分为
M
class
(mutation
driven,突变驱动)和C
class(copynumberdriven,拷贝数变异驱动),其中Cclass的肿瘤主要有卵巢癌、乳腺癌、肺(鳞)癌及头颈癌等。解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌组学数据间相互关联的建立甲基化对mRNA与lncRNA乃至miRNA的转录前调控作用;lncRNA对mRNA的转录前及转录后调控作用;miRNA对mRNA的转录后降解和抑制的调控作用;circRNA内源竞争性RNA(ceRNA)对miRNA、mRNA的调控作用;CNV对基因表达的剂量效应;SNV对蛋白功能的影响及对信号通路的激活和抑制作用。解螺旋|陪伴医生科研成长多组数据展示:热图展示甲基化、mRNA与lncRNA相互作用知与识调控金关牌系解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌加入其他组学的数据以及公共数据DOI:
10.1038/s41467-018-03099-x解螺旋|陪伴医生科研成长怎么样知?识金牌数据分析的目的:是什么?为什么?解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌组学数据的挖掘:IPA解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌组学数据的挖掘:WGCNAHubGene网络展示解螺旋|陪伴医生科研成长模块与表型的相关性图TOM图知识金牌多组学分析信号通路解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌多组学分析肿瘤免疫解螺旋|陪伴医生科研成长知识金牌从系统生物医学到精准医学系统生物学(研究体系)认识健康+认识疾病转化医学(研究平台)实验 临床 实验精准医学(研究目标)精准治疗
预测指导干预肿瘤靶向治疗新型免疫治疗安全保存、信息共享技术创新、标准增值尊重产权、高效利用Nat
Rev
Cancer.
2014
May;14(5):299-313.解螺旋|陪伴医生科研
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