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文档简介
基于质谱的蛋白质组学定量方法解
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生
科
研
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长0102030405质谱定量蛋白质组学简介标记定量法非标记定量法DIA技术靶向定量法CONTENTS课
程
目
录质谱定量蛋白质组学简介01解
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长蛋白质组学(英语:proteomics),是以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。Pictures
were
all
from
Bing.传统Western
Blot法基于质谱的蛋白质组学方法蛋白有限抗体要求高高通量需求成千上万种蛋白能筛选,能验证高分辨,更准确解
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长1.2
质谱仪工作原理Orbitrap
质谱仪工作原理图解
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成
长1.3
质谱仪工作示例解
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长1.4
质谱数据构成解
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长知
识
金
牌Zoom
in解
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牌1.3
质谱定量法主要有哪些?利用化学分子标签的信号相应进行定量。利用峰面积进行定量。不依赖于母离子的信号相应,对一级和二级离子进行全扫描。对目标肽段进行精确定量。标记定量非标记定量靶向定量DIA新技术标记定量02解
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科
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长知
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牌1.3
标记定量法的原理两大主流标记定量方法:优点:定量准确,稳定性高,重现性好。缺点:大样本量成本高基于报告离子的定量方法。知
识
金
牌1.4
标记定量法的实验流程1234567解
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生
科
研
成
长统计分析生物信息学分析数据挖掘……Li,
C.,
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profiling
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48321.解
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生
科
研
成
长相关文献 知
识
金
牌非标记定量03解
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长知
识
金
牌3.1
非标记定量法的原理
顾名思义,非标记定量法是指不使用同位素标记物,而是直接根据质谱峰的强度来对肽段或蛋白进行相对定量的方法,
文献中一般称为“label
free”。其定量原理是计算一级质谱中每个肽段的信号强度在LC-MS
色谱上的积分面积,利用MaxQuant等软件解析这些肽段的定量信息,从而获得对应蛋白质的相对定量值。此外,也可以通过计算谱图数目进行相对定量。传统定量方法:优点:成本低,无样本数限制,操作简便缺点:重现性差解
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长知
识
金
牌3.2
非标记定量法的流程解
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生
科
研
成
长相关文献 知
识
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4025-4039.DIA技术04解
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生
科
研
成
长4.1
DIA技术原理 知
识
金
牌DIA(Data
Independent
Acquisition)是随着定量蛋白质组学而建立的质谱扫描技术。DIA技术能够获得扫描范围内所有母离子和二级离子的信息,不会造成低丰度离子信息的丢失。Data
Dependent
Acquisition Data
Independent
Acquisition解
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长知
识
金
牌DDADIA4.1
DIA技术原理Picturewas
modified
from
matearials
of
AB
SCIEXtraining.解
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生
科
研
成
长知
识
金
牌4.2
DIA实验流程Picturewas
modified
from
Tiannan
Guo,Nature
Communication,
2015.解
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医
生
科
研
成
长相关文献 知
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conversion
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biopsy
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permanentquantitative
digital
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April
;
21(4):
407–413.doi:10.1038/nm.3807.靶向定量05解
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生
科
研
成
长5.1
靶向定量的原理 知
识
金
牌PRM:平行反应监测(Parallel
Reaction
Monitoring,
PRM)技术是一种基于目标肽段质谱信号获取,以此来进行蛋白质定量的技术。解
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生
科
研
成
长知
识
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牌5.2
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Kim
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Large-Scale
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Proteomics
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Internal
Standard
Triggered-Parallel
Reaction
Monitoring
(IS-PRM).Molecular
&cellular
proteomics
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14(6):
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TargetedMass
Spectrometry-BasedAssays
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N-Linked
Glycosite-ContainingPeptides
in
Serum.Analytical
Chemistry,
2015.
87(21):
p.
10830-8.Xue,
T.,et
al
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